Грацилибактерии - Gracilibacteria

Грацилибактерии
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Infrakingdom:Кандидат филы радиации
Тип:Грацилибактерии

Грацилибактерии это бактериальный кандидат филум ранее известный как GN02, BD1-5 или SN-2. Это часть Кандидат Phyla Radiation и группа Patescibacteria.

Первый представитель филума Gracilibacteria был обнаружен в 1999 году после того, как он был извлечен из пробы глубоководных отложений. Репрезентативная последовательность 16S рРНК была обозначена как «BD1-5» (образец BD1, последовательность 5), и, хотя было отмечено, что она демонстрирует низкую идентичность последовательности с любым известным геном 16S рРНК, в настоящее время она не предлагалась как новый тип. .[1] В 2006 году представители Gracilibacteria были извлечены из гиперсоленого микробного мата в Герреро-Негро, Южная Нижняя Калифорния, Мексика и предложены в качестве нового типа «GN02».[2] Тип BD1-5 / GN02 был переименован в «Gracilibacteria» в 2013 году.[3][4]

Первый геном Gracilibacteria был извлечен из измененного ацетатом водоносного горизонта (Рифл, Колорадо, США) с использованием культурально-независимого геномного разрешения. метагеномный техники в 2012 году.[5] Геномный анализ предполагает, что представители филума Gracilibacteria имеют ограниченный метаболизм и, вероятно, симбионты или же эндосимбионты.[3] Члены Gracilibacteria используют альтернативу генетический код в котором UGA кодирует глицин аминокислота вместо стоп-кодон[6]

Рекомендации

  1. ^ Ли, Лина; Като, Чиаки; Хорикоши, Коки (1999-05-01). «Бактериальное разнообразие в глубоководных отложениях с разных глубин». Биоразнообразие и сохранение. 8 (5): 659–677. Дои:10.1023 / А: 1008848203739. ISSN  1572-9710.
  2. ^ Ley, Ruth E .; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Копье, Джон Р .; Миллер, Скотт Р .; Бебаут, Брэд М .; Maresca, Julia A .; Брайант, Дональд А .; Sogin, Mitchell L .; Пейс, Норман Р. (01.05.2006). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Guerrero Negro». Прикладная и экологическая микробиология. 72 (5): 3685–3695. Дои:10.1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN  0099-2240. ЧВК  1472358. PMID  16672518.
  3. ^ а б Зибер, Кристиан М.К .; Пол, Блэр Дж .; Кастель, Синди Дж .; Ху, Пин; Триндж, Сюзанна Дж .; Валентин, Дэвид Л .; Андерсен, Гэри Л .; Банфилд, Джиллиан Ф. (12 ноября 2019 г.). «Необычный метаболизм и гипервариация в геноме Gracilibacterium (BD1-5) из сообщества, деградирующего нефть». мБио. 10 (6). Дои:10.1128 / mbio.02128-19. ISSN  2150-7511. ЧВК  6851277. PMID  31719174.
  4. ^ Ринке, Кристиан; Швентек, Патрик; Щирба, Александр; Иванова Наталья Н .; Андерсон, Иэн Дж .; Ченг, Ян-Фанг; Дорогой, Аарон; Малфатти, Стефани; Свон, Брэндон К .; Gies, Esther A .; Додсворт, Джереми А. (июль 2013 г.). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи». Природа. 499 (7459): 431–437. Bibcode:2013Натура.499..431р. Дои:10.1038 / природа12352. ISSN  1476-4687. PMID  23851394.
  5. ^ Wrighton, K. C .; Thomas, B.C .; Sharon, I .; Miller, C. S .; Castelle, C.J .; VerBerkmoes, N.C .; Wilkins, M. J .; Hettich, R. L .; Lipton, M. S .; Williams, K. H .; Лонг, П. Э. (27 сентября 2012 г.). «Ферментация, водород и метаболизм серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Наука. 337 (6102): 1661–1665. Bibcode:2012Sci ... 337.1661W. Дои:10.1126 / science.1224041. ISSN  0036-8075. PMID  23019650.
  6. ^ Ханке, Анна; Хаманн, Эммо; Шарма, Ритин; Geelhoed, Jeanine S .; Харгешаймер, Тереза; Крафт, Беате; Мейер, Волкер; Ленк, Сабина; Осмерс, Харальд; Ву, Ронг; Макинва, Кофи (16 мая 2014 г.). «Перекодирование стоп-кодона UGA в глицин бактерией BD1-5 / SN-2 и разделение ниши между альфа- и гаммапротеобактериями в микробном сообществе приливных отложений, естественным образом отобранных в лабораторном хемостате». Границы микробиологии. 5. Дои:10.3389 / fmicb.2014.00231. ISSN  1664-302X. PMID  24904545.