LRRC7 - LRRC7

LRRC7
Идентификаторы
Псевдонимы	LRRC7, ДЕНСИН, богатый лейцином повтор, содержащий 7
Внешние идентификаторы	OMIM: 614453 MGI: 2676665 ГомолоГен: 10817 Генные карты: LRRC7
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п31.1 Начните 69,568,261 бп[1] Конец 70,151,945 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 H4 Начните 158,082,891 бп[2] Конец 158,562,221 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание ионотропного рецептора глутамата • Активность фактора обмена Ras-гуанил-нуклеотидов Сотовый компонент • соединение клеток • постсинаптическая мембрана • синапс • мембрана • GO: 0097483, GO: 0097481 постсинаптическая плотность • внеклеточная область • специфический просвет гранулы • цитоплазма • клеточная мембрана • проекция нейрона • межклеточное соединение • ионотропный рецепторный комплекс глутамата • базолатеральная плазматическая мембрана • начальный сегмент аксона • цитозоль Биологический процесс • дегрануляция нейтрофилов • преобразование сигнала • положительная регуляция развития проекции нейронов • кластеризация рецепторов • установление или поддержание апикальной / базальной полярности эпителиальных клеток • локализация рецептора в синапсе • межклеточная адгезия • Транспорт рецептора нейромедиатора, эндосома к постсинаптической мембране • Постсинаптическая мембрана транспортирует рецептор нейромедиатора к эндосоме • Каскад MAPK • регуляция активности рецепторов NMDA Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	57554	242274
Ансамбль	ENSG00000033122	ENSMUSG00000028176
UniProt	Q96NW7	Q80TE7
RefSeq (мРНК)	NM_020794 NM_001330635 NM_001350216 NM_001366836 NM_001366837 NM_001366838 NM_001366839 NM_001366840 NM_001366841 NM_001366842 NM_001370785	NM_001081358 NM_001291452 NM_001291453 NM_001370781 NM_001370782
RefSeq (белок)	NP_001317564 NP_001337145 NP_001353765 NP_001353766 NP_001353767 NP_001353768 NP_001353769 NP_001353770 NP_001353771 NP_001357714	NP_001074827 NP_001278381 NP_001278382 NP_001357710 NP_001357711
Расположение (UCSC)	Chr 1: 69.57 - 70.15 Мб	Chr 3: 158,08 - 158,56 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Богатый лейцином повтор, содержащий 7 также известен как LRRC7, Денсин-180, или же LAP1 это белок который у человека кодируется LRRC7 ген.^[5]

Структура

Обнаружено, что он тесно связан с постсинаптическая плотность (PSD), он был охарактеризован как белок 188 кДа (первоначально считался 180 кДа, отсюда и номенклатура), 1495 остатков длиной, специфический для мозга белок, содержащий 16 богатые лейцином повторы (LRR) в пределах 500 N-концевой остатки и один Psd95 / Discs large / Zona occludens (ПДЗ ) в пределах 200 C-терминал остатки. Первоначально предполагалось наличие очевидного трансмембранного домена, но теперь было показано, что этот белок имеет множество фосфорилирование сайтов как N-, так и C-термина этого домена, и, следовательно, этот белок является цитоплазматический; пальмитоилирование считается, что происходит около N-конца белка, что объясняет локализацию белка в PSD.^[6]

Взаимодействия

LRRC7 был показан взаимодействовать с CDH2.^[7]

Обнаруженные в настоящее время взаимодействия Densin-180 изображают этот белок как беспорядочного игрока среди ключевых синаптических игроков, что согласуется с первоначальным наблюдением плотного присутствия белка среди основных белков PSD Мэри Б. Кеннеди Лаборатория. Выявленные партнеры по взаимодействию включают: CaMKII-альфа, альфа-актинин и NR2B (через CaMKII-альфа), каналы Cav1.3 (Ca2 + L-типа), MAGUIN-1, Shank, PSD-95 (через Shank и MAGUIN-1), бета-катенин, дельта-катенины и NCadherin (через катенины). Природа и функция этих взаимодействий, подробно описанные в таблицах 1-1 и 1-2, изображают Densin-180 как ключевой взаимодействующий фактор среди рецепторных белков, каркасных белков и структурных белков. [количество источников - ссылка на - Субклеточная локализация рекомбинантных клонов Densin-180, экспрессированных в клетках HEK293 TSA Ранатунга, Дж. М. (2011) Субклеточная локализация рекомбинантных клонов Densin-180, экспрессированных в клетках HEK293 TSA. Магистерская диссертация, UCL (Университетский колледж Лондона). http://discovery.ucl.ac.uk/1322972/ ]

Также вполне возможно, что Densin-180 димеризуется или мультимеризуется благодаря взаимодействиям между его доменом PDZ и его собственными концевыми аминокислотными остатками. [Субклеточная локализация рекомбинантных клонов Densin-180, экспрессированных в клетках HEK293 TSA Ранатунга, Дж. М. (2011). Субклеточная локализация рекомбинантных клонов Densin-180, экспрессированных в клетках HEK293 TSA. Магистерская диссертация, UCL (Университетский колледж Лондона). http://discovery.ucl.ac.uk/1322972/ ]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000033122 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028176 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: богатый лейцином повтор LRRC7, содержащий 7».
6. Thalhammer A, Trinidad JC, Burlingame AL, Schoepfer R (апрель 2009 г.). «Денсин-180: пересмотренная топология мембраны, доменная структура и статус фосфорилирования». J. Neurochem. 109 (2): 297–302. Дои:10.1111 / j.1471-4159.2009.05951.x. ЧВК  2846389. PMID  19187442.
7. Идзава, Ичиро; Нисидзава Мивако; Отакара Казухиро; Инагаки Масаки (февраль 2002 г.). «Денсин-180 взаимодействует с белком, связанным с дельта-катенином / нейральным плакофилином, повторением броненосца в синапсах». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 277 (7): 5345–50. Дои:10.1074 / jbc.M110052200. ISSN  0021-9258. PMID  11729199.

дальнейшее чтение

• Апперсон М.Л., Мун И.С., Кеннеди МБ (1996). «Характеристика денсина-180, нового специфического для мозга синаптического белка из семейства O-сиалогликопротеинов». J. Neurosci. 16 (21): 6839–52. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.16-21-06839.1996. ЧВК  6579252. PMID  8824323.
• Нагасе Т., Кикуно Р., Исикава К.И. и др. (2000). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XVI. Полные последовательности 150 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 7 (1): 65–73. Дои:10.1093 / днарес / 7.1.65. PMID  10718198.
• Валиконис Р.С., Огуни А., Хорошева Е.М. и др. (2001). «Денсин-180 образует тройной комплекс с (альфа) -субъединицей Са2 + / кальмодулин-зависимой протеинкиназы II и (альфа) -актинином». J. Neurosci. 21 (2): 423–33. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.21-02-00423.2001. ЧВК  6763799. PMID  11160423.
• Идзава I, Нисидзава М, Отакара К., Инагаки М (2002). «Денсин-180 взаимодействует с белком, связанным с дельта-катенином / нейральным плакофилином, повторяющимся белком броненосца в синапсах». J. Biol. Chem. 277 (7): 5345–50. Дои:10.1074 / jbc.M110052200. PMID  11729199.
• Отакара К., Нисидзава М., Идзава И. и др. (2003). «Денсин-180, синаптический белок, связывается с PSD-95 посредством прямого взаимодействия с MAGUIN-1». Гены Клетки. 7 (11): 1149–60. Дои:10.1046 / j.1365-2443.2002.00589.x. PMID  12390249.
• Ван Л., Сюй Дж, Ву Кью и др. (2003). «Клонирование и характеристика нового варианта сплайсинга специфического для мозга белка densin-180». Int. J. Mol. Med. 11 (2): 257–60. Дои:10.3892 / ijmm.11.2.257. PMID  12525888.
• Ахола Х., Хейккиля Э., Астрём Э. и др. (2003). «Новый белок, денсин, экспрессируемый подоцитами клубочков». Варенье. Soc. Нефрол. 14 (7): 1731–7. Дои:10.1097 / 01.ASN.0000075553.33781.9F. PMID  12819232.
• Гудчайлд Р. Э., Дауэр В. Т. (2005). «AAA + белок torsinA взаимодействует с консервативным доменом, присутствующим в LAP1, и новым белком ER». J. Cell Biol. 168 (6): 855–62. Дои:10.1083 / jcb.200411026. ЧВК  2171781. PMID  15767459.
• Робисон А.Дж., Басс М.А., Цзяо И и др. (2005). «Многовалентные взаимодействия кальций / кальмодулин-зависимой протеинкиназы II с белками постсинаптической плотности NR2B, денсином-180 и альфа-актинином-2». J. Biol. Chem. 280 (42): 35329–36. Дои:10.1074 / jbc.M502191200. PMID  16120608.
• Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (2006). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека». Природа. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Натура.441..315Г. Дои:10.1038 / природа04727. PMID  16710414.
• Ринта-Валкама Дж., Аалтонен П., Лассила М. и др. (2007). «Денсин и фильтрин в поджелудочной железе и почках - мишени для гуморального аутоиммунитета у пациентов с диабетом 1 типа». Метаб. Диабета. Res. Rev. 23 (2): 119–26. Дои:10.1002 / дмрр.655. PMID  16741999.
• Лассила М, Джухила Дж, Хейккиля Э, Холтхёфер Х (2007). «Денсин - это новый белок клеточной мембраны ячеек Сертоли». Мол. Репродукция. Dev. 74 (5): 641–5. Дои:10.1002 / мрд.20659. PMID  17039495.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
• Heikkilä E, Ristola M, Endlich K, et al. (2007). «Денсин и бета-катенин образуют комплекс и совместно локализуются в соединениях культивируемых клеток подоцитов». Мол. Клетка. Биохим. 305 (1–2): 9–18. Дои:10.1007 / s11010-007-9522-6. PMID  17581699.

Добавить - очень подробный тезис с предварительными экспериментами и теориями о функции Densin-180, озаглавленный «Субклеточная локализация рекомбинантных клонов Densin-180, экспрессируемых в клетках HEK293 TSA».http://discovery.ucl.ac.uk/1322972/