Марк Паллен - Mark Pallen

Марк Паллен
Родившийся
Марк Джон Паллен

1960 (59–60 лет)
Carshalton, Англия
НациональностьБританский
Альма-матерКолледж Фитцуильям, Кембридж, Лондонский госпитальный медицинский колледж
Научная карьера
ПоляМикробиология
УчрежденияУорикский университет
ДокторантГордон Дуган
Интернет сайтквадрам.ac.Великобритания/люди/ mark-pallen/

Марк Дж. Паллен является руководителем исследований в Квадрам институт и профессор микробной геномики в Университет Восточной Англии. В последние годы он был в авангарде усилий по применению секвенирование следующего поколения к проблемам в микробиология и древняя ДНК исследование.

Образование

Паллен получил образование в своем родном городе Wallington в Англии, посещая Уоллингтонская средняя школа. Он получил степень бакалавра медицинских наук в Колледж Фитцуильям, Кембридж и получил медицинскую квалификацию в Лондонский госпитальный медицинский колледж. В середине 1990-х он работал над докторской диссертацией под руководством Гордон Дуган в Имперский колледж. За это время он был капитаном команды-победителя из Имперский колледж в ТВ-викторине Университетский вызов,[1] а также написал серию статей для Британский медицинский журнал, знакомство медиков с Интернетом.[2]

Бактериальная геномика и метагеномика

В 2011 году Паллен возглавил краудсорсинг анализ генома вспышки штамма из 2011 немецкий Кишечная палочка O104: Вспышка H4, который был секвенирован на Ион Торрент платформу BGI.[3] Примерно в то же время он также руководил проектом, в котором изолятор 2011 немецкий Кишечная палочка O104: Вспышка H4 был секвенирован геном на трех новых платформах для настольного секвенирования для тестирования этих новых платформ.[4] Он также показал, что полногеномное секвенирование можно использовать для отслеживания распространения стойкий бактерии[5] и изучить появление устойчивость к противомикробным препаратам.[6]

Анализируя фекальный образцы из 2011 немецкий Кишечная палочка O104: Вспышка H4 и мокрота образцы из Гамбия Паллен показал, что метагеномика может использоваться как независимый от посевов подход к диагностике бактериальной инфекции.[7][8] Он был пионером в использовании метагеномики, чтобы открыть новые возможности в исследованиях древней ДНК, вылечив 200-летнего ребенка. Микобактерии туберкулеза геномы из останков человека и средневековый Brucella последовательность генома.[9][10] Вместе с Винсом Гаффни и Робином Аллаби он применил метагеномику дробовика к осадочный образцы древней ДНК, показывающие присутствие пшеницы в Британские острова На 2000 лет раньше, чем ожидалось.[11]

Общественное понимание науки

Паллен - автор научно-популярной книги, Грубый путеводитель по эволюции.[12] По следам 2005 Китцмиллер против Дуврского школьного округа, он написал обзор с Ник Мацке, излагая доказательства того, что бактериальный жгутик - это эволюционировавший, а не спроектированный объект. [13] Он заказал и прошел экспертную оценку Баба Бринкман с Рэп-гид по эволюции и отвечал за набор Алиса Робертс на роль профессора общественного участия в науке в Бирмингемский университет. В июне 2011 года Паллен появился в эпизод из Мелвин Брэгг с В наше время радиопрограмма.[14] В 2014 году он поделился платформой с Майкл Мосли на Медицина и война на Фестиваль науки в Челтенхэме.

В 2018 году Паллен написал книгу о Вспышка оспы в Соединенном Королевстве в 1978 г., Последние дни оспы: трагедия в Бирмингеме, [15] который включает в себя смесь научно-популярного и исторического повествования о вспышке и последующем судебном процессе.

Рекомендации

  1. ^ Победители конкурса University Challenge - май 1996 г.
  2. ^ Марк Паллен (1995). «Путеводитель по Интернету: Знакомство с Интернетом». Британский медицинский журнал. 311 (7017): 1422–4. Дои:10.1136 / bmj.311.7017.1422. ЧВК  2544383. PMID  8520280.
  3. ^ Роде; и другие. (2011). «Открытый исходный код геномного анализа шига-токсина E. coli O104: H4» (PDF). N Engl J Med. 365 (8): 718–24. Дои:10.1056 / NEJMoa1107643. PMID  21793736.
  4. ^ Ломан; и другие. (2012). «Сравнение производительности настольных платформ для высокопроизводительного секвенирования». Природа Биотехнологии. 30 (5): 434–9. Дои:10.1038 / nbt.2198. PMID  22522955.
  5. ^ Галачев; и другие. (2014). «Геномная эпидемиология затяжной больничной вспышки, вызванной Acinetobacter baumannii с множественной лекарственной устойчивостью, в Бирмингеме, Англия». Геномная медицина. 6 (11): 70. Дои:10.1186 / s13073-014-0070-х. ЧВК  4237759. PMID  25414729.
  6. ^ Хорнси; и другие. (2011). «Полногеномное сравнение двух изолятов Acinetobacter baumannii от одного пациента, у которого во время терапии тигециклином развилась устойчивость». J Antimicrob Chemother. 66 (7): 1499–503. Дои:10.1093 / jac / dkr168. PMID  21565804.
  7. ^ Ломан; и другие. (2013). «Последовательный метагеномический подход к расследованию вспышки Shiga-toxigenic Escherichia coli O104: H4».. JAMA. 309 (14): 1502–10. Дои:10.1001 / jama.2013.3231. PMID  23571589.
  8. ^ Даути; и другие. (2014). «Независимое от культуры обнаружение и характеристика Mycobacterium tuberculosis и M. africanum в образцах мокроты с использованием метагеномики дробовика на настольном секвенаторе». PeerJ. 2: e585. Дои:10.7717 / peerj.585. ЧВК  4179564. PMID  25279265.
  9. ^ Кей; и другие. (2015). «Геномы восемнадцатого века показывают, что смешанные инфекции были обычным явлением во время пика туберкулеза в Европе». Nature Communications. 6: 6717. Дои:10.1038 / ncomms7717. ЧВК  4396363. PMID  25848958.
  10. ^ Кей; и другие. (2015). «Восстановление генома средневековой Brucella melitensis с использованием метагеномики дробовика». MBio. 5 (4): e01337-14. Дои:10,1128 / мБио.01337-14. ЧВК  4161259. PMID  25028426.
  11. ^ Смит; и другие. (2015). «Осадочная ДНК из затопленного участка показывает пшеницу на Британских островах 8000 лет назад». Наука. 347 (6225): 998–1001. Дои:10.1126 / science.1261278. HDL:10454/9405. PMID  25722413.
  12. ^ Марк Паллен (2009). Грубый путеводитель по эволюции. ISBN  978-1858289465.
  13. ^ Марк Дж. Паллен и Николас Дж. Мацке (2006). "Из Происхождение видов к происхождению бактериальных жгутиков » (PDF). Обзоры природы Микробиология. 4 (10): 784–790. Дои:10.1038 / nrmicro1493. PMID  16953248.
  14. ^ В наше время: истоки инфекционных заболеваний
  15. ^ Марк Паллен (2018). Последние дни оспы: трагедия в Бирмингеме. ISBN  978-1980455226.