Метил-CpG-связывающий домен, белок 2 - Methyl-CpG-binding domain protein 2

MBD2
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2L2L
Идентификаторы
Псевдонимы	MBD2, DMTase, NY-CO-41, белок 2 связывающего домена метил-CpG
Внешние идентификаторы	OMIM: 603547 MGI: 1333813 ГомолоГен: 2918 Генные карты: MBD2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 18 (человек)[1] Группа 18q21.2 Начинать 54,151,606 бп[1] Конец 54,224,669 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 18 (мышь)[2] Группа 18 E2 | 18 44,54 см Начинать 70,568,189 бп[2] Конец 70,626,131 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • Связывание ДНК • специфическое связывание белкового домена • связывание метил-CpG • Связывание с доменом цинкового пальца C2H2 • связывание хроматина • GO: 0001948 связывание с белками • связывание миРНК • связывание нуклеосомной ДНК • связывание сателлитной ДНК • связывание мРНК Сотовый компонент • цитоплазма • гистондеацетилазный комплекс • гетерохроматин • хроматин • ядро клетки • ядерный хроматин • нуклеоплазма • цитозоль • макромолекулярный комплекс Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • АТФ-зависимое ремоделирование хроматина • положительная регуляция сигнального пути Wnt • регулирование пролиферации клеток • материнское поведение • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • старение • ответ на механический раздражитель • ответ на эстрадиол • клеточный ответ на органическое циклическое соединение • реакция на уровень питательных веществ • реакция на органическое циклическое соединение • положительная регуляция связывания хроматина • развитие сердца • развитие эмбриональных органов • подавление хроматина на рДНК • регуляция метилирования ДНК • зависимое от метилирования молчание хроматина • сборка клеточного макромолекулярного комплекса Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	8932	17191
Ансамбль	ENSG00000134046	ENSMUSG00000024513
UniProt	Q9UBB5	Q9Z2E1
RefSeq (мРНК)	NM_015832 NM_003927	NM_010773 NM_001311071
RefSeq (белок)	NP_003918 NP_056647 NP_056647.1	NP_001298000 NP_034903
Расположение (UCSC)	Chr 18: 54.15 - 54.22 Мб	Chr 18: 70,57 - 70,63 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Метил-CpG-связывающий домен, белок 2 это белок что у людей кодируется MBD2 ген.^[5][6]

Функция

Метилирование ДНК является основной модификацией геномов эукариот и играет важную роль в развитии млекопитающих. Белки человека MECP2, MBD1, MBD2, MBD3, и MBD4 составляют семейство ядерных белков, связанных присутствием в каждом из метил-CpG-связывающий домен (МБД). Каждый из этих белков, за исключением MBD3, способен специфически связываться с метилированной ДНК. MECP2, MBD1 и MBD2 также могут репрессировать транскрипцию с метилированных промоторов генов. Белок, кодируемый этими генами, может действовать как медиатор биологических последствий сигнала метилирования. Также сообщается, что MBD2 и MBD3 набирают NuRD комплекс с участками ДНК в зависимости от их избирательного связывания с метилированными сайтами CpG. Следовательно, MBD2 / NuRD и MBD3 / NuRD определяют два различных белковых комплекса с разными биохимическими и функциональными свойствами.^[7]

Взаимодействия

Было показано, что белок 2 метил-CpG-связывающего домена взаимодействовать с:

• GATAD2B,^[8][9]
• HDAC1,^[8][10][11]
• Гистоновая деацетилаза 2,^[8][10][11]
• MBD3^[11][12]
• MIZF,^[13] и
• SIN3A.^[14]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000134046 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024513 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Хендрих Б., Бёрд А (ноябрь 1998 г.). «Идентификация и характеристика семейства связывающих метил-CpG белков млекопитающих». Mol Cell Biol. 18 (11): 6538–47. Дои:10.1128 / mcb.18.11.6538. ЧВК  109239. PMID  9774669.
6. Хендрих Б., Эбботт С., Маккуин Х., Чемберс Д., Кросс С., Берд А (сентябрь 1999 г.). «Геномная структура и хромосомное картирование генов Mbd1, Mbd2, Mbd3 и Mbd4 человека и мыши». Геном мамм. 10 (9): 906–12. Дои:10.1007 / s003359901112. PMID  10441743. S2CID  819148.
7. Гезеннек, Ксавье (2006). «MBD2 / NuRD и MBD3 / NuRD, два различных комплекса с различными биохимическими и функциональными свойствами». Молекулярная и клеточная биология. 26 (3): 843–851. Дои:10.1128 / MCB.26.3.843-851.2006. ЧВК  1347035. PMID  16428440.
8. Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (октябрь 2002 г.). «Два тесно связанных белка p66 составляют новое семейство мощных репрессоров транскрипции, взаимодействующих с MBD2 и MBD3». J. Biol. Chem. 277 (43): 40958–66. Дои:10.1074 / jbc.M207467200. PMID  12183469.
9. Фэн Кью, Цао Р., Ся Л., Эрдджумент-Бромаж Х, Темпст П., Чжан Ю. (январь 2002 г.). «Идентификация и функциональная характеристика компонентов p66 / p68 комплекса MeCP1». Мол. Клетка. Биол. 22 (2): 536–46. Дои:10.1128 / mcb.22.2.536-546.2002. ЧВК  139742. PMID  11756549.
10. Нг Х. Х., Чжан Й., Хендрих Б., Джонсон К. А., Тернер Б. М., Эрдджумент-Бромаж Х., Темпст П., Рейнберг Д., Берд А. (сентябрь 1999 г.). «MBD2 представляет собой репрессор транскрипции, принадлежащий гистондеацетилазному комплексу MeCP1». Nat. Genet. 23 (1): 58–61. Дои:10.1038/12659. HDL:1842/684. PMID  10471499. S2CID  6147725.
11. Чжан Й., Нг Х. Х., Эрдджумент-Бромаж Х, Темпст П., Берд А., Рейнберг Д. (август 1999 г.). «Анализ субъединиц NuRD показывает основной комплекс гистондеацетилазы и связь с метилированием ДНК». Genes Dev. 13 (15): 1924–35. Дои:10.1101 / гад.13.15.1924. ЧВК  316920. PMID  10444591.
12. Цзян Ц.Л., Цзинь С.Г., Пфейфер ГП (декабрь 2004 г.). «MBD3L1 представляет собой репрессор транскрипции, который взаимодействует с метил-CpG-связывающим белком 2 (MBD2) и компонентами комплекса NuRD». J. Biol. Chem. 279 (50): 52456–64. Дои:10.1074 / jbc.M409149200. PMID  15456747.
13. Секимата М., Такахаши А., Мураками-Секимата А., Хомма Y (ноябрь 2001 г.). «Участие нового белка цинкового пальца, MIZF, в репрессии транскрипции за счет взаимодействия с метил-CpG-связывающим белком, MBD2». J. Biol. Chem. 276 (46): 42632–8. Дои:10.1074 / jbc.M107048200. PMID  11553631.
14. Боке Дж., Аммерполь О, Кегель С., Мерен Ю., Ренкавиц Р. (ноябрь 2000 г.). «Домен минимальной репрессии MBD2b перекрывается с метил-CpG-связывающим доменом и напрямую связывается с Sin3A». J. Biol. Chem. 275 (45): 34963–7. Дои:10.1074 / jbc.M005929200. PMID  10950960.

дальнейшее чтение

• Scanlan MJ, Chen YT, Williamson B, Gure AO, Stockert E, Gordan JD, Türeci O, Sahin U, Pfreundschuh M, Old LJ (1998). «Характеристика антигенов рака толстой кишки человека, распознаваемых аутологичными антителами». Int. J. Рак. 76 (5): 652–8. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-0215 ​​(19980529) 76: 5 <652 :: AID-IJC7> 3.0.CO; 2-P. PMID  9610721.
• Чжан Ю., Лерой Г., Силиг Х.П., Лейн В.С., Рейнберг Д. (1998). «Специфический для дерматомиозита аутоантиген Mi2 является компонентом комплекса, содержащего гистондеацетилазу и активность ремоделирования нуклеосом». Клетка. 95 (2): 279–89. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81758-4. PMID  9790534. S2CID  18786866.
• Тонг Дж. К., Хассиг, Калифорния, Шницлер Г. Р., Кингстон Р. Е., Шрайбер С. Л. (1998). «Деацетилирование хроматина АТФ-зависимым комплексом ремоделирования нуклеосом». Природа. 395 (6705): 917–21. Bibcode:1998Натура.395..917Т. Дои:10.1038/27699. PMID  9804427. S2CID  4355885.
• Бхаттачарья С.К., Рамчандани С., Червони Н., Шиф М. (1999). «Белок млекопитающих со специфической деметилазной активностью в отношении ДНК mCpG». Природа. 397 (6720): 579–83. Bibcode:1999Натура.397..579Б. Дои:10.1038/17533. PMID  10050851. S2CID  4408031.
• Чжан Ю., Нг Х. Х., Эрдджумент-Бромаж Х, Темпст П., Берд А, Рейнберг Д. (1999). «Анализ субъединиц NuRD показывает основной комплекс гистондеацетилазы и связь с метилированием ДНК». Genes Dev. 13 (15): 1924–35. Дои:10.1101 / гад.13.15.1924. ЧВК  316920. PMID  10444591.
• Нг Х. Х., Чжан Й., Хендрих Б., Джонсон К. А., Тернер Б. М., Эрдджумент-Бромаж Х., Темпст П., Рейнберг Д., Берд А. (1999). «MBD2 представляет собой репрессор транскрипции, принадлежащий гистондеацетилазному комплексу MeCP1». Nat. Genet. 23 (1): 58–61. Дои:10.1038/12659. HDL:1842/684. PMID  10471499. S2CID  6147725.
• Татэмацу К.И., Ямазаки Т., Исикава Ф. (2000). «Комплекс MBD2-MBD3 связывается с полуметилированной ДНК и образует комплекс, содержащий DNMT1 в фокусах репликации в поздней S-фазе». Гены Клетки. 5 (8): 677–88. Дои:10.1046 / j.1365-2443.2000.00359.x. PMID  10947852. S2CID  25185979.
• Боке Дж., Аммерполь О, Кегель С., Мерен Ю., Ренкавиц Р. (2001). «Домен минимальной репрессии MBD2b перекрывается с метил-CpG-связывающим доменом и напрямую связывается с Sin3A». J. Biol. Chem. 275 (45): 34963–7. Дои:10.1074 / jbc.M005929200. PMID  10950960.
• Хамфри Г.В., Ван Й., Руссанова В.Р., Хираи Т., Цинь Дж., Накатани И., Ховард Б.Х. (2001). «Стабильные гистондеацетилазные комплексы, отличающиеся наличием белков домена SANT CoREST / kiaa0071 и Mta-L1». J. Biol. Chem. 276 (9): 6817–24. Дои:10.1074 / jbc.M007372200. PMID  11102443.
• Фэн Кью, Чжан Ю (2001). «Комплекс MeCP1 подавляет транскрипцию посредством преимущественного связывания, ремоделирования и деацетилирования метилированных нуклеосом». Genes Dev. 15 (7): 827–32. Дои:10.1101 / gad.876201. ЧВК  312663. PMID  11297506.
• Секимата М., Такахаши А., Мураками-Секимата А., Хомма Y (2001). «Участие нового белка цинкового пальца, MIZF, в репрессии транскрипции за счет взаимодействия с метил-CpG-связывающим белком, MBD2». J. Biol. Chem. 276 (46): 42632–8. Дои:10.1074 / jbc.M107048200. PMID  11553631.
• Müller-Tidow C, Kügler K, Diederichs S, Klümpen S, Möller M, Vogt U, Metzger R, Schneider PM, Berdel WE, Serve H (2001). «Потеря экспрессии HDAC-рекрутирующих белков метил-CpG-связывающего домена при раке человека». Br. J. Рак. 85 (8): 1168–74. Дои:10.1054 / bjoc.2001.2041. ЧВК  2375156. PMID  11710831.
• Фэн Кью, Цао Р., Ся Л., Эрдджумент-Бромаж Х, Темпст П., Чжан И (2002). «Идентификация и функциональная характеристика компонентов p66 / p68 комплекса MeCP1». Мол. Клетка. Биол. 22 (2): 536–46. Дои:10.1128 / MCB.22.2.536-546.2002. ЧВК  139742. PMID  11756549.
• Баккер Дж, Лин Х, Нельсон В.Г. (2002). «Белок 2 связывающего домена метил-CpG подавляет транскрипцию с промоторов гена гиперметилированной глутатион-S-трансферазы pi-класса в клетках гепатоцеллюлярной карциномы». J. Biol. Chem. 277 (25): 22573–80. Дои:10.1074 / jbc.M203009200. PMID  11960994.
• Сайто М., Исикава Ф (2002). «MCpG-связывающий домен MBD3 человека не связывается с mCpG, но взаимодействует с компонентами NuRD / Mi2 HDAC1 и MTA2». J. Biol. Chem. 277 (38): 35434–9. Дои:10.1074 / jbc.M203455200. PMID  12124384.
• Детич Н, Зебердж Дж, Шиф М (2002). «Промотор-специфическая активация и деметилирование с помощью MBD2 / деметилазы». J. Biol. Chem. 277 (39): 35791–4. Дои:10.1074 / jbc.C200408200. PMID  12177048.
• Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (2002). «Два тесно связанных белка p66 составляют новое семейство мощных репрессоров транскрипции, взаимодействующих с MBD2 и MBD3». J. Biol. Chem. 277 (43): 40958–66. Дои:10.1074 / jbc.M207467200. PMID  12183469.
• Критивас А., Фудзимуро М., Вайднер М., Янг Д. Б., Хейворд С. Д. (2002). «Взаимодействия белков, нацеленные на связанный с латентностью ядерный антиген герпесвируса Капоши, связанный с саркомой, на клеточные хромосомы». Дж. Вирол. 76 (22): 11596–604. Дои:10.1128 / JVI.76.22.11596-11604.2002. ЧВК  136775. PMID  12388720.