NBEAL1 - NBEAL1

NBEAL1 - это белок, который у человека кодируется NBEAL1 ген.[1] Он находится на хромосоме 2q33.2 Homo sapiens.

Neurobeachin-подобный белок 1
Идентификаторы
СимволNBEAL1
Альт. именаALS2CR16 ALS2CR17
Ген NCBI65065
HGNC20681
OMIM609816
UniProtQ6ZS30
Прочие данные
LocusChr. 2 q33.2

Предполагается, что через различные домены этого белка функция NBEAL1 участвует в следующих клеточных механизмах: перенос везикул, мембранная динамика, передача сигналов рецептора, процессинг пре-мРНК, передача сигнала и сборка цитоскелета.[2][3][4] NBEAL1 также известен как хромосомная область 2 бокового амиоторофического склероза, ALS2CR16 и ALS2CR17.[1]

На этой идеограмме с использованием красного овала показано расположение NBEAL1 на хромосоме 2 человека.

Свойства белка

Стенограмма

В мРНК поскольку этот белок состоит из 9058 пар оснований в линейной последовательности, причем кодирующая последовательность начинается с пары оснований номер 334 и продолжается до пары оснований с номером 8418.[5] Всего переведено 56 белков. экзоны которые составляют конечную длину 2694 аминокислоты.[6] В настоящее время существует 9 известных изоформ у человека.[3]

Домены

Neurobeachin-like1 содержит пять доменов: DUF4704, DUF4800, PH_BEACH, Beach и WD40 повторы.[6]

DUF4704

DUF4704 - это область неизвестного назначения. Хотя функция этого домена неизвестна, он сохраняется в белках нейробичинов у эукариот.[4] Он начинается с аминокислоты 859 и продолжается до числа 1115.[3]

DUF4800

DUF4800 - это область неизвестного назначения. Он начинается с аминокислоты 1580 и продолжается до 1833 года.[3] Хотя его функции не охарактеризованы, они обнаруживаются у эукариот.[7]

PH_BEACH

От аминокислоты 1886 до аминокислоты 1983, этот домен называется доменом гомологии плэкстрина в домене BEACH.[8] Он имеет PH, потому что складка этого домена подобна домену PH, но не идентична последовательности канонических доменов PH. Домен PH_BEACH не может связывать фосфолипиды.[9]

пляж

Домен Beige and Chediak-Higashi (BEACH) является одним из наиболее значимых доменов в этом белке. Этот домен представляет собой высококонсервативный домен из примерно 280 аминокислот, присутствующий в девяти различных доменах BEACH человека.[10] Он расположен после домена PH_BEACH в последовательности. Хотя мало что известно о точной функции белков BDCP в домене BEACH, известно, что они служат многим целям в рамках клеточных механизмов: везикулярный транспорт, апоптоз, мембранная динамика и передача сигналов рецепторами.[10] В настоящее время это семейство белков имеет большое клиническое значение, поскольку мутации в этом домене были идентифицированы при множественных заболеваниях человека. Например, нейробичин-подобный1 активируется в глиоме: по мере увеличения патологической степени глиомы экспрессия нейробичин-подобного1 снижается.[2] В NBEAL1 это следует за доменом PH_BEACH, начиная с аминокислоты 2005 и заканчивая аминокислотой 2284.[3]

WD40

NBEAL1 имеет один WD40 домен в рамках NBEAL1. От аминокислот 2409 до 2682 находится весь домен WD40. Внутри домена от 2406 до 2439 имеется повтор структурного мотива WD40. Домен WD40 находится в ряде эукариотических белков, которые выполняют несколько функций. Они включают, но не ограничиваются ими, адаптерные / регуляторные модули в передаче сигналов, процессинге пре-мРНК и сборке цитоскелета.[3]

Характеристики

Структура

Вторичный

Предполагается, что вторичная структура NBEAL1 будет сочетанием альфа спирали, бета-листы и случайные катушки.[13]

Третичный

I-TASSER предсказал эту трехмерную структуру для аминокислот 1-1500 NBEAL1.
Предсказанная структура с помощью I-TASSER NBEAL1, аминокислоты 1501-2694.

I-TASSER использовался для предсказания трехмерной структуры NBEAL1.[14] Поскольку NBEAL1 длиннее по длине аминокислоты, чем разрешено для ввода, он был разделен пополам, чтобы предсказать структуру всего белка.

Посттрансляционные модификации

Следующий документ иллюстрирует различные посттрансляционные модификации.

Различные посттрансляционные модификации проиллюстрированы в этом концептуально аннотированном стенограмме.

Выражение

Используя профиль обилия EST через Unigene, экспрессия NBEAL1 была обнаружена на основе как участков тела, так и состояния здоровья.[15] NBEAL1 показывает экспрессию в мозге, эмбриональной ткани, глазу, кишечнике, почках, печени, легких, молочных железах, яичниках, поджелудочной железе, глотке, плаценте, простате, коже, желудке, яичках, щитовидной железе и трахее. Исходя из количества транскриптов на миллион, экспрессия наиболее высока в желудке - 62 транскрипта на миллион, за ними следуют поджелудочная железа и трахея с их транскриптами на миллион, равными 37 и 38 соответственно. Самые низкие транскрипты на миллион в головном мозге, глазах, плаценте и семенниках, всего 4 на миллион. Если посмотреть на разбивку по различным состояниям здоровья, NBEAL1 сильно экспрессируется во множественных опухолях.[15] И снова изобилие было самым высоким в опухоли желудочно-кишечного тракта, что коррелирует с высокой экспрессией NBEAL1 в желудке. Однако экспрессия NBEAL1 не наблюдается в опухоли поджелудочной железы, что может свидетельствовать о его функции в поджелудочной железе. Обилие также различается по стадиям развития, наивысшей из которых является стадия плода с 21 транскриптом на миллион, а у взрослого - 14 транскриптов на миллион.

Функция

Функция NBEAL1 еще недостаточно изучена научным сообществом. Однако, учитывая функцию различных доменов и ассоциаций болезней, предсказывается, что белок NBEAL1 может участвовать во множестве функций. На данный момент они включают, но не ограничиваются ими, белок-белковые взаимодействия, перенос везикул, динамику мембран, передачу сигналов рецептора, апоптоз, адаптерные / регуляторные модули в передаче сигнала, процессинг пре-мРНК и сборку цитоскелета.[3][2]

Клиническое значение

Этот белок был связан с NBEAL1 находятся Боковой амиотрофический склероз, Несовершеннолетних и Аденокарцинома,[1] хотя функция при этих заболеваниях еще не определена.

Гомология

Neurobeachin-like1 - это высококонсервативный белок. У него есть ортологи, обнаруженные у многих форм жизни, включая, помимо прочего, рептилий, птиц, амфибий, млекопитающих, рыб и некоторых беспозвоночных. В следующей таблице представлены некоторые ортологи, найденные при поиске в BLAST.[16] и BLAT.[17]

Научное названиеРаспространенное имяРегистрационный номерДлина последовательностиПроцент идентичности
Homo sapiensЧеловекNP_001107604.12694-
Пан троглодитыШимпанзеXP_525997.3269499
Горилла горилла гориллаЗападная равнинная гориллаXP_018878299.1269499
Mus musculusМышьNP_77560268898
Cerocebus taysУгольный ангабейXP_011903312267897
Обыкновенная волчанкаСобакаXP_545603.3269393
Ailuropoda melanoleucaГигантская пандаXP_019655126.1269393
Trichechus manatus latirostrisВест-индийский ламантинXP_004378299268293
Tursiops truncatusОбыкновенный дельфин афалинаXP_019794654.1268292.7
Eptesicus cuscusБольшая коричневая летучая мышьXP_008144758.1272292
Зонотрихия альбиколлисБелый горловой воробейXP_014120514.1270780
Gallus gallusКурицаXP_004942730.1272578.7
Питон биваттатусБирманский питонXP_007422078.1268779
Xenopus tropicalisЗападная когтистая лягушкаXP_012826463.1268774
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призракXP_007888887.1274970.2
Данио РериоДаниоXP_009300392272366.3
Осьминог бимакулоидныйКалифорнийский двухточечный осьминогXP_014777916.1258441.2
Дафния великаяПланктонное ракообразноеKZS037292734

34.4

Drosophila busckiiПлодовая мухаXP_017842328.1272234
Это неукорененное филогенетическое дерево, созданное Biology Workbench,[18] иллюстрирует эволюцию NBEAL1.

Паралоги

Согласно GeneCards, NBEAL1 имеет несколько паралогов: NBEAL2, WDFY3, NBEA, LRBA, Регулятор лизосомального трафика (LYST) и WDFY3.[19] В таблице ниже представлены паралоги NBEAL1.

Имя ГенаРазновидностьРегистрационный номерДлина последовательностиПроцент идентичности
NBEAL2Homo sapiensNP_055990275446
NBEAHomo sapiensNP_056483.3294622.8
LRBAHomo sapiensNP_996717.2286322.5
WDFY3Homo sapiensXP_016863397.1354421.8
LYSTHomo sapiensNP_001288294.1380119.3
Используя Biology Workbench, было выполнено выравнивание множественных последовательностей, чтобы проиллюстрировать высококонсервативные аспекты NBEAL1 у близких ортологов к homo sapiens ген.

Рекомендации

  1. ^ а б c База данных, генокарты Human Gene. "Ген NBEAL1 - Генные карты | Белок NBEL1 | Антитело NBEL1". www.genecards.org. Получено 2017-02-03.
  2. ^ а б c Chen J, Lu Y, Xu J, Huang Y, Cheng H, Hu G, Luo C, Lou M, Cao G, Xie Y, Ying K (июнь 2004 г.). «Идентификация и характеристика NBEAL1, нового гена человеческого нейробичиноподобного белка 1 из головного мозга плода, который активируется в глиоме». Исследование мозга. Молекулярное исследование мозга. 125 (1–2): 147–55. Дои:10.1016 / j.molbrainres.2004.02.022. PMID  15193433.
  3. ^ а б c d е ж грамм "Homo sapiens NBEAL1 - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-24.
  4. ^ а б de Souza N, Vallier LG, Fares H, Greenwald I (февраль 2007 г.). «SEL-2, гомолог нейробичина / LRBA C. elegans, является негативным регулятором активности lin-12 / Notch и влияет на эндосомный трафик в поляризованных эпителиальных клетках». Разработка. 134 (4): 691–702. Дои:10.1242 / dev.02767. PMID  17215302.
  5. ^ «Нейробичин, подобный 1 (NBEAL1), мРНК - нуклеотид - NCBI» человека (Homo sapiens). www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-24.
  6. ^ а б «нейробичиноподобный белок 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-24.
  7. ^ "Pfam: Семейство: DUF4800 (PF16057)". pfam.xfam.org. Получено 2017-04-23.
  8. ^ "NCBI CDD консервативный домен белка PH_BEACH". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-27.
  9. ^ Гебауэр Д., Ли Дж., Джогл Дж., Шен Ю., Мышка Д. Г., Тонг Л. (ноябрь 2004 г.). «Кристаллическая структура доменов PH-BEACH человеческого LRBA / BGL». Биохимия. 43 (47): 14873–80. Дои:10.1021 / bi049498y. PMID  15554694.
  10. ^ а б Cullinane AR, Schäffer AA, Huizing M (июль 2013 г.). «ПЛЯЖ жаркий: СПИСОК новых ролей белков, содержащих домен BEACH, в развитии болезней человека». Трафик. 14 (7): 749–66. Дои:10.1111 / tra.12069. ЧВК  3761935. PMID  23521701.
  11. ^ Крамер, Джек (1990). "Молекулярный вес".[постоянная мертвая ссылка ]
  12. ^ Накаи и Хортон (1997). «ПСОРТII». PSORT.
  13. ^ "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Главная". www.expasy.org. Получено 2017-04-25.
  14. ^ «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2017-04-30.
  15. ^ а б Группа, Шулер. "Профиль EST - Hs.648846". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-06.
  16. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-04-22.
  17. ^ «Часто задаваемые вопросы о браузере Genome». genome.ucsc.edu. Получено 2017-04-22.
  18. ^ Верстак, NCSA Biology. "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu. Архивировано из оригинал на 2003-08-11. Получено 2017-05-07.
  19. ^ База данных, генокарты Human Gene. "Ген NBEAL1 - Генные карты | Белок NBEL1 | Антитело NBEL1". www.genecards.org. Получено 2017-02-20.

дальнейшее чтение

  • Хадано С., Хэнд СК, Осуга Х, Янагисава Ю., Отомо А., Девон Р.С., Миямото Н., Шоугути-Мията Дж., Окада Ю., Сингараджа Р., Фиглевич Д.А., Квятковски Т., Хослер Б.А., Саги Т., Скауг Дж., Насир Дж. Brown RH, Scherer SW, Rouleau GA, Hayden MR, Ikeda JE (октябрь 2001 г.). «Ген, кодирующий предполагаемый регулятор ГТФазы, мутирован при семейном боковом амиотрофическом склерозе 2». Природа Генетика. 29 (2): 166–73. Дои:10.1038 / ng1001-166. PMID  11586298. S2CID  52828189.
  • Chen J, Lu Y, Xu J, Huang Y, Cheng H, Hu G, Luo C, Lou M, Cao G, Xie Y, Ying K (июнь 2004 г.). «Идентификация и характеристика NBEAL1, нового гена человеческого нейробичиноподобного белка 1 из головного мозга плода, который активируется в глиоме». Исследование мозга. Молекулярное исследование мозга. 125 (1–2): 147–55. Дои:10.1016 / j.molbrainres.2004.02.022. PMID  15193433.