NEK9 - NEK9 - Wikipedia

NEK9
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3ZKE, 3ZKF
Идентификаторы
Псевдонимы	NEK9, NERCC, NERCC1, Nek8, киназа 9, родственная NIMA, APUG, LCCS10, NC
Внешние идентификаторы	OMIM: 609798 MGI: 2387995 ГомолоГен: 13222 Генные карты: NEK9
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 14 (человек)[1] Группа 14q24.3 Начинать 75,079,353 бп[1] Конец 75,127,344 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 12 (мышь)[2] Группа 12 | 12 D1 Начинать 85,299,514 бп[2] Конец 85,339,362 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • трансферазная активность • связывание нуклеотидов • активность протеинкиназы • связывание ионов металлов • киназная активность • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание АТФ • связывание протеинкиназы • активность протеин-серин / треонинкиназы Сотовый компонент • цитозоль • ядро клетки • цитоплазма • центросома Биологический процесс • фосфорилирование • деление клеток • разборка митотической ядерной оболочки • клеточный цикл • фосфорилирование белков Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	91754	217718
Ансамбль	ENSG00000119638	ENSMUSG00000034290
UniProt	Q8TD19	Q8K1R7
RefSeq (мРНК)	NM_033116 NM_001329237 NM_001329238	NM_145138
RefSeq (белок)	NP_001316166 NP_001316167 NP_149107	NP_660120
Расположение (UCSC)	Chr 14: 75.08 - 75.13 Мб	Chr 12: 85,3 - 85,34 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Серин / треонин-протеинкиназа Nek9 является фермент что у людей кодируется NEK9 ген.^[5][6]

Взаимодействия

NEK9 был показан взаимодействовать с:

• NEK6,^[7][8][9]
• РАН,^[9] и
• SSRP1.^[10]

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции NEK9. Условный нокаутирующая мышь линия называется Нек9^{tm1a (EUCOMM) Wtsi} был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.^[11] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг^[12] для определения последствий удаления.^{[13][14][15][16]} Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование^[17]

Нек9 нокаутный фенотип мыши

Характеристика	Фенотип
Все данные доступны на сайте.[12][17]	Лейкоциты периферической крови 6 недель	Нормальный
Инсулин	Нормальный
Гематология 6 недель	Нормальный
Гомозиготная жизнеспособность на P14	Аномальный
Рецессивный смертельное исследование	Аномальный
Масса тела	Нормальный
Неврологический осмотр	Нормальный
Сила захвата	Нормальный
Дисморфология	Нормальный
Косвенная калориметрия	Нормальный
Тест толерантности к глюкозе	Нормальный
Слуховой ответ ствола мозга	Нормальный
DEXA	Нормальный
Рентгенография	Нормальный
Морфология глаза	Нормальный
Клиническая химия	Нормальный
Гематология 16 недель	Нормальный
Лейкоциты периферической крови 16 недель	Нормальный
Вес сердца	Нормальный
Сальмонелла инфекция	Нормальный
Функция цитотоксических Т-клеток	Нормальный
Иммунофенотипирование селезенки	Нормальный
Иммунофенотипирование мезентериальных лимфатических узлов	Нормальный
Иммунофенотипирование костного мозга	Нормальный
Состав эпидермального иммунитета	Нормальный

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000119638 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034290 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Holland PM, Milne A, Garka K, Johnson RS, Willis C, Sims JE, Rauch CT, Bird TA, Virca GD (май 2002 г.). «Очистка, клонирование и характеристика Nek8, новой киназы, связанной с NIMA, и ее кандидата в субстрат Bicd2». Журнал биологической химии. 277 (18): 16229–40. Дои:10.1074 / jbc.M108662200. PMID  11864968.
6. «Ген Entrez: NEK9 NIMA (никогда в митозе ген а) - родственная киназа 9».
7. Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3: 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
8. Belham C, Roig J, Caldwell JA, Aoyama Y, Kemp BE, Comb M, Avruch J (сентябрь 2003 г.). «Митотический каскад киназ семейства NIMA. Nercc1 / Nek9 активирует киназы Nek6 и Nek7». Журнал биологической химии. 278 (37): 34897–909. Дои:10.1074 / jbc.M303663200. PMID  12840024.
9. Ройг Дж., Михайлов А., Белхам С., Авруч Дж. (Июль 2002 г.). «Nercc1, киназа семейства NIMA млекопитающих, связывает Ran GTPase и регулирует митотическую прогрессию». Гены и развитие. 16 (13): 1640–58. Дои:10.1101 / gad.972202. ЧВК  186374. PMID  12101123.
10. Тан BC, Ли SC (март 2004 г.). «Nek9, новый белок, ассоциированный с FACT, модулирует межфазную прогрессию». Журнал биологической химии. 279 (10): 9321–30. Дои:10.1074 / jbc.M311477200. PMID  14660563.
11. Гердин А.К. (2010). «Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x.
12. «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
13. Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
14. Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
15. Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Ячейка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247.
16. Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс Н. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Ячейка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК  3717207. PMID  23870131.
17. «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».

дальнейшее чтение

• Pelka P, Scimè A, Mandalfino C, Joch M, Abdulla P, Whyte P (июль 2007 г.). «Белки аденовируса E1A направляют субклеточное перераспределение Nek9, киназы, связанной с NimA». Журнал клеточной физиологии. 212 (1): 13–25. Дои:10.1002 / jcp.20983. PMID  17443675.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
• Wissing J, Jänsch L, Nimtz M, Dieterich G, Hornberger R, Kéri G, Wehland J, Daub H (март 2007 г.). «Протеомический анализ протеинкиназ с помощью селективного по целевым классам префракционирования и тандемной масс-спектрометрии» (PDF). Молекулярная и клеточная протеомика. 6 (3): 537–47. Дои:10.1074 / mcp.T600062-MCP200. PMID  17192257.
• Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мацек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983.
• Бауэрс А.Дж., Бойлан Дж.Ф. (март 2004 г.). «Nek8, член киназы семейства NIMA, сверхэкспрессируется в первичных опухолях груди человека». Ген. 328: 135–42. Дои:10.1016 / j.gene.2003.12.002. PMID  15019993.
• Тан BC, Ли SC (март 2004 г.). «Nek9, новый белок, ассоциированный с FACT, модулирует межфазную прогрессию». Журнал биологической химии. 279 (10): 9321–30. Дои:10.1074 / jbc.M311477200. PMID  14660563.
• Belham C, Roig J, Caldwell JA, Aoyama Y, Kemp BE, Comb M, Avruch J (сентябрь 2003 г.). «Митотический каскад киназ семейства NIMA. Nercc1 / Nek9 активирует киназы Nek6 и Nek7». Журнал биологической химии. 278 (37): 34897–909. Дои:10.1074 / jbc.M303663200. PMID  12840024.
• Ройг Дж., Михайлов А., Белхам С., Авруч Дж. (Июль 2002 г.). «Nercc1, киназа семейства NIMA млекопитающих, связывает Ran GTPase и регулирует митотическую прогрессию». Гены и развитие. 16 (13): 1640–58. Дои:10.1101 / gad.972202. ЧВК  186374. PMID  12101123.
• Охара О., Нагасе Т., Мицуи Дж., Кохга Х., Кикуно Р., Хираока С., Такахаши Ю., Китадзима С., Сага Ю., Косеки Х. (апрель 2002 г.). «Характеристика фракционированных по размеру библиотек кДНК, созданных с помощью метода рекомбинации in vitro». ДНК исследования. 9 (2): 47–57. Дои:10.1093 / dnares / 9.2.47. PMID  12056414.