NME4 - NME4

NME4
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1EHW
Идентификаторы
Псевдонимы	NME4, NDPK-D, NM23H4, nm23-H4, NME / NM23 нуклеозиддифосфаткиназа 4
Внешние идентификаторы	OMIM: 601818 MGI: 1931148 ГомолоГен: 3673 Генные карты: NME4
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16p13.3 Начинать 396,725 бп[1] Конец 410,367 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 | 17 A3.3 Начинать 26,091,734 бп[2] Конец 26,095,602 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание ионов металлов • связывание липидов • связывание нуклеотидов • трансферазная активность • киназная активность • Связывание АТФ • GO: 0001948 связывание с белками • активность нуклеозид дифосфаткиназы • связывание кардиолипина Сотовый компонент • митохондриальный матрикс • мембрана • митохондриальная внутренняя мембрана • митохондрия • внутриклеточный • митохондриальное межмембранное пространство Биологический процесс • взаимное превращение малых молекул, содержащих азотистые основания • нуклеозидный метаболический процесс • фосфорилирование нуклеозид дифосфата • Биосинтетический процесс GTP • Биосинтетический процесс UTP • Процесс биосинтеза CTP • нуклеотидный метаболический процесс • фосфорилирование • регуляция апоптотического процесса • липидный транспорт Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	4833	56520
Ансамбль	ENSG00000103202	ENSMUSG00000024177
UniProt	O00746	Q9WV84
RefSeq (мРНК)	NM_005009 NM_001286433 NM_001286435 NM_001286436 NM_001286438 NM_001286439 NM_001286440	NM_019731
RefSeq (белок)	NP_001273362 NP_001273364 NP_001273365 NP_001273367 NP_001273368 NP_001273369 NP_005000	NP_062705
Расположение (UCSC)	Chr 16: 0,4 - 0,41 Мб	Chr 17: 26.09 - 26.1 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Неметастатические клетки 4, белок экспрессируется в, также известный как NME4, это белок который у человека кодируется NME4 ген.^[5][6]

Функция

В нуклеозид дифосфат (NDP) киназы (EC 2.7.4.6) - это широко распространенные ферменты, которые катализируют перенос гамма-фосфаты, через промежуточный фосфогистидин, между нуклеозид и диоксинуклеозид три- и дифосфаты. Ферменты являются продуктами семейства генов nm23, которое включает NME4. Первый ген nm23, nm23-H1 (NME1 ), был выделен на основании его пониженной экспрессии в линии клеток меланомы мышей с высоким уровнем метастазов и предположительно является геном, подавляющим метастазы. Человеческий эквивалент был получен путем скрининга библиотеки кДНК с использованием мышиного гена в качестве зонда, и было обнаружено, что он гомологичен гену awd дрозофилы. Второй ген человека, nm23-H2 (NME2 ), кодирующий белок, на 88% идентичный белку nm23-H1, был впоследствии выделен. Оба гена были локализованы на 17q21.3, и их генные продукты ранее идентифицировались как субъединицы A и B киназ NDP. У млекопитающих функциональные киназы NDP представляют собой гетерогексамеры мономеров A и B, которые могут объединяться в различных соотношениях с образованием различных типов гибридов.^[6] Эти ферменты высоко экспрессируются в опухолях по сравнению с нормальными тканями. В некоторых клеточных линиях и в некоторых солидных опухолях снижение экспрессии NME1 связано с повышенным метастатическим потенциалом; кроме того, при трансфекции в очень агрессивные клеточные линии, такие как карцинома груди человека, NME1 снижает метастатический потенциал. Третий ген человека, DR-nm23 (NME3 ), было идентифицировано и обнаружено, что они имеют высокое сходство последовательностей с генами NME1 и NME2. Он сильно выражен при переходе к бластному кризу хронического миелоидного лейкоза. При сверхэкспрессии трансфекцией NME3 подавлял дифференцировку гранулоцитов и индуцировал апоптоз миелоидных клеток-предшественников.^[5]

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции NME4. Условный нокаутирующая мышь линия называется Nme4^{tm1a (EUCOMM) Wtsi} был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.^[7] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг^[8] для определения последствий удаления.^{[9][10][11][12]} Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование^[13]

Nme4 нокаутный фенотип мыши

Характеристика	Фенотип
Все данные доступны на сайте.[8][13]
Инсулин	Нормальный
Гомозиготная жизнеспособность на P14	Нормальный
Гомозиготная фертильность	Нормальный
Масса тела	Нормальный
Неврологический осмотр	Нормальный
Сила захвата	Нормальный
Дисморфология	Нормальный
Косвенная калориметрия	Нормальный
Тест толерантности к глюкозе	Нормальный
Слуховой ответ ствола мозга	Нормальный
DEXA	Нормальный
Рентгенография	Нормальный
Морфология глаза	Нормальный
Клиническая химия	Нормальный
Гематология 16 недель	Нормальный
Лейкоциты периферической крови 16 недель	Нормальный
Сальмонелла инфекционное заболевание	Нормальный

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000103202 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024177 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: неметастатические клетки NME4 4, белок экспрессируется в».
6. Милон Л., Руссо-Мерк М.Ф., Мунье А., Эрент М., Ласку И., Капо Дж., Лакомб М.Л. (апрель 1997 г.). «nm23-H4, новый член семейства человеческих генов nm23 / нуклеозиддифосфаткиназы, локализованных на хромосоме 16p13». Генетика человека. 99 (4): 550–7. Дои:10.1007 / s004390050405. PMID  9099850. S2CID  8408840.
7. Гердин А.К. (2010). «Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
8. «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
9. Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
10. Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
11. Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
12. Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс Н. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК  3717207. PMID  23870131.
13. «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».

дальнейшее чтение

• Boissan M, Dabernat S, Peuchant E, Schlattner U, Lascu I, Lacombe ML (сентябрь 2009 г.). «Семейство млекопитающих Nm23 / NDPK: от контроля метастазов до движения ресничек». Молекулярная и клеточная биохимия. 329 (1–2): 51–62. Дои:10.1007 / s11010-009-0120-7. PMID  19387795. S2CID  20697866.
• Милон Л., Мейер П., Чиадми М., Мунье А., Йоханссон М., Карлссон А., Ласку И., Капо Дж., Джанин Дж., Лакомб М.Л. (май 2000 г.). «Продукт гена nm23-H4 человека представляет собой митохондриальную нуклеозиддифосфаткиназу». Журнал биологической химии. 275 (19): 14264–72. Дои:10.1074 / jbc.275.19.14264. PMID  10799505.
• Дэниэлс Р.Дж., Педен Дж.Ф., Ллойд С., Хорсли С.В., Кларк К., Туфарелли С., Кирни Л., Бакл В.Дж., Доггетт Н.А., Флинт Дж., Хиггс Д.Р. (февраль 2001 г.). «Последовательность, структура и патология полностью аннотированного терминала 2 Mb короткого плеча хромосомы 16 человека». Молекулярная генетика человека. 10 (4): 339–52. Дои:10.1093 / hmg / 10.4.339. PMID  11157797.
• Ковлуру А., Таннус М., штаб-квартира Чена (февраль 2002 г.). «Локализация и характеристика митохондриальной изоформы нуклеозиддифосфаткиназы в бета-клетках поджелудочной железы: доказательства ее комплексообразования с митохондриальной сукцинил-КоА-синтетазой». Архивы биохимии и биофизики. 398 (2): 160–9. Дои:10.1006 / abbi.2001.2710. PMID  11831846.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Берриз Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.