PRR32 - PRR32

PRR32
Идентификаторы
Псевдонимы	PRR32, CXorf64, богатый пролином 32, открытая рамка считывания 64 хромосомы x, Cxorf33
Внешние идентификаторы	MGI: 1916050 ГомолоГен: 90132 Генные карты: PRR32
Расположение гена (человек)
Chr.	Х-хромосома (человек)
Конец	126,821,786 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Х-хромосома (мышь)
Конец	45,092,791 бп
Ортологи
	100130613
	68800
	ENSG00000183631
	ENSMUSG00000037086
	B1ATL7
	A2AFE9
	NM_001122716
	NM_026841
	NP_001116188
	NP_081117
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

PRR32 это белок что у людей кодируется CXorf64 (Хромосома X Открытая рамка чтения 64) ген. Также было обнаружено, что гомологи гена PRR32 сохраняется в шимпанзе, Обезьяна-резус, собака, корова, мышь и крыса. Также с помощью ncbi было обнаружено, что 82 организма имеют ортологи с человеческим геном PRR323.^[5]

PRR32 (CXorf64), по-видимому, связан с группой генов, сверхэкспрессированных при БАС (Боковой амиотрофический склероз ), что явствует из исследования, направленного на изучение экспрессия гена паттерны в мышцах пациентов с боковым амиотрофическим склерозом и мультифокальная моторная нейропатия.^[6]

Ген

Ген расположен на хромосоме X в положении Xq25 и имеет длину 2023 основания (что значительно меньше по сравнению с другими генами). Он расположен на антисмысловой (+) цепи. Как показано на рисунке ниже, он обрамлен входящим по потоку DKAF12l1, показанным зеленым слева, и ниже по потоку LOC10. CXorf64 - это синий столбец, показанный посередине.^[7]

Рисунок 1 - Иллюстрация геномного контекста для CXorf64. Этот сегмент изображает приблизительно 1 200 000 пар оснований хромосомы 10. Зеленые линии показывают начало транскрипции, а красные ромбы указывают на окончание транскрипции. CXorf64 транскрибируется в направлении, противоположном его фланкирующим генам.

Стенограмма

CXorf64 имеет 1 экзон, который в конечном итоге образует 1 вариант транскрипта. Этот ген больше всего экспрессируется в мышечной ткани. Нет известных изоформ, в которых экспрессируется CXorf64.^[8]

Протеин

Общие свойства

Свойство	Расщепленный белок	Зрелый белок
Аминокислота Длина	298	298
Изоэлектрическая точка	7.34	~7.2-7.4
Молекулярный вес	31,9 кДа	~ 31,9-33 кДа

Структура

Справа показана предсказанная третичная структура белка. Он отмечен длинными альфа-спиралями, расположенными на конце белка напротив N- и C-концевых концов.

Прогнозируемая третичная структура PRR32, созданная программным обеспечением. На основе белковой матрицы, покрывающей 80% белковой последовательности с 96% идентичностью.

Выражение

Согласно анализу экспрессии в тканях NCBI GEO, проведенному с помощью микроматрицы, ген CXorf64 имеет средние уровни экспрессии в большинстве тканей, за исключением простаты, сердца, жира и эндометрия, которые имеют относительно низкие уровни экспрессии (~ 25-й процентиль экспрессии тканевого гена). . Почти каждое исследование микроматрицы определяло очень низкие уровни экспрессии генов во всех оцениваемых тканях. Эти данные побудили к дальнейшему анализу с помощью других инструментов. Хотя в Атласе мозга Аллена или гене-раскраске не было проведено никакого анализа тканей, Атлас человеческого белка предполагал, что этот ген более высоко экспрессируется в сердце, простате, а также в жировой ткани.

Данные выражения NCBI. Это исследование с помощью микроматрицы RNA-seq было выполнено на образцах тканей 95 человек, представляющих 27 различных тканей, для определения тканеспецифичности всех генов, кодирующих белок.^[9]

(Эмбриональное переднее и заднее небо). Это исследование показало, что уровень экспрессии гена заднего неба был намного выше, чем уровень экспрессии гена переднего неба. Процентили экспрессии генов в заднем небе составляли в среднем около 75%, в то время как в переднем небе экспрессия генов находилась на 25-м перцентиле.^[10]

Субсотовое расположение

Он синтезируется в цитоплазме клетки и, по прогнозам, локализуется в митохондриях. Предполагается, что он будет локализоваться в ядре, плазматической мембране, внеклеточной среде, митохондриях, пероксисоме и цитозоле.

Субклеточное расположение PRR32.^[11]

Посттрансляционная модификация

N-связанное гликозилирование

Было обнаружено, что существует несколько посттрансляционных модификаций, которые выполняются на PRR32. К ним относятся несколько сайтов N-связанного гликозилирования, которые были предсказаны с высокой достоверностью. Гликозилирование как известно, играет роль в межклеточной адгезии («механизм, используемый клетками иммунной системы») через связывающие сахар белки. На графике показаны предполагаемые сайты N-гликемии по всей цепи белка (ось абсцисс представляет длину белка от N- до C-конца). Позиция с потенциалом (вертикальные линии), пересекающим порог (горизонтальная линия на 0,5), предсказывается гликозилированной.^[12]

Сайты гликозилирования PRR32.^[13]

Гомология и эволюция

Список ортологов был сгенерирован с использованием взрыва NCBI (белка) для PRR32, а также BLAT (BLAST-Like Alignment Tool) UCSC. Эти поисковые и анализирующие механизмы генерировали ортологи длиной 80+. Затем этот список был сужен до списка 30 различных видов. Из этих 30 видов они были разделены на определенные части. Первыми были выбраны приматы, так как они являются ближайшими родственными видами, когда дело доходит до генетики. Сходство, полученное при сравнении с людьми, составляло примерно 95-99 %. Затем, используя опцию редактирования и повторной отправки в Blast (белки), я исключил всех приматов, чтобы расширить выбор видов. Поиск BLAST снова дал много млекопитающих, включая кролика, собаку, хорька, носорога и многих других. Эти виды 'процент сходства был где-то между 69% -89%. Затем, чтобы еще больше разнообразить выбор видов, снова используя тот же метод, я исключил всех млекопитающих из секвенирования BLAST. На этот раз в запросе не было абсолютно никаких совпадений. T его действие было повторено еще несколько раз, и кажется, что ген PRR32 актуален только для млекопитающих. В таблице Google, созданной ниже, перечислены выбранные виды и вся важная информация, такая как порядок, год дивергенции и т. Д. Следует отметить, что белковые последовательности PRR32 были высоко консервативными среди близкородственных видов Homo sapiens Такие как шимпанзе, гориллы и орангутаны.

Клиническое значение

Боковой амиотрофический склероз

В эксперименте анализировался паттерн экспрессии генов в мышцах пациентов с боковым амиотрофическим склерозом (БАС) и мультифокальной моторной невропатией (ММН) по сравнению с контрольной группой. Из биопсированных скелетных мышц трех субъектов с БАС, трех субъектов с MMN и трех контрольных субъектов извлекали общую РНК и подвергали полногеномному анализу экспрессии генов с использованием массива Affymetrix GeneChip Exon 1.0 ST. Наиболее значимые различия в паттернах экспрессии были подтверждены с помощью ОТ-ПЦР у четырех дополнительных пациентов с БАС. Результаты показали, что более 3000 генов были идентифицированы в группах с использованием q <10%. Среди 50 генов, которые были сверхэкспрессированы только в группе ALS, были: богатая лейцином повторная киназа-2, фоллистатин, коллаген типа XIX альфа-1, церамидкиназа-подобная, сестрин-3 и CXorf64. Только в MMN не было выявлено значительной сверхэкспрессии генов. Гены с недостаточной экспрессией только при БАС включали актинин αα3, фруктозо-1,6-бисфосфатазу-2 и гомеобокс C10; тогда как только в MMN: гемоглобин A1 и CXorf64. Домен-1 анкиринового повтора был сверхэкспрессирован в обеих группах. К недоэкспрессированным генам в обеих группах относятся киназа легкой цепи миозина-2, енолаза-3 и 6-фосфофрукто-2-киназа / фруктозо-2,6-бифосфатаза-1. Проверочный анализ с использованием ОТ-ПЦР подтвердил данные для киназы-2 с высоким содержанием лейцина, фоллистатина, коллагена типа XIX альфа-1, церамидкиназы, сестрин-3 и CXorf64. В заключение, существует дифференциальная экспрессия тканеспецифических генов у пациентов с БАС по сравнению с MMN и контролем. Необходимы дальнейшие исследования для оценки идентифицированных генов у больших групп пациентов и различных тканей.