PSIP1 - PSIP1

PSIP1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1Z9E, 2B4J, 2М16, 2MSR, 2МТН, 2N3A, 3Ф9К, 3HPG, 3 л.с., 3U88, 3ZEH, 4FU6
Идентификаторы
Псевдонимы	PSIP1, DFS70, LEDGF, PAIP, PSIP2, p52, p75, PC4 и SFRS1 взаимодействующий белок 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 603620 MGI: 2142116 ГомолоГен: 13242 Генные карты: PSIP1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 9 (человек)[1] Группа 9п22.3 Начните 15,464,066 бп[1] Конец 15,510,995 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 4 (мышь)[2] Группа 4 | 4 C3 Начните 83,455,680 бп[2] Конец 83,486,459 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции • связывание хроматина • активация связывания фактора транскрипции • GO: 0001948 связывание с белками • сверхспиральное связывание ДНК • Связывание РНК Сотовый компонент • цитозоль • ядерная периферия • нуклеоплазма • ядерный гетерохроматин • ядрышко • транскрипционно активный хроматин • ядро клетки Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • реакция на жару • ответ на окислительный стресс • транскрипция, ДНК-шаблон • установление интегрированной провирусной задержки • Распознавание сайта 5'-сплайсинга мРНК • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • GO: 0022415 вирусный процесс • ядерный транспорт Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	11168	101739
Ансамбль	ENSG00000164985	ENSMUSG00000028484
UniProt	O75475	Q99JF8
RefSeq (мРНК)	NM_001128217 NM_021144 NM_033222 NM_001317898 NM_001317900	NM_001290527 NM_133948 NM_001347143 NM_001355203
RefSeq (белок)	NP_001121689 NP_001304827 NP_001304829 NP_066967 NP_150091	NP_001277456 NP_001334072 NP_598709 NP_001342132
Расположение (UCSC)	Chr 9: 15.46 - 15.51 Мб	Chr 4: 83.46 - 83.49 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

PC4 и SFRS1 взаимодействующий белок 1, также известный как фактор роста, полученный из эпителия хрусталика (LEDGF / p75), плотный мелкодисперсный белок 70 кДа (DFS 70) или коактиватор транскрипции p75 / p52, представляет собой белок что у людей кодируется PSIP1 ген.^[5][6]

Функция

PSIP1 не был четко связан со специфическим клеточным механизмом. Термин LEDGF / p75 (фактор роста, происходящий из эпителия хрусталика) вошел в широкое употребление на основе первоначальной характеристики PSIP1, однако это неправильное название, поскольку белок присутствует в большинстве тканей и не играет прямой роли в развитии эпителия хрусталика. . LEDGF / p75, транскрипция коактиватор, получил известность как принимающий фактор, способствующий интеграции ВИЧ^[7] и это, вероятно, единственный интерактор интегразы, нокдаун которого серьезно влияет на уровни интеграции ВИЧ.^[8][9][10] Взаимодействие между ВИЧ интегрировать а человеческий LEDGF / p75 является многообещающей мишенью для открытия лекарств против ВИЧ.^[11] LEDGF / p75 рекрутирует комплексы MLL к генам HOX, чтобы регулировать их экспрессию.^[12] Показано, что LEDGF / p52 рекрутирует факторы сплайсинга в триметилированный хроматин H3K36 для модуляции альтернативного сплайсинга,^[13] также регулирует HOTTIP днРНК, который, как показано, регулирует гены HOX в снг.^[14]

Структура

LEDGF / p75 представляет собой белок размером 60 кДа, состоящий из 530 аминокислот.^[15] N-концевая часть белка состоит из домена PWWP, a последовательность ядерной локализации, и две копии AT-крюк ДНК-связывающий мотив. С-концевой участок LEDGF / p75 содержит структуру, называемую связывающим интегразу доменом,^[16] который взаимодействует с лентивирусный белки интегразы, а также многочисленные клеточные белки. N-концевая часть сильно взаимодействует с хроматин, что делает LEDGF / p75 конститутивно ядерным белком. Изоформа белка LEDGF / p52 продуцируется альтернативное сращивание. LEDGF / p52 разделяет N-концевые 325 аминокислот LEDGF / p75, но не имеет связывающего интегразу домена.

Взаимодействия

PSIP1 был показан взаимодействовать с белками ASF / SF2, JPO2, Cdc7-Dbf4 и ПОГЗ так же хорошо как Menin /MLL белковый комплекс.^[17][18]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000164985 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028484 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: PSIP1 PC4 и SFRS1 взаимодействующий белок 1».
6. Сингх Д.П., Кимура А., Чайлак Л.Т., Шинохара Т. (январь 2000 г.). «Фактор роста, происходящий из эпителия хрусталика (LEDGF / p75), и р52 получены из одного гена путем альтернативного сплайсинга». Ген. 242 (1–2): 265–73. Дои:10.1016 / S0378-1119 (99) 00506-5. PMID  10721720.
7. Черепанов П., Мартенс Г., Проост П., Девриз Б., Ван Бьюмен Дж., Энгельборгс Ю., Де Клерк Е., Дебизер З. (январь 2003 г.). «Интеграза ВИЧ-1 образует стабильные тетрамеры и связывается с белком LEDGF / p75 в клетках человека». J. Biol. Chem. 278 (1): 372–81. Дои:10.1074 / jbc.M209278200. PMID  12407101.
8. Vandekerckhove L, Christ F, Van Maele B, De Rijck J, Gijsbers R, Van den Haute C, Witvrouw M, Debyser Z (февраль 2006 г.). «Временный и стабильный нокдаун кофактора интегразы LEDGF / p75 показывает его роль в цикле репликации вируса иммунодефицита человека». Дж. Вирол. 80 (4): 1886–96. Дои:10.1128 / JVI.80.4.1886-1896.2006. ЧВК  1367129. PMID  16439544.
9. Шун М.К., Рагхавендра Н.К., Вандеграфф Н., Дайгл Дж. Э., Хьюз С., Келлам П., Черепанов П., Энгельман А. (июль 2007 г.). «LEDGF / p75 функционирует ниже по течению от образования прединтеграционного комплекса, чтобы влиять на ген-специфическую интеграцию ВИЧ-1». Genes Dev. 21 (14): 1767–78. Дои:10.1101 / gad.1565107. ЧВК  1920171. PMID  17639082.
10. Ллано М., Саенс Д.Т., Михан А., Вонгтида П., Перец М., Уокер В.Х., Тео В., Поешла Е.М. (октябрь 2006 г.). «Важная роль LEDGF / p75 в интеграции ВИЧ». Наука. 314 (5798): 461–4. Bibcode:2006Научный ... 314..461Л. Дои:10.1126 / наука.1132319. PMID  16959972. S2CID  24756699.
11. Крист Ф., Воет А., Маршан А., Николет С., Десимми Б. А., Маршан Д., Бардиот Д., Ван дер Векен Н. Дж., Ван Ремоортель Б., Стрелков С. В., Де Майер М., Чалтин П., Дебизер З. (июнь 2010 г.). «Рациональный дизайн низкомолекулярных ингибиторов взаимодействия LEDGF / p75-интегразы и репликации ВИЧ». Nat. Chem. Биол. 6 (6): 442–8. Дои:10.1038 / nchembio.370. PMID  20473303.
12. Pradeepa, Madapura M .; Grimes, Graeme R .; Тейлор, Джиллиан С. А .; Сазерленд, Хайди Дж .; Бикмор, Венди А. (18.08.2014). «Psip1 / Ledgf p75 сдерживает экспрессию гена Hox за счет привлечения белков группы триторакса и поликомб». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (14): 9021–9032. Дои:10.1093 / нар / gku647. ISSN  0305-1048. ЧВК  4132756. PMID  25056311.
13. Pradeepa, Madapura M .; Сазерленд, Хайди Дж .; Уле, Джерней; Grimes, Graeme R .; Бикмор, Венди А. (17 мая 2012 г.). «Psip1 / Ledgf p52 связывает метилированный гистон H3K36 и факторы сплайсинга и способствует регулированию альтернативного сплайсинга». PLOS Genetics. 8 (5): e1002717. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002717. ISSN  1553-7404. ЧВК  3355077. PMID  22615581.
14. Pradeepa, Madapura M .; Маккенна, Фионнуала; Тейлор, Джиллиан С. А .; Бенгани, Хемант; Grimes, Graeme R .; Вуд, Эндрю Дж .; Бхатия, Шипра; Бикмор, Венди А. (2017-04-06). «Psip1 / p52 регулирует задние гены Hoxa посредством активации днРНК Hottip». PLOS Genetics. 13 (4): e1006677. Дои:10.1371 / journal.pgen.1006677. ISSN  1553-7404. ЧВК  5383017. PMID  28384324.
15. Ллано М., Моррисон Дж., Poeschla EM (2009). «Вирусологические и клеточные роли транскрипционного коактиватора LEDGF / p75». Взаимодействие ВИЧ с белками клетки-хозяина. Curr. Верхний. Microbiol. Иммунол. Актуальные темы микробиологии и иммунологии. 339. С. 125–46. Дои:10.1007/978-3-642-02175-6_7. ISBN  978-3-642-02174-9. ЧВК  3093762. PMID  20012527.
16. Черепанов П., Сун З. Я., Рахман С., Мартенс Г., Вагнер Г., Энгельман А. (июнь 2005 г.). «Структура раствора связывающего интегразу домена ВИЧ-1 в LEDGF / p75». Nat. Struct. Мол. Биол. 12 (6): 526–32. Дои:10.1038 / nsmb937. PMID  15895093. S2CID  20898124.
17. Ge H, Si Y, Wolffe AP (декабрь 1998 г.). «Новый коактиватор транскрипции, p52, функционально взаимодействует с важным фактором сплайсинга ASF / SF2». Мол. Ячейка. 2 (6): 751–9. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80290-7. PMID  9885563.
18. Хьюз С., Дженкинс В., Дар М.Дж., Энгельман А., Черепанов П. (январь 2010 г.). «Коактиватор транскрипции LEDGF взаимодействует с Cdc7-активатором киназы S-фазы (ASK) и стимулирует его ферментативную активность». J. Biol. Chem. 285 (1): 541–54. Дои:10.1074 / jbc.M109.036491. ЧВК  2804203. PMID  19864417.

дальнейшее чтение

• Шун М.К., Рагхавендра Н.К., Вандеграфф Н., Дайгл Дж. Э., Хьюз С., Келлам П., Черепанов П., Энгельман А. (июль 2007 г.). «LEDGF / p75 функционирует ниже по течению от образования прединтеграционного комплекса, чтобы влиять на ген-специфическую интеграцию ВИЧ-1». Genes Dev. 21 (14): 1767–78. Дои:10.1101 / gad.1565107. ЧВК  1920171. PMID  17639082.
• Ван Маэле Б., Дебизер З. (2005). «Интеграция ВИЧ-1: взаимодействие интегразы ВИЧ-1, клеточных и вирусных белков». СПИД Rev. 7 (1): 26–43. PMID  15875659.
• Ван Маэле Б., Буссхотс К., Вандекеркхове Л., Христос Ф., Дебизер З. (2006). «Клеточные кофакторы интеграции ВИЧ-1». Trends Biochem. Наука. 31 (2): 98–105. Дои:10.1016 / j.tibs.2005.12.002. PMID  16403635.
• Фрид Е.О., Муланд А.Дж. (2006). «Клеточная биология ВИЧ-1 и других ретровирусов». Ретровирология. 3: 77. Дои:10.1186/1742-4690-3-77. ЧВК  1635732. PMID  17083721.
• Ge H, Si Y, Roeder RG (1998). «Выделение кДНК, кодирующих новые коактиваторы транскрипции p52 и p75, выявляет альтернативный регуляторный механизм активации транскрипции». EMBO J. 17 (22): 6723–9. Дои:10.1093 / emboj / 17.22.6723. ЧВК  1171017. PMID  9822615.
• Ge H, Si Y, Wolffe AP (1998). «Новый коактиватор транскрипции, p52, функционально взаимодействует с важным фактором сплайсинга ASF / SF2». Мол. Ячейка. 2 (6): 751–9. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80290-7. PMID  9885563.
• Сингх Д.П., Огуро Н., Кикучи Т., Суено Т., Редди В.Н., Юге К., Чилак Л.Т., Шинохара Т. (2000). «Фактор роста, происходящий из эпителия хрусталика: влияние на рост и выживание эпителиальных клеток хрусталика, кератиноцитов и фибробластов». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 267 (1): 373–81. Дои:10.1006 / bbrc.1999.1979. PMID  10623627.
• Сингх Д.П., Кимура А., Чайлак Л.Т., Шинохара Т. (2000). «Фактор роста, происходящий из эпителия хрусталика (LEDGF / p75), и р52 получены из одного гена путем альтернативного сплайсинга». Ген. 242 (1–2): 265–73. Дои:10.1016 / S0378-1119 (99) 00506-5. PMID  10721720.
• Охс Р.Л., Муро Й., Си Й., Ге Х., Чан Е.К., Тан Э.М. (2000). «Аутоантитела к DFS 70 кД / коактиватор транскрипции p75 при атопическом дерматите и других состояниях». J. Allergy Clin. Иммунол. 105 (6, п. 1): 1211–20. Дои:10.1067 / mai.2000.107039. PMID  10856157.
• Кубо Е., Фатма Н., Шарма П., Шинохара Т., Чайлак Л.Т., Акаги Ю., Сингх Д.П. (2002). «Трансактивация инволюкрина, маркера дифференцировки кератиноцитов, фактором роста, происходящим из эпителия хрусталика (LEDGF)». J. Mol. Биол. 320 (5): 1053–63. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 00551-X. PMID  12126624.
• Ву X, Дэниэлс Т., Молинаро С., Лилли МБ, Касиано, Калифорния (2002). «Расщепление каспазой ядерного аутоантигена LEDGF / p75 отменяет его функцию обеспечения выживания: последствия для аутоиммунитета при атопических расстройствах». Разница в гибели клеток. 9 (9): 915–25. Дои:10.1038 / sj.cdd.4401063. PMID  12181742.
• Черепанов П., Мартенс Г., Проост П., Девриз Б., Ван Бьюмен Дж., Энгельборгс Ю., Де Клерк Е., Дебизер З. (2003). «Интеграза ВИЧ-1 образует стабильные тетрамеры и связывается с белком LEDGF / p75 в клетках человека». J. Biol. Chem. 278 (1): 372–81. Дои:10.1074 / jbc.M209278200. PMID  12407101.
• Мартенс Г., Черепанов П., Плюмерс В., Буссотс К., Де Клерк Е., Дебизер З., Энгельборгс Ю. (2003). «LEDGF / p75 необходим для ядерной и хромосомной доставки интегразы ВИЧ-1 в клетки человека». J. Biol. Chem. 278 (35): 33528–39. Дои:10.1074 / jbc.M303594200. PMID  12796494.
• Мартенс Г., Черепанов П., Дебизер З., Энгельборгс Ю., Энгельман А. (2004). «Идентификация и характеристика сигнала функциональной ядерной локализации в интегразе ВИЧ-1, взаимодействующем с LEDGF / p75». J. Biol. Chem. 279 (32): 33421–9. Дои:10.1074 / jbc.M404700200. PMID  15163664.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж. Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М. А., Кантли Л. К., Гиги С. П. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Ллано М., Ванегас М., Фрегосо О, Саенс Д., Чунг С., Перец М., Поешла Е.М. (2004). «LEDGF / p75 определяет клеточный транспорт различных лентивирусных, но не мышиных онкоретровирусных белков интегразы, и является компонентом функциональных лентивирусных прединтеграционных комплексов». Дж. Вирол. 78 (17): 9524–37. Дои:10.1128 / JVI.78.17.9524-9537.2004. ЧВК  506940. PMID  15308744.
• Черепанов П., Девро Э, Сильвер П.А., Энгельман А. (2004). «Идентификация эволюционно консервативного домена фактора роста, происходящего из эпителия хрусталика человека, / транскрипционного коактиватора p75 (LEDGF / p75), который связывает интегразу ВИЧ-1». J. Biol. Chem. 279 (47): 48883–92. Дои:10.1074 / jbc.M406307200. PMID  15371438.
• Ллано М., Дельгадо С., Ванегас М., Поешла Е.М. (2004). «Фактор роста, происходящий из эпителия хрусталика / p75, предотвращает протеасомную деградацию интегразы ВИЧ-1». J. Biol. Chem. 279 (53): 55570–7. Дои:10.1074 / jbc.M408508200. PMID  15475359.
• Огава Ю., Сугиура К., Ватанабэ А., Кунимацу М., Мисима М., Томита Ю., Муро Ю. (2004). «Аутоантигенность DFS70 ограничена конформационным эпитопом С-концевого альфа-спирального домена». J. Аутоиммунный. 23 (3): 221–31. Дои:10.1016 / j.jaut.2004.07.003. PMID  15501393.
• Окамото М., Огава И., Ватанабэ А., Сагиура К., Шимомура Ю., Аоки Н., Нагасака Т., Томита Ю., Муро Ю. (2004). «Аутоантитела к DFS70 / LEDGF повышены у пациентов с очаговой алопецией». J. Аутоиммунный. 23 (3): 257–66. Дои:10.1016 / j.jaut.2004.07.004. PMID  15501396.