Метка пептидной последовательности - Peptide sequence tag

А метка пептидной последовательности это часть информации о пептид получено тандемная масс-спектрометрия которые можно использовать для идентификации этого пептида в база данных белков.[1][2][3]

Масс-спектрометрии

Как правило, пептиды можно идентифицировать путем их фрагментации в масс-спектрометр. Например, во время диссоциация, вызванная столкновением пептиды сталкиваются с газом в масс-спектрометре и распадаются на части в их пептидные связи. Получившийся фрагмент ионы (называется b-ионы и у-ионы ) имеют разности масс, соответствующие остаток массы соответствующих аминокислоты. Таким образом, тандемный масс-спектр содержит частичную информацию об аминокислотной последовательности пептида. Подход с меткой пептидной последовательности, разработанный Маттиасом Вильмом и Матиас Манн на EMBL,[4] использует эту информацию для идентификации пептида в базе данных. Вкратце, из спектра извлекают пару масс, чтобы получить метку пептидной последовательности. Этот тег пептидной последовательности является уникальным идентификатором конкретного пептида и может использоваться для его поиска в базе данных, содержащей все возможные пептидные последовательности.

Обозначение пептидного фрагмента

Обозначение фрагментации пептидов с использованием схемы Roepstorff и Fohlman (1984).[5]

Обозначения были разработаны для обозначения пептидных фрагментов, которые возникают из тандемного масс-спектра.[5] Ионы пептидных фрагментов обозначены буквами a, b или c, если заряд сохраняется на N-конец и на x, y или z, если заряд сохраняется на C-конец. Нижний индекс указывает количество аминокислотных остатков во фрагменте. основной символы указывают количество протонов или атомов водорода, добавленных к фрагменту для образования наблюдаемого иона. Например, y '' обозначает однозарядный ион, аналогичный протонированному пептиду, (y '' ')2+ представляет собой двухзарядный ион, аналог дважды протонированного пептида.[6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Хардуэн Дж (2007). "Информация о последовательности белков с помощью матричной лазерной десорбции / ионизации в масс-спектрометрии распада в источнике". Обзоры масс-спектрометрии. 26 (5): 672–82. Bibcode:2007MSRv ... 26..672H. Дои:10.1002 / mas.20142. PMID  17492750.
  2. ^ Шадфорт I, Кроутер Д., Бессант С. (2005). «Алгоритмы идентификации белков и пептидов с использованием МС для использования в высокопроизводительных автоматизированных конвейерах». Протеомика. 5 (16): 4082–95. Дои:10.1002 / pmic.200402091. PMID  16196103.
  3. ^ Мёрц Э., О'Коннор ПБ, Рёпсторф П, Келлехер Н.Л., Вуд Т.Д., Маклафферти Ф.В., Манн М. (1996). «Идентификация тегов последовательности интактных белков путем сопоставления танден-масс-спектральных данных с базами данных последовательностей». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 93 (16): 8264–7. Bibcode:1996ПНАС ... 93.8264М. Дои:10.1073 / пнас.93.16.8264. ЧВК  38658. PMID  8710858.
  4. ^ Манн М., Вильм М. (1994). «Устойчивое к ошибкам определение пептидов в базах данных последовательностей с помощью тегов пептидных последовательностей». Анальный. Chem. 66 (24): 4390–9. Дои:10.1021 / ac00096a002. PMID  7847635.
  5. ^ а б Roepstorff P, Fohlman J (1984). «Предложение по общей номенклатуре последовательностей ионов в масс-спектрах пептидов». Биомед. Масс-спектрометрия. 11 (11): 601. Дои:10.1002 / bms.1200111109. PMID  6525415.
  6. ^ Тан XJ, Тибо П., Бойд Р.К. (октябрь 1993 г.). «Реакции фрагментации многократно протонированных пептидов и последствия для секвенирования с помощью тандемной масс-спектрометрии с низкоэнергетической диссоциацией, вызванной столкновениями». Анальный. Chem. 65 (20): 2824–34. Дои:10.1021 / ac00068a020. PMID  7504416.

внешняя ссылка