Протомер - Protomer

В структурная биология, а протомер структурная единица олигомерный белок. Это наименьшая единица, состоящая как минимум из двух разных белковых цепей, которые образуют большую гетероолигомер путем объединения двух или более копий данного устройства.

Термин введен Четвериным.[1] внести номенклатуру в Na / K-АТФаза фермент однозначный. Этот фермент состоит из двух субъединиц: большой каталитической субъединицы альфа и меньшей субъединицы гликопротеина бета (плюс протеолипид, называемый γ-субъединицей). В то время было неясно, сколько из них работают вместе. Кроме того, когда люди говорили о димер, было неясно, имели ли они в виду αβ или (αβ)2. Четверин предложил называть αβ протомером, а (αβ)2 дипротомер.

Протомеры обычно устраивают циклическая симметрия сформировать закрытый точечная группа симметрии.

В химия, так называемый протомер это молекула, которая отображает таутомерия из-за положения протона.[2][3]

Примеры

Гемоглобин это гетеротетрамер состоящий из четырех субъединиц (двух α и двух β). Однако структурно и функционально гемоглобин лучше описывать как (αβ)2, поэтому мы называем его димером двух αβ-протомеров, то есть дипротомером.[4]

Аспартат карбамоилтрансфераза имеет α6β6 субъединичный состав. Шесть αβ-протомеров расположены в D3 симметрия.

Популярный капсид часто состоят из протомеров.

Примеры в химия включают тирозин и 4-аминобензойная кислота. Первый может быть депротонирован с образованием анионов карбоксилата и феноксида,[5] и последний может быть протонирован по амино или карбоксильной группе.[6]

Рекомендации

  1. ^ Четверин, А. (1986). «Доказательства дипротомерной структуры Na, K-АТФазы: точное определение концентрации белка и количественный анализ концевых групп». FEBS Lett. 196: 121–125. Дои:10.1016/0014-5793(86)80225-3. PMID  3002859.
  2. ^ П. М. Лалли, Б. А. Иглесиас, Х. Э. Тома, Г. Ф. де Са, Р. Дж. Дарода, Дж. К. Сильва Филхо, Дж. Э. Сулейко, К. Араки и М. Н. Эберлин, J. Mass Spectrom., 2012, 47, 712–719.
  3. ^ К. Лэпторн, Т. Дж. Дайнс, Б. З. Чоудри, Г. Л. Перкинс и Ф. С. Пуллен, Rapid Commun. Масс-спектром., 2013, 27,2399–2410.
  4. ^ Буксбаум, Э. (2007). Основы структуры и функции белков. Нью-Йорк: Спрингер. С. 105–120. ISBN  978-0-387-26352-6.
  5. ^ Варенье. Chem. Soc., 2009, 131 (3), стр. 1174–1181
  6. ^ J. Phys. Chem. А, 2011, 115 (26), стр 7625–7632

внешняя ссылка