SENP1 - SENP1

SENP1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CKG, 2CKH, 2G4D, 2IY0, 2IY1, 2IYC, 2IYD, 2XPH, 2XRE
Идентификаторы
Псевдонимы	SENP1, SuPr-2, SUMO1 / сентринспецифическая пептидаза 1, SUMO-специфическая пептидаза 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 612157 MGI: 2445054 ГомолоГен: 8731 Генные карты: SENP1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 12 (человек)[1] Группа 12q13.11 Начните 48,042,897 бп[1] Конец 48,106,079 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 15 (мышь)[2] Группа 15 F1 | 15 54,04 см Начните 98,038,744 бп[2] Конец 98,093,744 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • пептидазная активность • активность пептидазы цистеинового типа • эндопептидазная активность • GO: 0001948 связывание с белками • гидролазная активность • SUMO-специфическая активность эндопептидазы • SUMO-специфическая изопептидазная активность • SUMO-специфическая протеазная активность Сотовый компонент • цитоплазма • не мембрана • очаговая адгезия • нуклеоплазма • ядро клетки Биологический процесс • отрицательная регуляция протеасомного убиквитин-зависимого белкового катаболического процесса • апоптотический сигнальный путь • десумоилирование белков • активация активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе • белковое сумоилирование • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • протеолиз • регуляция дефинитивной дифференцировки эритроцитов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	29843	223870
Ансамбль	ENSG00000079387	ENSMUSG00000033075
UniProt	Q9P0U3	P59110
RefSeq (мРНК)	NM_001267594 NM_001267595 NM_014554	NM_144851 NM_001379573
RefSeq (белок)	NP_001254523 NP_001254524	NP_659100 NP_001366502
Расположение (UCSC)	Chr 12: 48.04 - 48.11 Мб	Chr 15: 98.04 - 98.09 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Сентрин-специфическая протеаза 1 является фермент что у людей кодируется SENP1 ген.^[5][6][7]

Общее

Пока есть шесть СУМО протеазы у людей, которые были обозначены как SENP1-3 и SENP5-7 (сентрин / SUMO-специфическая протеаза) .1 Шесть протеаз обладают консервативным C-терминал доменов различного размера и с четко выраженными N-концевой домен между ними. С-концевой домен показывает каталитическая активность а N-концевой домен регулирует клеточную локализацию и субстратную специфичность.^[8]

Функции

SENP1 (Sentrin-specific protease 1) представляет собой протеазу человека из 643 аминокислот с массой 73 кДа, Номер ЕС у человека 3.4.22.B70, который принимает конформацию, которая идентифицирует его как члена суперсемейства цистеиновых протеаз, содержит каталитическую триаду с охарактеризованными тремя аминокислотами: цистеин в позиции 602, а гистидин в позиции 533 и аспарагиновая кислота в положении 550. Важным нуклеофилом является цистеин, расположенный на N-конце альфа-спираль белкового ядра две другие аминокислоты, аспартат и гистидин, расположены в бета-лист конец.^[9]

SENP1 Каталитический сайт состоит из трех аминокислот: Cys 602, His 533 и Asp 550.

Расположение

Оба SENP1 расположены в ядро и цитозоль в зависимости от типа клетки, хотя было замечено, что он экспортируется из ядра в цитозоль через последовательность ядерного экспорта (NES), которая расположена на С-конце. SENP1 млекопитающих локализуется в основном в ядре.^[10]

Функция

SENP1 катализирует созревание SUMO белок (небольшой модификатор, связанный с убиквитином), который вызывает гидролиз пептидной связи SUMO, находится в консервативной последовательности Gly-Gly- | -Ala-Thr-Tyr на С-конце ^[11] быть добавленным к конъюгации других белков (сумоилирование ).^[12] У позвоночных есть три члена семейства СУМО: СУМО-1, -2 и -3. SENP1 может катализировать любой из этих трех. Конъюгация SUMO с другими белками очень похожа на убиквитинирование, однако эти модификации приводят к различным результатам в зависимости от типа модифицированного белка.^[13]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000079387 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033075 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Гонг Л., Миллас С., Мол Г.Г., Йе Е.Т. (февраль 2000 г.). «Дифференциальная регуляция сенторинизированных белков с помощью новой сентин-специфической протеазы». Журнал биологической химии. 275 (5): 3355–9. Дои:10.1074 / jbc.275.5.3355. PMID  10652325.
6. Бейли Д., О'Хара П. (январь 2004 г.). «Характеристика локализации и протеолитической активности SUMO-специфической протеазы, SENP1». Журнал биологической химии. 279 (1): 692–703. Дои:10.1074 / jbc.M306195200. PMID  14563852.
7. «Ген Entrez: SENP1 SUMO1 / сентринспецифическая пептидаза 1».
8. Xu Z, Chau SF, Lam KH, Chan HY, Ng TB, Au SW (сентябрь 2006 г.). «Кристаллическая структура мутантного комплекса C603S-SUMO SENP1 раскрывает гидролитический механизм SUMO-специфической протеазы». Биохимический журнал. 398 (3): 345–52. Дои:10.1042 / BJ20060526. ЧВК  1559472. PMID  16712526.
9. Шен Л.Н., Донг С., Лю Х., Нейсмит Дж. Х., Хэй РТ (2006). «Структура комплекса SENP1-SUMO-2 предполагает структурную основу для различения паралогов SUMO во время обработки». Биохимический журнал. 397 (2): 279–288. Дои:10.1042 / BJ20052030. ЧВК  1513277. PMID  16553580.
10. Ким Й., Сон К.С., Ли С.Дж., Ким Ё, Чой Си, Ким И (2005). «Десумоилирование гомеодомен-взаимодействующей протеинкиназы 2 (HIPK2) посредством цитоплазматического-ядерного перемещения SUMO-специфической протеазы SENP1». Письма FEBS. 579 (27): 6272–6278. Дои:10.1016 / j.febslet.2005.10.010. PMID  16253240. S2CID  13388952.
11. «SENP1 - Сентринспецифическая протеаза 1 - Homo sapiens (Человек) - ген и белок SENP1».
12. Сюй Z, Au SW (2005). «Картирование остатков предшественников SUMO, необходимых для дифференциального созревания с помощью SUMO-специфической протеазы, SENP1». Биохимический журнал. 386 (Pt 2): 325–330. Дои:10.1042 / BJ20041210. ЧВК  1134797. PMID  15487983.
13. Сюй З., Чау С.Ф., Лам К.Х., Чан Х.Й., Нг ТБ, Ау ЮЗ (2006). «Кристаллическая структура мутантного комплекса C603S-SUMO SENP1 раскрывает гидролитический механизм SUMO-специфической протеазы». Биохимический журнал. 398 (3): 345–52. Дои:10.1042 / BJ20060526. ЧВК  1559472. PMID  16712526.

дальнейшее чтение

• Миколайчик Дж., Драг М., Бекеш М., Цао Дж. Т., Ронаи З., Сальвесен Г.С. (сентябрь 2007 г.). «Малый убиквитин-связанный модификатор (SUMO) -специфические протеазы: профилирование специфичности и активности человеческих SENP». Журнал биологической химии. 282 (36): 26217–24. Дои:10.1074 / jbc.M702444200. PMID  17591783.
• Drag M., Mikolajczyk J, Krishnakumar IM, Huang Z, Salvesen GS (январь 2008 г.). «Профили активности человеческих деSUMOилирующих ферментов (SENP) с синтетическими субстратами предполагает неожиданную специфичность двух недавно охарактеризованных членов семейства». Биохимический журнал. 409 (2): 461–9. Дои:10.1042 / BJ20070940. PMID  17916063. S2CID  12234952.
• Ченг Дж., Бава Т., Ли П, Гонг Л., Йе Э. Т. (август 2006 г.). «Роль десумоилирования в развитии рака простаты». Неоплазия. 8 (8): 667–76. Дои:10.1593 / neo.06445. ЧВК  1601940. PMID  16925949.
• Бейли Д., О'Хара П. (декабрь 2002 г.). «ICP0 вируса простого герпеса 1 локализуется совместно с SUMO-специфической протеазой». Журнал общей вирусологии. 83 (Pt 12): 2951–64. Дои:10.1099/0022-1317-83-12-2951. PMID  12466471.
• Cheng J, Wang D, Wang Z, Yeh ET (июль 2004 г.). «SENP1 усиливает транскрипцию, зависимую от андрогеновых рецепторов, посредством десумоилирования гистондеацетилазы 1». Молекулярная и клеточная биология. 24 (13): 6021–8. Дои:10.1128 / MCB.24.13.6021-6028.2004. ЧВК  480885. PMID  15199155.
• Xu Z, Au SW (март 2005 г.). «Картирование остатков предшественников SUMO, необходимых для дифференциального созревания с помощью SUMO-специфической протеазы, SENP1». Биохимический журнал. 386 (Pt 2): 325–30. Дои:10.1042 / BJ20041210. ЧВК  1134797. PMID  15487983.
• Boggio R, Colombo R, Hay RT, Draetta GF, Chiocca S (ноябрь 2004 г.). «Механизм ингибирования пути SUMO». Молекулярная клетка. 16 (4): 549–61. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.11.007. PMID  15546615.
• Cheng J, Perkins ND, Yeh ET (апрель 2005 г.). «Дифференциальная регуляция c-Jun-зависимой транскрипции с помощью SUMO-специфических протеаз». Журнал биологической химии. 280 (15): 14492–8. Дои:10.1074 / jbc.M412185200. PMID  15701643.
• Раджан С., Плант Л.Д., Рабин М.Л., Батлер М.Х., Голдштейн С.А. (апрель 2005 г.). «Сумоилирование подавляет утечку через плазматическую мембрану K + канал K2P1». Ячейка. 121 (1): 37–47. Дои:10.1016 / j.cell.2005.01.019. PMID  15820677. S2CID  6314155.
• Велтман И.М., Вриде Л.А., Ченг Дж., Лойенга Л.Х., Янссен Б., Шоенмакерс Е.Ф., Йе Е.Т., ван Кессель АГ (июль 2005 г.). «Слияние гена SUMO / Sentrin-специфической протеазы 1 SENP1 и связанного с эмбриональной полярностью гена развития мезодермы MESDC2 у пациента с инфантильной тератомой и конституциональным t (12; 15) (q13; q25)». Молекулярная генетика человека. 14 (14): 1955–63. Дои:10.1093 / hmg / ddi200. PMID  15917269.
• Kim YH, Sung KS, Lee SJ, Kim YO, Choi CY, Kim Y (ноябрь 2005 г.). «Десумоилирование гомеодомен-взаимодействующей протеинкиназы 2 (HIPK2) посредством цитоплазматического-ядерного перемещения SUMO-специфической протеазы SENP1». Письма FEBS. 579 (27): 6272–8. Дои:10.1016 / j.febslet.2005.10.010. PMID  16253240. S2CID  13388952.
• Шен Л.Н., Донг С., Лю Х., Нейсмит Дж. Х., Хэй RT (июль 2006 г.). «Структура комплекса SENP1-SUMO-2 предполагает структурную основу для различения паралогов SUMO во время обработки». Биохимический журнал. 397 (2): 279–88. Дои:10.1042 / BJ20052030. ЧВК  1513277. PMID  16553580.
• Xu Z, Chau SF, Lam KH, Chan HY, Ng TB, Au SW (сентябрь 2006 г.). «Кристаллическая структура мутантного комплекса C603S-SUMO SENP1 раскрывает гидролитический механизм SUMO-специфической протеазы». Биохимический журнал. 398 (3): 345–52. Дои:10.1042 / BJ20060526. ЧВК  1559472. PMID  16712526.
• Шен Л., Татхам М.Х., Донг С., Загорска А., Нейсмит Дж. Х., Хэй RT (декабрь 2006 г.). «Протеаза SUMO SENP1 индуцирует изомеризацию ножницеобразной пептидной связи». Структурная и молекулярная биология природы. 13 (12): 1069–77. Дои:10.1038 / nsmb1172. ЧВК  3326531. PMID  17099698.

внешняя ссылка

• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: Q9P0U3 (Сентрин-специфическая протеаза 1) на PDBe-KB.