SPATS1 - SPATS1 - Wikipedia

SPATS1
Идентификаторы
ПсевдонимыSPATS1, DDIP, SPATA8, SRSP1, богатый серином, связанный со сперматогенезом 1
Внешние идентификаторыMGI: 1918270 ГомолоГен: 12376 Генные карты: SPATS1
Расположение гена (человек)
Хромосома 6 (человек)
Chr.Хромосома 6 (человек)[1]
Хромосома 6 (человек)
Геномное расположение SPATS1
Геномное расположение SPATS1
Группа6p21.1Начинать44,342,650 бп[1]
Конец44,380,179 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

221409

71020

Ансамбль

ENSG00000249481

ENSMUSG00000023935

UniProt

Q496A3

A2RRY8

RefSeq (мРНК)

NM_145026
NM_001372081

NM_027649
NM_001357831
NM_001357832

RefSeq (белок)

NP_659463
NP_001359010

NP_081925
NP_001344760
NP_001344761

Расположение (UCSC)Chr 6: 44,34 - 44,38 МбChr 17: 45.44 - 45.48 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Сперматогенез, связанный с высоким содержанием серина 1 (SPATS1) представляет собой белок, который у человека кодируется SPATS1 ген. Он также известен под псевдонимами Белок, взаимодействующий с доменом Disheveled-DEP (DDIP), Связанный со сперматогенезом 8 (SPATA8), и богатый серином сперматогенный белок 1 (SRSP1).[5] Известно общее представление о его химической структуре, субклеточной локализации, экспрессии и сохранности. Исследования показывают, что SPATS1 может играть роль в канонической Путь передачи сигналов Wnt и в первом сперматогенная волна.

Ген

Ген человека SPATS1 содержит 1150 нуклеотидов, кодирующих 300 аминокислот. Он расположен на положительной цепи хромосомы 6 в области 21p1.[5] На данный момент нет известных однонуклеотидный полиморфизм (SNP), которые оказались клинически значимыми.[6]

Протеин

Структура

Белок в его самой длинной форме имеет 8 экзонов. Возможен еще один изоформа, но экспериментальное подтверждение отсутствует - возможно, из-за того, что он продуцируется на низких уровнях из-за незрелого стоп-кодона.[7] Биоинформатический анализ предполагает, что белок не имеет трансмембранной структуры и состоит как из альфа-спиралей, так и из бета-листов. Данные по SPATS1 противоречивые. изоэлектрические точки. Некоторые источники сообщили, что это 6,68, а два других предположили, что это выше, 7,04 и 7,47.[8][9][10]

Субклеточное расположение

Исследования показали, что большая часть экспрессии находится в цитоплазме клетки, но есть также доказательства экспрессии в ядре.[11] Экспрессия в ядре может быть подтверждена тем фактом, что крысиный гомолог гена SPATS1, как было экспериментально обнаружено, имеет вероятную двудольную сигнал ядерной локализации.[12] Кроме того, биоинформатические инструменты идентифицировали сигнал двусторонней ядерной локализации с высокой вероятностью в человеческом белке в аминокислотах 174 - 191.[13]

Посттрансляционные модификации

Биоинформатический анализ предполагает, что он претерпевает несколько посттрансляционных модификаций. Более правдоподобные предлагают GPI - сайт модификации по аминокислоте 280, N-гликозилирование сайты в аминокислотах 49 и 229, а фосфорилирование сайт у аминокислоты 113. Существует 85 предполагаемых сайтов фосфорилирования, 23 из которых имеют 80% или более высокую вероятность.[14] Экспериментально подтверждена только одна из аминокислот 113.[5] Также высока вероятность наличия мотива SASRP1, который охватывает аминокислоты 51-288.[15]

Белковые взаимодействия

Возможные взаимодействующие белки перечислены в таблице ниже. Обратите внимание, что эти белки не были экспериментально подтверждены для взаимодействия с SPATS1. Вместо этого их потенциал взаимодействия определялся путем изучения

На изображении выше показана предполагаемая вторичная структура белка SPATS1. Этот прогноз был создан с помощью I-TASSER.

при совпадении шаблонов и текстового майнинга.[16]

Изображение выше представляет собой схематический рисунок белка SPATS1. Зеленый представляет сайты N-гликозилирование, красным обозначены экспериментально подтвержденные участки фосфорилирование, желтый - участки модификации GPI, пурпурный столбик - двудольный сигнал ядерной локализации, а розовый представляет SASRP1 мотив.
СокращениеНазвание белкаФункцияСчет
ZNF683белок цинковых пальцев 683может участвовать в регуляции транскрипции0.633
TMC5трансмембранный канал типа 5вероятный ионный канал0.624
GTSF1Lспецифический для гаметоцитов фактор 1 какнеизвестный0.567
TMEM225трансмембранный белок 225скорее всего подавляет фосфат 1 (PP1) в сперматозоидах

через привязку к каталитической субблоке PPP1CC

0.566
SPATA3связанный со сперматогенезом 3неизвестный0.537
FAM71F1семья с подобием последовательностей

71 участник F1

неизвестный0.535
C9orf139хромосома 9 открытое чтение

рамка 139

неизвестный0.477
SPACA4акросома сперматозоида связана 4белок мембраны поверхности сперматозоидов, который может быть

участвует в сперматозоиде - плазматическая мембрана яйцеклетки

адгезия и слияние во время оплодотворения

0.472
SCML4секс-гребешок на протеине, похожем на срединные ноги 4Белки PcG, которые действуют, образуя множественные белки

комплексы, необходимые для обслуживания

транскрипционно репрессивное состояние гомеотического

гены на протяжении всего развития

0.457

Выражение

Регулирование

Было обнаружено, что экспрессия этого белка значительно снижается в зрелом возрасте по сравнению с уровнями экспрессии, измеренными у плода.[11] Исследования показали некоторые колебания во время периода беременности, но в целом они остаются относительно высокими. Также были доказательства высокого уровня экспрессии до 28 дня после родов.[17]

Место расположения

Экспрессия этого белка была обнаружена в перитубулярные миоидные клетки, гоноциты, пахитеновые сперматоциты, сперматогония, миоидные клетки, и Клетки Сертоли.[11]

Изображение слева представляет тепловую карту уровней экспрессии белка SPATS1 в гипофиз. На картинке справа показана шкала цвета, а также соответствующий уровень экспрессии. Эти изображения были созданы с помощью Brain Allen.

Мозг мыши обнаружил экспрессию в различных областях мозга, включая гипофиз, префронтальную кору, лобную долю, мозжечок и теменную долю.[18] Самые высокие уровни экспрессии были обнаружены в семенниках, следующие самые высокие уровни были обнаружены в трахее. Гистограмма содержания белка, которая сравнивает содержание желаемого протеина с другими протеинами, показывает, что SPATS1 находится на более низком уровне экспрессии.[5]

Функция

Специфическая функция SPATS1 все еще изучается. Исследования показали, что он может сыграть роль в инициировании первого сперматогенный волна как и первый самец мейотическое деление.[11] Другое исследование предполагает, что он действует как негативный регулятор в канонической Сигнальный путь Wnt.[12] В нескольких исследованиях на микроаари изучались эффекты выключения различных белков и ферментов, а также его влияние на экспрессию SPATS1. Также изучались эпигентные факторы, в частности метилирование гистонов. Влияние нокаута на фенотипы также изучалось в нескольких исследованиях.[5]

Сохранение

Белок SPATS1 сохраняется у видов уже в Окситриха трифалакс. Ортологи этого белка не обнаружены ни у архей, ни у бактерий. И не ортологи был обнаружен у птиц.[19] Среди млекопитающих и других близких ортологов в кодирующей области наблюдается высокий уровень консервации. Существует консервативность среди удаленных ортологов в некодирующих областях, включая промотор, 5 'UTR и 3' UTR. Эти убеждения поддерживаются либо одним и тем же нуклеотидом, либо химически подобным нуклеотидом.[20] Ниже представлена ​​таблица ортологов с указанием процента сходства и даты их расхождения.[19][21]

ОртологСходство последовательности с Homo sapienИдентичность последовательности для Homo sapiensДата расхождения (MYA)
Pongo abelii95.70%95.00%15.2
Heterocephalus glaber58.30%52.00%88
Pteropus alecto71.30%66.90%94
Bos taurus50.70%47.70%94
Bos mutus64.10%58.80%94
Balaenoptera acutorostrata scammoni80.30%74.00%94
Loxodonta africana67.20%61.00%102
Sarcophilus harrisii48.20%37.50%160
Орниторинхус анатинус49.20%39.90%169
Gavialis gangeticus45.40%36.70%320
Анолис каролиненсис48.30%34.10%320
Пелодискус китайский45.90%33.40%320
Nanorana parkeri43.10%30.30%353
Стронгилоцентротус пурпуратус33.60%25.60%627
Nematostella vectensis28.30%25.20%685
Branchiostoma belcheri36.50%29.20%699
Crassostrea gigas35.00%27.00%758
Lottia gigantea32.70%26.20%758
Oxytricha trifallax31.80%20.40%1781

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000249481 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023935 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d е «Сперматогенез, связанный с богатым серином 1 (SPATS1) человека (Homo sapiens), мРНК - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-20.
  6. ^ "dbSNP Short Genetic Variations". NCBI. Получено 23 апреля, 2017.
  7. ^ "UniProtKB - Q496A3 (SPAS1_HUMAN)". UniProt. Получено 2 мая, 2017.
  8. ^ «Калькулятор изоэлектрической точки белка».
  9. ^ «Инструмент вычисления pI / Mw». 28 апреля 2017 г.
  10. ^ «Рассчитать молекулярный вес и изоэлектрическую точку». 28 апреля 2017 г.
  11. ^ а б c d Капоано Калифорния, Веттштейн Р., Кун А., Гейзингер А. (2010). «Spats 1 (Srsp1) по-разному экспрессируется во время развития семенников крысы». Паттерны экспрессии генов. 10 (1): 1–8. Дои:10.1016 / j.gep.2009.11.006. PMID  19948251.
  12. ^ а б Zhang H, Zhang H, Zhang Y, Ng SS, Ren F, Wang Y, Duan Y, Chen L, Zhai Y, Guo Q, Chang Z (ноябрь 2010 г.). «Белок, взаимодействующий с доменом Disheveled-DEP (DDIP), ингибирует передачу сигналов Wnt, способствуя деградации TCF4 и разрушая комплекс TCF4 / бета-катенин». Сотовая связь. 22 (11): 1753–60. Дои:10.1016 / j.cellsig.2010.06.016. PMID  20603214.
  13. ^ "Сканер мотивов".
  14. ^ "Expasy: инструменты протеомики".
  15. ^ "ExPASY: инструмент ресурсов по биоинформатике".
  16. ^ "STRING Protein - инструмент взаимодействия белков".
  17. ^ «Профили GEO».
  18. ^ "Аллен Мозг".
  19. ^ а б "NCBI Protein Blast".
  20. ^ «Верстак биологии».
  21. ^ "TimeTree".