TBP-ассоциированный фактор - TBP-associated factor
| Фактор, связанный с ТВР (TAF6) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 drosophila dtafii42 / dtafii62 (как TAF6 / TAF9) гетеротетрамер, HFD | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | TAF | ||||||||
| Pfam | PF02969 | ||||||||
| Pfam клан | CL0012 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR004823 | ||||||||
| SCOP2 | 1bh9 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
В Факторы, связанные с TBP (TAF) являются белками, которые связаны с ТАТА-связывающий белок в инициации транскрипции. Это часть транскрипция фактор инициирования TFIID мультимерный белковый комплекс. Это также включает множество других факторов, в том числе SL1. Они опосредуют формирование комплекс преинициации транскрипции, шаг, предшествующий транскрипции ДНК к РНК к РНК-полимераза II.
TAF имеют подпись N-терминал гистон -подобный складчатый домен (HFD).[1] Этот домен участвует в парном взаимодействии между конкретными TAF.[2]
Функция
TFIID
TFIID играет центральную роль в посредничестве промоутер ответы на различные активаторы и репрессоры. Это связывает плотно к ТАФИИ-250 и напрямую взаимодействует с ТАФИИ-40. TFIID состоит из TATA-связывающего белка (TBP) и ряда TBP-ассоциированных факторов (TAFS).[3]
TAF является частью комплекса TFIID и взаимодействует со следующим:
- Специфические активаторы транскрипции
- Базальные факторы транскрипции
- Другие TAFII
- Конкретные последовательности ДНК, например нижестоящий промоторный элемент или ген-специфическая коровая промоторная последовательность
Благодаря таким взаимодействиям они вносят вклад в активацию транскрипции и селективность промотора.[3]
Некоторые пары TAF взаимодействуют друг с другом, образуя «лепестки» в TFIID. Пары, известные или предположительно существующие в TFIID, включают TAF6-TAF9, TAF4-TAF12, TAF11-13, TAF8-TAF10 и TAF3-TAF10.[2]
SL1
Селективный фактор 1 состоит из ТАТА-связывающий белок и три субъединицы TAF (фактор, связанный с белком, связывающийся с ТАТА-боксом) (TAF1A, TAF1B, и TAF1C ). Эти TAF не имеют гистоноподобного складчатого домена.[4]
Прочие комплексы
 | Эта секция отсутствует информация о субъединицах SAGA и родственных комплексов, а также о парообразовании в них. (Апрель 2019) |
TAF является частью SAGA (SPT-ADA-GCN5 ацетилаза) и родственных комплексов коактивации.[2] Такие комплексы ацетилируют гистон хвосты для активации генов.[5] У человека есть три SAGA-подобных комплекса: PCAF, TFTC (комплекс, не содержащий TBP, содержащий TAF) и STAGA (SPT3 -TAF9 -GCN5L ацетилаза). PCAF (GCN5) и KAT2A (GCN5L) являются двумя человеческими гомологами дрожжевого Gcn5.[6]
TAF8, TAF10 и SPT7L образует небольшой комплекс TAF, называемый SMAT.[2]
Структура
N-концевой домен TAF имеет гистоноподобную белковую складку. Он содержит два коротких альфа спирали и длинная центральная альфа-спираль.[1]
Гены человека
| Эта секция отсутствует информация о TAF в не-TF2D комплексах. (Апрель 2019) |
- TAF1 (TAFII250)
- TAF2 (CIF150)
- TAF3 (TAFII140)
- TAF4 (TAFII130 / 135)
- TAF4B (TAFII105)
- TAF5 (TAFII100)
- TAF6 (TAFII70 / 80)
- TAF6L (PAF65A)
- TAF7 (TAFII55)
- TAF8 (TAFII43)
- TAF9 (TAFII31 / 32)
- TAF9B (TAFII31L)
- TAF10 (TAFII30)
- TAF11 (TAFII28)
- TAF12 (TAFII20 / 15)
- TAF13 (TAFII18)
- TAF15 (TAFII68)
Ассорти подписей
Домены TAF распределены по множеству цифровых подписей:
Рекомендации
- ^ а б Xie X, Kokubo T, Cohen SL, Mirza UA, Hoffmann A, Chait BT, Roeder RG, Nakatani Y, Burley SK (март 1996). «Структурное сходство между TAF и гетеротетрамерным ядром октамера гистонов». Природа. 380 (6572): 316–22. Дои:10.1038 / 380316a0. PMID 8598927. S2CID 4329570.
- ^ а б c d Демени М.А., Сотоглу Е., Надь З., Шеер Е., Джаношази А., Ричардо М., Аргентини М., Кесслер П., Тора Л. (март 2007 г.). «Идентификация небольшого комплекса TAF и его роль в сборке TAF-содержащих комплексов». PLOS ONE. 2 (3): e316. Дои:10.1371 / journal.pone.0000316. ЧВК 1820849. PMID 17375202.
- ^ а б Фурукава Т., Танезе Н. (сентябрь 2000 г.). «Сборка частичных комплексов TFIID в клетках млекопитающих выявляет различные активности, связанные с отдельными факторами, связанными с белками, связывающими ТАТА-бокс». Журнал биологической химии. 275 (38): 29847–56. Дои:10.1074 / jbc.M002989200. PMID 10896937.
- ^ Фридрих JK, Панов KI, Cabart P, Russell J, Zomerdijk JC (август 2005 г.). «Комплекс TBP-TAF SL1 направляет образование комплекса предварительной инициации РНК-полимеразы I и стабилизирует вышестоящий фактор связывания на промоторе рДНК». Журнал биологической химии. 280 (33): 29551–8. Дои:10.1074 / jbc.M501595200. ЧВК 3858828. PMID 15970593.
- ^ Боннет Дж, Ван Си, Баптиста Т., Винсент С.Д., Сяо В.К., Стирл М., Као К.Ф., Тора Л., Девис Д. (сентябрь 2014 г.). «Коактиваторный комплекс SAGA действует на весь транскрибируемый геном и необходим для транскрипции РНК-полимеразы II». Гены и развитие. 28 (18): 1999–2012. Дои:10.1101 / гад.250225.114. ЧВК 4173158. PMID 25228644.
- ^ Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А., Лимар Э.С., Гампер А.М., Кунду Т.К., Чайт Б.Т., Рёдер Р.Г. (октябрь 2001 г.). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами связывания повреждений ДНК in vivo». Молекулярная и клеточная биология. 21 (20): 6782–95. Дои:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. ЧВК 99856. PMID 11564863.