TRIM25 - TRIM25

TRIM25
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4CFG, 4ЛТБ, 5FER
Идентификаторы
Псевдонимы	TRIM25, EFP, RNF147, Z147, ZNF147, трехчастный мотив, содержащий 25
Внешние идентификаторы	OMIM: 600453 MGI: 102749 ГомолоГен: 48325 Генные карты: TRIM25
Номер ЕС	2.3.2.27
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17q22 Начните 56,836,387 бп[1] Конец 56,914,080 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 | 11 С Начните 88,999,376 бп[2] Конец 89,020,293 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • трансферазная активность • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • GO: 1904264, GO: 1904822, GO: 0090622, GO: 0090302 активность убиквитин-протеинлигазы • связывание ионов металлов • активность лигазы • GO: 0001948 связывание с белками • активность убиквитин-протеинтрансферазы • Связывание РНК • связывание кадгерина • связывание ионов цинка Сотовый компонент • нуклеоплазма • цитоплазма • цитозоль • ядерное тело • внутриклеточный Биологический процесс • Путь ERAD • отрицательная регуляция проникновения вируса в клетку-хозяин • иммунная система • интерферон-гамма-опосредованный сигнальный путь • положительная регуляция активности специфичного для последовательности ДНК связывающего фактора транскрипции • моноубиквитинирование белков • отрицательная регуляция высвобождения вируса из клетки-хозяина • защитный ответ на вирус • положительная регуляция активности фактора транскрипции NF-kappaB • убиквитинирование белков • положительная регуляция передачи сигналов I-kappaB киназы / NF-kappaB • транслезионный синтез • отрицательная регуляция выработки интерферона I типа • врожденная иммунная система • GO: 0022415 вирусный процесс • ответ на эстроген • ответ на витамин D • деубиквитинирование белков • убиквитин-зависимый путь ERAD • клеточный ответ на фактор ингибирования лейкемии • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • регуляция проникновения вируса в клетку-хозяин • регулирование высвобождения вируса из клетки-хозяина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	7706	217069
Ансамбль	ENSG00000121060	ENSMUSG00000000275
UniProt	Q14258	Q61510
RefSeq (мРНК)	NM_005082	NM_009546
RefSeq (белок)	NP_005073	NP_033572
Расположение (UCSC)	Chr 17: 56,84 - 56,91 Мб	Chr 11:89 - 89,02 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок, содержащий трехчастный мотив 25 это белок что у людей кодируется TRIM25 ген.^[5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства трехчастных мотивов (TRIM), объединяющего более 70 TRIM. Белки TRIM в основном функционируют как убиквитинлигазы которые регулируют врожденную реакцию на инфекцию.^[7] TRIM25 локализуется в цитоплазме. Присутствие потенциальных ДНК-связывающих доменов и доменов димеризации-трансактивации предполагает, что этот белок может действовать как фактор транскрипции, как и некоторые другие члены семейства TRIM. Экспрессия гена повышается в ответ на эстроген, и считается, что он опосредует действие эстрогена при раке груди в качестве гена первичного ответа.^[6]

Доменная архитектура

TRIM25 имеет N-концевой домен RING, за которым следует домен B-бокса типа 1, домен B-бокса типа 2, домен спиральной спирали (CCD) и C-концевой домен SPRY. Домен RING координирует два атома цинка и необходим для набора убиквитин-конъюгирующие ферменты. Функция B-боксов неизвестна. Домен CCD участвует в мультимеризации и других белок-белковых взаимодействиях.^[8] Домен SPRY необходим для набора субстрата.^[9] Химические сдвиги ЯМР для основной цепи домена PRYSPRY TRIM25 определены на основе экспериментов с тройным резонансом с использованием однородно меченого изотопом белка и вторичной структуры домена PRYSPRY домена TRIM25, предсказанной на основе назначений ЯМР.^[10]

TRIM25 функций

TRIM25 играет ключевую роль в RIG-I сигнальный путь. RIG-I - цитозольный рецептор распознавания образов что чувствует вирусную РНК. После распознавания РНК домен найма caspase (КАРТА) РИГ-И проходит К (63) -связь убиквитинирование пользователя TRIM25. Домены RING и SPRY TRIM25 опосредуют его взаимодействие с RIG-I. Продукция IFN затем следует по внутриклеточному сигнальному пути, включающему IRF3.^[11]

Вирусный побег

Чтобы избежать продукции IFN, неструктурный белок (NS1 ) из грипп будет взаимодействовать с доменом CCD TRIM25, чтобы блокировать убиквитинирование RIG-I. Некоторые исследования показали, что делеция домена CCD TRIM25 предотвращает связывание NS1.^[12] Без этого повсеместного распространения IFN не будет.

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000121060 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000275 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Иноуэ С., Оримо А., Мацуда Ю., Инадзава Дж., Эми М., Накамура И., Хори Т., Мурамацу М. (январь 1995 г.). «Хромосомное картирование генов человека (ZNF147) и мыши для эстроген-чувствительного пальцевого белка (efp), члена семейства пальцев RING». Геномика. 25 (2): 581–3. Дои:10.1016 / 0888-7543 (95) 80064-С. PMID  7789997.
6. "Entrez Gene: TRIM25, содержащий трехкомпонентный мотив 25".
7. Д'Круз А.А., Кершоу, штат Нью-Джерси, Чан Дж. Дж., Ван М. К., Никола Н. А., Бабон Дж. Дж., Гак М.Ю., Николсон С.Е. (2013). «Кристаллическая структура домена TRIM25 B30.2 (PRYSPRY): ключевой компонент противовирусной передачи сигналов». Биохимический журнал. 456 (2): 231–40. Дои:10.1042 / BJ20121425. ЧВК  4012390. PMID  24015671.
8. Haik KG (июль 1985 г.). «Проблемы со зрением от видеотерминалов». Южный медицинский журнал. 78 (7): 887–8. Дои:10.1097/00007611-198507000-00031. PMID  4012390.
9. Pilka L, Trávník P, Dvorák M, Tesarík J, Ventruba P, Krejcí K, Soska J (август 1985 г.). «[Доставка после внутриутробного переноса эмбрионов, полученных путем оплодотворения и культивирования ооцитов in vitro]». Ceskoslovenská Gynekologie. 50 (7): 452–9. PMID  4042170.
10. Конг, Чен; Penumutchu, Srinivasa R .; Хунг, Куо-вэй; Хуан, Хуэйин; Линь, Тяньвэй; Ю, Чин (22.02.2015). «Магистральные резонансные назначения домена PRYSPRY TRIM25». Назначение биомолекулярного ЯМР. 9 (2): 313–315. Дои:10.1007 / s12104-015-9599-х. ISSN  1874-2718. PMID  25702035. S2CID  11475584.
11. Гак М.Ю., Кирххофер А., Шин Ю.С., Инн К.С., Лян С., Цуй С., Мён С., Ха Т, Хопфнер К.П., Юнг Дж. (Октябрь 2008 г.). «Роль N-концевой тандемной карты RIG-I и варианта сплайсинга в TRIM25-опосредованной передаче противовирусного сигнала». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (43): 16743–8. Дои:10.1073 / pnas.0804947105. ЧВК  2575490. PMID  18948594.
12. Гак М.Ю., Альбрехт Р.А., Урано Т., Инн К.С., Хуанг И.С., Карнеро Э., Фарзан М., Иноуэ С., Юнг Ю, Гарсия-Састре А. (май 2009 г.). «Вирус гриппа А NS1 нацелен на убиквитинлигазу TRIM25, чтобы избежать распознавания вирусным РНК-сенсором хозяина RIG-I». Клеточный хозяин и микроб. 5 (5): 439–49. Дои:10.1016 / j.chom.2009.04.006. ЧВК  2737813. PMID  19454348.

дальнейшее чтение

• Хори К., Урано Т., Икеда К., Иноуэ С. (июнь 2003 г.). «Эстроген-чувствительный белок пальца RING контролирует рост рака груди». Журнал стероидной биохимии и молекулярной биологии. 85 (2–5): 101–4. Дои:10.1016 / S0960-0760 (03) 00209-7. PMID  12943693. S2CID  22487508.
• Иноуэ С., Оримо А., Хосой Т., Кондо С., Тойосима Х., Кондо Т., Икегами А., Оучи И., Оримо Н., Мурамацу М. (декабрь 1993 г.). «Клонирование сайта связывания генома обнаруживает чувствительный к эстрогену ген, который кодирует белок пальца RING». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 90 (23): 11117–21. Дои:10.1073 / пнас.90.23.11117. ЧВК  47933. PMID  8248217.
• Боналду М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Геномные исследования. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Икеда К., Иноуэ С., Оримо А., Сано М., Ватанабе Т., Цуцуми К., Мурамацу М. (июль 1997 г.). «Множественные регуляторные элементы и связывающие белки 5'-фланкирующей области гена человеческого эстроген-чувствительного пальцевого белка (efp)». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 236 (3): 765–71. Дои:10.1006 / bbrc.1997.7046. PMID  9245730.
• Икеда К., Оримо А., Хигаши Ю., Мурамацу М., Иноуэ С. (апрель 2000 г.). «Efp как первичный эстроген-чувствительный ген при раке груди человека». Письма FEBS. 472 (1): 9–13. Дои:10.1016 / S0014-5793 (00) 01421-6. PMID  10781795. S2CID  10570937.
• Реймонд А., Мерони Дж., Фантоцци А., Мерла Дж., Каир С., Лузи Л., Риганелли Д., Занария Е., Мессали С., Кайнарка С., Гуффанти А., Минуччи С., Пеликчи П. Г., Баллабио А. (май 2001 г.). «Семейство трехчастных мотивов идентифицирует клеточные компартменты». Журнал EMBO. 20 (9): 2140–51. Дои:10.1093 / emboj / 20.9.2140. ЧВК  125245. PMID  11331580.
• Урано Т., Сайто Т., Цукуи Т., Фудзита М., Хосой Т., Мурамацу М., Оучи Ю., Иноуэ С. (июнь 2002 г.). «Efp нацелен на 14-3-3 сигма для протеолиза и способствует росту опухоли груди». Природа. 417 (6891): 871–5. Дои:10.1038 / природа00826. PMID  12075357. S2CID  4348545.
• Симада Н., Сузуки Т., Иноуэ С., Като К., Иматани А., Секин Н., Охара С., Симосегава Т., Сасано Н. (апрель 2004 г.). «Системное распределение эстроген-чувствительного пальца (Efp) в тканях человека». Молекулярная и клеточная эндокринология. 218 (1–2): 147–53. Дои:10.1016 / j.mce.2003.12.008. PMID  15130519. S2CID  44761828.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А., Го А., Госс В.Л., Спек Э.Д., Чжан Х., Чжа Х.М., Полакевич Р.Д., Гребень М.Дж. (январь 2005 г.). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Природа Биотехнологии. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455. S2CID  7200157.
• Сузуки Т., Урано Т., Цукуи Т., Хори-Иноуэ К., Мория Т., Исида Т., Мурамацу М., Оучи Ю., Сасано Н., Иноуэ С. (сентябрь 2005 г.). «Эстроген-чувствительный белок пальца как новый потенциальный биомаркер рака груди». Клинические исследования рака. 11 (17): 6148–54. Дои:10.1158 / 1078-0432.CCR-05-0040. PMID  16144914.
• Накаяма Х., Сано Т., Мотеги А., Ояма Т., Накадзима Т. (ноябрь 2005 г.). «Повышение экспрессии 14-3-3 сигма с уменьшением альфа-рецептора эстрогена и экспрессии эстроген-чувствительного пальца определяет злокачественное прогрессирование карциномы эндометрия». Патология Интернэшнл. 55 (11): 707–15. Дои:10.1111 / j.1440-1827.2005.01900.x. PMID  16271083.
• Накасато Н., Икеда К., Урано Т., Хори-Иноуэ К., Такеда С., Иноуэ С. (декабрь 2006 г.). «Убиквитин E3-лигаза Efp активируется интерферонами и конъюгирована с ISG15». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 351 (2): 540–6. Дои:10.1016 / j.bbrc.2006.10.061. PMID  17069755.
• Накадзима А., Маруяма С., Боггаки М., Миядзима Н., Цукияма Т., Сакураги Н., Хатакеяма С. (май 2007 г.). «Лиганд-зависимая транскрипция рецептора эстрогена альфа опосредуется убиквитинлигазой EFP». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 357 (1): 245–51. Дои:10.1016 / j.bbrc.2007.03.134. HDL:2115/24261. PMID  17418098.