TreeFam - TreeFam

TreeFam
Содержание
Описание	кураторская база данных филогенетических деревьев семейств генов животных.
Связаться с нами
Исследовательский центр	Wellcome Trust Sanger Institute
Авторы	Фабиан Шрайбер
Основное цитирование	Руан Дж. И др. (2006)
Доступ
Интернет сайт	http://www.treefam.org

TreeFam (База данных древовидных семейств) - это база данных филогенетические деревья животных гены. Он направлен на разработку тщательно подобранного ресурса, который дает достоверную информацию о ортолог и паралог задания и эволюционный история различных ген семьи.^[1]^[2]

TreeFam определяет генная семья как группа генов, возникших после видообразованиямногоклеточный животные. Он также пытается включить гены внешней группы, такие как дрожжи (S.cerevisiae и С. Помбе) и завод (A. thaliana), чтобы выявить этих далеких членов.

TreeFam также ортолог база данных. В отличие от других, основанных на парном выравнивании, TreeFam делает вывод ортологи с помощью генных деревьев. Он вписывает дерево генов в универсальный виды дерево и находит исторические дубликаты, предположения и события потерь. TreeFam использует эту информацию для оценки построения дерева, руководство курирование, и вывести комплекс ортолог и паралог связи.

Основными элементами TreeFam являются семейства генов, которые можно разделить на две части: семейства TreeFam-A и TreeFam-B. Семейства TreeFam-B создаются автоматически. Они могут содержать ошибки, учитывая сложные филогении. Семейства TreeFam-A вручную кураторский от TreeFam-B. Имена семейств и имена узлов назначаются одновременно. Конечная цель TreeFam - предоставить кураторский ресурс для всех семей.

TreeFam работает как проект в Wellcome Trust Sanger Institute, а его программное обеспечение размещено на Sourceforge как «TreeSoft».

Смотрите также

использованная литература

^ ^а ^б Ruan, J .; Ли, Х.; Chen, Z .; Coghlan, A .; Монета, Л. Дж. М .; Guo, Y .; Hériché, J. -K .; Hu, Y .; Kristiansen, K .; Li, R .; Лю, Т .; Моисей, А .; Qin, J .; Vang, S .; Vilella, A.J .; Ureta-Vidal, A .; Bolund, L .; Wang, J .; Дурбин, Р. (2007). «TreeFam: обновление 2008 г.». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Проблема с базой данных): D735 – D740. Дои:10.1093 / нар / гкм1005. ЧВК 2238856. PMID 18056084.
^ Ли, Х.; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, L.J .; Hériché, J. K .; Osmotherly, L .; Li, R .; Лю, Т .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, G.K .; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Дурбин, Р. (2006). «TreeFam: тщательно подобранная база данных филогенетических деревьев семейств генов животных». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (90001): D572 – D580. Дои:10.1093 / нар / gkj118. ЧВК 1347480. PMID 16381935.

внешние ссылки

[pmid18056084-1] а ^б Ruan, J .; Ли, Х.; Chen, Z .; Coghlan, A .; Монета, Л. Дж. М .; Guo, Y .; Hériché, J. -K .; Hu, Y .; Kristiansen, K .; Li, R .; Лю, Т .; Моисей, А .; Qin, J .; Vang, S .; Vilella, A.J .; Ureta-Vidal, A .; Bolund, L .; Wang, J .; Дурбин, Р. (2007). «TreeFam: обновление 2008 г.». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Проблема с базой данных): D735 – D740. Дои:10.1093 / нар / гкм1005. ЧВК 2238856. PMID 18056084.

[pmid16381935-2] Ли, Х.; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, L.J .; Hériché, J. K .; Osmotherly, L .; Li, R .; Лю, Т .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, G.K .; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Дурбин, Р. (2006). «TreeFam: тщательно подобранная база данных филогенетических деревьев семейств генов животных». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (90001): D572 – D580. Дои:10.1093 / нар / gkj118. ЧВК 1347480. PMID 16381935.

[1]

[2]