BLCAP - BLCAP
Белок, связанный с раком мочевого пузыря это белок что у людей кодируется BLCAP ген.[5][6]
Функция
BLCAP был идентифицирован с использованием дифференциальный дисплей процедура с биопсией опухоли, полученной из неинвазивного и инвазивного мочевого пузыря переходно-клеточная карцинома. Хотя поиск в базе данных не выявил гомологии ни с одним геном человека на момент идентификации, с тех пор были идентифицированы ортологи мышей, крыс и рыбок данио. Белок, по-видимому, снижается во время Рак мочевого пузыря прогрессия.[6]
Белок, также известный как BC10, состоит из 87 аминокислот, но его биологические функции в значительной степени неизвестны. Однако широко распространено мнение, что белок участвует в подавлении опухоли, уменьшая рост клеток за счет инициирования апоптоз.[7] Это широко экспрессируемый белок, но экспрессия особенно высока в мозге и В-лимфоцитах.[8] Альтернативные промоторы и альтернативный сплайсинг позволяют белку существовать в виде нескольких различных вариантов транскриптов. Это число увеличивается по мере того, как пре-мРНК этого белка подлежит нескольким Редактирование РНК События.[9]
Структура
Предполагается, что структура белка представляет собой глобулярный белок с 2 трансмембранными (TM) доменами.[10]
Редактирование РНК
Ген BLCAP человека состоит из двух экзоны которые разделены интрон. Экзон 1 гена кодирует 5'-последовательность 5 'UTR в то время как экзон 2 включает оставшуюся последовательность 5'UTR, кодирующую область и 3'UTR. Следовательно, кодирующая последовательность гена BLCAP не имеет интронов.[9]
Тип
Редактирование РНК от A до I катализируется семейством аденозиндезаминазы воздействуя на РНК (ADAR), которые специфически распознают аденозины в двухцепочечных областях пре-мРНК и дезаминируют их до инозин. Инозины известны как гуанозин трансляционной машиной клеток. Есть три члена семейства ADAR, ADAR 1-3, причем ADAR 1 и ADAR 2 являются единственными ферментативно активными членами. Считается, что ADAR3 играет регулирующую роль в мозге. ADAR1 и ADAR 2 широко экспрессируются в тканях, в то время как ADAR 3 ограничивается мозгом. Двухцепочечные области РНК образуются спариванием оснований между остатками в области, близкой к области редактирующего сайта, с остатками обычно в соседнем интроне, но могут быть экзонной последовательностью. Область, которая образует пары оснований с областью редактирования, известна как редактируемая комплементарная последовательность (ECS).
Место расположения
Все сайты редактирования сосредоточены вместе между последними 150 нуклеотидами интрона 1 и началом экзона 2. Всего в пре-мРНК этого белка выявлено 17 сайтов редактирования. Из них 11 обнаружены в интронной последовательности (1-11), 3 находятся в области 5'UTR (5a, 5b, 5c), а 3 находятся в кодирующей последовательности (сайт Y / C, сайт Q / R, К / Р сайт). Некоторые из этих сайтов редактирования находятся на высококонсервативном амино-конце белка.[11]
Сайт редактирования Y / C расположен у аминокислоты 2 конечного белка. Изменение кодона вводит тирозин (UAU) в (UGU) цистеин подмена.[12]
Сайт Q / R - это вторая кодирующая область, обнаруженная у аминокислоты 5 конечного белка. Здесь кодон глутамина (Q_) превращается в аргинин (R).[11]
Третий сайт редактирования K / R в кодирующей последовательности находится в положении аминокислоты 15 конечного белка, где лизин превращается в аргинин.[11]
Предполагается, что ECS будет обнаружен в интроне с образованной двухцепочечной структурой, содержащей все 17 сайтов редактирования. Вероятно, поскольку все сайты редактирования попадают в область дуплекса, редактирование происходит в экзонной и интронной последовательностях одновременно. Имеется высокий уровень консервативности последних 150 нуклеотидов интронной области и начала экзона 2.[11]
Регулирование
Белок BLCAP экспрессируется в широком диапазоне тканей, а не только в тканях, связанных с нервной системой. Это указывает на то, что редактирование может включать фермент ADAR 1.[9] Однако было продемонстрировано, что ADAR1 и ADAR2 взаимодействуют при редактировании транскрипта BLCAP. Пре-мРНК этого белка редактируется во многих тканях (сердце, мочевой пузырь, лимфоциты, фибробласты, эпителиальные клетки и мозг), но частота редактирования варьируется в разных тканях. Общее снижение уровня редактирования BLCAP в Астроцитомы, Рак мочевого пузыря и колоректальный рак по сравнению с соответствующими нормальными тканями. Клетки HEK 293t, трансфицированные EGFP-ADAR1, EGFP-ADAR2 или нетрансфицированными клетками HEK293, использовали для определения того, какой фермент ADAR участвует в редактировании конкретных сайтов в 5'UTR и кодирующей области. Уровень редактирования на сайте Y / C составлял 16%, а в опухолевых клетках - в среднем 21% в мозге. Было показано, что ADAR1 не редактирует сайты в 5 'UTR, но ADAR2 редактирует сайты 5b и 5c. Y / c редактируется обоими и редактирует сайты Q / R и K / R на более высоких уровнях, чем ADAR1. Низкие уровни редактирования также обнаруживаются в нетрансфицированных векторах. Эти результаты показывают, что ADAR1 и ADAR2 могут редактировать все сайты, при этом ADAR2 более эффективен на большинстве сайтов.[11]
Последствия
Редактирование сайтов Q / R и K / R приводит к тому, что положительно заряженные аминокислоты размещаются на консервативном амино-конце белка. Три возможных сайта редактирования в кодирующей последовательности могут привести к трансляции до 8 различных изоформ белка.[11] Возможные изменения функции белка, вызванные редактированием, в настоящее время неизвестны.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000166619 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000067787 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Громова И., Громов П., Селис Дж. Э. (февраль 1999 г.). «Идентификация истинных дифференциально экспрессируемых мРНК в паре переходно-клеточных карцином мочевого пузыря человека с использованием улучшенной процедуры дифференциального отображения». Электрофорез. 20 (2): 241–8. Дои:10.1002 / (SICI) 1522-2683 (19990201) 20: 2 <241 :: AID-ELPS241> 3.0.CO; 2-A. PMID 10197429.
- ^ а б «Ген Entrez: белок, ассоциированный с раком мочевого пузыря BLCAP».
- ^ Мисоно Х., Тогава Х., Ямамото Т., Сода К. (сентябрь 1976 г.). «Возникновение мезо-альфа, эпсилон-диаминопимелатдегидрогеназы в Bacillus sphaericus». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 72 (1): 89–93. Дои:10.1016 / 0006-291x (76) 90964-5. PMID 10904.
- ^ Су А.И., Уилтшир Т., Баталов С., Лапп Х., Чинг К.А., Блок D, Чжан Дж., Соден Р., Хаякава М., Крейман Г., Кук М.П., Уокер Дж. Р., Хогенеш Дж. Б. (апрель 2004 г.). "Атлас генов транскриптомов, кодирующих белки человека и мыши". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (16): 6062–7. Bibcode:2004ПНАС..101.6062С. Дои:10.1073 / pnas.0400782101. ЧВК 395923. PMID 15075390.
- ^ а б c Ридманн Э.М., Шопофф С., Хартнер Дж. К., Янч М. Ф. (июнь 2008 г.). «Специфика ADAR-опосредованного редактирования РНК в недавно идентифицированных мишенях». РНК. 14 (6): 1110–8. Дои:10.1261 / rna.923308. ЧВК 2390793. PMID 18430892.
- ^ Clutterbuck DR, Leroy A, O'Connell MA, Semple CA (июнь 2005 г.). «Биоинформатический экран для новых сайтов редактирования РНК A-I показывает редактирование перекодирования в BC10». Биоинформатика. 21 (11): 2590–5. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti411. PMID 15797904.
- ^ а б c d е ж Галеано Ф., Лерой А., Россетти С., Громова И., Готье П., Киган Л. П., Массими Л., Ди Рокко К., О'Коннелл М. А., Галло А. (июль 2010 г.). «Расшифровка BLCAP человека: новые события редактирования в нормальных и раковых тканях». Международный журнал рака. 127 (1): 127–37. Дои:10.1002 / ijc.25022. ЧВК 2958456. PMID 19908260.
- ^ Леванон Е.Ю., Халлеггер М., Кинар Ю., Шемеш Р., Джинович-Каруго К., Рехави Г., Янч М.Ф., Айзенберг Э. (2005). «Эволюционно консервативные человеческие мишени от аденозина до редактирования инозиновой РНК». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (4): 1162–8. Bibcode:2005q.bio ..... 2045L. Дои:10.1093 / нар / gki239. ЧВК 549564. PMID 15731336.
дальнейшее чтение
- Яо Дж., Дуань Л., Фан М., Юань Дж., Ву Х (март 2007 г.). «Сверхэкспрессия BLCAP вызывает остановку S-фазы и апоптоз независимо от p53 и NF-kappaB в карциноме языка человека: сверхэкспрессия BLCAP вызывает остановку S-фазы и апоптоз». Молекулярная и клеточная биохимия. 297 (1–2): 81–92. Дои:10.1007 / s11010-006-9332-2. PMID 17031575. S2CID 27635093.
- Цзо З, Чжао М., Лю Дж, Гао Г, Ву Х (2006). «Функциональный анализ гена белка, связанного с раком мочевого пузыря: предполагаемый ген-супрессор рака шейки матки при карциноме шейки матки». Биология опухоли. 27 (4): 221–6. Дои:10.1159/000093057. PMID 16675915. S2CID 11650645.
- Оцуки Т., Ота Т., Нисикава Т., Хаяси К., Сузуки Ю., Ямамото Дж., Вакамацу А., Кимура К., Сакамото К., Хатано Н., Кавай Ю., Исии С., Сайто К., Кодзима С., Сугияма Т., Оно Т., Окано К. , Йошикава Ю., Аотсука С., Сасаки Н., Хаттори А., Окумура К., Нагаи К., Сугано С., Исогай Т. (2007). «Сигнальная последовательность и ловушка ключевого слова in silico для отбора полноразмерных человеческих кДНК, кодирующих секрецию или мембранные белки из библиотек олигокапированных кДНК». ДНК исследования. 12 (2): 117–26. Дои:10.1093 / dnares / 12.2.117. PMID 16303743.
- Киран А., Баранов П.В. (июль 2010 г.). «DARNED: DAtabase of RNa EDiting у людей». Биоинформатика. 26 (14): 1772–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq285. PMID 20547637.
внешняя ссылка
- Человек BLCAP расположение генома и BLCAP страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.