Барьер к автоинтеграции фактор 1 - Barrier to autointegration factor 1

BANF1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1QCK, 2ODG, 1CI4, 2BZF, 2EZY, 2EZZ, 2EZX
Идентификаторы
Псевдонимы	BANF1, BAF, BCRP1, D14S1460, NGPS, фактор барьера для автоинтеграции 1, фактор сборки ядра BAF 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 603811 MGI: 1346330 ГомолоГен: 2866 Генные карты: BANF1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q13.1 Начинать 66,002,228 бп[1] Конец 66,004,149 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 19 (мышь)[2] Группа 19 | 19 А Начинать 5,364,638 бп[2] Конец 5,367,168 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • GO: 0001948 связывание с белками • связывание с С-концом белка • связывание ферментов • активность гомодимеризации белков • связывание с N-концом белка • Связывание домена LEM • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • цитоплазма • внеклеточная экзосома • конденсированная хромосома • ядро клетки • хромосома • нуклеоплазма • цитозоль • ядерная оболочка Биологический процесс • повторная сборка митотической ядерной оболочки • ответ на вирус • разборка митотической ядерной оболочки • Интеграция ДНК • установление интегрированной провирусной задержки • GO: 0022415 вирусный процесс • ядерный транспорт • отрицательная регуляция репликации вирусного генома • сегрегация хромосом • конденсация хромосом Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	8815	23825
Ансамбль	ENSG00000175334	ENSMUSG00000024844
UniProt	O75531	O54962
RefSeq (мРНК)	NM_003860 NM_001143985	NM_001038231 NM_001286608 NM_011793
RefSeq (белок)	NP_001137457 NP_003851	NP_001033320 NP_001273537 NP_035923
Расположение (UCSC)	Chr 11:66 - 66 Мб	Chr 19: 5,36 - 5,37 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор барьера для автоинтеграции это белок что у людей кодируется BANF1 ген.^[5][6] Он является членом фактор барьера к аутоинтеграции семейство белков.

Функция

Белок, кодируемый этим геном, был идентифицирован по его способности защищать ретровирусы от внутримолекулярной интеграции и, следовательно, способствуют межмолекулярной интеграции в геном клетки-хозяина. Эндогенная функция белка неизвестна. Белок образует гомодимер, который локализуется в ядре и специфически связывается с хромосомами во время митоз. Этот белок связывается с ДНК неспецифическим образом, и исследования на грызунах показывают, что он также связывается с ламин-ассоциированный полипептид 2, компонент ядерная пластинка.^[6] Он также ассоциируется с белками, содержащими домен LEM. LAP2, Emerin, и MAN1. Способность белка связывать ДНК модулируется концентрацией АТФ.^[7]

Взаимодействия

Фактор 1 препятствует автоинтеграции взаимодействовать с Тимопоэтин.^[8]

Клиническая значимость

Было показано, что мутации в этом гене вызывают наследственные прогероидный синдром.^[9]

Смотрите также

• Ретровирусная интеграция

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000175334 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024844 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ли М.С., Крейги Р. (март 1998 г.). «Ранее неопознанный белок хозяина защищает ретровирусную ДНК от аутоинтеграции». Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (4): 1528–33. Дои:10.1073 / пнас.95.4.1528. ЧВК  19075. PMID  9465049.
6. «Ген Entrez: барьер BANF1 для фактора аутоинтеграции 1».
7. Шридхаран С., Курзава Н., Вернер Т., Гюнтнер И., Хельм Д., Хубер В., Баншефф М., Савицкий М.М. (март 2019 г.). «Профили растворимости и термостабильности в масштабе протеома выявляют различные регуляторные роли АТФ». Nature Communications. 10 (1): 1155. Дои:10.1038 / s41467-019-09107-у. ЧВК  6411743. PMID  30858367.
8. Фурукава К. (август 1999 г.). «LAP2-связывающий белок 1 (L2BP1 / BAF) является кандидатом в медиатор взаимодействия LAP2-хроматин». J. Cell Sci. 112 (Pt 15): 2485–92. PMID  10393804.
9. Пуэнте XS, Кесада V, Осорио Ф.Г., Кабанильяс Р., Кадиньянос Дж., Фрайле Дж. М., Ордоньес Г. Р., Пуэнте Д. А., Гутьеррес-Фернандес А., Фанджул-Фернандес М., Леви Н., Фрейхе Дж. М., Лопес-Май-Отин, 2011 г.). «Секвенирование экзома и функциональный анализ выявили мутацию BANF1 как причину наследственного прогероидного синдрома». Являюсь. J. Hum. Genet. 88 (5): 650–6. Дои:10.1016 / j.ajhg.2011.04.010. ЧВК  3146734. PMID  21549337.

дальнейшее чтение

• Гольдберг М, Харель А, Грюнбаум Y (2000). «Ядерная пластинка: молекулярная организация и взаимодействие с хроматином». Крит. Преподобный Эукариот. Джин Экспр. 9 (3–4): 285–93. Дои:10.1615 / critreveukargeneexpr.v9.i3-4.130. PMID  10651245.
• Сегура-Тоттен М, Уилсон К.Л. (2004). «BAF: роли в хроматине, структуре ядра и интеграции ретровируса». Тенденции Cell Biol. 14 (5): 261–6. Дои:10.1016 / j.tcb.2004.03.004. PMID  15130582.
• Ван Маэле Б., Дебизер З. (2005). «Интеграция ВИЧ-1: взаимодействие интегразы ВИЧ-1, клеточных и вирусных белков». Обзоры СПИДа. 7 (1): 26–43. PMID  15875659.
• Ван Маэле Б., Буссхотс К., Вандекеркхове Л. и др. (2006). «Клеточные кофакторы интеграции ВИЧ-1». Trends Biochem. Наука. 31 (2): 98–105. Дои:10.1016 / j.tibs.2005.12.002. PMID  16403635.
• Ли М.С., Крейги Р. (1994). «Защита ретровирусной ДНК от аутоинтеграции: участие клеточного фактора». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 91 (21): 9823–7. Дои:10.1073 / пнас.91.21.9823. ЧВК  44909. PMID  7937898.
• Уважаемый PH, Bankier AT, Piper MB (1998). «Метрическая карта HAPPY с высоким разрешением хромосомы 14 человека». Геномика. 48 (2): 232–41. Дои:10.1006 / geno.1997.5140. PMID  9521877.
• Линч Р.А., Пайпер М., Банкир А. и др. (1999). «Геномная и функциональная карта области кластера точки разрыва хромосомы 14 t (12; 14) в лейомиоме матки». Геномика. 52 (1): 17–26. Дои:10.1006 / geno.1998.5406. PMID  9740667.
• Цай М., Хуанг И, Чжэн Р. и др. (1998). «Структура раствора клеточного фактора BAF, ответственного за защиту ретровирусной ДНК от аутоинтеграции». Nat. Struct. Биол. 5 (10): 903–9. Дои:10.1038/2345. PMID  9783751. S2CID  857675.
• Фурукава К. (1999). «LAP2-связывающий белок 1 (L2BP1 / BAF) является кандидатом в медиатор взаимодействия LAP2-хроматин». J. Cell Sci. 112 (15): 2485–92. PMID  10393804.
• Чжэн Р., Гирландо Р., Ли М.С. и др. (2000). «Фактор барьера для аутоинтеграции (BAF) связывает ДНК в дискретном комплексе нуклеопротеидов более высокого порядка». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (16): 8997–9002. Дои:10.1073 / pnas.150240197. ЧВК  16810. PMID  10908652.
• Умланд TC, Wei SQ, Craigie R, Davies DR (2000). «Структурные основы связывания ДНК посредством фактора барьера к аутоинтеграции». Биохимия. 39 (31): 9130–8. Дои:10.1021 / bi000572w. PMID  10924106.
• Харрис Д., Энгельман А. (2001). «Как структура, так и функция связывания ДНК фактора барьера для аутоинтеграции способствуют восстановлению интеграции ВИЧ типа 1 in vitro». J. Biol. Chem. 275 (50): 39671–7. Дои:10.1074 / jbc.M002626200. PMID  11005805.
• Ли К.К., Харагути Т., Ли Р.С. и др. (2002). «Определенные функциональные домены в Emerin связывают ламин А и ДНК-мостиковый белок BAF». J. Cell Sci. 114 (Pt 24): 4567–73. PMID  11792821.
• Харагути Т., Кодзин Т., Сегура-Тоттен М. и др. (2002). «БАФ требуется для аварийной сборки в ядерную оболочку реформирования». J. Cell Sci. 114 (Pt 24): 4575–85. PMID  11792822.
• Сегура-Тоттен М., Ковальски А.К., Крейги Р., Уилсон К.Л. (2002). «Фактор барьера для автоинтеграции: основные роли в деконденсации хроматина и сборки ядра». J. Cell Biol. 158 (3): 475–85. Дои:10.1083 / jcb.200202019. ЧВК  2173821. PMID  12163470.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Холаска Дж. М., Ли К. К., Ковальски А. К., Уилсон К. Л. (2003). «Бесклеточный репрессор транскрипции (GCL) и барьер для фактора аутоинтеграции (BAF) конкурируют за связывание с Emerin in vitro». J. Biol. Chem. 278 (9): 6969–75. Дои:10.1074 / jbc.M208811200. PMID  12493765.
• Лин Ч.В., Энгельман А (2003). «Фактор барьера для аутоинтеграции является компонентом функциональных прединтеграционных комплексов вируса иммунодефицита человека типа 1». Дж. Вирол. 77 (8): 5030–6. Дои:10.1128 / JVI.77.8.5030-5036.2003. ЧВК  152146. PMID  12663813.

внешняя ссылка

• Человек BANF1 расположение генома и BANF1 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.