Циркуляция свободной ДНК - Circulating free DNA

Циркулирующая свободная ДНК (вкДНК) деградированы ДНК фрагменты переданы в плазма крови. вкДНК может использоваться для описания различных форм ДНК, свободно циркулирующих в кровотоке, в том числе внеклеточная ДНК (вкДНК), циркулирующая опухолевая ДНК (ктДНК) и внеклеточная ДНК плода (вкДНК). Повышенные уровни вкДНК наблюдаются в рак, особенно при запущенной болезни.[1] Имеются данные о том, что с возрастом циркуляция вкДНК становится все более частой.[2] cfDNA оказалась полезным биомаркер для множества недугов, кроме рак и фетальная медицина. Это включает, но не ограничивается травмой, сепсис, асептический воспаление, инфаркт миокарда, Инсульт, трансплантация, диабет и серповидно-клеточная анемия.[3] вкДНК в основном представляет собой двухцепочечную внеклеточную молекулу ДНК, состоящую из небольших фрагментов (от 70 до 200 п.н.) [4][5] и более крупные фрагменты (21 кб) [6] и был признан точным маркером для диагноз из рак простаты и рак молочной железы.[7]

Другие публикации подтверждают происхождение вкДНК из карциномы а вкДНК встречается у пациентов с запущенным раком. Внеклеточная ДНК (вкДНК) присутствует в циркулирующих плазма и в других жидкостях организма.[8]

Высвобождение вкДНК в кровоток появляется по разным причинам, в том числе по первичным опухоль, опухолевые клетки которые циркулируют в периферическая кровь, метастатические отложения, присутствующие в отдаленных местах, и нормальные типы клеток, такие как кроветворный и стромальные клетки. Опухолевые клетки и вкДНК циркулируют в кровотоке больных раком. Его быстро увеличивающееся накопление в крови во время развития опухоли вызвано чрезмерным высвобождением ДНК апоптозными и некротическими клетками. Активная секреция внутри экзосом обсуждалась, но до сих пор неизвестно, является ли она релевантным или относительно второстепенным источником вкДНК.[9]

вкДНК циркулирует преимущественно как нуклеосомы, которые представляют собой ядерные комплексы гистонов и ДНК.[10] Они часто неспецифически повышены в рак но может быть более специфичным для мониторинга терапии цитотоксического рака, главным образом для ранней оценки эффективности терапии.[11]

История

Циркулирующий нуклеиновые кислоты были впервые обнаружены Манделем и Метаисом в 1948 году.[12] Позже было обнаружено, что уровень вкДНК значительно увеличивается в плазма больных. Это открытие было впервые сделано в волчанка пациенты[13] а позже было установлено, что уровни вкДНК повышены более чем у половины больных раком.[14] Молекулярный анализ вкДНК привел к важному открытию, что ДНК плазмы крови из рак Пациенты содержат мутации, связанные с опухолью, и могут использоваться для диагностики рака и последующего наблюдения.[15][16] Возможность извлечения циркулирующая опухолевая ДНК (ctDNA) из плазмы человека привела к огромным достижениям в неинвазивных рак обнаружение.[17] В частности, это привело к тому, что теперь известно как жидкая биопсия. Короче жидкий биопсия использует биомаркеры и раковые клетки в крови как средство диагностики типа и стадии рака.[18] Этот тип биопсии неинвазивен и позволяет проводить рутинный клинический скрининг, который важен для определения рецидива рака после начального лечения.[19]

На основе внутриклеточного происхождения, вкДНК и иммунной системы

Внутриклеточное происхождение вкДНК, например, либо из ядро или же митохондрии, также может влиять на воспалительный потенциал вкДНК. мтДНК - мощный воспалительный триггер.[20] мтДНК, благодаря прокариотический origin, имеет много функций, похожих на бактериальный ДНК, включая наличие относительно высокого содержания неметилированных CpG мотивы, которые редко наблюдаются в ядерной ДНК.[21] Неметилированные CpG мотивы имеют особое значение, поскольку TLR9, единственный эндолизосомальный ДНК-сенсорный рецептор, обладает уникальной специфичностью к неметилированным CpG ДНК. мтДНК было показано, чтобы активировать нейтрофилы через TLR9 помолвка [22] если не связан с перевозчиком белки, мтДНК, но не ядерную ДНК, можно распознать как связанный с опасностью молекулярный паттерн, вызывающий провоспалительный процесс через TLR9.[23] Коллинз и др. сообщили, что внутрисуставная инъекция мтДНК вызывает артрит in vivo, предполагая прямую роль мтДНК экструзия в болезнь патогенез РА.[24][23]

МтДНК, в отличие от ядерных ДНК, характеризуется повышенным базальным уровнем 8-OHdG, маркера окислительного повреждения. Высокое содержание окислительный повреждение мтДНК объясняется близостью мтДНК к ROS и относительно неэффективно ДНК механизмы репарации, которые могут привести к накоплению повреждений ДНК.[24][25]

Они показали, что окислительный взрыв во время НЕТоза может окислять мтДНК и выделившийся окисленный мтДНК сам по себе или в комплексе с TFAM, могут вызывать заметную индукцию IFN типа I.[20] Окисленный мтДНК генерируемый во время запрограммированной гибели клеток, не ограничивается TLR9, но было показано, что он также задействует инфламмасому NRLP3, что приводит к выработке провоспалительных цитокины, ИЛ-1β, и Ил-18.[24][26] MtDN А также можно распознать по циклическому GMP -АМР синтаза (cGAS), цитозольный дцДНК сенсор, чтобы инициировать STING-IRF3-зависимый путь, который, в свою очередь, регулирует производство IFN типа I.[24][27]

Методы

Сбор и очистка

Очистка вкДНК подвержена загрязнению из-за разорванных клеток крови в процессе очистки.[28] Из-за этого разные методы очистки могут приводить к значительно разным выходам экстракции вкДНК.[29][30] В настоящее время типичные методы очистки включают сбор крови через венепункция, центрифугирование для осаждения клеток и выделение вкДНК из плазмы. Конкретный метод экстракции вкДНК из плазмы зависит от желаемого протокола.[31]

Анализ вкДНК

Схема ПЦР в непрерывном потоке.png

ПЦР

В общем, обнаружение конкретных последовательностей ДНК в вкДНК может быть выполнено двумя способами; определение последовательности (ПЦР на основе) и общий геномный анализ всей вкДНК, присутствующей в крови (Секвенирование ДНК ).[32] Присутствие вкДНК, содержащей ДНК из опухолевых клеток, первоначально было охарактеризовано с помощью ПЦР-амплификации мутантных генов из извлеченной вкДНК.[15] Анализ вкДНК на основе ПЦР обычно зависит от аналитического характера КПЦР и цифровая ПЦР. Оба эти метода могут обнаруживать до одной целевой молекулы, присутствующей в образце. По этой причине ПЦР Основанный на методе обнаружения до сих пор очень важный инструмент в обнаружении вкДНК. Ограничение этого метода состоит в том, что он не может обнаружить более крупный структурный вариант, присутствующий в ctDNA, и по этой причине для определения содержания ctDNA в cfDNA также используется массовое параллельное секвенирование следующего поколения.

Массовая параллельная последовательность

Массивно параллельное секвенирование (MPS) позволил провести глубокое секвенирование вкДНК. Это глубокое секвенирование необходимо для обнаружения мутантной цДНК, присутствующей в плазме в низких концентрациях. Для анализа мутантной вкДНК обычно используются два основных метода секвенирования; ПЦР-ампликон секвенирования[33] и гибридное секвенирование захвата.[34]Другие формы генетических изменений могут быть проанализированы с помощью ктДНК (например, изменения числа соматических копий или генетические перестройки). Здесь в основном используются методы, основанные на нецелевом секвенировании, такие как WGS или WGS с низким покрытием.

вкДНК и болезнь

Рак

Большинство исследований вкДНК сосредоточено на ДНК, происходящей от рака (втДНК ). Короче говоря, ДНК из раковых клеток высвобождается в результате клеточной смерти, секреции или других механизмов, которые еще не известны.[35] Доля вкДНК, высвобождаемая опухолевыми клетками в кровотоке, зависит от размера опухоли, а также от стадии и типа опухоли. Рак на ранних стадиях и опухоль головного мозга являются одними из самых трудных для обнаружения с помощью жидкой биопсии.[36]

Травма

Повышенная вкДНК была обнаружена при острой тупой травме[37] и жертвы ожогов.[38] В обоих случаях концентрация вкДНК в плазме коррелировала с тяжестью травмы, а также исходом для пациента.

Сепсис

Было показано, что увеличение вкДНК в плазме ICU пациентов является индикатором начала сепсис.[39][40] В связи с тяжестью сепсиса у пациентов в отделении интенсивной терапии вероятны дальнейшие исследования для определения эффективности вкДНК в качестве биомаркера септического риска.[3]

Инфаркт миокарда

Пациенты с признаками инфаркт миокарда были показаны повышенные уровни вкДНК.[41] Это повышение коррелирует с исходом пациента с точки зрения дополнительных сердечных проблем и даже смертности в течение двух лет.[42]

Отторжение трансплантата

Было показано, что чужеродная вкДНК присутствует в плазме пациентов после трансплантации твердых органов. Эта вкДНК происходит из трансплантированного органа и называется дд-вкДНК (внеклеточная ДНК донорского происхождения). Значения DdcfDNA первоначально резко возрастают после процедуры трансплантации (> 5%) со значениями, сильно зависящими от трансплантированного органа, и обычно падают (<0,5%) в течение одной недели.[43] Если организм-хозяин отторгает трансплантированный орган, концентрация ddcfDNA в крови (плазме) поднимется до уровня более чем в 5 раз выше, чем без осложнений. Это увеличение ddcfDNA можно обнаружить до появления любых других клинических или биохимических признаков осложнения.[43]Помимо ddcfDNA в плазме, некоторые исследования также были сосредоточены на экскреции ddcfDNA с мочой. Это представляет особый интерес при трансплантации аллотрансплантатов почки. Когда ddcfDNA измеряется с помощью целевого секвенирование следующего поколения, анализы использовались с популяционно-специфическим геномом SNP панель.[44] Прикрепление штрих-кодов к лигированным адаптерам до NGS в течение подготовка библиотеки сделать возможным абсолютное количественное определение ддкфДНК без необходимости предварительного генотипирования донора. Было показано, что это обеспечивает дополнительные клинические преимущества, если считать абсолютное количество копий вкДНК в сочетании с долей ддкфДНК по сравнению с вкДНК от реципиента, чтобы определить, аллотрансплантат отклоняется или нет.[44]

Будущие направления

ELISA diretto e sandwich.png

cfDNA обеспечивает быстрый, простой, неинвазивный и повторяющийся метод отбора проб. Комбинация этих биологических характеристик и технической возможности отбора проб делает вкДНК потенциальным биомаркер огромной полезности, например, для аутоиммунный ревматические заболевания и опухоли. Он также предлагает потенциальный биомаркер с собственными преимуществами по сравнению с инвазивной биопсией ткани в качестве количественной меры для обнаружения отторжения трансплантата, а также оптимизации иммуносупрессии. Однако этому методу не хватает единообразия в отношении типа образца (плазма / сыворотка / синовиальная жидкость / моча), методов сбора / обработки образцов, свободной ДНК или ДНК, связанной с поверхностью клетки, экстракции вкДНК и количественного определения вкДНК, а также в представлении и интерпретации. количественных находок вкДНК.[24]

вкДНК количественно определяется флуоресцентными методами, такими как окрашивание PicoGreen и ультрафиолетовая спектрометрия, более чувствительна количественная полимеразная цепная реакция (ПЦР; SYBR Green или TaqMan) повторяющихся элементов или домашнего хозяйства гены, или же глубокое секвенирование методы. Циркулирующие нуклеосомы, первичная повторяющаяся единица организации ДНК в хроматин, количественно оцениваются фермент -связанные иммуносорбенты (ELISA ).[45]

Рекомендации

  1. ^ Шоу Дж. А., Стеббинг Дж. (Январь 2014 г.). «Циркуляция свободной ДНК в лечении рака груди». Анналы трансляционной медицины. 2 (1): 3. Дои:10.3978 / j.issn.2305-5839.2013.06.06. ЧВК  4200656. PMID  25332979.
  2. ^ Гравина С., Седивий Ю.М., Вийг Дж. (Июнь 2016 г.). «Темная сторона циркулирующих нуклеиновых кислот». Ячейка старения. 15 (3): 398–9. Дои:10.1111 / acel.12454. ЧВК  4854914. PMID  26910468.
  3. ^ а б Батт А.Н., Сваминатан Р. (август 2008 г.). «Обзор циркулирующих нуклеиновых кислот в плазме / сыворотке». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 1137 (1): 236–42. Bibcode:2008НЯСА1137..236Б. Дои:10.1196 / анналы.1448.002. PMID  18837954.
  4. ^ Mouliere F, Robert B., Arnau Peyrotte E, Del Rio M, Ychou M и др. (2011). «Циркулирующая ДНК опухолевого происхождения характеризуется высокой степенью фрагментации». PLOS ONE. 6 (9): e23418. Дои:10.1371 / journal.pone.0023418. ЧВК  3167805. PMID  21909401.
  5. ^ Мульере Ф., Чандрананда Д., Пискорз А.М., Мур Е.К., Моррис Дж., Альборн Л.Б., Майр Р., Горанова Т., Марасс Ф., Хайдер К., Ван Дж.К.М., Супернат А, Худекова И., Гунарис И., Рос С., Хименес-Линан М., Гарсиа-Корбачо Дж., Патель К., Эструп О., Мерфи С., Элдридж, доктор медицины, Гейл Д., Стюарт Г. Д., Бердж Дж., Купер В. Н., Ван дер Хейден М. С., Мэсси К. Э., Уоттс К., Корри П., Пейси С., Бриндл К. М., Бэрд RD, Мау-Соренсен, Паркинсон, Калифорния, Смит, К.Г., Брентон, Дж. Д., Розенфельд Н. (2018). «Улучшенное обнаружение циркулирующей опухолевой ДНК с помощью анализа размера фрагмента». Sci Transl Med. 10 (466): eaat4921. Дои:10.1126 / scitranslmed.aat4921. ЧВК  6483061. PMID  30404863.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  6. ^ Gall TM, Belete S, Khanderia E, Frampton AE, Jiao LR (январь 2019 г.). «Циркулирующие опухолевые клетки и внеклеточная ДНК в аденокарциноме протока поджелудочной железы». Американский журнал патологии. 189 (1): 71–81. Дои:10.1016 / j.ajpath.2018.03.020. PMID  30558725.
  7. ^ Золи, Вайнер; Сильвестрини, Розелла; Амадори, Дино; Карретта, Элиза; Гунелли, Роберта; Салви, Саманта; Калистри, Даниэле; Касадио, Валентина (2013). «Целостность внеклеточной ДНК в моче как маркер ранней диагностики рака простаты: пилотное исследование». BioMed Research International. 2013: 270457. Дои:10.1155/2013/270457. ЧВК  3586456. PMID  23509700.
  8. ^ Teo YV, Capri M, Morsiani C, Pizza G, Faria AM, Franceschi C, Neretti N (февраль 2019 г.). «Внеклеточная ДНК как биомаркер старения». Ячейка старения. 18 (1): e12890. Дои:10.1111 / acel.12890. ЧВК  6351822. PMID  30575273.
  9. ^ Такур Ж., Беккер А., Матей И., Хуанг Й., Коста-Силва Б. (2014). «Двухцепочечная ДНК в экзосомах: новый биомаркер в обнаружении рака». Клеточные исследования. 24 (6): 766–9. Дои:10.1038 / cr.2014.44. ЧВК  4042169. PMID  24710597.
  10. ^ Roth C, Pantel K, Müller V, Rack B, Kasimir-Bauer S, Janni W, Schwarzenbach H (январь 2011 г.). «Связанная с апоптозом дерегуляция протеолитической активности и высокие уровни циркулирующих нуклеосом и ДНК в сыворотке крови коррелируют с прогрессированием рака груди». BMC Рак. 11 (1): 4. Дои:10.1186/1471-2407-11-4. ЧВК  3024991. PMID  21211028.
  11. ^ Штетцер О.Дж., Фершинг Д.М., Салат С., Стейнкохль О., Габка С.Дж., Хаманн Ю., Браун М., Феллер А.М., Хайнеманн В., Зигеле Б., Нагель Д., Холденридер С. (август 2013 г.). «Прогнозирование ответа на неоадъювантную химиотерапию у пациентов с раком молочной железы с помощью циркулирующих апоптотических биомаркеров, нуклеосом, ДНКазы, фрагментов цитокератина-18 и сурвивина». Письма о раке. 336 (1): 140–8. Дои:10.1016 / j.canlet.2013.04.013. PMID  23612068.
  12. ^ Мандель П., Метаис П. (февраль 1948 г.). "Les Acides Nucléiques Du Plasma Sanguin Chez l'Homme". Comptes Rendus des Séances de la Société de Biologie et de ses Filiales. 142 (3–4): 241–3. PMID  18875018.
  13. ^ Тан Э.М., Шур PH, Карр Р.И., Кункель Х.Г. (ноябрь 1966 г.). «Дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) и антитела к ДНК в сыворотке крови больных системной красной волчанкой». Журнал клинических исследований. 45 (11): 1732–40. Дои:10.1172 / jci105479. ЧВК  292857. PMID  4959277.
  14. ^ Леон С.А., Шапиро Б., Скларов Д.М., Ярос М.Дж. (март 1977 г.). «Свободная ДНК в сыворотке онкологических больных и эффект терапии». Исследования рака. 37 (3): 646–50. PMID  837366.
  15. ^ а б Васиухин В., Анкер П., Морис П., Ляути Дж., Ледеррей С., Строун М. (апрель 1994 г.). «Точечные мутации гена N-ras в ДНК плазмы крови пациентов с миелодиспластическим синдромом или острым миелолейкозом». Британский журнал гематологии. 86 (4): 774–779. Дои:10.1111 / j.1365-2141.1994.tb04828.x. PMID  7918071.
  16. ^ Васиухин В., Строун М., Морис П., Ляути Дж., Ледеррей С., Анкер П. (май 1994 г.). «Точечные мутации K-ras в ДНК плазмы крови пациентов с колоректальными опухолями». Вызовы современной медицины: биотехнология сегодня. 5: 141–150.
  17. ^ Соренсон Г.Д., Прибиш Д.М., Валоне Ф.Х., Мемоли В.А., Бзик Д.Д., Яо С.Л. (январь 1994 г.). «Растворимые нормальные и мутировавшие последовательности ДНК из генов с единственной копией в крови человека». Эпидемиология, биомаркеры и профилактика рака. 3 (1): 67–71. PMID  8118388.
  18. ^ Арнет Б. (май 2018 г.). «Обновленная информация о типах и использовании жидкой биопсии в клинических условиях: систематический обзор». BMC Рак. 18 (1): 527. Дои:10.1186 / s12885-018-4433-3. ЧВК  5935950. PMID  29728089.
  19. ^ Бабаян А, Пантел К (март 2018). «Достижения в подходах к жидкостной биопсии для раннего выявления и мониторинга рака». Геномная медицина. 10 (1): 21. Дои:10.1186 / s13073-018-0533-6. ЧВК  5861602. PMID  29558971.
  20. ^ а б Луд С., Бланко Л.П., Пурмалек М.М., Кармона-Ривера С., Де Равин С.С., Смит К.К., Малек Х.Л., Ледбеттер Д.А., Элкон К.Б., Каплан М.Дж. (февраль 2016 г.). «Внеклеточные ловушки нейтрофилов, обогащенные окисленной митохондриальной ДНК, являются интерферогенными и способствуют возникновению волчаночного заболевания». Природа Медицина. 22 (2): 146–53. Дои:10,1038 / нм 4027. ЧВК  4742415. PMID  26779811.
  21. ^ Ян, Д .; Oyaizu, Y .; Oyaizu, H .; Olsen, G.J .; Woese, C.R. (1 июля 1985 г.). «Митохондриальное происхождение». Труды Национальной академии наук. 82 (13): 4443–4447. Bibcode:1985PNAS ... 82.4443Y. Дои:10.1073 / pnas.82.13.4443. ISSN  0027-8424. ЧВК  391117. PMID  3892535.
  22. ^ Zhang Q, Raoof M, Chen Y, Sumi Y, Sursal T, Junger W., Brohi K, Itagaki K, Hauser CJ (март 2010 г.). «Циркулирующие митохондриальные DAMPs вызывают воспалительную реакцию на травму». Природа. 464 (7285): 104–7. Bibcode:2010Натура.464..104Z. Дои:10.1038 / природа08780. ЧВК  2843437. PMID  20203610.
  23. ^ а б Коллинз Л.В., Гаджизаде С., Холм Э., Йонссон И.М., Тарковски А. (июнь 2004 г.). «Эндогенно окисленная митохондриальная ДНК вызывает воспалительные реакции in vivo и in vitro». Журнал биологии лейкоцитов. 75 (6): 995–1000. Дои:10.1189 / jlb.0703328. PMID  14982943.
  24. ^ а б c d е Дуввури Б., Луд С. (19 марта 2019 г.). «Внеклеточная ДНК как биомаркер аутоиммунных ревматических заболеваний». Границы иммунологии. 10: 502. Дои:10.3389 / fimmu.2019.00502. ЧВК  6433826. PMID  30941136. CC-BY icon.svg Материал был скопирован из этого источника, который доступен под Международная лицензия Creative Commons Attribution 4.0.
  25. ^ Клейтон, Дэвид А .; Дода, Джеки Н .; Фридберг, Эррол К. (1975), Ханавальт, Филип Ч .; Сетлоу, Ричард Б. (ред.), "Отсутствие механизма восстановления пиримидинового димера для митохондриальной ДНК в клетках мыши и человека", Молекулярные механизмы восстановления ДНК, Springer США, 5B, стр. 589–591, Дои:10.1007/978-1-4684-2898-8_26, ISBN  9781468429008, PMID  1238079
  26. ^ Шимада К., Кротер Т.Р., Карлин Дж., Дагвадордж Дж., Чиба Н., Чен С., Рамануджан В.К., Вольф А.Дж., Вергнес Л., Охциус Д.М., Рентсендорж А., Варгас М., Герреро С., Ван Y, Фицджеральд К.А., Андерхилл Д.М., Таун Т. , Ардити М (март 2012 г.). «Окисленная митохондриальная ДНК активирует инфламмасому NLRP3 во время апоптоза». Иммунитет. 36 (3): 401–14. Дои:10.1016 / j.immuni.2012.01.009. ЧВК  3312986. PMID  22342844.
  27. ^ West AP, Khoury-Hanold W., Staron M, Tal MC, Pineda CM, Lang SM, Bestwick M, Duguay BA, Raimundo N, MacDuff DA, Kaech SM, Smiley JR, Means RE, Iwasaki A, Shadel GS (апрель 2015 г.) . «Стресс митохондриальной ДНК стимулирует противовирусный врожденный иммунный ответ». Природа. 520 (7548): 553–7. Bibcode:2015 Натур.520..553Вт. Дои:10.1038 / природа14156. ЧВК  4409480. PMID  25642965.
  28. ^ Луи Й.Й., Чик К.В., Чиу Р.В., Хо Си.Й., Лам С.В., Ло Ю.М. (март 2002 г.). «Преобладающее гематопоэтическое происхождение внеклеточной ДНК в плазме и сыворотке после трансплантации несоответствующего пола костного мозга». Клиническая химия. 48 (3): 421–7. Дои:10.1093 / Clinchem / 48.3.421. PMID  11861434.
  29. ^ Пейдж К., Гаттери Д.С., Зара Н., Примроуз Л., Элшоу С.Р., Прингл Дж. Х., Блиге К., Марчезе С. Д., Хиллз А., Вудли Л., Стеббинг Дж., Кумбс Р. К., Шоу Дж. А. (2013-10-18). «Влияние обработки плазмы на восстановление и анализ циркулирующих нуклеиновых кислот». PLOS ONE. 8 (10): e77963. Bibcode:2013PLoSO ... 877963P. Дои:10.1371 / journal.pone.0077963. ЧВК  3799744. PMID  24205045.
  30. ^ Бартак Б.К., Калмар А., Галамб О., Вихманн Б., Надь З. Б., Тулассай З., Данк М., Игаз П., Мольнар Б. (январь 2018 г.). «Методы сбора крови и внеклеточного выделения ДНК влияют на чувствительность анализа жидкой биопсии для выявления рака прямой кишки». Патология Онкология Исследования. 25 (3): 915–923. Дои:10.1007 / s12253-018-0382-z. PMID  29374860. S2CID  24629831.
  31. ^ Перес-Барриос С., Ньето-Альколадо I, Торренте М., Хименес-Санчес С., Кальво В., Гутьеррес-Санс Л., Палка М., Доносо-Наварро Е., Провенсио М., Ромеро А. (декабрь 2016 г.). «Сравнение методов выделения циркулирующей бесклеточной ДНК с использованием крови больных раком: влияние на тестирование биомаркеров». Трансляционные исследования рака легких. 5 (6): 665–672. Дои:10.21037 / tlcr.2016.12.03. ЧВК  5233878. PMID  28149760.
  32. ^ Волик С., Алкаид М., Морин Р.Д., Коллинз С. (октябрь 2016 г.). «Внеклеточная ДНК (вкДНК): клиническое значение и полезность при раке, сформированном новейшими технологиями». Молекулярные исследования рака. 14 (10): 898–908. Дои:10.1158 / 1541-7786.MCR-16-0044. PMID  27422709.
  33. ^ Форшью Т., Муртаза М., Паркинсон С., Гейл Д., Цуй Д.В., Капер Ф, Доусон С.Дж., Пискорз А.М., Хименес-Линан М., Бентли Д., Хадфилд Дж., Мэй А.П., Калдас С., Брентон Д.Д., Розенфельд Н. (май 2012 г.) . «Неинвазивная идентификация и мониторинг раковых мутаций с помощью целевого глубокого секвенирования ДНК плазмы». Научная трансляционная медицина. 4 (136): 136ra68. Дои:10.1126 / scitranslmed.3003726. PMID  22649089. S2CID  34723244.
  34. ^ Ньюман А.М., Братман С.В., То Дж., Винн Дж. Ф., Эклов Н. С., Модлин Л. А., Лю С. Л., Нил Дж. В., Уэйкли Х.А., Мерритт Р. Э., Шрагер Дж. Б., Лу Б. В., Ализаде А. А., Дин М. (май 2014 г.). «Сверхчувствительный метод количественного определения циркулирующей опухолевой ДНК с широким охватом пациентов». Природа Медицина. 20 (5): 548–54. Дои:10,1038 / нм.3519. ЧВК  4016134. PMID  24705333.
  35. ^ Шварценбах Х., Хун Д.С., Пантель К. (июнь 2011 г.). «Внеклеточные нуклеиновые кислоты как биомаркеры у онкологических больных». Обзоры природы. Рак. 11 (6): 426–37. Дои:10.1038 / nrc3066. PMID  21562580. S2CID  6061607.
  36. ^ ван дер Поль Y, Mouliere F (2019). «На пути к раннему обнаружению рака путем расшифровки эпигенетических и экологических отпечатков бесклеточной ДНК». Раковая клетка. 36 (4): 350–368. Дои:10.1016 / j.ccell.2019.09.003. PMID  31614115.
  37. ^ Ло Ю.М., Райнер Т.Х., Чан Л.Й., Хьельм Н.М., Кокс Р.А. (март 2000 г.). «Плазменная ДНК как прогностический маркер у пациентов с травмами». Клиническая химия. 46 (3): 319–23. Дои:10.1093 / Clinchem / 46.3.319. PMID  10702517.
  38. ^ Чиу Т.В., Янг Р., Чан Л.Й., Бурд А., Ло Д.Й. (2006). «Бесклеточная ДНК плазмы как индикатор тяжести травмы у ожоговых больных». Клиническая химия и лабораторная медицина. 44 (1): 13–7. Дои:10.1515 / CCLM.2006.003. PMID  16375578. S2CID  37876738.
  39. ^ Родос А., Сусло С.Дж., Томас Х, Коллинсон П., Беннетт Э.Д. (2006). «Концентрация плазменной ДНК как предиктор смертности и сепсиса у тяжелобольных». Критический уход. 10 (2): R60. Дои:10.1186 / cc4894. ЧВК  1550922. PMID  16613611.
  40. ^ Мартинс Г.А., Кавамура М.Т., Карвалью М. (апрель 2000 г.). «Обнаружение ДНК в плазме больных сепсисом». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 906 (1): 134–40. Bibcode:2000НЯСА.906..134М. Дои:10.1111 / j.1749-6632.2000.tb06603.x. PMID  10818609.
  41. ^ Чанг С.П., Чиа Р.Х., Ву Т.Л., Цао К.С., Сан С.Ф., Ву Дж.Т. (январь 2003 г.). «Повышенный уровень внеклеточной ДНК сыворотки обнаружен у пациентов с инфарктом миокарда». Clinica Chimica Acta; Международный журнал клинической химии. 327 (1–2): 95–101. Дои:10.1016 / S0009-8981 (02) 00337-6. PMID  12482623.
  42. ^ Райнер Т.Х., Лам Нью-Йорк, Ман С.Й., Чиу Р.В., Ву К.С., Ло Ю.М. (июнь 2006 г.). «ДНК бета-глобина в плазме как прогностический маркер у пациентов с болью в груди». Clinica Chimica Acta; Международный журнал клинической химии. 368 (1–2): 110–3. Дои:10.1016 / j.cca.2005.12.021. PMID  16480967.
  43. ^ а б Beck J, Oellerich M, Schulz U, Schauerte V, Reinhard L, Fuchs U, Knabbe C, Zittermann A, Olbricht C, Gummert JF, Shipkova M, Birschmann I, Wieland E, Schütz E (октябрь 2015 г.). «Бесклеточная ДНК, полученная от донора, является новым универсальным биомаркером отторжения аллотрансплантата при трансплантации твердых органов». Трансплантация. 47 (8): 2400–3. Дои:10.1016 / j.transproceed.2015.08.035. PMID  26518940.
  44. ^ а б Грскович М (ноябрь 2016 г.). «Валидация анализа клинического уровня для измерения внеклеточной ДНК, полученной от донора, у реципиентов твердых органов после трансплантации». Журнал молекулярной диагностики. 18 (6): 890–902. Дои:10.1016 / j.jmoldx.2016.07.003. PMID  27727019.
  45. ^ Пинзани П., Сальвианти Ф, Паццагли М., Орландо С. (апрель 2010 г.). «Циркулирующие нуклеиновые кислоты при раке и беременности». Методы. 50 (4): 302–7. Дои:10.1016 / j.ymeth.2010.02.004. PMID  20146940.