Шифрование ДНК - DNA encryption

Шифрование ДНК это процесс сокрытия или усложнения генетической информации вычислительный метод с целью улучшения генетическая конфиденциальность в Секвенирование ДНК процессы. В человеческий геном является сложным и длинным, но очень возможно интерпретировать важную и идентифицирующую информацию из меньших вариаций, а не читать весь геном. Целый геном человека представляет собой строку из 3,2 миллиарда пар оснований. нуклеотиды, строительные блоки жизни, но между людьми генетическая вариация отличается только на 0,5%, важные 0,5%, которые объясняют все человеческое разнообразие, патологию различных болезней и историю предков.[1] Новые стратегии включают в себя различные методы, такие как алгоритмы рандомизации и криптографический подходы к деидентифицировать генетическая последовательность от человека и, по сути, изолирует только необходимую информацию, защищая остальную часть генома от ненужных запросов. Сейчас приоритетом является выяснение того, какие методы являются надежными и как политика должна обеспечивать постоянную защиту генетической конфиденциальности.

История

В 2003 г. Национальный институт исследования генома человека и его аффилированные партнеры успешно секвенировали первый полный геном человека, проект на это ушло чуть менее 3 миллиардов долларов.[2] Четыре года спустя, Джеймс Уотсон - один из соавторов структуры ДНК - смог секвенировать свой геном менее чем за 1,5 миллиона долларов.[3] Поскольку технологии генетического секвенирования получили широкое распространение, их рационализация и адаптация к клиническим средствам, теперь они могут обеспечить невероятное понимание индивидуальной генетической идентичности при гораздо меньших затратах, при этом биотехнологические конкуренты борются за титул Геном за 1000 долларов.[4] Генетический материал теперь можно извлечь из слюны, волос, кожи, крови или других источников человека, секвенировать, оцифровать, сохранить и использовать для множества целей. Всякий раз, когда данные оцифровываются и хранятся, существует вероятность нарушения конфиденциальности.[5] Хотя современный секвенирование всего генома технология позволила получить беспрецедентный доступ и понимание человеческий геном, и волнение по поводу возможностей персонализированная медицина, это также вызвало серьезный разговор об этических рисках и рисках для неприкосновенности частной жизни, которые сопровождают этот процесс раскрытия основных инструкций бытия человека: их последовательности ДНК.

Исследование

Генетическое секвенирование является ключевым компонентом получения научных знаний о происхождении болезней, их профилактике и разработке значимых терапевтических вмешательств. В большинстве исследований используются образцы ДНК больших групп или совокупные наборы данных по всему геному для сравнения и идентификации генов, связанных с конкретными заболеваниями или фенотипами; поэтому есть много возражений против ограничения доступа к базе данных генома и большая поддержка для усиления таких широкомасштабных исследований. Например, если информированное согласие пункт должен был применяться ко всем генетическим исследованиям, существующие генетические базы данных не могли быть повторно использованы для новых исследований - все наборы данных необходимо было либо уничтожить в конце каждого исследования, либо всем участникам необходимо было повторно авторизовать разрешения для каждого нового исследования.[1] Поскольку наборы генетических данных могут быть экстраполированы на близкородственных членов семьи, это добавляет еще один аспект необходимого согласия в процессе исследования. Это принципиально поднимает вопрос о том, являются ли эти ограничения необходимой защитой конфиденциальности или препятствием для научного прогресса.

Клиническое использование

В медицине генетическое секвенирование важно не только для традиционных применений, таких как тесты на отцовство, но и для облегчения диагностики и лечения. Персонализированная медицина была провозглашена будущим здравоохранения, поскольку секвенирование всего генома дало возможность персонализировать лечение в соответствии с индивидуальным проявлением и переживанием болезни. В качестве фармакология и разработка лекарств основана на популяционных исследованиях, текущие методы лечения нормализуются по статистике всей популяции, что может снизить эффективность лечения для отдельных людей, поскольку реакция каждого человека на болезнь и лекарственную терапию однозначно связана с их генетической предрасположенностью. Генетическое секвенирование уже ускорилось. прогностический консультирование в моногенные заболевания что требует быстрой дифференциальной диагностики неонатальный забота.[6] Однако часто нечеткое различие между медицинским использованием и использованием в исследованиях может усложнить обработку конфиденциальности между этими двумя сферами, поскольку они часто требуют разных уровней согласия и используют разные политики.

Коммерческое использование

Даже на потребительском рынке люди стекались в Ancestry.com и 23andMe раскрыть их наследие и выяснить их генотипы. Поскольку характер потребительских транзакций позволяет эти электронные нажмите обернуть Модели обхода традиционных форм согласия в исследованиях и здравоохранении, потребители могут не полностью осознавать последствия оцифровки и хранения своей генетической последовательности. Кроме того, корпоративная политика конфиденциальности часто действует за пределами федеральной юрисдикции, подвергая потребителей информационным рискам, как с точки зрения их генетической конфиденциальности, так и их самораскрытия потребительского профиля, включая самораскрытие семейного анамнеза, состояния здоровья, расы, этнической принадлежности, социальной принадлежности. сети и многое другое.[7] Простое наличие баз данных создает потенциальные риски для конфиденциальности, поскольку хранение данных по своей сути влечет за собой возможность утечки данных и правительственного запроса наборов данных. 23andMe уже получили четыре запроса от Федеральное бюро расследований (ФБР) для доступа к наборам данных потребителей, и хотя эти запросы были отклонены, это обнаруживает ту же загадку, что и Спор ФБР и Apple о шифровании.[7]

Криминалистическое использование

ДНК-информацию можно использовать для раскрытия уголовных дел путем установления соответствия между известным подозреваемым в конкретном преступлении и неизвестным подозреваемым в нераскрытом преступлении. Однако ДНК-информация сама по себе может привести к ожидаемым ошибкам с определенной вероятностью, и ее не следует использовать в качестве полностью надежного доказательства. [8]

Политика

Поскольку геномная последовательность человека может раскрывать важную медицинскую информацию о нем самом и членах его семьи, сторонники конфиденциальности считают, что должны быть предусмотрены определенные меры защиты, чтобы в конечном итоге защитить конфиденциальность и личность пользователя от возможной дискриминации со стороны страховых компаний или работодателей. озвучена озабоченность. Были случаи, когда имела место генетическая дискриминация, часто показывающая, как наука может быть неправильно истолкована неспециалистами. В 1970 году афроамериканцам было отказано в страховом покрытии или взимались более высокие страховые взносы, поскольку они были известными носителями серповидноклеточной анемии, но как носители они сами не имели никаких медицинских проблем, и это преимущество оператора фактически придает устойчивость к малярии.[9] Легитимность такой политики оспаривается учеными, осуждающими такое отношение генетический детерминизм, который генотип полностью определяет фенотип. Факторы окружающей среды, дифференцированные модели развития и поле эпигенетика будет спорить экспрессия гена намного сложнее, и гены не являются ни диагнозом, ни надежным диагнозом медицинского будущего человека.[10]

Начавшееся законодательство проявилось в ответ на генетическая исключительность, ожидается повышенное внимание к исследованиям в области геномики, таким как исследование 2008 г. Закон о недискриминации в отношении генетической информации (GINA) в США; однако во многих случаях объем и подотчетность формального законодательства довольно неопределенны, поскольку наука, кажется, развивается гораздо более быстрыми темпами, чем закон, и специализированные комитеты по этике должны были заполнить эту необходимую нишу.[1] Большая часть критики направлена ​​на то, что в политике принципиально отсутствует понимание технических проблем, связанных с секвенированием генома, и не учитывается, как в случае утечки данных личный геном человека не может быть заменен, что еще больше усложняет защиту конфиденциальности.[1] В качестве вычислительная геномика является такой технической областью, что перевод экспертного языка на язык политики затруднен - ​​не говоря уже о переводе на язык непрофессионала, - создавая определенный барьер для общественного восприятия возможностей современных технологий геномного секвенирования, что, в конечном итоге, заставляет говорить о защите генетической конфиденциальности не препятствуя научному прогрессу, получить еще труднее.

Во всем мире каждая страна имеет уникальные системы здравоохранения и исследований, которые порождают различные потребности в политике - политика генетической конфиденциальности еще более усложняется, если рассматривать международное сотрудничество в области генетических исследований или международные биобанки, базы данных, в которых хранятся биологические образцы и информацию о ДНК. Более того, исследования и здравоохранение - не единственные области, требующие формальной юрисдикции; другие области, вызывающие озабоченность, включают генетическую конфиденциальность тех, кто работает в системе уголовного правосудия, и тех, кто занимается секвенированием генома на основе частных потребителей.

Криминалистика

Англия и Уэльс

91% крупнейших криминалистов База данных ДНК в мире Национальная база данных ДНК уголовной разведки (NDNAD) содержит информацию о ДНК жителей Англия и Уэльс.[11] NDNAD хранит генетическую информацию о лицах, осужденных за уголовные преступления, тех, кто был обвинен, но оправдан в регистрируемом преступлении, тех, кто был арестован, но никогда не обвинялся в регистрируемом преступлении, а также тех, кто находится под контртеррористическим контролем. Из 5,5 миллионов человек в базе данных, что составляет 10% от общей численности населения, 1,2 миллиона никогда не были осуждены за преступления.[11] В Европейский суд по правам человека решил, в случае С. энд Марпер против Соединенного Королевства (2008), что правительство должно представить достаточное обоснование различного отношения к профилям ДНК лиц, находящихся в системе уголовного правосудия, по сравнению с профилями ДНК неосужденных лиц; по сути, не должно быть злоупотреблений сохраненными биологическими материалами и ДНК-информацией.[11] В решении было выявлено несколько существующих проблем с существующей системой, которые создают риски для конфиденциальности для вовлеченных лиц: хранение личной информации с генетической информацией, хранение профилей ДНК с присущей способностью определять генетические отношения и, по сути, процесс хранения образцы клеток и профили ДНК создают возможности для рисков для конфиденциальности. В результате Закон о защите свобод 2012 г. был создан для обеспечения надлежащего использования собранных материалов ДНК и регулирования их хранения и уничтожения.[11] Тем не менее, многие проблемы все еще сохраняются, поскольку образцы могут храниться в базах данных на неопределенный срок, независимо от того, был ли осужден пострадавший, и даже образцы несовершеннолетних правонарушителей. Критики утверждали, что такое долгосрочное удержание может привести к стигматизации пострадавших людей и препятствовать их реинтеграции в общество, а также стать объектом злоупотреблений из-за дискриминационного поведения, присущего системе уголовного правосудия.[11]

Германия

В 1990 году Федеральный верховный суд Германии и Федеральный конституционный суд Германии постановил, что разделы Уголовно-процессуального кодекса Германии обеспечивают разумную правовую основу для использования генетического дактилоскопирования для выявления преступников и освобождения от ответственности невиновных.[11] Однако в решениях не содержалось конкретных деталей о том, как можно получить биологические материалы и как можно использовать генетический отпечаток пальца; были четко изложены только правила проведения анализов крови и медицинских осмотров. В 1998 г. Парламент Германии санкционировал создание национальной базы данных ДНК из-за растущего давления с целью предотвращения случаев сексуального насилия и убийств с участием детей.[11] Это решение было признано конституционным и поддержано неоспоримым общественным интересом Федеральным конституционным судом в 2001 году, несмотря на некоторую критику в отношении нарушения права на информационное самоопределение. Суд действительно обязал, чтобы информация и образцы ДНК подтверждались доказательствами того, что данное лицо может совершить подобное преступление в будущем. Чтобы устранить правовую неопределенность, Закон о судебно-медицинской экспертизе ДНК 2005 года ввел положения, которые включали точные и ограниченные правовые основания для использования информации, основанной на ДНК, в уголовном судопроизводстве.[11] Некоторые разделы предписывают, что образцы ДНК могут использоваться только в том случае, если они необходимы для ускорения расследования, устранения подозреваемых, и суд должен назначить генетическую дактилоскопию. С момента его внедрения в базу данных ежемесячно добавлялось 8000 новых наборов данных, что ставит под сомнение необходимость такого широкомасштабного сбора данных, а также то, обеспечивают ли формулировки положений эффективную защиту конфиденциальности.[11] Недавнее неоднозначное решение правительства Германии расширило диапазон семейных поисков с помощью ДНК-драгнета для выявления генетических родственников преступников, совершивших сексуальные и насильственные действия, - действие, которое ранее считалось не имеющим правовой основы Федеральным верховным судом Германии в 2012 году.[11]

Южная Корея

Национальная судебно-медицинская служба Южной Кореи и Государственная прокуратура Южной Кореи создали отдельные отделы анализа ДНК в 1991 году, несмотря на первоначальную публичную критику в отношении того, что сбор данных проводился без учета конфиденциальности информации участвующих субъектов, и эта критика превратилась в поддержку с серия громких дел.[11] В 2006 году предложенный Генеральной Ассамблеей законопроект о сборе и использовании информации о ДНК очертил категории преступлений, связанные с хранением, контролем и уничтожением образцов ДНК и информации о ДНК. Однако законопроект не был принят, поскольку он не мог привести к каким-либо существенным изменениям в реальной практике. Включенные непонятные категории преступлений были применимы только для получения биологической информации без согласия человека, а протокол уничтожения собранных образцов был нечетким, что могло привести к их неправильному использованию.[11]

Закон об информации о ДНК от 2009 года попытался устранить эти недостатки, в том числе положения, согласно которым биологически чувствительная информация может быть получена только от осужденных лиц, заключенных подозреваемых и мест совершения преступлений. Снятие генетических отпечатков пальцев было разрешено в отношении конкретных преступлений, включая поджог, убийство, похищение, изнасилование или сексуальное домогательство, посягательство на жилище ночью за кражу, кражу и кражу со взломом, а также множество других насильственных преступлений.[11] Закон также требовал письменного ордера на получение образцов у осужденных преступников или подозреваемых, если соответствующие лица не дали письменного согласия. Все образцы должны быть своевременно уничтожены, если соответствующее лицо будет объявлено невиновным, оправдано, прекращено судебное преследование и после его смерти.[11] Важно отметить, что если собранные образцы используются для установления личности лиц на месте преступления, информация о ДНК должна быть уничтожена после успешной идентификации. Однако в этом законодательстве все еще есть несколько недостатков и критических замечаний, касающихся разъяснения презумпции невиновности, довольно тривиального принудительного уничтожения образцов (ежегодно удаляются только 2,03% образцов) и необходимости письменного ордера (99,6% образцов получены без ордера), и до сих пор ведется много споров о том, нарушает ли это законодательство право на информационное самоопределение.[11]

Биобанки

Соединенные Штаты

В Соединенных Штатах, биобанки находятся в основном под юрисдикцией Закон о переносимости и подотчетности медицинского страхования (HIPAA) Правило конфиденциальности и Федеральная политика защиты прав человека (общее правило). Поскольку ни одно из этих правил не было задумано с целью регулирования биобанков и децентрализованных уровней регулирования, возникло множество проблем в их применении и применении, а федеральный закон не может напрямую решать международную политику и способы обмена данными за пределами ЕС. - Соглашение о безопасной гавани США.[12] Сфера, требующая разъяснения, - это то, как федеральные законы и законы штатов по-разному и конкретно применяются к разным биобанкам, исследователям или проектам, что еще больше осложняется тем фактом, что большинство биобанков являются частью более крупных организаций или в сотрудничестве с другими учреждениями, что сбивает с толку соответствие общественным и частным интересам. Около 80% всех биобанков имеют органы внутреннего надзора, которые регулируют сбор, использование и распространение данных. Существуют три основные модели доступа, применяемые к доступности образцов и данных биобанков: открытый доступ (неограниченный для всех), многоуровневый доступ (некоторые ограничения доступа зависят от характера проекта) или контролируемый доступ (строго контролируемый доступ).[12]

Положения GINA запрещают медицинским страховым компаниям требовать генетического тестирования или запрашивать генетическую информацию для целей регистрации и запрещают работодателям запрашивать генетическое тестирование или генетическую информацию для любого типа оценки занятости (прием на работу, продвижение по службе, увольнение). Однако страховщики могут запросить генетическую информацию, чтобы определить покрытие конкретной процедуры. Некоторые группы также не подпадают под действие положений GINA, включая страховщиков и работодателей федеральных государственных служащих, вооруженных сил и работодателей с менее чем 15 сотрудниками.[13]

Китай

Китай имеет широкую сеть больниц и исследовательских институтов. В настоящее время разрабатывается план по созданию более сплоченной структуры для обмена данными между существующими биобанками, которые ранее находились под юрисдикцией дублирующих и запутывающих регулирующих законов. Многие биобанки работают независимо или в сети других сетей, наиболее известной из которых является сеть Шанхайского биобанка.[14] В рамках этой основной сети руководящие принципы детализируют конкретные политики деидентификации и явно подтверждают широкое согласие. Недавно Конституция Китая официально признала личную неприкосновенность частной жизни в качестве отдельного и независимого конституционного права, и поэтому законодатели приступили к разработке проекта постановления о генетических ресурсах человека для организации национальных законов о мерах по управлению биобанками, правовой ответственности и наказанию за нарушения. Эти федеральные законы будут регулировать международный обмен данными еще более строго.[14]

Австралия

Работа биобанков в Австралии в основном регулируется руководящими принципами конфиденциальности в области здравоохранения и комитетами по этике исследований с участием человека - официального законодательства о биобанках не существует, но международный обмен данными широко разрешен. Национальный совет здравоохранения и медицинских исследований (NHMRC) разрабатывает руководящие принципы и финансирует многие из этих учреждений. Идет дискуссия о широком согласии на использование биобанков.[15]

Потребительское генетическое тестирование

Electronic Frontier Foundation, защитник конфиденциальности, обнаружил, что существующее законодательство не имеет формальной юрисдикции для обеспечения конфиденциальности потребителей в том, что касается информации ДНК. Генетическая информация, хранимая предприятиями-потребителями, не защищена HIPAA; поэтому эти компании могут передавать генетическую информацию третьим сторонам на условиях, зависящих от их собственных заявлений о конфиденциальности.[16] Большинство компаний, занимающихся генетическим тестированием, передают анонимные агрегированные данные только с согласия пользователей. Ancestry.com и 23andMe продают такие данные исследовательским учреждениям и другим организациям и могут в каждом конкретном случае запрашивать согласие на раскрытие неанонимных данных другим сторонам, включая работодателей или страховщиков. 23andMe даже выдает предупреждение, что повторная идентификация может иметь место и возможна. Если потребитель явно отказывается от использования в исследованиях или запрашивает уничтожение своих данных, 23andMe по-прежнему может использовать идентифицирующую и поведенческую информацию о потребителях, такую ​​как шаблоны просмотра и географическое положение, для других маркетинговых услуг.[16]

Проблемные области

Многие компьютерные эксперты разработали и разрабатывают более безопасные системы секвенирования геномики для защиты будущего этой области от ошибочной юрисдикции, неправомерного применения генетических данных и, прежде всего, генетической конфиденциальности людей. В настоящее время существует четыре основных направления генетических исследований, в которых разрабатываются технологии сохранения конфиденциальности:

Поиск и сравнение строк

Тесты на отцовство, тесты на генетическую совместимость и тесты на происхождение - это все типы медицинских инструментов, которые поиск строки и алгоритмы сравнения.[1] Проще говоря, это подход «игла в стоге сена», при котором в наборе данных ищется соответствующая «строка», последовательность или интересующий образец. Поскольку эти типы тестирования стали более распространенными и адаптированы к потребительским геномным моделям, таким как приложения для смартфонов или модные тесты ДНК, современные методы защиты конфиденциальности сосредоточены на усилении этого процесса и защите как здравоохранения, так и частного использования.

Публикация сводных данных

Современная эпоха больших данных и крупномасштабного геномного тестирования требует систем обработки, которые сводят к минимуму риски конфиденциальности при выпуске агрегированных геномных данных, что по существу означает, что отдельные данные не могут быть обнаружены в геномной базе данных.[1] Этот дифференциальная конфиденциальность Подход представляет собой простую оценку безопасности геномной базы данных, и многие исследователи проводят «проверки» строгости существующих инфраструктур.

Согласование необработанных геномных данных

Одним из наиболее важных достижений в области геномики является возможность картирования считывания, при котором миллионы коротких последовательностей могут быть выровнены с эталонной последовательностью ДНК для эффективной обработки больших наборов данных. Поскольку этот высокопроизводительный процесс часто разделяется между общедоступными и частными вычислительными средами, существует множество связанных рисков и этапов, на которых генетическая конфиденциальность особенно уязвима; поэтому текущие исследования сосредоточены на том, как обеспечить безопасные операции в двух разных областях данных без ущерба для эффективности и точности.[1]

Клиническое использование

С появлением высокопроизводительной геномной технологии, обеспечивающей беспрецедентный доступ к генетической информации, персонализированная медицина набирает обороты как обещанное будущее здравоохранения, делая безопасные модели геномного тестирования обязательными для прогресса медицины. В частности, высказывается озабоченность по поводу того, как этот процесс будет включать многостороннее взаимодействие и доступ к данным.[1] Различие между генетическим секвенированием для медицинских и исследовательских целей является спорным, и, кроме того, каждый раз, когда в дискуссии участвует здравоохранение, необходимо учитывать аспект конфиденциальности пациента, поскольку он может противоречить или дополнять генетическую конфиденциальность.

Методы шифрования

Отображение безопасного чтения

Чувствительное картирование чтения важно для исследований в области геномики, поскольку картирование чтения важно не только для секвенирования ДНК, но и для идентификации целевых регуляторных молекул в РНК-Seq. Решение предлагает разделить отображение чтения на две задачи в гибридной вычислительной операции: точное сопоставление чтений с использованием ключевые хеш-значения может проводиться на публичное облако а выравнивание чтений можно проводить на частное облако. Поскольку публичной проверке подвергаются только ключевые хеш-значения, конфиденциальность исходной последовательности сохраняется.[17] Однако, поскольку процессы согласования имеют тенденцию быть большими по объему и трудоемкими, большинство схем секвенирования по-прежнему функционально требуют сторонних вычислительных операций, что вновь создает риски конфиденциальности в области общедоступного облака.

Безопасный поиск строки

Многочисленные генетические скрининговые тесты основаны на поиске строк и стали обычным явлением в здравоохранении; поэтому конфиденциальность таких методологий была важной областью развития. Один протокол скрывает положение и размер частичных подстрок, позволяя одной стороне (исследователю или врачу) с оцифрованным геномом, а второй стороне (субъекту исследования или пациенту) с исключительной собственностью своего маркера ДНК проводить безопасные генетические тесты. Только исследователь или врач знают выводы схемы поиска и сравнения строк, и ни одна из сторон не может получить доступ к другой информации, обеспечивая сохранение конфиденциальности.[18]

Безопасный запрос генома

В основе персонализированной медицины и профилактического здравоохранения лежит определение генетической совместимости путем сравнения генома человека с известными вариациями для оценки предрасположенности к заболеваниям, таким как рак груди или диабет, для оценки фармакогеномика, и запросить биологические отношения между людьми.[5] Для тестов на риск заболевания исследования предложили метод сохранения конфиденциальности, который использует гомоморфное шифрование и безопасно целочисленное сравнение, и предлагает хранить и обрабатывать конфиденциальные данные в зашифрованном виде. Для обеспечения конфиденциальности блок хранения и обработки (SPU) хранит все однонуклеотидный полиморфизм (SNP) как реальные SNP - наблюдаемые SNP у пациента - с избыточным содержанием из набора потенциальных SNP.[19][20] Другое решение разработало три протокола для безопасного расчета редактировать расстояние используя пересечения Искаженная схема Яо и алгоритм ленточного выравнивания. Основным недостатком этого решения является невозможность выполнять крупномасштабные вычисления при сохранении точности.[21]

Безопасные полногеномные ассоциации исследований

Полногеномные исследования ассоциации (GWAS) важны для обнаружения конкретных вариаций в последовательностях генома, которые приводят к заболеванию. Алгоритмы сохранения конфиденциальности, которые идентифицируют SNP, в значительной степени связанные с заболеваниями, основаны на внесении случайного шума в совокупную статистику для защиты личной информации.[22] В другом исследовании природа нарушение равновесия по сцеплению используется для выбора наиболее полезных наборов данных при максимальной защите конфиденциальности пациента с помощью вводимого шума; однако ему может не хватать эффективных возможностей ассоциации с болезнями.[23] Критики этих методов отмечают, что для обеспечения дифференциальной конфиденциальности при небольшом соотношении SNP требуется значительный уровень шума, что является непрактичным при проведении эффективных исследований.[5]

Хранилище с аутентифицированным шифрованием

Природа геномных последовательностей требует специального инструмента шифрования для защиты от атак низкой сложности (повторяющееся содержимое) и KPA (Атака с использованием известного открытого текста ), учитывая несколько ожидаемых символов. Cryfa[24] использует упаковку (уменьшение размера хранилища), механизм перемешивания (рандомизацию позиций символов) и шифр AES (Расширенный стандарт шифрования ) для безопасного хранения файлов FASTA, FASTQ, VCF, SAM и BAM с аутентифицированным шифрованием.

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час Айдай, Эрман; Кристофаро, Эмилиано Де; Hubaux, Жан-Пьер; Цудик, Гена (2015). «Секвенирование всего генома: революционная медицина или кошмар конфиденциальности?». Компьютер. 48 (2). С. 58–66. Дои:10.1109 / mc.2015.59. ISSN  0018-9162. Получено 2017-10-27.
  2. ^ Guttmacher, Alan E .; Коллинз, Фрэнсис С. (4 сентября 2003 г.). «Добро пожаловать в геномную эру». Медицинский журнал Новой Англии. 349 (10): 996–998. Дои:10.1056 / NEJMe038132. ISSN  0028-4793. PMID  12954750. S2CID  32233347.
  3. ^ Вадман, Мередит (16 апреля 2008 г.). «Геном Джеймса Уотсона секвенирован на высокой скорости». Новости природы. 452 (7189): 788. Bibcode:2008 Натур.452R .... Вт. Дои:10.1038 / 452788b. PMID  18431822. S2CID  205037214.
  4. ^ Сервис, Роберт Ф. (17 марта 2006 г.). «Гонка за геном за 1000 долларов». Наука. 311 (5767): 1544–1546. Дои:10.1126 / science.311.5767.1544. ISSN  0036-8075. PMID  16543431. S2CID  23411598.
  5. ^ а б c Акгюн, Мете; Байрак, А. Осман; Озер, Бугра; Сахироглу, М. Чамил (01.08.2015). «Обработка геномных данных с сохранением конфиденциальности: обзор». Журнал биомедицинской информатики. 56 (Дополнение C): 103–111. Дои:10.1016 / j.jbi.2015.05.022. PMID  26056074.
  6. ^ Сондерс, Кэрол Джин; Миллер, Нил Эндрю; Соден, Сара Элизабет; Динвидди, Даррелл Ли; Нолл, Аарон; Алнади, Нур Абу; Андрос, Невене; Паттерсон, Мелани Линн; Кривоглавек, Лиза Энн (2012-10-03). «Быстрое секвенирование всего генома для диагностики генетических заболеваний в отделениях интенсивной терапии новорожденных». Научная трансляционная медицина. 4 (154): 154ra135. Дои:10.1126 / scitranslmed.3004041. ISSN  1946-6234. ЧВК  4283791. PMID  23035047.
  7. ^ а б "Caveat Emptor: как пересечение больших данных и потребительской геномики Expon ...: начните поиск!". eds.b.ebscohost.com. Получено 2017-11-03.[постоянная мертвая ссылка ]
  8. ^ Ли, Чонньюм (2016-03-01). «Наличие и будущее использования ДНК-информации и защиты генетической информации: сравнительная перспектива». Международный журнал права, преступности и правосудия. 44: 212–229. Дои:10.1016 / j.ijlcj.2015.10.001. ISSN  1756-0616.
  9. ^ Браун, Стюарт М. (2003). Основы медицинской геномики. Джон Вили и сыновья. п. 219. ISBN  978-0-471-27061-4.
  10. ^ Вайнхолд, Боб (март 2006 г.). «Эпигенетика: наука изменений». Перспективы гигиены окружающей среды. 114 (3): A160 – A167. Дои:10.1289 / ehp.114-a160. ISSN  0091-6765. ЧВК  1392256. PMID  16507447.
  11. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о «Наличие и будущее использования ДНК-информации и защиты генетической информации: сравнительная перспектива». ResearchGate. Получено 2017-11-09.
  12. ^ а б Харрелл, Хизер Л .; Ротштейн, Марк А. (март 2016 г.). «Биобанковские исследования и законы о конфиденциальности в Соединенных Штатах». Журнал права, медицины и этики. 44 (1): 106–127. Дои:10.1177/1073110516644203. ISSN  1748-720X. PMID  27256128. S2CID  3670078.
  13. ^ Гаммон, Аманда; Некласон, Дебора В. (октябрь 2015 г.). «Конфиденциальность и риск генетической дискриминации: что нужно знать хирургам». Клиники хирургической онкологии Северной Америки. 24 (4): 667–681. Дои:10.1016 / j.soc.2015.06.004. ISSN  1055-3207. ЧВК  4568442. PMID  26363536.
  14. ^ а б Чен, Хайдан; Чан, Бенни; Джоли, Янн (2015). «Конфиденциальность и биобанкинг в Китае: пример политики в переходный период». Журнал права, медицины и этики. 43 (4): 726–742. Дои:10.1111 / jlme.12315 (неактивно 09.11.2020). ISSN  1748-720X. PMID  26711413.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2020 г. (связь)
  15. ^ Чалмерс, Дон (2015). «Законы о биобанках и конфиденциальности в Австралии». Журнал права, медицины и этики. 43 (4): 703–713. Дои:10.1111 / jlme.12313 (неактивно 09.11.2020). ISSN  1748-720X. PMID  26711411.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2020 г. (связь)
  16. ^ а б Кэтрин, Драбяк (2017). «Caveat Emptor: как пересечение больших данных и потребительской геномики экспоненциально увеличивает риски конфиденциальности информации». Матрица здоровья: журнал юридической медицины. 27 (1). ISSN  0748-383X.
  17. ^ Ван, Сяофэн. «Крупномасштабное картирование геномных последовательностей человека в гибридных облаках с сохранением конфиденциальности. | Добро пожаловать». www.informatics.indiana.edu. Получено 2017-11-03.
  18. ^ "Э. Де Кристофаро, С. Фабер, Г. Цудик, Безопасное геномное тестирование с сопоставлением закрытых подстрок, скрывающих размер и положение, в: Материалы 12-го семинара ACM по конфиденциальности в электронном обществе, WPES '13, ACM, New Йорк, Нью-Йорк, США, 2013 г., стр. 107–118. - Поиск в Google ". www.google.com. Получено 2017-11-03.
  19. ^ «Расчет риска заболевания с сохранением конфиденциальности с использованием геномных, клинических и экологических данных | USENIX». www.usenix.org. Получено 2017-11-03.
  20. ^ Эрман, Айдай; Луи, Райзаро, Жан; Жан-Пьер, Hubaux (2012). «Технологии повышения конфиденциальности для медицинских тестов с использованием геномных данных». Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  21. ^ Азиз, доктор Момин Ал; Альхадиди, Дима; Мохаммед, Номан (26.07.2017). «Безопасная аппроксимация расстояния редактирования геномных данных». BMC Medical Genomics. 10 (2): 41. Дои:10.1186 / s12920-017-0279-9. ISSN  1755-8794. ЧВК  5547448. PMID  28786362.
  22. ^ Джонсон, Аарон; Шматиков, Виталий (август 2013). Исследование данных с сохранением конфиденциальности в общегеномных ассоциативных исследованиях. KDD: Proceedings / International Conference on Knowledge Discovery & Data Mining. Международная конференция по открытию знаний и интеллектуальному анализу данных. 2013. С. 1079–1087. Дои:10.1145/2487575.2487687. ISBN  9781450321747. ISSN  2154-817X. ЧВК  4681528. PMID  26691928.
  23. ^ Чжао, Юнань; Ван, Сяофэн; Цзян, Сяоцянь; Оно-Мачадо, Люсила; Тан, Хайсю (январь 2015 г.). «Выбор слепо, но разумно: дифференциальное частное истребование наборов данных ДНК для обнаружения маркеров болезни». Журнал Американской ассоциации медицинской информатики. 22 (1): 100–108. Дои:10.1136 / amiajnl-2014-003043. ISSN  1527-974X. ЧВК  4433380. PMID  25352565.
  24. ^ Хоссейни М., Пратас Д., Пинхо А.Дж. (июль 2018 г.). «Cryfa: надежный инструмент шифрования геномных данных». Биоинформатика. 35 (1): 146–148. Дои:10.1093 / биоинформатика / bty645. ЧВК  6298042. PMID  30020420.