GIPC3 - GIPC3

GIPC3
Идентификаторы
ПсевдонимыGIPC3, C19orf64, DFNB15, DFNB72, DFNB95, домен GIPC PDZ, содержащий члена семейства 3
Внешние идентификаторыOMIM: 608792 MGI: 2387006 ГомолоГен: 77068 Генные карты: GIPC3
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение GIPC3
Геномное расположение GIPC3
Группа19p13.3Начинать3,585,478 бп[1]
Конец3,593,541 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

126326

209047

Ансамбль

ENSG00000179855

ENSMUSG00000034872

UniProt

Q8TF64

Q8R5M0

RefSeq (мРНК)

NM_133261

NM_148951

RefSeq (белок)

NP_573568

NP_683753

Расположение (UCSC)Chr 19: 3.59 - 3.59 МбChr 10: 81.34 - 81.34 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

PDZ-домен, содержащий белок GIPC3 это белок что у людей кодируется GIPC3 ген.[5][6] GIPC3 является членом семейства генов GIPC (GAIP-взаимодействующий белок С-конец), которое также включает GIPC1 и GIPC2.[7] Кодируемый белок, GIPC3, имеет центрально расположенный PDZ домен, который фланкирован с каждой стороны одним доменом гомологии GIPC.[8]

Функция

Считается, что GIPC3 важен для сбора и распространения акустического сигнала в волосковые клетки млекопитающих улитка.

Ген

Человек GIPC3 ген расположен на коротком плече хромосома 19 на p13.3. Локус простирается примерно на 8 кб и содержит шесть кодовых экзоны которые вызывают открытую рамку считывания 639 нуклеотиды кодирует белок GIPC3 312 аминокислоты. Одиночный домен PDZ расположен в положениях аминокислот 122–189. В мышке Gipc3 расположен на хромосома 10 в цитогенетическая полоса qC1. В геномный регион покрывает расстояние 5,5 кбп. Шесть кодирующих экзонов кодируют белок из 297 аминокислот. Домен PDZ расположен в положениях аминокислот 107–174.

Генетика

В мыши миссенс-мутация в Gipc3 (c.343G> A) приводит к несинонимичному аминокислотная замена (p.G115R) в петле, соединяющей две бета-цепи домена PDZ. Глицин 115 консервативен во всех белках GIPC.[9]Миссенс (c.785C> T; p. L262R) и ерунда (c.903G> A, p.W301X) мутации в GIPC3 человека вызывают врожденные нейросенсорная недостаточность слуха в семьях с несиндромальной сегрегацией потеря слуха DFNB15 и DFNB95.

Фенотипы

Мыши Черный швейцарский штаммы развиваются с ранним началом, медленно прогрессирующей сенсоневральной тугоухостью. Генетическое исследование выявило два локусы количественных признаков (QTL), которые контролируют функцию слуха. Один QTL, названный возрастной потерей слуха 5 (ahl5) локализуется на 10-й хромосоме и составляет ок. 60% разброса порога слышимости. Второй QTL, ahl6, локализован на хромосоме 18 и имеет меньшую величину эффекта.[10] Помимо нарушения слуха, мыши Black Swiss также сверхчувствительны к акустической стимуляции, реагируя припадки (аудиогенные припадки) до громких белый шум.[11] Был идентифицирован генетический локус восприимчивости (ювенильные аудиогенные моногенные приступы1, джемы1) на хромосоме 10. A позиционный подход клонирования направлена ​​на расшифровку генетической основы потери слуха и предрасположенность к аудиогенным припадкам впоследствии идентифицировал глицин к аргинин подмена в Gipc3 как первопричину.

У людей люди с миссенс-мутацией p.W301X (DFNB95) демонстрируют двустороннюю сенсоневральную тугоухость с пороговыми сдвигами на 70-80 дБ уже в возрасте 11 месяцев.

Взаимодействия

В PDZ домен белков семейства GIPC взаимодействуют с:[7]

  • Завитые-3 (FZD3 ) класс рецептора WNT,
  • рецептор инсулиноподобного фактора роста-I (IGF1R ),
  • рецепторная тирозинкиназа TrkA,
  • Рецептор TGF-бета типа III (TGF-бета RIII ),
  • интегрин альфа6А (ITGA6 ),
  • трансмембранный гликопротеин TPBG, и
  • RGS19 / РГО-ГАПП.

Смотрите также

  • Домен GIPC PDZ, содержащий семейство, член 1, GIPC1
  • Домен GIPC PDZ, содержащий семейство, член 2, GIPC2

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000179855 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034872 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Ген Entrez: семейство, содержащее домен GIPC PDZ».
  6. ^ Сайто Т., Майн Т., Като М. (март 2002 г.). «Молекулярное клонирование и характеристика человеческого GIPC3, нового гена, гомологичного человеческому GIPC1 и GIPC2». Int. Дж. Онкол. 20 (3): 577–82. Дои:10.3892 / ijo.20.3.577. PMID  11836571.
  7. ^ а б Като М. (июнь 2002 г.). «Семейство генов GIPC (Обзор)». Int. J. Mol. Med. 9 (6): 585–9. Дои:10.3892 / ijmm.9.6.585. PMID  12011974.
  8. ^ Като, М. (2002). «Семейство генов GIPC (Обзор)». Международный журнал молекулярной медицины. 9 (6): 585–589. Дои:10.3892 / ijmm.9.6.585. PMID  12011974.
  9. ^ Чаризопулу Н., Лелли А., Шрейдерс М., Рэй К., Хильдебранд М.С., Рамеш А., Срисайлапати К.Р., Острик Дж., Адмирал Р.Дж., Нили Х.Р., Латош-младший, Смит Р.Дж., Нортап Д.К., Кремер Х., Холт-младший, Нобен-Траут К. ( Февраль 2011 г.). «Мутации Gipc3, связанные с аудиогенными припадками и нейросенсорной тугоухостью у мышей и людей». Nat Commun. 2 (2): 201. Дои:10.1038 / ncomms1200. ЧВК  3105340. PMID  21326233.
  10. ^ Drayton, M .; Нобен-Траут, К. (2006). «Картирование локусов количественных признаков потери слуха у мышей Black Swiss». Слуховые исследования. 212 (1–2): 128–139. Дои:10.1016 / j.heares.2005.11.006. PMID  16426780. S2CID  23928550.
  11. ^ Misawa, H .; Sherr, E.H .; Ли, Д. Дж .; Четкович, Д. М .; Tan, A .; Schreiner, C.E .; Бредт, Д. С. (2002). «Идентификация моногенного локуса (jams1), вызывающего ювенильные аудиогенные судороги у мышей». Журнал неврологии. 22 (23): 10088–10093. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.22-23-10088.2002. ЧВК  6758732. PMID  12451109.

дальнейшее чтение

  • Вега А., Салас А., Милн Р.Л. и др. (2009). «Оценка новых SNP-кандидатов как факторов риска с низкой пенетрантностью при спорадическом раке груди: двухэтапное испанское исследование методом случай-контроль». Гинеколь. Онкол. 112 (1): 210–4. Дои:10.1016 / j.ygyno.2008.09.012. PMID  18950845.
  • Мацуока С., Баллиф Б.А., Смогоржевская А. и др. (2007). «Анализ субстрата ATM и ATR выявляет обширные белковые сети, реагирующие на повреждение ДНК». Наука. 316 (5828): 1160–6. Дои:10.1126 / наука.1140321. PMID  17525332. S2CID  16648052.