Геном лошади - Horse genome

Сумерки, Чистокровный кобыла, которая была первой лошадью, геном которой был полностью секвенирован

В геном лошади был первым последовательный в 2006. Лошадь Геномный проект нанесено на карту 2,7 миллиарда ДНК пар оснований,[1] и выпустил полную карту в 2009 году.[2] Геном лошади больше, чем геном собаки, но меньше, чем человеческий геном или геном крупного рогатого скота.[2] Он включает 31 пару аутосомы и один половая хромосома пара.[3]

Поскольку лошади имеют более 90 наследственных заболеваний, аналогичных тем, которые встречаются у людей, последовательность действий генома лошади имеет потенциальное применение как для здоровья лошадей, так и для здоровья человека.[2] Кроме того, почти половина хромосомы в шоу генома лошади сохранено синтения с человеческой хромосомой, гораздо больше, чем между собаками и людьми.[2] Это высокая степень консервативной синтении, которая может помочь исследователям использовать данные одного вида для освещения другого. Картирование генома лошади также может помочь в развитии массивы выражений улучшить лечение лошадиная хромота, болезни легких, репродукция и иммунология.[1] Исследования также позволили по-новому взглянуть на разработку центромеры.[2]

Проект стоимостью 15 миллионов долларов был профинансирован Национальный институт исследования генома человека (NHGRI) Национальные институты здоровья (НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США).[4] Дополнительное финансирование поступило от Фонд Дороти Рассел Хавемейер, то Фольксваген Фонд, Моррисский фонд животных и Programmi di Ricerca Scientifica di Rilevante Interesse Nazionale.[2]

В число исследователей этого проекта входили Керстин Линдблад-То из Института Эли и Эдит Л. Броуд Массачусетский Институт Технологий и Гарвардский университет, Оттмар Дистл и Тоссо Лееб из Университета ветеринарной медицины, в Ганновер, Германия и Гельмут Блекер из Центра исследований инфекций им. Гельмгольца в г. Брауншвейг, Германия, и Дуг Антчак из Корнелл Университет.[4]

Первой лошадью, геном которой был полностью секвенирован в 2006–2007 гг., Был Чистокровный кобыла под названием «Сумерки», подаренный Корнельским университетом. Другие породы, использованные для внесения вклада в начальную карту генетической изменчивости лошади, включали Ахалтекинский, Андалузский, Арабский, исландский, Американская четверть лошади, Стандартбред,[4] бельгийский, Ганноверский, Хоккайдо и Фьордская лошадь.[2] Это позволило создать каталог из миллиона однонуклеотидный полиморфизм (SNP) для сравнения генетической изменчивости внутри и между разными породами.[2]

Секвенирование нового поколения пример

В 2012 году вторая лошадь была полностью секвенирована на Техасский университет A&M, 18-летняя кобыла четвертой лошади по кличке Шугар. В геноме сахара, секвенированном с помощью новейших методов, было 3 миллиона генетические варианты от Сумерек, особенно в генах, управляющих сенсорным восприятием, преобразование сигнала, и иммунитет. Исследователи занимаются секвенированием генома еще семи лошадей. Одна из заявленных целей дополнительного секвенирования состоит в том, чтобы лучше понять генетическую основу заболевания и конкретных черт, отличающих отдельных лошадей и породы, с тем чтобы лучше прогнозировать и управлять здоровьем лошадей.[5]

Одним из результатов картирования генома лошади было обнаружение мутации, которая создает Леопардовый комплекс (Lp) пятнистость у таких пород, как Аппалуза.[2] Лошади гомозиготный для Lp ген также подвержены риску врожденная стационарная куриная слепота (ЦСНБ).[6] Исследования, проведенные в 2008 и 2010 годах, показали, что как CSNB, так и комплексная пятнистость леопарда связаны с TRPM1.[7][8] Поскольку это заболевание поражает также людей, исследователь и ведущий автор из Института Броуда заявил: «Это демонстрирует полезность лошади для картирования генов болезней».[2]

В 2012 году исследователи из Копенгагенский университет использовал NEXTGEN секвенирование секвенировать четырех современных домашних лошадей разных пород, Лошадь Пржевальского, а осел, сравнивая их с ДНК трех ископаемых лошадей, датируемых 13–50 000 лет назад.[9] Поскольку лошадь была только одомашненный ок. 4000–3500 г. до н. э.,[10] Было заявлено, что это исследование должно «определить отправную точку для отбора лошадей и сырой генетический материал, который был доступен нашим предкам».[9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б «Секвенирование генома лошади расширяет понимание лошадей и болезней человека». Колледж ветеринарной медицины Корнельского университета. 2012-08-21. Получено 2013-04-01.
  2. ^ а б c d е ж грамм час я j «Секвенирование генома домашней лошади». Наука. ScienceDaily, ООО. 2009-11-05. Дои:10.1126 / science.1178158. ЧВК  3785132. Получено 2013-04-01.
  3. ^ "Equus caballus (ID 145) - Геном - NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. 2013-01-30. Получено 2013-04-01.
  4. ^ а б c "Выпуск 2007: Геном лошади собран". Национальный институт исследования генома человека. Получено 2013-04-01.
  5. ^ «Четверть генома лошади секвенирована». Лошадь, онлайн-издание. Публикации Кровавой Лошади. 2012-02-17. Получено 2013-04-01.
  6. ^ "Ночная слепота в Аппалузах (CSNB)". Проект Аппалуза. 15 ноября 2013 г.. Получено 2017-09-01.
  7. ^ Оке, Стейси (31 августа 2008 г.). "Проливая свет на ночную слепоту в Аппалузах". Лошадь. Получено 7 февраля, 2009.
  8. ^ Bellone, R .; Арчер, С .; Wade, C.M .; Cuka-Lawson, C .; Haase, B .; Leeb, T .; Forsyth, G .; Sandmeyer, L .; Гран, Б. (декабрь 2010 г.). «Анализ ассоциации SNP-кандидатов в TRPM1 с комплексной пятнистостью леопарда (LP) и врожденной стационарной куриной слепотой (CSNB) у лошадей». Генетика животных. 41 (s2): 207. Дои:10.1111 / j.1365-2052.2010.02119.x.
  9. ^ а б «Семинар по геному лошади 2012 года прошел успешно». Лошадь, онлайн-издание. Публикации Кровавой Лошади. 2012-02-15. Получено 2013-04-03.
  10. ^ Энтони, Дэвид В. (2007). Лошадь, колесо и язык: как наездники бронзового века из евразийских степей сформировали современный мир. Принстон, Нью-Джерси: Издательство Принстонского университета. ISBN  978-0-691-05887-0.