KDM4B - KDM4B

KDM4B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4LXL, 4UC4
Идентификаторы
Псевдонимы	KDM4B, JMJD2B, TDRD14B, лизиндеметилаза 4B
Внешние идентификаторы	OMIM: 609765 MGI: 2442355 ГомолоГен: 27773 Генные карты: KDM4B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 19 (человек)[1] Группа 19p13.3 Начинать 4,969,113 бп[1] Конец 5,153,598 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 | 17 Д Начинать 56,326,062 бп[2] Конец 56,402,870 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • оксидоредуктазная активность • активность диоксигеназы • связывание ионов металлов • гистоновая деметилаза активность • активность гистон-деметилазы (специфическая для H3-K36) • активность гистон-деметилазы (специфическая для H3-K9) • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • связывание хроматина • связывание метилированного гистона Сотовый компонент • нуклеоплазма • ядро клетки • гистон-метилтрансферазный комплекс Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • окислительно-восстановительный процесс • транскрипция, ДНК-шаблон • деметилирование гистона H3-K36 • деметилирование гистона H3-K9 • организация хроматина • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • ремоделирование хроматина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	23030	193796
Ансамбль	ENSG00000127663	ENSMUSG00000024201
UniProt	O94953	Q91VY5
RefSeq (мРНК)	NM_015015 NM_001370093 NM_001370094	NM_172132 NM_001357909
RefSeq (белок)	NP_055830 NP_001357022 NP_001357023	NP_742144 NP_001344838
Расположение (UCSC)	Chr 19: 4.97 - 5.15 Мб	Chr 17: 56.33 - 56,4 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Лизинспецифическая деметилаза 4B является фермент что у людей кодируется KDM4B ген.^[5][6][7] KDM4B принадлежит к альфа-кетоглутарат-зависимая гидроксилаза надсемейство.

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000127663 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024201 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Н., Номура Н., Охара О. (май 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 5 (6): 355–64. Дои:10.1093 / днарес / 5.6.355. PMID  10048485.
6. Като М., Като М. (май 2004 г.). «Идентификация и характеристика генов семейства JMJD2 in silico». Int J Oncol. 24 (6): 1623–8. Дои:10.3892 / ijo.25.3.759. PMID  15138608.
7. "Entrez Gene: JMJD2B домен jumonji, содержащий 2B".

дальнейшее чтение

• Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Н. и др. (2003). «Конструирование готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное культивирование 330 клонов кДНК KIAA». ДНК Res. 9 (3): 99–106. Дои:10.1093 / днарес / 9.3.99. PMID  12168954.
• Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Д.Ю. и др. (1996). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Анальный. Биохим. 236 (1): 107–13. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID  8619474.
• Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. С. и др. (1997). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Genome Res. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК  139146. PMID  9110174.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Гримвуд Дж., Гордон Л.А., Олсен А. и др. (2004). «Последовательность ДНК и биология хромосомы 19 человека». Природа. 428 (6982): 529–35. Дои:10.1038 / природа02399. PMID  15057824.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Грей С.Г., Иглесиас А.Х., Лискано Ф. и др. (2005). «Функциональная характеристика JMJD2A, гистондеацетилазы и белка, связывающего ретинобластому». J. Biol. Chem. 280 (31): 28507–18. Дои:10.1074 / jbc.M413687200. PMID  15927959.
• Ветстайн Дж. Р., Ноттке А., Лан Ф. и др. (2006). «Обращение триметилирования гистонового лизина семейством гистоновых деметилаз JMJD2». Клетка. 125 (3): 467–81. Дои:10.1016 / j.cell.2006.03.028. PMID  16603238. S2CID  14461740.
• Като Ю., Като М. (2007). «Сравнительная интегромика на JMJD2A, JMJD2B и JMJD2C: преимущественная экспрессия JMJD2C в недифференцированных ES-клетках». Int. J. Mol. Med. 20 (2): 269–73. Дои:10.3892 / ijmm.20.2.269. PMID  17611647.