KDM4D - KDM4D

KDM4D
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3DXT, 3DXU, 4D6Q, 4D6R, 4D6S, 4HON, 4HOO, 5FP9, 5F5A, 5FP8, 5FPA, 5FPB, 5FP4, 5F5C
Идентификаторы
Псевдонимы	KDM4D, JMJD2D, лизин-деметилаза 4D
Внешние идентификаторы	OMIM: 609766 MGI: 3606484 ГомолоГен: 69244 Генные карты: KDM4D
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q21 Начинать 94,973,709 бп[1] Конец 94,999,519 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 9 (мышь)[2] Группа 9 | 9 A2 Начинать 14,462,548 бп[2] Конец 14,500,482 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • оксидоредуктазная активность • активность диоксигеназы • связывание ионов металлов • гистоновая деметилаза активность • активность гистон-деметилазы (специфическая для H3-K9) • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • связывание хроматина • повреждение связывания ДНК • связывание хроматина с ДНК • связывание метилированного гистона Сотовый компонент • микрочастица крови • ядро клетки • нуклеоплазма • место двухцепочечного разрыва • перицентрический гетерохроматин • гистон-метилтрансферазный комплекс Биологический процесс • регуляция фосфорилирования белков • клеточный ответ на ионизирующее излучение • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • положительная регуляция связывания хроматина • окислительно-восстановительный процесс • репарация двухцепочечных разрывов посредством гомологичной рекомбинации • транскрипция, ДНК-шаблон • положительное регулирование репарации двухцепочечных разрывов за счет негомологичного соединения концов • ковалентная модификация хроматина • деметилирование гистона H3-K9 • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • организация хроматина • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • отрицательная регуляция триметилирования гистона H3-K9 • ремоделирование хроматина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	55693	244694
Ансамбль	ENSG00000186280	ENSMUSG00000053914
UniProt	Q6B0I6	Q3U2K5
RefSeq (мРНК)	NM_018039	NM_173433
RefSeq (белок)	NP_060509	NP_775609
Расположение (UCSC)	Chr 11: 94.97 - 95 Мб	Chr 9: 14.46 - 14.5 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Лизинспецифическая деметилаза 4D является фермент что у людей кодируется KDM4D ген.^[5][6] KDM4D принадлежит к альфа-кетоглутарат-зависимая гидроксилаза надсемейство.

В 2017 году информационная РНК из этого гена была использована в перенос ядра соматической клетки эксперимент, который произвел первых двух клонированных приматов из постэмбрионального донорского материала.^[7][8] Аналогичный эксперимент был проведен для повышения эффективности клонирования крупного рогатого скота в 2018 году.^[9]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000186280 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000053914 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Като М., Като М. (июнь 2004 г.). «Идентификация и характеристика генов семейства JMJD2 in silico». Международный журнал онкологии. 24 (6): 1623–8. Дои:10.3892 / ijo.25.3.759. PMID  15138608.
6. "Entrez Gene: JMJD2D домен jumonji, содержащий 2D".
7. Лю З., Цай И, Ван И, Не И, Чжан Ц., Сюй И, Чжан Икс, Лу И, Ван З, Пу М, Сун Ц. (февраль 2018 г.). «Клонирование макак с помощью переноса ядер соматических клеток». Клетка. 172 (4): 881–887.e7. Дои:10.1016 / j.cell.2018.01.020. PMID  29395327.
8. Stein R (24 января 2018 г.). «Китайские ученые клонируют обезьян, используя метод, который создал овечку Долли». Национальное общественное радио. Получено 24 января 2018.
9. Лю X, Ван И, Гао И, Су Дж, Чжан Дж, Син X, Чжоу Ц, Яо К., Ань Ц, Чжан И (февраль 2018 г.). «Деметилаза H3K9 KDM4E является эпигенетическим регулятором эмбрионального развития крупного рогатого скота и дефектным фактором ядерного репрограммирования». Разработка. 145 (4): dev158261. Дои:10.1242 / dev.158261. PMID  29453221.

дальнейшее чтение

• Шин С., Янкнехт Р. (август 2007 г.). «Активация рецептора андрогенов гистоновыми деметилазами JMJD2A и JMJD2D». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 359 (3): 742–6. Дои:10.1016 / j.bbrc.2007.05.179. PMID  17555712.
• Ветстайн Дж. Р., Ноттке А., Лан Ф., Уарте М., Смоликов С., Чен З, Спунер Э, Ли Э, Чжан Дж., Колаяково М., Ши Й (май 2006 г.). «Обращение гистонового триметилирования лизина семейством гистоновых деметилаз JMJD2». Клетка. 125 (3): 467–81. Дои:10.1016 / j.cell.2006.03.028. PMID  16603238. S2CID  14461740.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Геномные исследования. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.