PABPC1 - PABPC1 - Wikipedia

PABPC1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1CVJ, 1G9L, 1JGN, 1JH4, 2К8Г, 2RQG, 2RQH, 2X04, 3КТП, 3КТР, 3KUI, 3KUJ, 3КУР, 3КУС, 3КУТ, 3ПКН, 3PTH, 4F02, 4F25, 4F26, 5DX1, 5DXA, 5DX8, 2Д9П
Идентификаторы
Псевдонимы	PABPC1, PAB1, PABP, PABP1, PABPC2, PABPL1, поли (A) связывающий белок цитоплазмы 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 604679 MGI: 1349722 ГомолоГен: 37638 Генные карты: PABPC1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 8 (человек)[1] Группа 8q22.3 Начинать 100,685,816 бп[1] Конец 100,722,809 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 15 (мышь)[2] Группа 15 | 15 B3.1 Начинать 36,595,661 бп[2] Конец 36,609,668 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • связывание с С-концом белка • активность активатора перевода • связывание поли (U) РНК • поли (А) переплет • Связывание мРНК 3'-UTR • Связывание РНК • связывание мРНК Сотовый компонент • очаговая адгезия • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • Гранула стресса • цитоплазма • цитоплазматическая гранула рибонуклеопротеина • сплайсосомальный комплекс • мембрана • внеклеточная экзосома • ядро клетки • цитозоль • дендрит • гранула рибонуклеопротеина • синапс • мессенджер рибонуклеопротеиновый комплекс • рибонуклеопротеин Биологический процесс • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, нонсенс-опосредованный распад • стабилизация мРНК • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • регуляция стабильности мРНК • Сплайсинг РНК • полиаденилирование мРНК • обработка мРНК • укорочение поли (A) хвоста мРНК с ядерной транскрипцией • положительная регуляция репликации вирусного генома • трансляционная инициация • отрицательная регуляция катаболического процесса ядерной транскрибированной мРНК, нонсенс-опосредованный распад • положительное регулирование перевода • подавление гена с помощью РНК • положительная регуляция укорочения поли (A) хвоста мРНК, транскрибируемой ядром • положительная регуляция катаболического процесса транскрибируемой ядерной мРНК, зависимый от деаденилирования распад Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	26986	18458
Ансамбль	ENSG00000070756	ENSMUSG00000022283
UniProt	P11940	P29341
RefSeq (мРНК)	NM_002568	NM_008774
RefSeq (белок)	NP_002559	NP_032800
Расположение (UCSC)	Chr 8: 100.69 - 100.72 Мб	Chr 15: 36,6 - 36,61 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Полиаденилат-связывающий белок 1 это белок что у людей кодируется PABPC1 ген.^[5] Белок PABP1 связывает мРНК и способствует множеству функций, таких как транспорт из ядра, деградация, трансляция и стабильность. Существует два отдельных белка PABP1, один из которых расположен в ядре (PABPN1), а другой - в цитоплазме (PABPC1). Расположение PABP1 влияет на роль этого белка и его функцию с РНК.^[6]

Функция

Поли (A) -связывающий белок (PAB или PABP), который обнаружен в комплексе с 3 'поли (A) хвостом эукариотической мРНК, необходим для укорочения поли (A) и инициации трансляции. У человека PABP содержат небольшую ядерную изоформу и семейство консервативных генов других поли (A) -связывающие белки. [предоставлено OMIM]^[7]

PABPC1 обычно диффундирует в цитоплазме и концентрируется в сайтах с высокой концентрацией мРНК, таких как стрессовые гранулы, процессинговые тела и места с высокой трансляционной активностью. PABPC1 также связан с нонсенс-опосредованным распадом мРНК (NMD). PABPC1 связывается с поли (A) хвостом и взаимодействует с eIF4G, что стабилизирует циркуляризацию мРНК. Эта структура необходима для предотвращения деградации мРНК через NMD.^[8]

В ядре PABP1 связывается с поли (A) хвостами пре-мРНК для облегчения стабильности, экспорта, транспорта и деградации. Связывание PABP1 также необходимо для ядерной деградации. PABPC1 содержит четыре мотива распознавания РНК (RRM). Первые два, RRM1 и RRM2, связывают как α-импортин, так и поли (A) хвост процессированной мРНК. Эта функция предотвращает возврат мРНК в ядро.^[6]

Взаимодействия

PABPC1 был показан взаимодействовать с:

• ANAPC5,^[9]
• CNOT7,^[10]
• EIF4G3,^[11]
• EIF4G1,^[11]
• GSPT2,^[12]
• PAIP1,^[13][14] и
• PAIP2.^[15]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000070756 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000022283 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Grange T., de Sa CM, Oddos J, Pictet R (июнь 1987 г.). «Человеческий полиаденилат-связывающий белок мРНК: эволюционное сохранение мотива связывания нуклеиновой кислоты». Исследования нуклеиновых кислот. 15 (12): 4771–87. Дои:10.1093 / nar / 15.12.4771. ЧВК  305917. PMID  2885805.
6. Грей Н.К., Грабалкова Л., Сканлон Дж. П., Смит Р. В. (декабрь 2015 г.). «Поли (А) -связывающие белки и локализация мРНК: кто правит насестом?». Сделки биохимического общества. 43 (6): 1277–84. Дои:10.1042 / BST20150171. PMID  26614673.
7. «Ген Entrez: поли (A) связывающий белок PABPC1, цитоплазматический 1».
8. Фатчер Т., Бём В., Вайче Б., Геринг Н.Х. (октябрь 2014 г.). «Взаимодействие цитоплазматического поли (A) -связывающего белка с эукариотическим фактором инициации 4G подавляет нонсенс-опосредованный распад мРНК». РНК. 20 (10): 1579–92. Дои:10.1261 / rna.044933.114. ЧВК  4174440. PMID  25147240.
9. Колотева-Левин Н., Пинчаси Д., Переман И., Зур А., Брандейс М., Элрой-Стейн О. (май 2004 г.). «Субъединица Apc5 комплекса / циклосомы, способствующего анафазе, взаимодействует с поли (A) связывающим белком и подавляет внутреннюю трансляцию, опосредованную сайтом входа в рибосому». Молекулярная и клеточная биология. 24 (9): 3577–87. Дои:10.1128 / mcb.24.9.3577-3587.2004. ЧВК  387753. PMID  15082755.
10. Фунакоши Ю., Дои Ю., Хосода Н., Учида Н., Осава М., Симада И., Цудзимото М., Судзуки Т., Катада Т., Хосино С. (декабрь 2007 г.). «Механизм деаденилирования мРНК: доказательства молекулярного взаимодействия между фактором терминации трансляции eRF3 и деаденилазами мРНК». Гены и развитие. 21 (23): 3135–48. Дои:10.1101 / gad.1597707. ЧВК  2081979. PMID  18056425.
11. Иматака Х, Гради А, Соненберг Н (декабрь 1998 г.). «Недавно идентифицированная N-концевая аминокислотная последовательность eIF4G человека связывает поли (А) -связывающий белок и функционирует в поли (А) -зависимой трансляции». Журнал EMBO. 17 (24): 7480–9. Дои:10.1093 / emboj / 17.24.7480. ЧВК  1171091. PMID  9857202.
12. Хосино С., Имаи М., Кобаяси Т., Учида Н., Катада Т. (июнь 1999 г.). «Релизинг-фактор полипептидной цепи эукариот (eRF3 / GSPT), несущий сигнал терминации трансляции к 3'-Poly (A) хвосту мРНК. Прямая ассоциация erf3 / GSPT с полиаденилат-связывающим белком». Журнал биологической химии. 274 (24): 16677–80. Дои:10.1074 / jbc.274.24.16677. PMID  10358005.
13. Рой Дж., Де Крещенцо Дж., Халегпур К., Каведжян А., О'Коннор-МакКорт М., Соненберг Н. (июнь 2002 г.). «Paip1 взаимодействует со связывающим поли (A) белком через два независимых связывающих мотива». Молекулярная и клеточная биология. 22 (11): 3769–82. Дои:10.1128 / mcb.22.11.3769-3782.2002. ЧВК  133836. PMID  11997512.
14. Крейг А. В., Хагигхат А., Ю. А. Т., Соненберг Н. (апрель 1998 г.). «Взаимодействие полиаденилат-связывающего белка с гомологом eIF4G PAIP усиливает трансляцию». Природа. 392 (6675): 520–3. Дои:10.1038/33198. PMID  9548260. S2CID  10891925.
15. Khaleghpour K, Kahvejian A, De Crescenzo G, Roy G, Svitkin YV, Imataka H, ​​O'Connor-McCourt M, Sonenberg N (август 2001 г.). «Двойные взаимодействия репрессора трансляции Paip2 с поли (A) связывающим белком». Молекулярная и клеточная биология. 21 (15): 5200–13. Дои:10.1128 / MCB.21.15.5200-5213.2001. ЧВК  87244. PMID  11438674.

дальнейшее чтение

• Герлах М., Бурд К.Г., Дрейфус Г. (апрель 1994 г.). «Поли (A)-связывающий мРНК белок: локализация, количество и специфичность связывания РНК». Экспериментальные исследования клеток. 211 (2): 400–7. Дои:10.1006 / excr.1994.1104. PMID  7908267.
• Кэмпбелл Л. Х., Борг К. Т., Хейнс Дж. К., Мун RT, Шенберг Д. Р., Арриго С. Дж. (Сентябрь 1994 г.). «Вирус иммунодефицита человека типа 1 Rev необходим in vivo для связывания поли (A) -связывающего белка с Rev-зависимыми РНК». Журнал вирусологии. 68 (9): 5433–8. Дои:10.1128 / jvi.68.9.5433-5438.1994. ЧВК  236943. PMID  8057425.
• Хуанг И, Кармайкл Г.Г. (апрель 1996 г.). «Роль полиаденилирования в ядерно-цитоплазматическом транспорте мРНК». Молекулярная и клеточная биология. 16 (4): 1534–42. Дои:10.1128 / mcb.16.4.1534. ЧВК  231138. PMID  8657127.
• Крейг А. В., Хагигат А., Ю. А. Т., Соненберг Н. (апрель 1998 г.). «Взаимодействие полиаденилат-связывающего белка с гомологом eIF4G PAIP усиливает трансляцию». Природа. 392 (6675): 520–3. Дои:10.1038/33198. PMID  9548260. S2CID  10891925.
• Афонина Э., Штаубер Р., Павлакис Г.Н. (май 1998 г.). «Человеческий поли (А) -связывающий белок 1 перемещается между ядром и цитоплазмой». Журнал биологической химии. 273 (21): 13015–21. Дои:10.1074 / jbc.273.21.13015. PMID  9582337.
• Иматака Х, Гради А, Соненберг Н (декабрь 1998 г.). «Недавно идентифицированная N-концевая аминокислотная последовательность eIF4G человека связывает поли (А) -связывающий белок и функционирует в поли (А) -зависимой трансляции». Журнал EMBO. 17 (24): 7480–9. Дои:10.1093 / emboj / 17.24.7480. ЧВК  1171091. PMID  9857202.
• Хорнштейн Э, Гит А, Браунштейн I, Авни Д., Мейухас О. (январь 1999 г.). «Экспрессия гена поли (А) -связывающего белка трансляционно регулируется зависимым от роста способом через 5'-концевой мотив олигопиримидинового тракта». Журнал биологической химии. 274 (3): 1708–14. Дои:10.1074 / jbc.274.3.1708. PMID  9880551.
• Лароя Дж., Куэста Р., Брюер Дж., Шнайдер Р. Дж. (Апрель 1999 г.). «Контроль распада мРНК путем теплового шока-убиквитин-протеасома». Наука. 284 (5413): 499–502. Дои:10.1126 / science.284.5413.499. PMID  10205060.
• Хосино С., Имаи М., Кобаяси Т., Учида Н., Катада Т. (июнь 1999 г.). «Релизинг-фактор полипептидной цепи эукариот (eRF3 / GSPT), несущий сигнал терминации трансляции к 3'-Poly (A) хвосту мРНК. Прямая ассоциация erf3 / GSPT с полиаденилат-связывающим белком». Журнал биологической химии. 274 (24): 16677–80. Дои:10.1074 / jbc.274.24.16677. PMID  10358005.
• Deo RC, Bonanno JB, Sonenberg N, Burley SK (сентябрь 1999 г.). «Распознавание полиаденилатной РНК поли (А) -связывающим белком». Клетка. 98 (6): 835–45. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81517-2. PMID  10499800. S2CID  16247357.
• Фераль С., Маттеи М.Г., Павлак А., Гуэллан Дж. (Октябрь 1999 г.). «Хромосомная локализация трех генов поли (A) -связывающего белка человека и четырех родственных псевдогенов». Генетика человека. 105 (4): 347–53. Дои:10.1007 / s004390051113. ЧВК  1865476. PMID  10543404.
• Гроссет С., Чен С.Й., Сюй Н., Соненберг Н., Жакмен-Саблон Х., Шю А.Б. (сентябрь 2000 г.). «Механизм трансляционного обмена мРНК: взаимодействие между поли (А) хвостом и детерминантой, кодирующей РНК c-fos через белковый комплекс». Клетка. 103 (1): 29–40. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00102-1. PMID  11051545. S2CID  18135412.
• Khaleghpour K, Свиткин YV, Крейг AW, DeMaria CT, Deo RC, Burley SK, Sonenberg N (январь 2001 г.). «Репрессия трансляции новым партнером человеческого поли (A) связывающего белка, Paip2». Молекулярная клетка. 7 (1): 205–16. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00168-X. PMID  11172725.
• Бушелл М., Вуд В., Карпентер Г., Пейн В.М., Морли С.Дж., Клеменс М.Дж. (июнь 2001 г.). «Нарушение взаимодействия эукариотического фактора инициации синтеза белка 4B с поли (A) -связывающим белком путем расщепления, опосредованного каспазой и вирусной протеазой». Журнал биологической химии. 276 (26): 23922–8. Дои:10.1074 / jbc.M100384200. PMID  11274152.
• Féral C, Guellaën G, Pawlak A (май 2001 г.). «Семенники человека экспрессируют специфический поли (A) -связывающий белок». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (9): 1872–83. Дои:10.1093 / nar / 29.9.1872. ЧВК  37253. PMID  11328870.
• Khaleghpour K, Kahvejian A, De Crescenzo G, Roy G, Svitkin YV, Imataka H, ​​O'Connor-McCourt M, Sonenberg N (август 2001 г.). «Двойные взаимодействия репрессора трансляции Paip2 с поли (A) связывающим белком». Молекулярная и клеточная биология. 21 (15): 5200–13. Дои:10.1128 / MCB.21.15.5200-5213.2001. ЧВК  87244. PMID  11438674.
• Вудс А.Дж., Робертс М.С., Чоудхари Дж., Барри С.Т., Мазаки Ю., Сабе Х., Морли С.Дж., Кричли Д.Р., Норман Дж.С. (февраль 2002 г.). «Паксиллин связывается с поли (A) -связывающим белком 1 в плотной эндоплазматической сети и на переднем крае мигрирующих клеток». Журнал биологической химии. 277 (8): 6428–37. Дои:10.1074 / jbc.M109446200. PMID  11704675.
• Ли Дж., Бедфорд MT (март 2002 г.). «PABP1, идентифицированный как субстрат аргининметилтрансферазы с использованием массивов белков высокой плотности». Отчеты EMBO. 3 (3): 268–73. Дои:10.1093 / embo-reports / kvf052. ЧВК  1084016. PMID  11850402.
• Юрица М.С., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.Р., Григорьев Н., Мур М.Дж. (апрель 2002 г.). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.