PLXNB3 - PLXNB3

PLXNB3
Идентификаторы
Псевдонимы	PLXNB3, PLEXB3, PLEXR, PLXN6, плексин B3
Внешние идентификаторы	OMIM: 300214 MGI: 2154240 ГомолоГен: 68468 Генные карты: PLXNB3
Расположение гена (человек) Chr. Х-хромосома (человек)[1] Группа Xq28 Начинать 153,764,196 бп[1] Конец 153,779,346 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Х-хромосома (мышь)[2] Группа X | X A7.3 Начинать 73,757,090 бп[2] Конец 73,772,514 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность рецептора семафорина • Связывание с ингибитором диссоциации Rho GDP • специфическое связывание белкового домена • GO: 0001948 связывание с белками • связывание белков, участвующих в клеточной адгезии Сотовый компонент • неотъемлемый компонент мембраны • мембрана • клеточная мембрана • поверхность клетки • рецепторный комплекс семафорина • неотъемлемый компонент плазматической мембраны Биологический процесс • отрицательная регуляция клеточной адгезии • положительная регуляция пролиферации эндотелиальных клеток • положительная регуляция аксоногенеза • развитие нервной системы • отрицательное регулирование миграции клеток • GO: 0034259 отрицательная регуляция активности GTPase • регулировка формы клеток • хемотаксис клеток • положительный хемотаксис • семафорин-плексиновый сигнальный путь • преобразование сигнала • отрицательная регуляция сборки ламеллиподиума • положительная регуляция развития проекции нейронов • гомофильная клеточная адгезия через молекулы адгезии плазматической мембраны • расширение аксона • регулирование миграции клеток • GO: 0043087, GO: 0032313, GO: 0032319, GO: 0032314, GO: 0043088 регуляция активности GTPase • сигнальный путь семафорин-плексин, участвующий в ведении аксонов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5365	140571
Ансамбль	ENSG00000198753	ENSMUSG00000031385
UniProt	Q9ULL4	Q9QY40
RefSeq (мРНК)	NM_005393 NM_001163257	NM_019587
RefSeq (белок)	NP_001156729 NP_005384	NP_062533
Расположение (UCSC)	Chr X: 153,76 - 153,78 Мб	Chr X: 73,76 - 73,77 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Плексин-В3 это белок что у людей кодируется PLXNB3 ген.^[5][6]

Взаимодействия

PLXNB3 был показан взаимодействовать с ARHGEF11.^[7][8]

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции PLXNB3. Условный нокаутирующая мышь линия называется Plxnb3^{tm1a (КОМП) Wtsi} был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.^[9] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг^[10] для определения последствий удаления.^{[11][12][13][14]} Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование^[15]

Plxnb3 нокаутный фенотип мыши

Характеристика	Фенотип
Все данные доступны на сайте.[10][15]{
Лейкоциты периферической крови 6 недель	Нормальный
Инсулин	Нормальный
Гематология 6 недель	Нормальный
Гомозиготная жизнеспособность на P14	Нормальный
Гомозиготная фертильность	Нормальный
Масса тела	Нормальный
Неврологический осмотр	Нормальный
Сила захвата	Нормальный
Дисморфология	Аномальный
Косвенная калориметрия	Нормальный
Тест толерантности к глюкозе	Нормальный
Слуховой ответ ствола мозга	Нормальный
DEXA	Нормальный
Рентгенография	Нормальный
Морфология глаза	Нормальный
Клиническая химия	Нормальный
Гематология 16 недель	Нормальный
Лейкоциты периферической крови 16 недель	Нормальный
Вес сердца	Нормальный
Сальмонелла инфекционное заболевание	Нормальный
Функция цитотоксических Т-клеток	Нормальный
Иммунофенотипирование селезенки	Нормальный
Иммунофенотипирование мезентериальных лимфатических узлов	Нормальный
Иммунофенотипирование костного мозга	Нормальный
Состав эпидермального иммунитета	Нормальный
Проблема гриппа	Нормальный

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000198753 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031385 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Tamagnone L, Artigiani S, Chen H, He Z, Ming GI, Song H, Chedotal A, Winberg ML, Goodman CS, Poo M, Tessier-Lavigne M, Comoglio PM (октябрь 1999 г.). «Плексины представляют собой большое семейство рецепторов трансмембранных, секретируемых и GPI-закрепленных семафоринов у позвоночных». Клетка. 99 (1): 71–80. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80063-X. PMID  10520995.
6. "Entrez Gene: PLXNB3 плексин B3".
7. Перро В., Васкес-Прадо Дж., Гуткинд Дж. С. (ноябрь 2002 г.). «Плексин B регулирует Rho через факторы обмена гуаниновых нуклеотидов, связанные с лейкемией, Rho GEF (LARG) и PDZ-RhoGEF». Журнал биологической химии. 277 (45): 43115–20. Дои:10.1074 / jbc.M206005200. PMID  12183458.
8. Swiercz JM, Kuner R, Behrens J, Offermanns S (июль 2002 г.). «Plexin-B1 напрямую взаимодействует с PDZ-RhoGEF / LARG, чтобы регулировать RhoA и морфологию конуса роста». Нейрон. 35 (1): 51–63. Дои:10.1016 / S0896-6273 (02) 00750-X. PMID  12123608.
9. Гердин А.К. (2010). «Программа генетики мыши Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x.
10. «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
11. Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
12. Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
13. Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247.
14. Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс, Северная Каролина, Таннахилл Д. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК  3717207. PMID  23870131.
15. «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».

дальнейшее чтение

• Сандовал Н., Бауэр Д., Бреннер В., Кой Дж. Ф., Дрешер Б., Киошис П., Корн Б., Ньякатура Г., Поустка А., Райхвальд К., Розенталь А., Платцер М. (июль 1996 г.). «Геномная организация гена переносчика креатина человека (CRTR), расположенного в Xq28». Геномика. 35 (2): 383–5. Дои:10.1006 / geno.1996.0373. PMID  8661155.
• Бреннер В., Ньякатура Г., Розенталь А., Платцер М. (август 1997 г.). «Геномная организация двух новых генов на человеческом Xq28: компактное расположение IDH гамма и TRAP дельта голова к голове сохраняется у крысы и мыши». Геномика. 44 (1): 8–14. Дои:10.1006 / geno.1997.4822. PMID  9286695.
• Нагасе Т., Исикава К., Кикуно Р., Хиросава М., Номура Н., Охара О. (октябрь 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XV. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК исследования. 6 (5): 337–45. Дои:10.1093 / днарес / 6.5.337. PMID  10574462.
• Перро В., Васкес-Прадо Дж., Гуткинд Дж. С. (ноябрь 2002 г.). «Плексин B регулирует Rho через факторы обмена гуаниновых нуклеотидов, связанные с лейкемией, Rho GEF (LARG) и PDZ-RhoGEF». Журнал биологической химии. 277 (45): 43115–20. Дои:10.1074 / jbc.M206005200. PMID  12183458.
• Conrotto P, Corso S, Gamberini S, Comoglio PM, Giordano S (июль 2004 г.). «Взаимодействие между рецепторами фактора рассеяния и B-плексинами контролирует инвазивный рост». Онкоген. 23 (30): 5131–7. Дои:10.1038 / sj.onc.1207650. PMID  15184888.
• Artigiani S, Conrotto P, Fazzari P, Gilestro GF, Barberis D, Giordano S, Comoglio PM, Tamagnone L (июль 2004 г.). «Плексин-В3 - функциональный рецептор семафорина 5А». Отчеты EMBO. 5 (7): 710–4. Дои:10.1038 / sj.embor.7400189. ЧВК  1299100. PMID  15218527.
• Cheng J, Kapranov P, Drenkow J, Dike S, Brubaker S, Patel S, Long J, Stern D, Tammana H, Helt G, Sementchenko V, Piccolboni A, Bekiranov S, Bailey DK, Ganesh M, Ghosh S, Bell I , Герхард Д.С., Гингерас Т.Р. (май 2005 г.). «Транскрипционные карты 10 хромосом человека с разрешением 5 нуклеотидов». Наука. 308 (5725): 1149–54. Дои:10.1126 / science.1108625. PMID  15790807.
• Хартвиг ​​С., Веске А., Крейцова С., Розенбергер Г., Финк У. (2006). «Плексин B3 способствует росту нейритов, гомофильно взаимодействует и взаимодействует с Рин». BMC Neuroscience. 6: 53. Дои:10.1186/1471-2202-6-53. ЧВК  1215486. PMID  16122393.
• Rujescu D, Meisenzahl EM, Krejcova S, Giegling I, Zetzsche T., Reiser M, Born CM, Möller HJ, Veske A, Gal A, Finckh U (февраль 2007 г.). «Plexin B3 генетически связан с речевой способностью и объемом белого вещества в человеческом мозге». Молекулярная психиатрия. 12 (2): 190–4, 115. Дои:10.1038 / sj.mp.4001903. PMID  17033634.