PODXL - PODXL

PODXL
Идентификаторы
Псевдонимы	PODXL, Gp200, PC, PCLP, PCLP-1, подокаликсиноподобный
Внешние идентификаторы	OMIM: 602632 ГомолоГен: 136790 Генные карты: PODXL
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 7 (человек)[1] Группа 7q32.3 Начните 131,500,262 бп[1] Конец 131,558,217 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками Сотовый компонент • цитоплазма • Тело клетки • неотъемлемый компонент мембраны • проекция клетки • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • мембрана • филоподий • взъерошить • клеточная мембрана • неотъемлемый компонент плазматической мембраны • микроворсинки • щелевая диафрагма • апикальная плазматическая мембрана • мембранный плот • внеклеточная экзосома • мембрана микроворсинок • ламеллиподиум • внеклеточный • ядрышко • центр организации микротрубочек Биологический процесс • регулирование сборки микроворсинок • отрицательная регуляция клеточной адгезии • положительная регуляция межклеточной адгезии, опосредованная интегрином • развитие гломерулярных висцеральных эпителиальных клеток • отрицательная регуляция межклеточной адгезии • положительное регулирование миграции клеток • клеточная адгезия • регуляция межклеточной адгезии • миграция клеток • миграция лейкоцитов • образование эпителиальной трубки Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	5420	н / д
Ансамбль	ENSG00000128567	н / д
UniProt	O00592	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_005397 NM_001018111	н / д
RefSeq (белок)	NP_001018121 NP_005388	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 7: 131,5 - 131,56 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Подокаликсиноподобный белок 1 это белок что у людей кодируется PODXL ген.^[3]

Функция

Этот ген кодирует член семейства сиаломуциновых белков CD34.^[4] Кодируемый белок изначально был идентифицирован как важный компонент подоцитов клубочков. Инактивация кодирующего гена у мышей приводит к анурии, омфалоцеле и перинатальной смерти.^[5] Подоциты представляют собой высокодифференцированные эпителиальные клетки с пересекающимися отростками стопы, покрывающими внешнюю сторону базальной мембраны клубочка. Другие биологические активности кодируемого белка включают: связывание в комплексе мембранного белка с регуляторным фактором обменника Na + / H + с внутриклеточными элементами цитоскелета, играющим роль в дифференцировке гемопоэтических клеток, экспрессией в клетках эндотелия сосудов и связыванием с L-селектином.^[3]

Выражение

Экспрессия и локализация PODXL в клетках, тканях и органах человека были исследованы Атлас белков человека консорциум^[6]. Согласно с антитело -на основе профилирования белок присутствует в клубочковый подоциты, эндотелиальные клетки, железистые клетки в фаллопиевых труб, матка и семеная везикула и согласно анализу экспрессии РНК, транскрипты PODXL присутствуют во всех проанализированных тканях человека.^[7]. На основе конфокальная микроскопия^[8], белок в основном локализован в плазматическая мембрана и микротрубочка организационный центр и, кроме того, локализованный на пузырьки^[9].

Взаимодействия

PODXL был показан взаимодействовать с участием Регуляторный кофактор натрий-водородного обмена 2.^[10][11][12]

Клиническое значение

Подокаликсин активируется при ряде видов рака и часто имеет плохой прогноз.^[13] На основе данных о выживаемости пациентов^[14], высокий уровень транскриптов PODXL в опухолевых клетках связан с плохим прогнозом в рак почек.

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000128567 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. "Entrez Gene: PODXL подобный подокаликсину".
4. Нильсен Дж. С., МакНагни К. М. (ноябрь 2008 г.). «Новые функции семейства CD34». Журнал клеточной науки. 121 (Pt 22): 3683–92. Дои:10.1242 / jcs.037507. PMID  18987355.
5. Дойоннас Р., Кершоу Д.Б., Дюме С., Меркенс Х., Челлия С., Граф Т., МакНагни К.М. (июль 2001 г.). «Анурия, омфалоцеле и перинатальная летальность у мышей, лишенных подокаликсина, связанного с CD34». Журнал экспериментальной медицины. 194 (1): 13–27. Дои:10.1084 / jem.194.1.13. ЧВК  2193439. PMID  11435469.
6. Улен и др. (2015) Science 347: 1260419. https://doi.org/doi:10.1126/science.1260419
7. «Тканевая экспрессия PODXL - Резюме - Атлас белков человека».
8. Thul et al (2017) Science 356 (6340): eaal3321. https://doi.org/doi:10.1126/science.aal3321
9. "Атлас клеток - PODXL - Атлас белков человека".
10. Медер Д., Шевченко А., Симонс К., Фюллекруг Дж. (Январь 2005 г.). «Gp135 / подокаликсин и NHERF-2 участвуют в образовании преапикального домена во время поляризации клеток MDCK». Журнал клеточной биологии. 168 (2): 303–13. Дои:10.1083 / jcb.200407072. ЧВК  2171597. PMID  15642748.
11. Такеда Т., Маккуистан Т., Орландо Р.А., Фаркуар М.Г. (июль 2001 г.). «Утрата отростков гломерулярной стопы связана с отсоединением подокаликсина от актинового цитоскелета». Журнал клинических исследований. 108 (2): 289–301. Дои:10.1172 / JCI12539. ЧВК  203027. PMID  11457882.
12. Ли Ю., Ли Дж., Straight SW, Kershaw DB (июнь 2002 г.). «PDZ-домен-опосредованное взаимодействие кроличьего подокаликсина и фактора-2 обмена Na (+) / H (+)». Американский журнал физиологии. Почечная физиология. 282 (6): F1129–39. Дои:10.1152 / айпренал.00131.2001. PMID  11997330.
13. Снайдер К.А., Хьюз М.Р., Хедберг Б., Брэндон Дж., Эрнез Д.К., Бергквист П., Круз Ф., По К., Грейвс М.Л., Терви М.Э., Нильсен Дж. С., Уилкинс Дж. А., Макколл С.Р., Бабкук Дж. С., Роскелли К. Д., МакНагни К. М. (март 2015 г. ). «Подокаликсин усиливает рост опухоли груди и метастазирование и является мишенью для терапии моноклональными антителами». Исследование рака груди. 17 (1): 46. Дои:10.1186 / s13058-015-0562-7. ЧВК  4423095. PMID  25887862.
14. Улен и др. (2017) Science 357 (6352): eaan2507. https://doi.org/doi:10.1126/science.aan2507

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Kershaw DB, Beck SG, Wharram BL, Wiggins JE, Goyal M, Thomas PE, Wiggins RC (июнь 1997 г.). «Молекулярное клонирование и характеристика человеческого подокаликсиноподобного белка. Ортологическое родство с кроличьим PCLP1 и крысиным подокаликсином». Журнал биологической химии. 272 (25): 15708–14. Дои:10.1074 / jbc.272.25.15708. PMID  9188463.
• Kershaw DB, Wiggins JE, Wharram BL, Wiggins RC (октябрь 1997 г.). «Отнесение гена подокаликсиноподобного белка человека (PODXL) к 7q32-q33». Геномика. 45 (1): 239–40. Дои:10.1006 / geno.1997.4934. PMID  9339384.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Сассетти К., Тангеманн К., Зингер М.С., Кершоу Д.Б., Розен С.Д. (июнь 1998 г.). «Идентификация подокаликсиноподобного белка в качестве лиганда венулы высокого эндотелия для L-селектина: параллели с CD34». Журнал экспериментальной медицины. 187 (12): 1965–75. Дои:10.1084 / jem.187.12.1965. ЧВК  2212365. PMID  9625756.
• Диас Нето Э., Корреа Р. Г., Верджовски-Алмейда С., Брионес М. Р., Нагаи М. А., Да Силва В., Заго М. А., Бордин С., Коста Ф. Ф., Голдман Г. Х., Карвалью А. Ф., Мацукума А., Байя Г. С., Симпсон Д. Г., Брунштейн А., де Оливейра П.С., Бучер П., Джонженель К.В., О'Хара М.Дж., Соарес Ф., Брентани Р.Р., Рейс Л.Ф., де Соуза С.Дж., Симпсон А.Дж. (март 2000 г.). «Секвенирование человеческого транскриптома с использованием тегов последовательности, экспрессируемой ORF». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (7): 3491–6. Дои:10.1073 / pnas.97.7.3491. ЧВК  16267. PMID  10737800.
• Такеда Т., Маккуистан Т., Орландо Р.А., Фаркуар М.Г. (июль 2001 г.). «Утрата отростков гломерулярной стопы связана с отсоединением подокаликсина от актинового цитоскелета». Журнал клинических исследований. 108 (2): 289–301. Дои:10.1172 / JCI12539. ЧВК  203027. PMID  11457882.
• Ли Ю., Ли Дж., Straight SW, Kershaw DB (июнь 2002 г.). «PDZ-домен-опосредованное взаимодействие кроличьего подокаликсина и фактора-2 обмена Na (+) / H (+)». Американский журнал физиологии. Почечная физиология. 282 (6): F1129–39. Дои:10.1152 / айпренал.00131.2001. PMID  11997330.
• Schopperle WM, Kershaw DB, DeWolf WC (январь 2003 г.). «Опухолевый антиген эмбриональной карциномы человека, Gp200 / GCTM-2, представляет собой подокаликсин». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 300 (2): 285–90. Дои:10.1016 / S0006-291X (02) 02844-9. PMID  12504081.
• Куп К., Эйкманс М., Баелде Х.Дж., Кавачи Х., Де Хир Э., Пауль Л.К., Брюйн Дж.А. (август 2003 г.). «Экспрессия молекул, связанных с подоцитами, при приобретенных заболеваниях почек человека». Журнал Американского общества нефрологов. 14 (8): 2063–71. Дои:10.1097 / 01.ASN.0000078803.53165.C9. PMID  12874460.
• Бранденбергер Р., Вэй Х, Чжан С., Лей С., Мурадж Дж., Фиск Дж. Дж., Ли И, Сюй С., Фанг Р., Гуглер К., Рао М. С., Мандалам Р., Лебковски Дж., Стэнтон Л. В. (июнь 2004 г.). «Характеристика транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Природа Биотехнологии. 22 (6): 707–16. Дои:10.1038 / nbt971. PMID  15146197. S2CID  27764390.
• Эконому К.Г., Китсиу П.В., Циния А.К., Панагопулу Э., Маринос Э., Кершоу Д.Б., Керьяшки Д., Цилибары ЕС (июль 2004 г.). «Повышенная экспрессия подокаликсина изменяет структуру базальной поверхности подоцитов». Журнал клеточной науки. 117 (Pt 15): 3281–94. Дои:10.1242 / jcs.01163. PMID  15226400.
• Сомасири А., Нильсен Дж. С., Макрецов Н., Маккой М. Л., Прентис Л., Гилкс С. Б., Чиа С. К., Гельмон К. А., Кершоу Д. Б., Хантсман Д. Г., МакНагни К. М., Роскелли К. Д. (август 2004 г.). «Избыточная экспрессия антиадгезинового подокаликсина является независимым предиктором прогрессирования рака груди». Исследования рака. 64 (15): 5068–73. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-04-0240. HDL:1807.1/116. PMID  15289306. S2CID  15399303.
• Судзуки Ю., Ямасита Р., Широта М., Сакакибара Ю., Чиба Дж., Мидзусима-Сугано Дж., Накай К., Сугано С. (сентябрь 2004 г.). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши выявляет гомологичную блочную структуру в промоторных областях». Геномные исследования. 14 (9): 1711–8. Дои:10.1101 / гр.2435604. ЧВК  515316. PMID  15342556.
• Медер Д., Шевченко А., Симонс К., Фюллекруг Дж. (Январь 2005 г.). «Gp135 / подокаликсин и NHERF-2 участвуют в образовании преапикального домена во время поляризации клеток MDCK». Журнал клеточной биологии. 168 (2): 303–13. Дои:10.1083 / jcb.200407072. ЧВК  2171597. PMID  15642748.
• Кейси Дж., Невилл П. Дж., Лю Х, Пламмер С. Дж., Чичек М. С., Крамрой Л. М., Карран А. П., МакГриви М. Р., Каталония В. Дж., Кляйн Е. А., Витте Дж. С. (март 2006 г.). «Варианты подокаликсина и риск рака простаты и агрессивность опухоли». Молекулярная генетика человека. 15 (5): 735–41. Дои:10.1093 / hmg / ddi487. PMID  16434482.
• Бутта Н., Ларруса С., Алонсо С., Родригес Р. Б., Ариас-Сальгадо Е. Г., Аюсо М. С., Гонсалес-Манчон С., Паррилья Р. (2006). «Роль транскрипционного фактора Sp1 и метилирования CpG в регуляции промотора гена подокаликсина человека». BMC Молекулярная биология. 7: 17. Дои:10.1186/1471-2199-7-17. ЧВК  1481587. PMID  16684343.