RUFY2 - RUFY2

RUFY2
Идентификаторы
ПсевдонимыRUFY2, RABIP4R, ZFYVE13, RUN и FYVE домен, содержащий 2
Внешние идентификаторыOMIM: 610328 MGI: 1917682 ГомолоГен: 23064 Генные карты: RUFY2
Расположение гена (человек)
Хромосома 10 (человек)
Chr.Хромосома 10 (человек)[1]
Хромосома 10 (человек)
Геномное расположение RUFY2
Геномное расположение RUFY2
Группа10q21.3Начинать68,341,107 бп[1]
Конец68,407,294 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

55680

70432

Ансамбль

ENSG00000204130

ENSMUSG00000020070

UniProt

Q8WXA3

Q8R4C2

RefSeq (мРНК)

NM_001042417
NM_001278225
NM_017987
NM_001330103

NM_027425

RefSeq (белок)

NP_001035882
NP_001265154
NP_001317032
NP_060457

NP_081701

Расположение (UCSC)Chr 10: 68.34 - 68.41 МбChr 10: 62.98 - 63.02 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

RUN и FYVE домен, содержащий 2 (RUFY2) это белок что у людей кодируется RUFY2 ген.[5] Ген RUFY2 назван в честь двух его доменов: RUN домен и FYVE домены. RUFY2 является членом семейства белков RUFY, которое включает RUFY1, RUFY2, RUFY3 и RUFY4. Белок RUFY2 играет динамическую роль в переносе через эндосомную мембрану.[6]

Ген

Хромосома 10 с геном RUFY2 выделена красным цветом (Homo sapiens).

Человек RUFY2 ген расположен на длинном (q) плече хромосома 10 в районе 21 полоса 3, от базовая пара 70,100,864 к паре оснований 70,167,051 на обратной цепи (сборка GRCh37 / hg19) (карта).[7] Ген производит 2080 базовая пара мРНК. Есть 18 прогнозируемых экзоны в человеческом гене [8] с 13 альтернативными стенограммами.[9]

Джин соседство

8 180 пар оснований перед RUFY2 представляет собой ген, кодирующий белок, содержащий домен белка, подобного биосинтезу феназина (PBLD).[10] В то время как 6770 пар оснований ниже RUFY2 представляет собой ДНК2-консервативную геликазу / нуклеазу, участвующую в поддержании стабильности митохондриальной и ядерной ДНК.[11]

Протеин

Характеристики белка RUFY2, отображающие домены RUN, DUF972, PspA_IM30 и FYVE.

Белок RUFY2 состоит из 655[12] аминокислотные остатки. Белок RUFY2 содержит N-концевой домен RUN и C-концевой домен FYVE с 2 доменами в виде спиральной спирали между ними.[13] Молекулярная масса зрелого белка составляет 70,0 кДал.[14] с изоэлектрической точкой 5,494.[15] Инструмент третичной структуры белка PHYRE2 предполагает, что RUFY2 имеет 15 альфа-спиралей и самую длинную спираль, охватывающую аминокислоты 199 ... 512, как показано на рисунке справа. RUFY2 - растворимый[16] белок, который локализуется в ядро[17] и мембранам ранних эндосом.[18] Белок RUFY2 не содержит сигнального пептида, сайтов связывания ДНК / РНК, митохондриальных нацеленных мотивов и пероксисомальный нацеливающий сигнал на C-конце.[17] В RUFY2 нет трансмембранного домена.[19]

Домены

RUN домен

Домен RUN находится между аминокислотами 45 ... 168 и состоит из белков RPIP8, UNC-14 и NESCA.[6] Было показано, что домен RUN имеет функции взаимодействия с GTPases в рэпе и рабе пути передачи сигналов[20] и эндосомный мембранный трафик.[6]

DUF972

Домен с неизвестной функцией, который является частью семейства гипотетических бактериальных последовательностей pfam06156.[21] Его связывают с белком контроля инициации YabA, который функционирует как контроль инициации хромосомной репликации у бактерий.[22]

PspA / IM30

Семейство PspA / IM30 - негативный регулятор сигма54. транскрипция фактор инициации у бактерий.[23]

FYVE домен

FYVE домен состоит из белков Fab-1, YGL023, Vps27 и EEA1. В домене FYVE есть сайты связывания цинковых пальцев, которые взаимодействуют с фосфатидилинозитол-3-фосфат, чтобы доставить целевые белки к липидам мембран.[24]

Белковые взаимодействия

Было показано, что богатый пролином мотив в FYVE-домене RUFY2 обладает связывающей активностью с SH3 домен EPHA3 (Etk) в путях передачи сигнала.[18]

Посттрансляционные модификации

Сайты модификации белка RUFY2

RUFY2, возможно, имеет 6 сайтов фосфорилирования и расположены в основном в области DUF972. RUFY2 также имеет 6 сайтов фосфорилирования протеинкиназы C, которые расположены в основном в домене FYVE.[25]

Другие заметные сайты модификации в белке

  • 4 сайта ацетилирования лизина
  • 4 сайта N-миристоляции
  • 3 сайта N-гликозилирования

Гомология и эволюция

RUFY2 имеет 4 паралоги: RUFY3, RUFY1, RUNDC3A, RUNDC3B.[26]

Всего 60[27] ортологи RUFY2, которые были идентифицированы, включая млекопитающих, некоторых птиц, рептилий и рыб.[28] RUFY2 высоко консервативен среди своих ортологов, но не присутствует в растениях, бактерии, архея или же протист.

Распространение видов

В следующей таблице перечислены гомологи RUFY2.

Род РазновидностьОбщее название организмаДивергенция от людей (MYA)[29]Присоединение к мРНК NCBIСходство последовательности[30]Длина белкаОбщее название гена
Homo sapiens[8]Люди--AF461266100%606RUFY2
Пан троглодиты[31]Обыкновенный шимпанзе6.4XM_51348399%641Прогнозируемый RUFY2
Pongo abelii[32]Орангутанг15.7NM_00113323299%606Прогнозируемый RUFY2
Macaca mulatta[33]Обезьяна-резус29.2XM_001083568100%606Прогнозируемый RUFY2
Sus scrofa[34]Дикий кабан94.2XM_00192818499%640Прогнозируемый: Прогнозируемый RUFY2
Mus musculus[35]Мышь942.4AF48455595%606RUFY2
Gallus gallus[36]Курица301.7XM_42156895%606Прогнозируемый RUFY2
Taeniopygia guttata[37]Зебра Финч295.0XM_00219077395%590RUFY2 вариант транскрипции 2
Xenopus (Silurana) tropicalis[38]Западная когтистая лягушка371.2NM_00101621477%606RUFY2
Данио Рерио[39]Зебра Рыба400.1NM_00110568189%602RUFY2 вариант транскрипции 2
Salmo salar[40]Лосось427NM_00113988891%427RUFY2
Анолис каролинский[41]Каролина анол301.7XM_00322369491%649Прогнозируемый RUFY2
Drosophila melanogaster[42]Плодовая муха782.7NM_17032463%729CG31064
Некорневое филогенетическое дерево белка RUFY2

Клиническое значение

Было обнаружено, что некоторые нейродегенеративные заболевания, такие как болезнь Альцгеймера, имеют дефектный эндосомный перенос. Следовательно, участие белковых доменов RUFY2, RUN и FYVE, возможно, может играть роль в нейродегенеративных заболеваниях, таких как болезнь Альцгеймера.[6]

Выражение

Было показано, что белок RUFY2 в основном экспрессируется в головном мозге, легких и семенниках, тогда как экспрессия на микрочипах показывает повсеместную экспрессию RUFY2.[6][43][44]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000204130 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000020070 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Entrez Gene: RUFY2 RUN и домен FYVE, содержащий 2».
  6. ^ а б c d е Китагиси, Ясуко; Мацуда, Сатору (2013). «Белки семейства RUFY, Rab и Rap, участвующие в регуляции полярности клеток и мембранном перемещении». Международный журнал молекулярных наук. 14 (3): 6487–6498. Дои:10.3390 / ijms14036487. ISSN  1422-0067. ЧВК  3634510. PMID  23519112.
  7. ^ Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США Справочная информация EntrezGene для домена RUFY2 RUN и FYVE, содержащего 2 (Homo sapiens)
  8. ^ а б «Нуклеотид NCBI: AF461266». Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  9. ^ «Генные карты: RUFY2».
  10. ^ «феназиновый биосинтез-подобный белковый домен, содержащий (PBLD)».
  11. ^ «ДНК2-консервативная геликаза / нуклеаза, участвующая в поддержании стабильности митохондриальной и ядерной ДНК».
  12. ^ «NCBI: белок Q8WXA3.2».
  13. ^ Барбе Л., Лундберг Е., Оксволд П., Стениус А., Левин Е., Бьёрлинг Е., Асплунд А., Понтен Ф., Брисмар Х., Улен М., Андерссон-Сван Х (март 2008 г.). «К конфокальному субклеточному атласу протеома человека». Мол. Клетка. Протеомика. 7 (3): 499–508. Дои:10.1074 / mcp.M700325-MCP200. PMID  18029348.
  14. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  15. ^ «Шлюз к сервису изоэлектрической точки». Архивировано из оригинал на 2008-10-26.
  16. ^ «Гидрофобность SOSUI».
  17. ^ а б «ИПСОРТ».
  18. ^ а б Ян Дж, Ким О, Ву Дж, Цю Ю (август 2002 г.). «Взаимодействие между тирозинкиназой Etk и белком RUFY1, содержащим домен RUN и домен FYVE. Возможная роль ETK в регуляции транспорта везикул». J. Biol. Chem. 277 (33): 30219–26. Дои:10.1074 / jbc.M111933200. PMID  11877430.
  19. ^ Глазго, Эд; Littlejohn, T .; Major, F .; Lathrop, R .; Санкофф, Р .; Сенсен, К. (1998), Скрытая марковская модель для предсказания трансмембранных спиралей в белковых последовательностях, Менло-Парк, Калифорния: AAAI Press, стр. 175–182.
  20. ^ "ЗАПУСК (IPR004012)".
  21. ^ «Семья: DUF972 (PF06156)».
  22. ^ «ЯБА (IPR010377)».
  23. ^ "pfam04012: PspA_IM30".
  24. ^ "cd00065: FYVE".
  25. ^ Эдуард де Кастро, Кристиан Дж. А. Сигрист, Александр Гаттикер, Вирджиния Буллиард, Петра С. Лангендейк-Женево, Элизабет Гастайгер, Амос Байрох & Николас Хуло (Июль 2006 г.). «ScanProsite: обнаружение совпадений сигнатур PROSITE и связанных с ProRule функциональных и структурных остатков в белках». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с веб-сервером): W362 – W365. Дои:10.1093 / нар / gkl124. ЧВК  1538847. PMID  16845026.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  26. ^ "Ген: RUFY2".
  27. ^ "EBI: RUFY2".
  28. ^ Ченна Р., Сугавара Х., Коике Т., Лопес Р., Гибсон Т.Дж., Хиггинс Д.Г., Томпсон Д.Д. (июль 2003 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с помощью программ серии Clustal». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (13): 3497–500. Дои:10.1093 / нар / гкг500. ЧВК  168907. PMID  12824352.
  29. ^ «Дерево времени».
  30. ^ "NCBI BLAST". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  31. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_003312585". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  32. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001133232". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  33. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_001083568". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  34. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_003127928". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  35. ^ «Нуклеотид NCBI: AF484555». Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  36. ^ «Нуклеотид NCBI: XM_421568». Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  37. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_002190773". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  38. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001016214". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  39. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001105681". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  40. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001139888". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  41. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_003223694". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  42. ^ «Нуклеотид NCBI: NM_170324». Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  43. ^ Majercak J, Ray WJ, Espeseth A, Simon A, Shi XP, Wolffe C, Getty K, Marine S, Stec E, Ferrer M, Strulovici B, Bartz S, Gates A, Xu M, Huang Q, Ma L, Shughrue P , Бурчард Дж., Колусси Д., Пьетрак Б., Кахана Дж., Бехер Д., Розаль Т., Ширман М., Хазуда Д., Сакс А.Б., Коблан К.С., Сибрук Г.Р., Stone DJ (ноябрь 2006 г.). «LRRTM3 способствует процессингу белка-предшественника амилоида с помощью BACE1 и является позиционным геном-кандидатом для болезни Альцгеймера с поздним началом». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 103 (47): 17967–72. Bibcode:2006ПНАС..10317967М. Дои:10.1073 / pnas.0605461103. ЧВК  1635650. PMID  17098871.
  44. ^ "RUFY2 Expression".