UDP-глюкозо 6-дегидрогеназа - UDP-glucose 6-dehydrogenase

UGDH
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2Q3E, 2QG4, 3ITK, 3ХУ, 3PRJ, 3ПТЗ, 3ТДК, 3TF5, 4EDF, 4QEJ, 4RJT
Идентификаторы
Псевдонимы	UGDH, GDH, UDP-GlcDH, UDPGDH, UGD, UDP-глюкозо-6-дегидрогеназа, EIEE84
Внешние идентификаторы	OMIM: 603370 MGI: 1306785 ГомолоГен: 2520 Генные карты: UGDH
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 4 (человек)[1] Группа 4п14 Начните 39,498,755 бп[1] Конец 39,528,311 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 5 (мышь)[2] Группа 5 C3.1 | 5 33,67 см Начните 65,413,221 бп[2] Конец 65,435,949 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Привязка NAD • каталитическая активность • оксидоредуктазная активность • активность электронного переноса • оксидоредуктазная активность, действующая на группу CH-OH доноров, NAD или NADP в качестве акцептора • Активность UDP-глюкозо-6-дегидрогеназы Сотовый компонент • нуклеоплазма • внеклеточная экзосома • ядро клетки • цитозоль Биологический процесс • Процесс биосинтеза UDP-глюкуроната • гаструляция с формированием рта второй • метаболизм • Метаболический процесс UDP-глюкозы • окислительно-восстановительный процесс • процесс биосинтеза гликозаминогликанов • электронная транспортная цепь • процесс биосинтеза протеогликана гепарансульфата • процесс биосинтеза хондроитинсульфата • гексамеризация белков • углеводный обмен Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	7358	22235
Ансамбль	ENSG00000109814	ENSMUSG00000029201
UniProt	O60701	O70475
RefSeq (мРНК)	NM_001184700 NM_001184701 NM_003359	NM_009466
RefSeq (белок)	NP_001171629 NP_001171630 NP_003350	NP_033492
Расположение (UCSC)	Chr 4: 39,5 - 39,53 Мб	Chr 5: 65.41 - 65.44 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

UDP-глюкозо 6-дегидрогеназа цитозольный фермент что у людей кодируется UGDH ген.^[5][6][7]

Белок, кодируемый этим геном, превращает UDP-глюкозу в UDP-глюкуронат и тем самым участвует в биосинтезе гликозаминогликанов, таких как гиалуронан, хондроитинсульфат и гепарансульфат. Эти гликозилированные соединения являются обычными компонентами внеклеточного матрикса и, вероятно, играют роль в передаче сигналов, миграции клеток, а также в росте и метастазировании рака. Экспрессия этого гена активируется трансформирующим фактором роста бета и подавляется гипоксией.^[7]

Этот фермент участвует в 4 метаболические пути: превращения пентозы и глюкуроната, метаболизм аскорбата и альдарата, метаболизм крахмала и сахарозы, и метаболизм нуклеотидных сахаров.

Потеря UGDH недавно была связана с эпилептической энцефалопатией у людей.^[8]

Номенклатура

Этот фермент принадлежит к семейству оксидоредуктазы, особенно те, которые действуют на группу CH-OH донора с NAD⁺ или НАДФ⁺ как акцептор. В систематическое название этого класса ферментов UDP-глюкоза: НАД⁺ 6-оксидоредуктаза.

Другие широко используемые имена включают:

• UDP-глюкозодегидрогеназа,
• уридиндифосфоглюкозодегидрогеназа,
• UDPG дегидрогеназа,
• UDPG: НАД оксидоредуктаза,
• UDP-альфа-D-глюкоза: НАД оксидоредуктаза,
• UDP-глюкоза: НАД⁺ оксидоредуктаза,
• уридиндифосфатглюкозодегидрогеназа,
• UDP-D-глюкозодегидрогеназа и
• уридиндифосфат-D-глюкозодегидрогеназа.

Биохимия

UDP-глюкозо 6-дегидрогеназа
Идентификаторы
Номер ЕС	1.1.1.22
Количество CAS	9028-26-6
Базы данных
IntEnz	Просмотр IntEnz
БРЕНДА	BRENDA запись
ExPASy	Просмотр NiceZyme
КЕГГ	Запись в KEGG
MetaCyc	метаболический путь
ПРИАМ	профиль
PDB структуры	RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтология	AmiGO / QuickGO
Поиск ЧВК статьи PubMed статьи NCBI белки

В энзимология, а UDP-глюкозо 6-дегидрогеназа (ЕС 1.1.1.22 ) является фермент это катализирует то химическая реакция

UDP-глюкоза + 2 НАД⁺ + H₂О ${\displaystyle \rightleftharpoons }$ UDP-глюкуронат + 2 НАДН + 2 Н⁺

3 субстраты этого фермента UDP-глюкоза, НАД⁺, и ЧАС₂О, а его 3 товары находятся UDP-глюкуронат, НАДН, и ЧАС⁺

Использованная литература:^{[9][10][11][12]}

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000109814 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029201 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Спайсер А.П., Кабак Л.А., Смит Т.Дж., Селдин М.Ф. (сентябрь 1998 г.). «Молекулярное клонирование и характеристика генов UDP-глюкозодегидрогеназы человека и мыши». Журнал биологической химии. 273 (39): 25117–24. Дои:10.1074 / jbc.273.39.25117. PMID  9737970.
6. Марку О., Статакис Д.Г., Марш Д.Л. (январь 2000 г.). «Отнесение локуса UGDH, кодирующего UDP-глюкозодегидрогеназу, к полосе хромосомы человека 4p15.1 с помощью радиационного гибридного картирования». Цитогенетика и клеточная генетика. 86 (3–4): 244–5. Дои:10.1159/000015350. PMID  10575217. S2CID  25740995.
7. «Ген Entrez: UGDH UDP-глюкозодегидрогеназа».
8. Хенгель, Х., Боссо-Лефевр, К., Грейди, Г. и др. Мутации с потерей функции UDP-глюкозо-6-дегидрогеназы вызывают рецессивную эпилептическую энцефалопатию развития. Нац Коммуна 11, 595 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-14360-7
9. Дружинина Т.Н., Кусов Ю.Ю., Шибаев В.Н., Кочетков Н.К., Бели П., Кукар С., Бауэр С. (фев 1975). «Уридиндифосфат 2-дезоксиглюкоза. Химический синтез, ферментативное окисление и эпимеризация». Biochimica et Biophysica Acta. 381 (2): 301–7. Дои:10.1016/0304-4165(75)90236-6. PMID  1091296.
10. Калькар HM, Максвелл ES, Стромингер JL (ноябрь 1956 г.). «Некоторые свойства уридиндифосфоглюкозодегидрогеназы». Архивы биохимии и биофизики. 65 (1): 2–10. Дои:10.1016/0003-9861(56)90171-0. PMID  13373402.
11. Строминджер Дж. Л., Мапсон Л. В. (август 1957 г.). «Уридиндифосфоглюкозодегидрогеназа проростков гороха». Биохимический журнал. 66 (4): 567–72. Дои:10.1042 / bj0660567. ЧВК  1200063. PMID  13459898.
12. Аксельрод Дж, Калькар Х.М., Максвелл Э.С., Стромингер Дж. Л. (январь 1957 г.). «Ферментативное образование уридиндифосфоглюкуроновой кислоты». Журнал биологической химии. 224 (1): 79–90. PMID  13398389.

дальнейшее чтение

• Пэн Х.Л., Лу, доктор медицины, Чанг М.Л., Чанг ХЙ (Октябрь 1998 г.). «Клонирование кДНК и анализ экспрессии человеческой UDP-глюкозодегидрогеназы». Труды Национального научного совета Китайской Республики. Часть B, Науки о жизни. 22 (4): 166–72. PMID  9850599.
• Bontemps Y, Maquart FX, Wegrowski Y (сентябрь 2000 г.). «Ген UDP-глюкозодегидрогеназы человека: полное клонирование и картирование начала транскрипции». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 275 (3): 981–5. Дои:10.1006 / bbrc.2000.3389. PMID  10973831.
• Bontemps Y, Vuillermoz B, Antonicelli F, Perreau C, Danan JL, Maquart FX, Wegrowski Y (июнь 2003 г.). «Специфический протеин-1 является универсальным регулятором экспрессии UDP-глюкозодегидрогеназы: его положительное участие в трансформации передачи сигналов бета-фактора роста и ингибировании при гипоксии». Журнал биологической химии. 278 (24): 21566–75. Дои:10.1074 / jbc.M209366200. PMID  12682078.
• Sommer BJ, Barycki JJ, Simpson MA (май 2004 г.). «Характеристика человеческой UDP-глюкозодегидрогеназы. CYS-276 требуется для второго из двух последовательных окислений». Журнал биологической химии. 279 (22): 23590–6. Дои:10.1074 / jbc.M401928200. PMID  15044486.
• Бранденбергер Р., Вэй Х, Чжан С., Лей С., Мурадж Дж., Фиск Дж. Дж., Ли И, Сюй С., Фанг Р., Гуглер К., Рао М. С., Мандалам Р., Лебковски Дж., Стэнтон Л. В. (июнь 2004 г.). «Характеристика транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Природа Биотехнологии. 22 (6): 707–16. Дои:10.1038 / nbt971. PMID  15146197. S2CID  27764390.
• Ху Дж. У., Юн Х.Й., Ли Х. Дж., Чой У. Б., Ян SJ, Чо SW (сентябрь 2004 г.). «Важность Gly-13 для связывания кофермента человеческой UDP-глюкозодегидрогеназы». Журнал биологической химии. 279 (36): 37491–8. Дои:10.1074 / jbc.M404234200. PMID  15247292.
• Ха Дж. У., Ли Х. Дж., Чхве ММ, Ян С. Дж., Юн Си, Ким Д. В., Ким Си, Чой Си, Чо Ю (2005). «Идентификация UDP-глюкозосвязывающего сайта человеческой UDP-глюкозодегидрогеназы с помощью фотоаффинного мечения и кассетного мутагенеза». Биоконъюгат Химия. 16 (3): 710–6. Дои:10.1021 / bc0500387. PMID  15898741.
• Вацяян Дж, Пэн Х.Л., Чанг Х.Й. (июнь 2005 г.). «Анализ промотора гена UDP-глюкозодегидрогеназы человека: идентификация сайта связывания Sp1, имеющего решающее значение для экспрессии большого транскрипта». Журнал биохимии. 137 (6): 703–9. Дои:10.1093 / jb / mvi082. PMID  16002992.
• Ван Л., Чжу Ю.Ф., Го XJ, Хо Р., Ма Х, Линь М., Чжоу З.М., Ша Дж.Х. (октябрь 2005 г.). «Двумерная справочная карта электрофореза яичников человека». Журнал молекулярной медицины. 83 (10): 812–21. Дои:10.1007 / s00109-005-0676-y. PMID  16021519. S2CID  6644433.
• Vatsyayan J, Lin CT, Peng HL, Chang HY (февраль 2006 г.). «Идентификация цис-действующего элемента, ответственного за негативную регуляцию экспрессии гена UDP-глюкозодегидрогеназы человека». Биология, биотехнология и биохимия. 70 (2): 401–10. Дои:10.1271 / bbb.70.401. PMID  16495656. S2CID  25853385.
• Ха JW, Робинсон Р.С., Ли Х.С., Ли Джи, Хео Ю.С., Ким Х.Т., Ли ХД, Чо С.В., Чхве Х. (2006). «Экспрессия, очистка, кристаллизация и предварительный рентгеновский анализ человеческой UDP-глюкозодегидрогеназы». Буквы о белках и пептидах. 13 (8): 859–62. Дои:10.2174/092986606777841253. PMID  17073734. S2CID  28298102.
• Исли К.Э., Соммер Б.Дж., Боанка Дж., Барики Дж.Дж., Симпсон М.А. (январь 2007 г.). «Характеристика человеческой UDP-глюкозодегидрогеназы показывает критическую каталитическую роль лизина 220 и аспартата 280». Биохимия. 46 (2): 369–78. Дои:10.1021 / bi061537d. PMID  17209547.