UPF0488 - UPF0488

C8orf33
Идентификаторы
ПсевдонимыC8orf33, хромосома 8 открытая рамка считывания 33
Внешние идентификаторыMGI: 2152337 ГомолоГен: 11320 Генные карты: C8orf33
Расположение гена (человек)
Хромосома 8 (человек)
Chr.Хромосома 8 (человек)[1]
Хромосома 8 (человек)
Геномное расположение C8orf33
Геномное расположение C8orf33
Группа8q24.3Начинать145,052,465 бп[1]
Конец145,066,685 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

65265

117171

Ансамбль

ENSG00000182307

ENSMUSG00000063236

UniProt

Q9H7E9

Q3U6N9

RefSeq (мРНК)

NM_023080

NM_054099
NM_001347540

RefSeq (белок)

NP_075568

NP_001334469
NP_473440

Расположение (UCSC)Chr 8: 145.05 - 145.07 МбChr 15: 76.95 - 76.95 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

UPF0488 это белок что у людей кодируется C8orf33 (Открытая рамка считывания 33 хромосомы 8) ген. Открытая рамка считывания 33 хромосомы 8 (C8orf33) представляет собой ген, кодирующий белок человека, функция которого в настоящее время неизвестна.

Тканевое и субклеточное распределение

Белок UPF0488 экспрессируется на низких или умеренных уровнях в большинстве тканей, за некоторыми исключениями.[5] Предполагается, что он локализуется в ядре и митохондрии, хотя некоторые ортологи также предположительно локализуются в цитозоле; кроме того, имеются экспериментальные данные, показывающие, что человеческий C8orf33 может локализоваться в пероксисомах. Экспрессия этого гена активируется после литий контакт. C8orf33 значительно активируется при лекарственном лечении рака груди.[6]

Посттрансляционная модификация

Прогнозируется несколько посттрансляционных модификаций, включая фосфорилирование, метилирование и ацетилирование.[7] Кроме того, он имеет несколько посттрансляционных модификаций, таких как ацетилирование, метилирование, фосфопротеин - это включает модификации аминокислот (или модифицированные остатки), такие как N-ацетилаланин, омега-N-метиларгинин и фосфосерин).[8]

Ген

Этот ген имеет 5 транскриптов (варианты сплайсинга), 62 ортолога и является членом 1 семейства белков Ensembl. Этот ген входит в набор Human CCDS: CCDS34974.1.[9] Этот ген входит в набор Human CCDS: CCDS34974. Профиль экспрессии C8orf33 показал, что этот ген чрезмерно экспрессировался после воздействия лития.[10]

C8orf33 (UPF0488) имеет 31 альтернативно сплайсированный экзон, которые объединяются в 13 различных вариантов транскрипта - вариант X1 является самым длинным и, по-видимому, имеет наибольшую идентичность. Секвенирование РНК ткани человека UPF0488.

Стенограмма

UPF0488 имеет 5 вариантов сплайсинга транскриптов. Что касается аллелей общих гаплотипов, частота гаплотипов составляет 96,3% для одного варианта сайта. Длина первичного транскрипта составляет 3,593 п.н., в то время как аналогичный вариант - 1,666 п.н. Вторичная структура мРНК 3 ’и 5’ UTR указывает на разную энергию кратности. Область 5 ’UTR содержит кратную энергию -21,20 и состоит из 54 оснований, энергия оснований -0,393. Область 3’UTR содержит кратную энергию -646,10, состоящую из 1873 оснований, в то время как энергия оснований составляет -0,345.[11]

Выражение

Согласно анализу экспрессии в тканях, проведенному NCBI GEO с помощью микроматрицы, ген C8orf33 имеет средние уровни экспрессии в большинстве тканей, за исключением щитовидной железы и паращитовидной железы. Экспрессия в поджелудочной железе, тонком кишечнике и других органах пищеварения, по-видимому, низкая, за исключением почки, которая кажется относительно более высокой.[11]

Примерные образцы экспрессии, полученные из источников EST. Предполагаемый ген, кодирующий белок у норвежских крыс. Представлен 30 EST из 20 библиотек кДНК. Представление EST смещено в сторону плода. Экспрессия генов, по-видимому, увеличивается у лиц, устойчивых к ожирению.

Промоутер

Промоторная область для c8orf33 охватывает 1191 пару оснований ДНК и содержит более 700 потенциальных сайтов связывания факторов. Были отобраны и показаны пятнадцать факторов транскрипции с высококонсервативными сайтами связывания в промоторных областях нескольких видов для c8orf33 (см. Раздел «Аннотированный промотор»). CDF1 (Cycling DOF Factor 1) физически взаимодействует с FKF1, белок CDF1 более стабилен у мутантов FKF1.[12] Другой фактор транскрипции, фактор транскрипции II B (TFIIB), является общим фактором транскрипции, который участвует в формировании преинициативного комплекса РНК-полимеразы II (PIC).[13]

Протеин

Изоэлектрическая точка белка (UPF0488) составляет 9,16, учитывая подробный анализ изоэлектрической точки в соответствии с различными шкалами для отдельных белков. Чистый сбор был определен с использованием значений, доступных из книги Lehninger Biochemistry. Белок-предшественник имеет молекулярную массу приблизительно 24,9925 кДа. Это немного больше, чем средний pI 6,81 для протеома человека. Он содержит повторы от 149 до 166 и от 167 до 186. Однако повторы содержат высокую степень вырожденности.[14]

UPF0488 - это аланин богатый белок по сравнению с другими белками и низкий уровень всех других аминокислот, кроме аргинин, лейцин, и пролин.

Гомология и эволюция

Эволюционное происхождение UPF0488 можно проследить так же далеко, как и беспозвоночные, со скоростью эволюции выше, чем у фибриноген.

График показывает расхождение UPF0488 в заданной временной шкале по сравнению с фибриногеном и цитохромом c. Сравнение с использованием SDSC Biology Workbench дает совпадение 27,7% Данио Рерио. ALIGN вычисляет глобальное выравнивание двух последовательностей, давая оценку глобального выравнивания 215.[15]

МРНК UPF0488 имеет очень высокий уровень вырожденности среди организмов. Последовательности с очень низкой идентичностью мРНК человека можно было идентифицировать только у близкородственных организмов. Однако у белка были гораздо более дальние родственники, в том числе несколько беспозвоночных. Выравнивание белков для Homo Sapien UPF0488 проводили с использованием San Diego Workbench; эти сопоставления были выполнены против нескольких различных таксонов, включая позвоночных, таких как млекопитающие, рептилии, авы и беспозвоночных, таких как насекомые. Последовательности белка UPf0488 очень высококонсервативны среди близких родственников homo sapiens, таких как Gorilla Gorilla Gorilla (Gorilla). Сходство белковой последовательности обратно пропорционально дивергенции (MYA) (таблица гомологов).

Функция

Было обнаружено, что активность C8orf33 связана с Рецептор, связанный с G-белком сигнальный путь, нейроактивное взаимодействие лиганд-рецептор, кальций сигнальный путь и регуляция актин цитоскелет. Следующие вещества взаимодействуют с UPF0488: 7,8-дигидро-7,8-дигидроксибензо (а) пирен, 9,10-оксид, бензо (а) пирен, метотрексат, и витамин Е.[16][17]

Патология

Экспрессия гена UPF0488 увеличивается после лечения цефалоридин, полусинтетическая производная от цефалоспорин C который подавляет глюконеогенез как в целевых (почки), так и в нецелевых (печень) органах.[12]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000182307 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000063236 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Открытая рамка считывания 33 хромосомы 8 C8orf33 [Homo sapiens]». Entrez Gene.
  6. ^ Ма Ц., Чен Х.И., Флорес М., Хуанг Й., Чен И. (2013). «BRCA-Monet: сеть методов лечения рака груди, предназначенная для эффективного прогнозирования эффективности лечения с использованием крупномасштабной базы данных микрочипов». BMC Системная биология. 7 Приложение 5: S5. Дои:10.1186 / 1752-0509-7-S5-S5. ЧВК  4029357. PMID  24564956.
  7. ^ «Белок UPF0488 C8orf33 [Homo sapiens]». Entrez Protein.
  8. ^ "C8orf33". Генные карты.
  9. ^ "Ген: C8orf33 ENSG00000182307". Ансамбль. Европейский институт биоинформатики - Европейская лаборатория молекулярной биологии.
  10. ^ Эйчисон К., Серретти А., Голдман Д., Карран С., Драго А., Малхотра А. К. (2009). «Отчет о 8-м ежегодном совещании по фармакогенетике в психиатрии». Журнал фармакогеномики. 9 (6): 358–61. Дои:10.1038 / tpj.2009.47. ЧВК  2945913. PMID  19841640.
  11. ^ а б «Ткань C8orf33». Атлас белков человека.
  12. ^ а б Гольдштейн Р.С., Смит П.Ф., Тарлофф Дж. Б., Контарди Л., Раш Г. Ф., Хук Дж. Б. (1988). «Биохимические механизмы нефротоксичности цефалоридина». Науки о жизни. 42 (19): 1809–16. Дои:10.1016/0024-3205(88)90018-5. PMID  3285106.
  13. ^ Левин Б. (2004). Гены VIII (8-е изд.). Река Аппер Сэдл, Нью-Джерси: Пирсон / Прентис-Холл. стр.636 –637. ISBN  978-0-13-143981-8.
  14. ^ «Обнаружение и выравнивание повторов в белковых последовательностях». Радар.
  15. ^ Майерс EW, Миллер W (1988). «Оптимальные соосности в линейном пространстве». Компьютерные приложения в биологических науках: CABIOS. 4 (1): 11–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / 4.1.11. PMID  3382986.
  16. ^ «C8ORF33». База данных сравнительной токсикогеномики.
  17. ^ Squassina A, Manchia M, Del Zompo M (2010). «Фармакогеномика стабилизаторов настроения в лечении биполярного расстройства». Геномика и протеомика человека. 2010: 159761. Дои:10.4061/2010/159761. ЧВК  2958627. PMID  20981231.