YIF1A - YIF1A

YIF1A
Идентификаторы
Псевдонимы	YIF1A, 54TM, FinGER7, YIF1, YIF1P, Yip1, гомолог A взаимодействующего фактора, мембранный транспортный белок
Внешние идентификаторы	OMIM: 611484 MGI: 1915340 ГомолоГен: 56295 Генные карты: YIF1A
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q13.2 Начинать 66,284,580 бп[1] Конец 66,289,145 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 19 (мышь)[2] Группа 19 | 19 А Начинать 5,088,538 бп[2] Конец 5,092,881 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками Сотовый компонент • эндоплазматический ретикулум-промежуточный компартмент Гольджи • неотъемлемый компонент мембраны • Мембрана Гольджи • эндоплазматический ретикулум • мембрана • мембрана эндоплазматического ретикулума • аппарат Гольджи • ER, покрытый COPII, в транспортную везикулу Гольджи • неотъемлемый компонент мембраны Гольджи Биологический процесс • транспорт белка • IRE1-опосредованный ответ развернутого белка • везикулярный транспорт • ER в пузырьки Гольджи-опосредованный транспорт Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10897	68090
Ансамбль	ENSG00000174851	ENSMUSG00000024875
UniProt	O95070	Q91XB7
RefSeq (мРНК)	NM_001300861 NM_020470	NM_026553
RefSeq (белок)	NP_001287790 NP_065203	NP_080829
Расположение (UCSC)	Chr 11: 66.28 - 66.29 Мб	Chr 19: 5.09 - 5.09 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок YIF1A это белок что у людей кодируется YIF1A ген.^[5][6][7][8]

Ген

Общие свойства

YIF1A (гомолог A взаимодействующего фактора Yip1) также известен как YIF1, YIF1P, FinGER7 и 54TM.^[9] Он имеет 4591 пару оснований с 8 экзонами и расположен на минусовой цепи хромосома 11, в 11q13.2, у человека.^[10]

Промоутеры

Есть четыре предсказанных промоутер для YIIF1A. ^[11] Предсказанная область промотора с наивысшей достоверностью - GXP_50494 и имеет длину 1252 пары оснований; он проходит мимо первого экзона YIF1A. Этот промотор расположен на минусовой цепи хромосомы 11.

Факторы транскрипции

Промотор варианта 1 транскрипта YIF1A содержит множество сайтов связывания факторов транскрипции.^[12] Факторы транскрипции, которые, как предполагается, связываются с промоторной областью, включают следующее.

• Белок острого миелоидного лейкоза 1, RUNX1 (фактор транскрипции 1, связанный с runt)
• Белок цинкового пальца 263, ZKSCAN12 (белок цинкового пальца с доменами KRAB и SCAN 12)
• Фактор транскрипции E2F 1
• EGR1, реакция раннего роста 1
• GATA-связывающий фактор 1
• Фактор транскрипции CP2-подобный 1 (LBP-9)
• X-бокс-связывающий белок RFX1
• Элементы эстрогенового ответа (ER альфа), сайты IR3
• Лактотрансферрин и дельталактоферрин, протеин, ингибирующий рост 12
• TGFB-индуцибельный белок 1 ответа раннего роста (KLF10)

Выражение

Экспрессия YIF1A наиболее высока в двенадцатиперстная кишка и печень. Он также экспрессируется на умеренных уровнях в тканях, включая толстую кишку, яичники, поджелудочную железу, селезенку и пищевод, и на более низких уровнях экспрессируется во множестве других тканей. ^[13][14][15]Данные NCBI GeoProfile предоставляют график тканевой экспрессии YIF1A у людей; это также указывает на то, что YIF1A экспрессируется на уровне от умеренного до умеренно низкого во всех других тканях.^[16]

мРНК

Схематическое изображение YIF1A с доменами и посттрансляционными модификациями.

YIF1A имеет изоформы 1 и 2 с экзонами 8 и 7 соответственно.^[17] Два транскрипта подвергаются попеременному сплайсингу и транслируются в белки с 293 и 241 аминокислотами соответственно.^[18][19]

РНК-связывающие белки

В 5'-нетранслируемой области были предсказаны сайты для связывания RBXM, EIF4B, и FUS. 3 'нетранслируемая область предсказала сайты для связывания ELAVL1, который является богатым AU элементами и регулирует стабильность мРНК.^[20]

Протеин

Общие свойства

Самый длинный белок изоформа YIF1A составляет 293 аминокислоты в длину. Его наблюдаемая молекулярная масса составляет приблизительно 32,0 кДа с прогнозируемой изоэлектрическая точка приблизительно 8,98.^[21][22][23]

Сочинение

YIF1 - вполне нормальный белок с точки зрения количества содержащихся в нем аминокислот. Состав каждого аминокислотного остатка аналогичен его среднему относительному составу среди белков человека. Нет кластеров зарядов, пробегов или шаблонов. Существует повторяющаяся структура белка YIF1A на уровне [201-204 и 288-291] TFHL.^[24]

Домен и мотивы

YIF1A имеет консервативный домен pfam03878 (AA 57 → 287).^[25]Внутри домена имеется 5 трансмембранных доменов, 3 нецитозольных домена и 3 цитозольных домена. Было высказано предположение, что существует возможная роль в транспортировке между эндоплазматический ретикулум и Гольджи. ^[26]

Структура

Структура белка YIF1A, созданная I-Tasser и визуализированная с помощью iCn3D.^[27][28] Трансмембранные домены имеют красный цвет, нецитозольные домены желтые, а цитозольные домены темно-розового цвета.

Структура YIF1A состоит приблизительно на 59% из альфа-спиралей, при этом ТМ-спираль и неупорядоченные области составляют остальную часть структуры; бета-цепь не прогнозировалась.^[29]

Локализация

Предполагаемое местоположение YIF1A находится в эндоплазматическом ретикулуме с внутриклеточным N-концом и внеклеточным C-концом.^[30][31]

Посттрансляционные модификации

YIF1A подвергается расщеплению метионином и на N-конце ацетилирование, который является одной из наиболее распространенных посттрансляционных модификаций эукариотических белков.^[32]Он также фосфорилируется неопределенными киназами по нескольким сайтам.^[33] В остатке лизина предсказано три сайта гликирования (lys 104, 161 и 211).^[34] YIF1A подвергается модификации O-ß-GlcNAc в 5 сайтах, 1 из которых является сайтами Инь-Ян. ^[35]

Взаимодействующий белок

На основе флуоресцентная микроскопия, проверенные два гибрида и коиммунопреципитация антител, белок, который, скорее всего, взаимодействует с YIF1A, являются GPR37, SEC23IP, REEP2, и YIPF5. Исследования показывают, что взаимодействие между VAPB и YIF1A контролирует мембранную доставку в дендриты.^[36] Он также участвует в реакции развернутого белка ER (UPR), индуцируя ERN1 / IRE1.^[37] Кроме того, белок YIF1A взаимодействует с белком М SARS-CoV-2.^[38]

Концептуальная трансляция варианта 1 транскрипта Hsa_YIF1A, мРНК (NM 020470)

Гомология

YIF1A имеет одиночный Паралог называется YIF1B, который расположен на 19 хромосоме человека.^[39]YIF1A имеет 238 идентифицированных ортологи.^[40] Ортолог содержит позвоночных, таких как млекопитающие, амфибии, и рептилии. Он также имеет беспозвоночные такие виды, как Insecta, Антозоа, и Ascidiacea. У простейших, бактерий и архей ортолог не обнаружен.

В следующей таблице представлен образец ортолога YIF1A.

Род и виды	Регистрационный номер[25]	Дата расхождения (MYA)[41]	Длина последовательности (AA)	Идентичность последовательности[42]
Homo sapiens (Человек)	NP_065203	0	293	100
Aotus nancymaae (Ночная обезьяна мамы)	XP_012318344	43	317	94
Mus musculus (Мышь)	NP_080829	90	293	93
Sus scrofa (Дикий кабан)	XP_013849519	96	311	92
Delphinapterus leucas (Белый кит)	XP_022447094	96	306	91
Phascolarctos cinereus (Коала)	XP_020823757	159	293	88
Орниторинхус анатинус (Утконос)	XP_028915982	177	293	88
Chelonia mydas (Зеленая черепаха)	XP_007056281	312	240	78
Chrysemys picta bellii (Нарисованная черепаха)	XP_005305497	312	293	73
Microcaecilia unicolor (Амф.)	XP_029470520	352	306	72
Rhinatrema bivittatum (Цецилия двоякостная)	XP_029470520	352	307	71
Latimeria chalumnae (Гомбесса)	XP_014345204	413	296	71
Сальмо Трутта (Коричневый тру)	XP_029585843	435	309	70
Echeneis naucrates (живой акулосак)	XP_029368074	435	308	66
Данио Рерио (Данио)	NP_956225	435	307	65
Зебра Майландия (зебра мбуна)	XP_004545672	435	308	63
Saccharomyces cerevisiae S288C (пекарские дрожжи)	NP_014136	1017	314	33
Физкомитриум патенс (мох)	XP_024362517	1275	282	30

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000174851 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024875 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Витале Г., Александров К., Ульрих О., Хориучи Х., Гинер А., Добсон С. и др. (Январь 1997 г.). «Цикл GDP / GTP Rab5 в регуляции движения эндоцитотической мембраны». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии. 60: 211–20. Дои:10.1101 / SQB.1995.060.01.024. PMID  8824393.
6. Matern H, Yang X, Andrulis E, Sternglanz R, Trepte HH, Gallwitz D (сентябрь 2000 г.). «Новый мембранный белок Гольджи является частью комплекса GTPase-связывающего белка, участвующего в нацеливании на пузырьки». Журнал EMBO. 19 (17): 4485–92. Дои:10.1093 / emboj / 19.17.4485. ЧВК  302084. PMID  10970842.
7. Ёсида Ю., Судзуки К., Ямамото А., Сакаи Н., Бандо М., Танимото К. и др. (Ноябрь 2008 г.). «YIPF5 и YIF1A рециклируют между ER и аппаратом Гольджи и участвуют в поддержании структуры Гольджи». Экспериментальные исследования клеток. 314 (19): 3427–43. Дои:10.1016 / j.yexcr.2008.07.023. PMID  18718466.
8. «Ген Entrez: YIF1A, гомолог A Yip1 взаимодействующего фактора (S. cerevisiae)».
9. «Гены, связанные с YIF1A - Результаты поиска по генным картам». www.genecards.org. Получено 2020-06-21.
10. «YIF1A - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-06-21.
11. «Genomatix: аннотация генома и браузер: ввод запроса». www.genomatix.de. Получено 2020-07-30.
12. «Genomatix: ввод в MatInspector». www.genomatix.de. Получено 2020-08-03.
13. Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J, et al. (Февраль 2014). «Анализ тканеспецифической экспрессии человека путем полногеномной интеграции транскриптомики и протеомики на основе антител». Молекулярная и клеточная протеомика. 13 (2): 397–406. Дои:10.1074 / mcp.M113.035600. ЧВК  3916642. PMID  24309898.
14. Дафф М.О., Олсон С., Вей Х, Гаррет С.К., Осман А., Болисетти М. и др. (Май 2015 г.). «Полногеномная идентификация нулевого рекурсивного сплайсинга нуклеотидов у дрозофилы». Природа. 521 (7552): 376–9. Дои:10.1038 / природа14475. ЧВК  4529404. PMID  25970244.
15. Сабо Л., Мори Р., Пальпант Нью-Джерси, Ван П.Л., Афари Н., Цзян С. и др. (Июнь 2015 г.). «Статистически обоснованное обнаружение сплайсинга показывает обогащение нейронов и тканеспецифическую индукцию кольцевой РНК во время внутриутробного развития человека». Геномная биология. 16: 126. Дои:10.1186 / s13059-015-0690-5. ЧВК  4506483. PMID  26076956.
16. "GDS596 / 202418_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-02.
17. «YIF1A - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-06-21.
18. "белок YIF1A изоформа 2 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-28.
19. "белок YIF1A изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-28.
20. «RBPDB: База данных специфичностей связывания РНК». rbpdb.ccbr.utoronto.ca. Получено 2020-08-01.
21. "белок YIF1A изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-28.
22. «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2020-07-28.
23. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-07-28.
24. «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2020-07-28.
25. ^{а б} «YIF1A - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-06-21.
26. «Гены, связанные с YIF1A - Результаты поиска по генным картам». www.genecards.org. Получено 2020-06-21.
27. «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2020-08-01.
28. «iCn3D: веб-средство просмотра трехмерных структур». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-01.
29. "NPS @: прогноз вторичной структуры GOR4". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2020-07-28.
30. «PredictProtein - анализ белковой последовательности, прогноз структурных и функциональных характеристик». www.predictprotein.org. Получено 2020-07-28.
31. «Фобий». phobius.sbc.su.se. Получено 2020-07-28.
32. «ТЕРМИНУС - добро пожаловать на конечную станцию». terminus.unige.ch. Получено 2020-07-28.
33. "Сервер NetPhosK 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-07-28.
34. «Сервер NetGlycate 1.0 - результаты прогнозов». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
35. "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-07-28.
36. Kuijpers M, Yu KL, Teuling E, Akhmanova A, Jaarsma D, Hoogenraad CC (июль 2013 г.). «Белок ALS8 VAPB взаимодействует с рециклирующим белком ER-Golgi YIF1A и регулирует мембранную доставку в дендриты». Журнал EMBO. 32 (14): 2056–72. Дои:10.1038 / emboj.2013.131. ЧВК  3715857. PMID  23736259.
37. «Белок YIF1A (человек) - сеть взаимодействия STRING». string-db.org. Получено 2020-07-29.
38. Мэхен, Роберт (2020-04-09). «Карта взаимодействия SARS-CoV-2-белок-белок человека выявляет мишени для лекарств и возможность их перепрофилирования». dx.doi.org. Дои:10.1242 / предварительное освещение.18355. Получено 2020-08-05.
39. «Гены, связанные с YIF1A - Результаты поиска по генным картам». www.genecards.org. Получено 2020-06-21.
40. «Nucleotide BLAST: поиск в базах данных нуклеотидов с помощью нуклеотидного запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-03.
41. «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2020-07-02.
42. "Человеческий поиск BLAT". genome.ucsc.edu. Получено 2020-07-02.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Конструирование и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК с обогащением по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Gisler SM, Stagljar I, Traebert M, Bacic D, Biber J, Murer H (март 2001 г.). «Взаимодействие котранспортера Na / Pi типа IIa с белками PDZ». Журнал биологической химии. 276 (12): 9206–13. Дои:10.1074 / jbc.M008745200. PMID  11099500.
• Калеро М., Винанд Нью-Джерси, Коллинз Р.Н. (март 2002 г.). «Идентификация новых белков Yip4p и Yip5p как факторов взаимодействия Rab GTPase». Письма FEBS. 515 (1–3): 89–98. Дои:10.1016 / S0014-5793 (02) 02442-0. PMID  11943201. S2CID  34319925.
• Breuza L, Halbeisen R, Jenö P, Otte S, Barlowe C, Hong W., Hauri HP (ноябрь 2004 г.). «Протеомика мембран эндоплазматического ретикулума-промежуточного компартмента Гольджи (ERGIC) из клеток HepG2, обработанных брефельдином А, позволяет идентифицировать ERGIC-32, новый циклический белок, который взаимодействует с Erv46 человека». Журнал биологической химии. 279 (45): 47242–53. Дои:10.1074 / jbc.M406644200. PMID  15308636.
• Цзинь Ц., Чжан И, Чжу Х, Ахмед К., Фу Ц, Яо Х (август 2005 г.). «Yip1A человека определяет локализацию Yif1 в аппарате Гольджи». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 334 (1): 16–22. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.06.051. PMID  15990086.