Методы подсчета бактериопланктона - Bacterioplankton counting methods

Подсчет бактериопланктона это оценка изобилия бактериопланктон в конкретном водоеме, что является полезной информацией для морских микробиологов. За прошедшие годы были разработаны различные методики подсчета для определения количества, присутствующего в наблюдаемой воде. Методы, используемые для подсчета бактериопланктона, включают: эпифлуоресцентная микроскопия, проточной цитометрии, показатели продуктивности через частоту делящихся клеток (FDC), тимин инкорпорация и лейцин включение.

Такие факторы, как соленость, температура, широта, различные уровни питательных веществ, движение воды и присутствие других организмов могут повлиять на подсчет бактериопланктона.[1][2][3][4][5] Изменения этих факторов влияют на количество бактериопланктона, заставляя его варьироваться в зависимости от водоема, местоположения, расстояния от берега и сезона.[6][7][8]

Количество бактериопланктона обычно выражается в клеток на мл (клеток мл−1).

Использует

Для понимания морской микробиологии и водной экосистемы может оказаться полезным подсчет бактериопланктона. Наблюдение за численностью бактериопланктона может дать дополнительную информацию в следующем:

  • Процессы, участвующие в круговороте различных питательных веществ в водных системах[9][10]
  • Для водной продуктивности [11]
  • Для определения изменений окружающей среды, особенно экстремальных [12]
    • Изменения в количестве бактериопланктона, не полученные в результате сезонных корректировок, могут обеспечить корреляцию со стрессами окружающей среды, такими как значительный сдвиг в уровнях питательных веществ в водоеме.[13][14][15]
  • Состав питательных веществ в водной экосистеме [16]
  • Изобилие и условия содержания других водных организмов (например, креветок) [17]

Эпифлуоресцентная микроскопия

Флуоресцентный микроскоп светлый путь

Эпифлуоресцентная микроскопия представляет собой передовую технику оптического микроскопа, основанную на использовании флуоресцентные красители связываются с конкретными биологическими маркерами, которые затем выделяют характерный спектры излучения что определяется через линзу. Флуоресцентные красители включают DAPI, Акридиновый апельсин, SYBR Зеленый 1, и YO-PRO-1, каждый из которых способен окрашивать структуры как ДНК, так и РНК в биологических образцах, таких как бактерии и вирусы.[18][19][20][21] Однако окрашивание ДНК в первую очередь используется для идентификации бактериальных клеток. В современной эпифлуоресцентной микроскопии отраслевым стандартом оценки и подсчета количества бактериальных клеток является использование DAPI пятно.[22] Этот метод может применяться для проб из самых разных сред и мест, таких как морская вода, различные источники пресной воды, а также почвы и отложения.[22]

Методика подсчета

В стандартном эксперименте подготовленные образцы бактерий помещают на предметные стекла и затем просматривают под эпифлуоресцентным микроскопом. Увеличение установлено на уровне, при котором квадраты 0,1 х 0,1 мм на счетном слайде четко видны.[23] Для количественной оценки бактерий клетки подсчитываются в 5-30 случайных квадратных единицах поля зрения, а среднее количество бактерий на поле заносится в таблицу.[22] Затем это значение экстраполируется для оценки общего количества бактериальных клеток на миллилитр путем определения общего количества полей зрения на области осаждения предметных стекол и умножения его на среднее количество бактерий на единицу счета.[23]

Надежность

К перечислять Количество бактериальных клеток, только небольшие части бактерий в образце физически подсчитываются по логистическим причинам, на основании чего общая численность оценивается экстраполяцией. Затем средние значения используются для сравнения между образцами. Однако точность этого метода, при котором табулирование только небольшой подгруппы используется для оценки общих количеств численности, была поставлена ​​под сомнение.[22] Прежде всего, было показано, что распределение бактериальных клеток на предметных стеклах может быть неравномерным и непостоянным.[22] Кроме того, для получения достоверной оценки количества бактерий с помощью этого метода было предложено измерить более 350 отдельных клеток из 20 полей зрения.[22] Это может быть не только трудоемким, но и труднодостижимым для определенных образцов.

Проточной цитометрии

Внутренняя работа проточный цитометр

Проточный цитометрический анализ (или, проточной цитометрии ) является обычной процедурой во многих клинических приложениях. Однако, несмотря на его открытие более трех десятилетий назад, его внедрение в водную микробную экологию для подсчета бактериопланктона было относительно медленным.[24] Его использование еще не превзошло эпифлуоресцентная микроскопия.[25] Несмотря на то, что оба метода оценки численности относительно точны, проточная цитометрия менее подвержена ошибкам человека, более точна, имеет более высокое разрешение и способна исследовать десятки тысяч клеток за считанные минуты.[24] Проточная цитометрия также может предоставить информацию о размере, активности и морфологии клеток, помимо их количества.[26]

Проточная цитометрия может использоваться для различения и количественной оценки фотосинтетического и нефотосинтетического бактериопланктона.[26] Количественная оценка фотосинтетических прокариот, таких как цианобактерии и пикоэукариотические водоросли это стало возможным благодаря способности фотосинтетических пигментов флуоресцировать.[27] Например, различное образование фотосинтетических пигментов у двух основных фотосинтетических прокариот, прохлорококк и синехококк, включив само их различие.[28][29][30] Prochlorococcus содержат дивинил-хлорофиллы. а и б которые проявляют только красную флуоресценцию при возбуждении синим или ультрафиолетовым светом, в то время как синехококки испускают и оранжевую, и красную флуоресценцию; апельсин от фикобилины и красный от хлорофилл. Помимо флуоресценции, прохлорококк и синехокок имеют значительно разные размеры и, следовательно, дают разные сигналы рассеяния при анализе проточной цитометрии. Это еще больше помогает в их дифференциации.[31] Количественное определение прохлорококка считается крупным прорывом, поскольку это стало возможным почти только с помощью проточной цитометрии. Это связано с неспособностью эпифлуоресцентной микроскопии обнаружить низкую аутофлуоресценцию хлорофилла, присутствующую в прохлорококке.[26]

Помимо фотосинтезирующего бактериопланктона, нефотосинтезирующий бактериопланктон также может быть подсчитан с помощью проточной цитометрии. Это делается с помощью окрашивания ДНК или пищевой вакуоли.[27] Проточная цитометрия особенно успешно дифференцирует прохлороккок от гетеротрофных бактерий, подсчет которых изначально был ошибочным из-за их одинакового размера.

Использование эпифлуоресцентной микроскопии через проточную цитометрию во многих лабораториях микробной экологии можно объяснить рядом экономических и практических факторов. Во-первых, использование коммерческих проточных цитометров требует опыта хорошо обученного техника. Во-вторых, проточные цитометры довольно дороги по сравнению с аппаратурой для эпифлуоресцентной микроскопии. В-третьих, многие проточные цитометры предназначены для исследования клеток крови; океанические бактерии относительно малы и поэтому приближаются к пределу разрешения во многих коммерческих проточных цитометрах.[32]

Процесс подсчета

Количественное определение бактериопланктона методом проточной цитометрии включает четыре этапа: фиксация, окрашивание, обработка и интерпретация данных.

Фиксация

Фиксация делается для того, чтобы не только сохранить образец, но и повысить проницаемость клеток для пятен.[24] Однако наиболее распространенные фиксирующие агенты способны изменять клетки, изменяя определенные аспекты, такие как размер, способ рассеивания света, автофлуоресценция и нуклеиновые кислоты. Это проблематично, поскольку различение клеток методом проточной цитометрии зависит от этих качеств. Некоторые фиксаторы также приводят к полной потере клеток.[24] В настоящее время некоторые из агентов, используемых в процессе фиксации, включают две разновидности формальдегида (формалин и параформальдегид), 70% этанол, глутаральдегид и TCA.[33] Предполагается, что лучшим средством фиксации белков и нуклеиновых кислот является параформальдегид из-за его способности быстро проникать в клетки.[24]

Окрашивание

В проточной цитометрии окрашивание позволяет отличить бактериопланктон от небактериальных частиц. Он включает инкубацию образца в широком диапазоне флуорохромы такие как УФ-возбужденные красители (DAPI и Hoechst 33342) и красителей нуклеиновых кислот, возбужденных синим светом (TO-PRO-1, TOTO-1, SYBR Зеленый I ).[31] Долгое время проточные цитометры использовали красители с УФ-возбуждением для исследования бактериопланктон которые можно использовать либо в недорогих проточных цитометрах с ограниченной чувствительностью, либо в дорогих проточных цитометрах с высокой чувствительностью, необходимой для различения гетеротрофных бактерий от автотрофов. Внедрение красителей, возбуждающих синий цвет, таких как SYBR Green I, позволило провести высококачественный проточный цитометрический анализ бактериопланктона на недорогих высокочувствительных проточных цитометрах.[31]

Время инкубации для оптимального окрашивания варьируется от соединения к соединению. Для красок, возбуждаемых УФ-излучением, может потребоваться час или больше, а для красителей, возбуждаемых синим светом, требуется всего 15 минут.[24]

Окрашивание может сопровождаться такими буферами, как Тритон Х-100 которые делают клетки более проницаемыми для пятен. Они особенно используются в непроницаемых для клеток красителях, таких как TO-PRO-1. Буферы также используются для разбавления красителей, чувствительных к ионной силе, таких как Picogreen, YO-PRO-1 и YOYO-1. Однако использование буферов может быть вредным для клеток, поскольку такие буферы, как Triton-X-100, могут не только гасить флуоресценцию хлорофилла, но и создавать нежелательную фоновую флуоресценцию. Это может усложнить различение гетеротрофный бактерии и автотрофный прокариоты.[24]

Подсчет

Цитометрический анализ цианобактерии

При проточном цитометрическом анализе более 200 клеток проходят перед лазерным лучом или ртутной лампой каждую секунду, клетка за раз. Фотоумножители соберите количество света, рассеиваемого каждой частицей, и флуоресценцию, испускаемую при возбуждении. Затем эта информация усваивается и интерпретируется системой как событие. Однако, несмотря на способность проточных цитометров подсчитывать клетки с очень небольшими усилиями, большинство из них не имеют возможности определять фактическую концентрацию клеток. Это можно определить с помощью различных методов, включая использование контрольных шариков, количество которых предварительно определено (помогает определить соотношение бактерий к шарикам), измерения веса до и после эксперимента и ежедневную калибровку потока.[24]

Большим преимуществом проточных цитометров является их способность идентифицировать различные популяции бактериоплантонов. Это различение осуществляется путем анализа четырех факторов; рассеяние света, зеленая флуоресценция, синяя флуоресценция и красная флуоресценция. Анализ светорассеяния неадекватен сам по себе и часто рассматривается наряду с флуоресценцией по ряду причин; Во-первых, морская вода содержит множество частиц, которые, как бактерии, рассеивают свет. Во-вторых, размеры многих океанических бактерий приближаются к пределу разрешения. Количество света, рассеиваемого ячейками, определяется не только размером ячеек, но и внутренней структурой, показателем преломления, формой и ориентацией частицы. Рассеянный свет подразделяется на рассеяние вперед (FSC) или бокового рассеяния (SSC). Первый связан с объемом и массой клеток, а второй - с показателем преломления, содержанием и зернистостью клеток. [24]

Когда концентрация клеток выше 2,5 × 106 клеток на мл, вероятность того, что более одного раза клетки пройдут в непосредственной близости и будут зарегистрированы как одно событие, увеличивается. Это называется совпадением, и его легко избежать, предварительно разбавив образец.[31]

Меры продуктивности

Частота делящихся клеток

Частота делящихся клеток (FDC) - это метод, используемый для прогнозирования средней скорости роста водного гетеротрофного бактериального сообщества.[34] Метод использует деление клеток, в частности перегородка формирование, как показатель скорости роста.[34] Ячейки считаются разделенными, когда полости между отдельными ячейками (инвагинация ) наблюдаются под эпифлуоресцентная микроскопия.[34] FDC основан на предположении, что существует взаимосвязь между долей клеток, делящихся в настоящее время, и скоростью роста в бактериальном сообществе.[35]

Включение тимидина

Тимидин включение - один из наиболее широко используемых методов оценки роста бактерий.[36] Тимидин - это предшественник за ДНК, а синтез ДНК можно измерить по включению меченного тритием тимидина в трихлоруксусная кислота (TCA) - нерастворимый материал через пути спасения.[37] Включение тимидина измеряет рост на основе скорости синтеза ДНК, исходя из предположения, что только растущие клетки могут включать радиоактивный тимидин для синтеза ДНК.[38]

К недостаткам этой процедуры относится мечение других молекул, помимо ДНК, при добавлении меченного тритием тимидина в образец.[36] В случаях ограничения углерода тимидин также можно использовать в качестве источника углерода вместо предшественника ДНК.[36] Результаты экспериментов по включению тимидина могут вводить в заблуждение, если доля тимидина, включенного в ДНК, по сравнению с другими молекулами неизвестна.[36]

Включение лейцина

Лейцин включение используется как мера синтеза белка в сообществах водных бактерий.[39] К образцам добавляют радиоактивный лейцин и определяют его накопление в горячих нерастворимых в трихлоруксусной кислоте (СА) частях клетки.[39] Затем образцы собираются на мембранном фильтре.[39] Белок лейцина поглощается более чем 50% популяций водных бактерий, и включение лейцина можно использовать для оценки использования азота в бактериальном сообществе.[39]

Морская сезонная сукцессионная динамика

Поскольку популяции бактерий обладают уникальным метаболизмом и предпочтениями в отношении ресурсов, использование анализа временных рядов с высоким разрешением бактериальных композиций позволяет идентифицировать закономерности в сезонной последовательности бактерий.[40] Различия в составе бактериальных сообществ приводят к определенным изменениям межвидовых взаимодействий бактерий с фотосинтетическим планктоном, протист травоядные, и фаги тем самым влияя на сезонную динамику. Статистические методы, используемые для проверки закономерностей в динамике и составе популяции, демонстрируют воспроизводимость в течение нескольких лет, а факторы окружающей среды служат предикторами этих временных закономерностей.[41] Большая часть исследовательской деятельности по бактериопланктону в настоящее время происходит в водах умеренного климата северного полушария от 30 ° с. Полярный круг на 66 ° с.[40]

Сезонность в регионах с умеренным климатом

Поскольку сезонные смены популяций фитопланктона следуют последовательной повторяющейся модели, бактериальная динамика и последовательность фитопланктона могут быть коррелированы.[40] Как правило, сезонные изменения бактериального состава следуют за изменениями температуры и хлорофилл а, в то время как наличие питательных веществ ограничивает скорость роста бактериопланктона.[42][43][44][45][6][46] Во время перемешивания водяного столба поздней осенью / зимой питательные вещества, выносимые на поверхность, вызывают отчетливое весеннее цветение диатомей, за которым следуют динофлагелляты.[40] После весеннее цветение, производство и рост бактерий повышаются из-за высвобождения растворенного органического вещества (РОВ) при разложении фитопланктона.[47][48] На этой ранней стадии преемственности члены класса Флавобактерии (Bacteroidetes) обычно являются доминирующими компонентами бактериального сообщества.[49][50] Геномный анализ и мета-транскриптомика обнаружили присутствие бактерий, содержащих множество гидролитических ферментов, способствующих деградации и ассимиляции РОВ.[51][52][53][54] Во время весеннего цветения некоторые представители Розеобактер клады (Alphaproteobacteria ) и немного Гаммапротеобактерии обычно связаны с деградацией DOM.[48][49] По мере повышения температуры и истощения питательных веществ от весеннего цветения фитопланктон уменьшается. цианобактерии растут в теперь олиготрофных водах.[40]

По мере того как летом вода стратифицируется, количество кладов бактерий Roseobacter, SAR86 (Gammaproteobacteria) и SAR11 (Alphaproteobacteria) увеличивается.[55][56] Часто наблюдаемая осень диатомовые водоросли и динофлагеллята цветение коррелирует с дополнительным поступлением питательных веществ, и высокочастотный отбор проб в Балтийском море показал, что осенью, Актинобактерии обычно повышается, а затем следуют различные, специфичные для осени Флавобактерии, SAR11 и Планктомицеты.[49]

в Средиземное море глубокое зимнее перемешивание позволяет членам клады SAR11 достичь повышенного разнообразия, поскольку олиготрофные популяции, которые когда-то доминировали во время летней стратификации, медленно отмирают.[57] Среди архей Средиземного моря, Таумархеота Морская группа I (MGI) и Euryarchaeota Зимой стали доминировать популяции морской группы II (MGII.B).[58] Пока в Балтийское море, зимнее смешивание приносит Эпсилон-протеобактерии и археи популяции на поверхность из их глубоких мест обитания.[49]

Рекомендации

  1. ^ Лонг РА, Азам Ф (2001-12-05). «Микромасштабная пятнистость богатства сообществ бактериопланктона в морской воде». Экология водных микробов. 26 (2): 103–113. Дои:10.3354 / ame026103.
  2. ^ Хэ Дж, Чжан Ф, Линь Л, Ма И, Чен Дж (2012). «Численность, биомасса и распределение бактериопланктона и пикофитопланктона в бассейне Западной Канады летом 2008 г.». Deep Sea Research Part II: Актуальные исследования в океанографии. 81-84: 36–45. Bibcode:2012DSRII..81 ... 36H. Дои:10.1016 / j.dsr2.2012.08.018.
  3. ^ Вэй Ц., Бао С., Чжу X, Хуан X (2008). «Пространственно-временные изменения состава сообщества бактериопланктона в озере Чаоху, Китай». Прогресс естествознания. 18 (9): 1115–1122. Дои:10.1016 / j.pnsc.2008.04.005.
  4. ^ Лопес-Флорес Р., Бойс Д., Бадоса А., Брюс С., Кинтана XD (2009). «Факторы окружающей среды, влияющие на динамику бактериопланктона и фитопланктона в замкнутых средиземноморских солончаках (северо-восток Испании)». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии. 369 (2): 118–126. Дои:10.1016 / j.jembe.2008.11.003.
  5. ^ Медвинский, Александр Б .; Адамович, Борис В .; Алиев, Рубин Р .; Чакраборти, Амит; Лукьянова, Елена В .; Михеева, Тамара М .; Никитина, Людмила В .; Нуриева, Наиля И .; Русаков, Алексей В. (2017). «Температура как фактор, влияющий на колебания и предсказуемость численности бактериопланктона озера». Экологическая сложность. 32: 90–98. Дои:10.1016 / j.ecocom.2017.10.002.
  6. ^ а б Андерссон А.Ф., Риманн Л., Бертилссон С. (февраль 2010 г.). «Пиросеквенирование показывает контрастную сезонную динамику таксонов в сообществах бактериопланктона Балтийского моря». Журнал ISME. 4 (2): 171–81. Дои:10.1038 / ismej.2009.108. PMID  19829318.
  7. ^ Гильоне Дж. Ф., Мюррей А. Э. (март 2012 г.). «Ярко выраженные различия между летом и зимой и более высокое зимнее богатство прибрежного антарктического морского бактериопланктона». Экологическая микробиология. 14 (3): 617–29. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2011.02601.x. PMID  22003839.
  8. ^ Страза Т.Р., Утка Х.В., Мюррей А.Э., Кирчман Д.Л. (01.11.2010). «Численность и одноклеточная активность бактериальных групп в прибрежных водах Антарктики». Лимнология и океанография. 55 (6): 2526–2536. Bibcode:2010LimOc..55.2526S. Дои:10.4319 / lo.2010.55.6.2526.
  9. ^ Карри Д. Д., Калфф Дж. (Март 1984 г.). «Относительная важность бактериопланктона и фитопланктона в поглощении фосфора пресной водой1». Лимнология и океанография. 29 (2): 311–321. Bibcode:1984LimOc..29..311C. Дои:10.4319 / lo.1984.29.2.0311.
  10. ^ Lindström ES (декабрь 2001 г.). «Изучение факторов, влияющих на состав сообщества бактериопланктона: результаты полевого исследования пяти мезотрофных озер». Микробная экология. 42 (4): 598–605. Дои:10.1007 / s00248-001-0031-у. PMID  12024242. S2CID  22656746.
  11. ^ Котнер Дж. Б., Бидданда Б. А. (01.03.2002). «Маленькие игроки, большая роль: влияние микробов на биогеохимические процессы в пелагических водных экосистемах». Экосистемы. 5 (2): 105–121. CiteSeerX  10.1.1.484.7337. Дои:10.1007 / s10021-001-0059-3. S2CID  39074312.
  12. ^ Харниш М. (март 2013 г.). «Общая устойчивость аборигенных бактерий как индикатор изменений в водной среде». Загрязнение окружающей среды. 174: 85–92. Дои:10.1016 / j.envpol.2012.11.005. PMID  23246751.
  13. ^ Чен, Синьсинь; Ван, Кай; Го, Аннан; Дун, Чжиин; Чжао, Цюньфэнь; Цянь, Цзе; Чжан, Демин (2016). «Избыточная нагрузка фосфатов со временем меняет состав сообщества бактериопланктона в олиготрофных прибрежных водных микрокосмах». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии. 483: 139–146. Дои:10.1016 / j.jembe.2016.07.009.
  14. ^ Дай, Вэньфан; Чжан, Цзиньцзе; Ту, Цичао; Дэн, Е; Цю, Цюнфэнь; Сюн, Дзинбо (2017). «Сборка бактериопланктона и межвидовое взаимодействие, указывающее на усиление прибрежного эвтрофикации». Атмосфера. 177: 317–325. Bibcode:2017Чмсп.177..317Д. Дои:10.1016 / j.chemosphere.2017.03.034. PMID  28319885.
  15. ^ Уракава, Хидетоси; Бернхард, Энн Э. (2017). «Управление водно-болотными угодьями с использованием микробных индикаторов». Экологическая инженерия. 108: 456–476. Дои:10.1016 / j.ecoleng.2017.07.022.
  16. ^ Хаукка К., Колмонен Э., Хайдер Р., Хиетала Дж., Ваккилайнен К., Кайресало Т., Хаарио Х., Сивонен К. (февраль 2006 г.). «Влияние биогенной нагрузки на состав сообщества бактериопланктона в мезокосмах озер». Микробная экология. 51 (2): 137–46. Дои:10.1007 / s00248-005-0049-7. PMID  16435168. S2CID  35399139.
  17. ^ Чжан Д., Ван Х, Сюн Дж, Чжу Дж, Ван И, Чжао Q, Чен Х, Го А, Ву Дж (2014). «Сообщества бактериопланктона как биологические индикаторы состояния здоровья креветок». Экологические показатели. 38: 218–224. Дои:10.1016 / j.ecolind.2013.11.002.
  18. ^ Tanious FA, Veal JM, Buczak H, Ratmeyer LS, Wilson WD (31.03.1992). «DAPI (4 ', 6-диамидино-2-фенилиндол) по-разному связывается с ДНК и РНК: связывание с малой бороздкой в ​​сайтах AT и интеркаляция в сайтах AU». Биохимия. 31 (12): 3103–3112. Дои:10.1021 / bi00127a010. PMID  1372825.
  19. ^ Гонсалес К., Макви С., Канник Дж., Удовиченко И. П., Такемото Д. Д. (1995). «Дифференциальное окрашивание акридиновым оранжевым общей ДНК и РНК в нормальных и галактоземных эпителиальных клетках хрусталика в культуре с использованием проточной цитометрии». Текущие исследования глаз. 14 (4): 269–273. Дои:10.3109/02713689509033525. PMID  7541739.
  20. ^ Благородный RT, Fuhrman JA (13 февраля 1998 г.). «Использование SYBR Green I для быстрого подсчета эпифлуоресценции морских вирусов и бактерий». Экология водных микробов. 14 (2): 113–118. Дои:10.3354 / ame014113.
  21. ^ Мари Д., Воло Д., Партенский Ф. (май 1996 г.). «Применение новых красителей нуклеиновых кислот YOYO-1, YO-PRO-1 и PicoGreen для проточного цитометрического анализа морских прокариот». Прикладная и экологическая микробиология. 62 (5): 1649–55. Дои:10.1128 / AEM.62.5.1649-1655.1996. ЧВК  167939. PMID  8633863.
  22. ^ а б c d е ж Мутукришнан Т., Говендер А., Добрецов С., Абед Р.М. (2017-01-08). «Оценка надежности подсчета бактерий с помощью эпифлуоресцентной микроскопии». Журнал морской науки и техники. 5 (1): 4. Дои:10.3390 / jmse5010004.
  23. ^ а б О'Коннор Дж. Т., О'Коннор Т., Твейт Р. (2009). Оценка производительности и эксплуатации водоочистных сооружений. John Wiley & Sons, Inc., стр. 193–198. Дои:10.1002 / 9780470431474.app1. ISBN  9780470431474.
  24. ^ а б c d е ж грамм час я Gasol, Josep M .; Джорджио, Пол А. дель (2000-06-30). «Использование проточной цитометрии для подсчета естественных планктонных бактерий и понимания структуры сообществ планктонных бактерий». Scientia Marina. 64 (2): 197–224. Дои:10.3989 / scimar.2000.64n2197. ISSN  1886-8134.
  25. ^ Джорджио, Пол А. дель; Bird, Дэвид Ф .; Прери, Ив Т .; Планас, Долорс (1996-06-01). «Проточно-цитометрическое определение численности бактерий в планктоне озера с зеленым красителем нуклеиновой кислоты SYTO 13». Лимнология и океанография. 41 (4): 783–789. Bibcode:1996LimOc..41..783G. Дои:10.4319 / lo.1996.41.4.0783. ISSN  1939-5590.
  26. ^ а б c Sieracki, Michael E .; Haugen, Elin M .; Куччи, Терри Л. (1995-08-01). «Переоценка гетеротрофных бактерий в Саргассовом море: прямые доказательства проточной и визуализационной цитометрии». Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers. 42 (8): 1399–1409. Bibcode:1995DSRI ... 42.1399S. Дои:10.1016 / 0967-0637 (95) 00055-Б. ISSN  0967-0637.
  27. ^ а б Зубков М.В., Буркилл PH, Топпинг Дж. Н. (2007-01-01). «Проточный цитометрический подсчет ДНК-окрашенных протистов океанического планктона». Журнал исследований планктона. 29 (1): 79–86. Дои:10.1093 / планкт / fbl059.
  28. ^ УОТЕРБЕРИ, ДЖОН Б .; Уотсон, Стэнли У .; ГИЙАРД, Роберт Р. Л .; БРЕНД, ЛАРРИ Э. (январь 1979 г.). «Широкое распространение одноклеточных, морских, планктонных, цианобактерий». Природа. 277 (5694): 293–294. Bibcode:1979Натура 277..293Вт. Дои:10.1038 / 277293a0. ISSN  1476-4687. S2CID  4270426.
  29. ^ Chisholm, Sallie W .; Франкель, Шейла Л .; Герике, Ральф; Олсон, Роберт Дж .; Паленик, Брайан; Уотербери, Джон Б.; Вест-Джонсруд, Лиза; Зеттлер, Эрик Р. (1 февраля 1992 г.). "Prochlorococcus marinus nov. Gen. Nov. Sp .: оксифотрофный морской прокариот, содержащий дивинилхлорофиллы a и b". Архив микробиологии. 157 (3): 297–300. Дои:10.1007 / BF00245165. ISSN  0302-8933. S2CID  32682912.
  30. ^ Chisholm, Sallie W .; Олсон, Роберт Дж .; Зеттлер, Эрик Р .; Герике, Ральф; Уотербери, Джон Б.; Вельшмайер, Николас А. (июль 1988 г.). «Новый свободноживущий прохлорофит, распространенный в океанической эвфотической зоне». Природа. 334 (6180): 340–343. Bibcode:1988Натура. 334..340С. Дои:10.1038 / 334340a0. ISSN  1476-4687. S2CID  4373102.
  31. ^ а б c d Мари Д., Партенский Ф., Жаке С., Воло Д. (январь 1997 г.). «Подсчет и анализ клеточного цикла природных популяций морского пикопланктона с помощью проточной цитометрии с использованием красителя нуклеиновой кислоты SYBR Green I». Прикладная и экологическая микробиология. 63 (1): 186–93. Дои:10.1128 / AEM.63.1.186-193.1997. ЧВК  1389098. PMID  16535483.
  32. ^ Джорджио PA, Bird DF, Prairie YT, Planas D (июнь 1996). «Проточно-цитометрическое определение численности бактерий в планктоне озера с зеленым красителем нуклеиновой кислоты SYTO 13». Лимнология и океанография. 41 (4): 783–789. Bibcode:1996LimOc..41..783G. Дои:10.4319 / lo.1996.41.4.0783.
  33. ^ Райс Дж., Сани М.А., Буркилл PH, Тарран Г.А., О'Коннор С.Д., Зубков М.В. (март 1997 г.). «Проточный цитометрический анализ характеристик гибридизации видоспецифичных флуоресцентных олигонуклеотидных зондов с рРНК морских нанофлагеллят». Прикладная и экологическая микробиология. 63 (3): 938–44. Дои:10.1128 / AEM.63.3.938-944.1997. ЧВК  1389123. PMID  16535558.
  34. ^ а б c Hagström A, Larsson U, Hörstedt P, Normark S (май 1979 г.). «Частота делящихся клеток, новый подход к определению скорости роста бактерий в водной среде». Прикладная и экологическая микробиология. 37 (5): 805–12. Дои:10.1128 / AEM.37.5.805-812.1979. ЧВК  243306. PMID  16345378.
  35. ^ Ньюэлл С.Ю., Кристиан Р.Р. (июль 1981 г.). «Частота делящихся клеток как оценка бактериальной продуктивности». Прикладная и экологическая микробиология. 42 (1): 23–31. Дои:10.1128 / AEM.42.1.23-31.1981. ЧВК  243955. PMID  16345812.
  36. ^ а б c d Серве П., Мартинес Дж., Биллен Дж., Вивес-Рего Дж. (Август 1987 г.). «Определение включения [H] тимидина в ДНК бактериопланктона: улучшение метода путем обработки ДНКазой». Прикладная и экологическая микробиология. 53 (8): 1977–9. Дои:10.1128 / AEM.53.8.1977-1979.1987. ЧВК  204039. PMID  16347424.
  37. ^ Белл Р., Альгрен Г., Альгрен И. (июнь 1983 г.). «Оценка продукции бактериопланктона путем измерения включения [3H] тимидина в эвтрофное озеро Швеции». Прикладная и экологическая микробиология. 45 (6): 1709–1721. Дои:10.1128 / AEM.45.6.1709-1721.1983. ЧВК  242528. PMID  16346304.
  38. ^ Фурман Дж, Азам Ф (июль 1980 г.). «Оценка вторичной продукции бактериопланктона в прибрежных водах Британской Колумбии, Канады, Антарктиды и Калифорнии, США». Прикладная и экологическая микробиология. 39 (6): 1085–1095. Дои:10.1128 / AEM.39.6.1085-1095.1980. ЧВК  291487. PMID  16345577.
  39. ^ а б c d Кирхман Д., К'нис Э., Ходсон Р. (март 1985 г.). «Инкорпорация лейцина и его потенциал как мера синтеза белка бактериями в естественных водных системах». Прикладная и экологическая микробиология. 49 (3): 599–607. Дои:10.1128 / AEM.49.3.599-607.1985. ЧВК  373556. PMID  3994368.
  40. ^ а б c d е Бунсе С., Пиньясси Дж. (Июнь 2017 г.). «Сезонная сукцессия морского бактериопланктона». Тенденции в микробиологии. 25 (6): 494–505. Дои:10.1016 / j.tim.2016.12.013. PMID  28108182.
  41. ^ Фурман Дж. А., Хьюсон И., Швальбах М. С., Стил Дж. А., Браун М. В., Наим С. (август 2006 г.). «Ежегодно повторяющиеся бактериальные сообщества предсказуемы исходя из условий океана». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (35): 13104–9. Bibcode:2006PNAS..10313104F. Дои:10.1073 / pnas.0602399103. ЧВК  1559760. PMID  16938845.
  42. ^ Пинхасси Дж., Хагстрём Å (2000-06-15). «Сезонная сукцессия морского бактериопланктона». Экология водных микробов. 21 (3): 245–256. Дои:10.3354 / ame021245.
  43. ^ Пиньясси Дж., Гомес-Консарнау Л., Алонсо-Саес Л., Сала М.М., Видал М., Педрос-Алио К., Газоль Дж. М. (2006-10-10). «Сезонные изменения ограничения питательных веществ бактериопланктона и их влияние на состав бактериального сообщества в северо-западной части Средиземного моря». Экология водных микробов. 44 (3): 241–252. Дои:10.3354 / ame044241.
  44. ^ Сапп М., Вичельс А., Уилтшир К. Х., Гердтс Г. (март 2007 г.). «Динамика бактериального сообщества во время перехода зима-весна в Северном море». FEMS Microbiology Ecology. 59 (3): 622–37. Дои:10.1111 / j.1574-6941.2006.00238.x. PMID  17381518.
  45. ^ Гилберт Дж. А., Филд D, Свифт П., Ньюболд Л., Оливер А., Смит Т., Сомерфилд П. Дж., Хьюз С., Джойнт I (декабрь 2009 г.). «Сезонная структура микробных сообществ в Западной Ла-Манше» (PDF). Экологическая микробиология. 11 (12): 3132–9. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2009.02017.x. HDL:1912/3133. PMID  19659500.
  46. ^ Gilbert JA, Steele JA, Caporaso JG, Steinbrück L, Reeder J, Temperton B, Huse S, McHardy AC, Knight R, Joint I, Somerfield P, Fuhrman JA, Field D (февраль 2012 г.). «Определение сезонной динамики морского микробного сообщества». Журнал ISME. 6 (2): 298–308. Дои:10.1038 / ismej.2011.107. ЧВК  3260500. PMID  21850055.
  47. ^ Риман Л., Стюард Г. Ф., Азам Ф. (февраль 2000 г.). «Динамика состава и активности бактериального сообщества в период цветения диатомовых водорослей в мезокосме». Прикладная и экологическая микробиология. 66 (2): 578–87. Дои:10.1128 / AEM.66.2.578-587.2000. ЧВК  91866. PMID  10653721.
  48. ^ а б Бьюкен А., ЛеКлеир Г.Р., Гульвик КА, Гонсалес Дж.М. (октябрь 2014 г.). «Мастера-рециклеры: особенности и функции бактерий, связанных с цветением фитопланктона». Обзоры природы. Микробиология. 12 (10): 686–98. Дои:10.1038 / nrmicro3326. PMID  25134618. S2CID  26684717.
  49. ^ а б c d Линд М.В., Шестедт Дж., Андерссон А.Ф., Балтар Ф., Хугерт Л.В., Лундин Д., Мутусами С., Легран С., Пиньясси Дж. (Июль 2015 г.). «Распутывание сезонной динамики популяции бактериопланктона с помощью высокочастотного отбора проб». Экологическая микробиология. 17 (7): 2459–76. Дои:10.1111/1462-2920.12720. PMID  25403576.
  50. ^ Альдеркамп А, Синтес Э, Херндл Дж. Дж. (21 декабря 2006 г.). «Численность и активность основных групп прокариотического планктона в прибрежной зоне Северного моря весной и летом». Экология водных микробов. 45 (3): 237–246. Дои:10.3354 / ame045237.
  51. ^ Фернандес-Гомес Б., Рихтер М., Шулер М., Пинхасси Дж., Ацинас С.Г., Гонсалес Дж. М., Педрос-Алио К. (май 2013 г.). «Экология морских Bacteroidetes: подход к сравнительной геномике». Журнал ISME. 7 (5): 1026–37. Дои:10.1038 / ismej.2012.169. ЧВК  3635232. PMID  23303374.
  52. ^ Тилинг Х, Фукс Б.М., Бехер Д., Клоков С., Гардебрехт А., Беннке С.М., Кассабги М., Хуанг С., Манн А.Дж., Вальдманн Дж., Вебер М., Клиндворт А., Отто А., Ланге Дж., Бернхардт Дж., Райнш К., Хеккер М. , Peplies J, Bockelmann FD, Callies U, Gerdts G, Wichels A, Wiltshire KH, Glöckner FO, Schweder T., Amann R (май 2012 г.). «Субстрат-контролируемая последовательность популяций морского бактериопланктона, вызванная цветением фитопланктона». Наука. 336 (6081): 608–11. Bibcode:2012Наука ... 336..608Т. Дои:10.1126 / наука.1218344. PMID  22556258. S2CID  29249533.
  53. ^ Тилинг Х., Фукс Б.М., Беннке С.М., Крюгер К., Чафи М., Каппельманн Л., Рейнтьес Дж., Вальдманн Дж., Кваст С., Глёкнер Ф.О., Лукас Дж., Вичельс А., Гердтс Г., Уилтшир К. Х., Аманн Р. И. (апрель 2016 г.) «Повторяющиеся закономерности в динамике бактериопланктона во время весеннего цветения прибрежных водорослей». eLife. 5: e11888. Дои:10.7554 / eLife.11888. ЧВК  4829426. PMID  27054497.
  54. ^ Тейлор Дж. Д., Коттингем С. Д., Биллинг Дж., Канлифф М. (январь 2014 г.). «Сезонная динамика микробного сообщества коррелирует с полисахаридами, полученными из фитопланктона, в поверхностных прибрежных водах». Журнал ISME. 8 (1): 245–8. Дои:10.1038 / ismej.2013.178. ЧВК  3869024. PMID  24132076.
  55. ^ Агавин Н.С., Дуарте С.М., Агусти С. (1998-09-03). «Рост и численность Synechococcus sp. В Средиземноморском заливе: сезонность и взаимосвязь с температурой». Серия "Прогресс морской экологии". 170: 45–53. Bibcode:1998МЕПС..170 ... 45А. Дои:10.3354 / meps170045.
  56. ^ Алонсо-Саес Л., Балаге В., Са Э. Л., Санчес О, Гонсалес Дж. М., Пинхасси Дж., Массана Р., Пернталер Дж., Педрос-Алио С., Газоль Дж. М. (апрель 2007 г.). «Сезонность бактериального разнообразия в прибрежных водах северо-западного Средиземноморья: оценка с помощью библиотек клонов, дактилоскопии и FISH». FEMS Microbiology Ecology. 60 (1): 98–112. Дои:10.1111 / j.1574-6941.2006.00276.x. PMID  17250750.
  57. ^ Salter I, Galand PE, Fagervold SK, Lebaron P, Obernosterer I, Oliver MJ, Suzuki MT, Tricoire C (февраль 2015 г.). «Сезонная динамика активных экотипов SAR11 в олиготрофной северо-западной части Средиземного моря». Журнал ISME. 9 (2): 347–60. Дои:10.1038 / ismej.2014.129. ЧВК  4303628. PMID  25238399.
  58. ^ Hugoni M, Taib N, Debroas D, Domaizon I, Jouan Dufournel I, Bronner G, Salter I, Agogué H, Mary I, Galand PE (апрель 2013 г.). «Структура биосферы редких архей и сезонная динамика активных экотипов поверхностных прибрежных вод». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 110 (15): 6004–9. Bibcode:2013PNAS..110.6004H. Дои:10.1073 / pnas.1216863110. ЧВК  3625260. PMID  23536290.