C12orf42 - C12orf42

Хромосома 12 Открытая рамка чтения 42 (C12orf42) это белок -кодирование ген в Homo sapiens.

Ген

Locus

Геномное расположение этого гена следующее: начинается с 103 237 591 п.н. и заканчивается 103 496 010 п.н.[1] Цитогенетическая локализация C12orf42 - 12q23.2. Находится на отрицательной нити[2]

Цитогенетическая полоса: 12q23.2[3]

мРНК

Путем транскрипции получают пятнадцать различных мРНК: четырнадцать альтернативных вариантов сплайсинга и одна несплайсированная форма.[2]

Протеин

Третичная структура для белка C12orf42.[4]

Белок, выделяемый этим геном, известен как неохарактеризованный белок C12orf42.[1] Существует три изоформы этого белка, полученные путем альтернативного сплайсинга. Первая изоформа - это коническая последовательность. Вторая изоформа отличается от первой тем, что не содержит 1-95 а.о. в своей последовательности. Третья изоформа отличается от конической последовательности двумя способами:[5]

  • 87-107 а.о. - это последовательность GSHHGQATQKLQGAMVLHLEE вместо VFPERTQNSMACKRLLHTCQY
  • вся последовательность 108-360 а.о. не существует в этой изоформе

Вторичная структура

Белок C12orf42 принимает несколько вторичных структур, таких как: альфа спирали, бета-листы, и случайные катушки. Белок C12orf42 является растворимым.[6] Растворимые белки имеют гидрофильный внешний вид и гидрофобный внутренний слой.[7] Белки с такой структурой могут свободно плавать внутри клетки благодаря жидкому составу цитозоль.

Субклеточное расположение

C12orf42 - внутриклеточный белок. Это известно по отсутствию трансмембранных доменов или сигнальных пептидов. Это предполагает, что это ядерный белок, учитывая сигнал ядерной локализации (NSL) обнаружено: PRDRRPQ на 292 аминокислотах и ​​двудольный KRLIKVCSSAPPRPTRR на 325 аминокислотах.

Этот белковый рисунок иллюстрирует расположение домена DUF4607 и двух последовательностей ядерной локализации.

Модификация после перевода

Предполагаемые сайты посттрансляционных модификаций представлены в таблице ниже. Известно, что ядерные белки имеют фосфорилирование, ацетилирование, сумоилирование и O-GlcNAc как типы модификаций:[нужна цитата ]

  • Фосфорилирование влияет на белок-белковое взаимодействие и стабильность белка.[нужна цитата ]
  • Ацетилирование способствует сворачиванию белков и повышает стабильность.
  • Сумоилирование участвует в ядерно-цитозольном транспорте и репарации ДНК.[нужна цитата ]
  • Гликозилирование (известное как O-GlcNAc в ядре) способствует сворачиванию и стабильности белка.
Тип модификацииАминокислотная позиция
ФосфорилированиеSer44, Ser47, Ser58, Ser74, Ser113, Ser115, Ser118, Ser123, Ser130, Ser134, Ser135, Ser205, Ser210, Ser217,

Ser226, Ser238,

Ser302, Thr17, Thr45, Thr145, Thr150, Thr228,

Thr240, Thr240, Thr291, Thr339, Thr344, Tyr124[8]

АцетилированиеSer2[9]
СумоилированиеIPIVS32-36[10]
O-GlcNAcThr45, Ser58, Ser130, Ser135, Ser205, Ser210,

Ser217, Thr339[11]

Выражение

Профили тканей

Данные микрочипа демонстрирует экспрессию гена C12orf42 в различных тканях человеческого тела. В лимфатический узел, селезенка, и вилочковая железа.[12] Есть значительное выражение в мозг, мочевой пузырь, придаток яичка, а вспомогательная Т-клетка.[12] Следовательно, существует статистически значимая экспрессия гена C12orf42 на всем протяжении нервная система, иммунная система, и мужская репродуктивная система.

Гибридизация in situ

В таблице ниже показаны области мозга мышей, где экспрессируется C12orf42. Имя гена мыши - 1700113H08Rik, это человеческий гомолог из C12orf42.[13] Первая и вторая области мозга управляют движением тела и скелета. Третья и четвертая области мозга предназначены для сенсорных функций; четвертая зона специализируется на восприятии запахов. Пятая область мозга отвечает за эмоциональное обучение и память.

Расположение в мозгу мышиОбласть в мозге[14]
Площадь # 1Крус 1, зернистый слой
Крус 2, зернистый слой
Парамедианная долька, молекулярная
Площадь # 2Парафлоккулюс, зернистый слой
Флоккулюс, зернистый слой
Площадь # 3Поле CA1, пирамидальный слой
Поле CA2, пирамидальный слой
Поле CA3, пирамидальный слой
Площадь # 4Грушевидная зона, пирамидальный слой
Грушевидно-миндалевидная область, пирамидный слой
Площадь # 5Кортикальная миндалевидная область, задний отдел, латеральная зона, слой 2
Кортикальная миндалевидная область, задний отдел, медиальная зона, слой 2

Гомология

Паралог

Ген C12orf42 имеет только один член в своем семействе генов, этот ген известен как Neuroligin 4, Y-связанный ген (NLGN4Y).[15]

Ортологи

C12orf42 ортологи в основном млекопитающие. Было обнаружено одно исключение: Пелодискус китайский или более известная как китайская черепаха с мягким панцирем.

Консервированная доменная структура

Наиболее важна доменная структура DUF4607, она сохраняется в Клады Евтерии в классе Mammalia. Порядок, в котором он сохраняется, следующий: Парнокопытные, Хищник, Рукокрылые, Зайцеобразные, Периссодактиля, Приматы, Хоботок, и Rodentia.

Класс млекопитающихродразновидностьраспространенное имяДата расхожденияприсоединение #длина seqseq идентseq аналогичноТаксоны / Паралог
1ГомоH.SapiensЧеловек---------------NP_001157710256aa89.80%*****Паралог
2ПапиоП.АнубисОливковый павиан27,3 млн лет назадXP_009179812353aa90%93%Орден примаса
3ОвисО. ОвенОвца95,0 млн лет назадXP_012026728177aa64.00%68%Отряд парнокопытных
4ОриктолагО. КуникулусЕвропейский кролик90,1 млн лет назадXP_008255213346aa61%70%Заказать зайцеобразные
5EquusЭ. КабаллусЛошадь95,0 млн лет назадXP_005606608293aa60%68%Заказать Perissodactyla
6OrcinusО. ОркаКосатка95,0 млн лет назадXP_012388341.1322aa59%67%Отряд китообразных
7ГалеоптерГ. ВариегатусЗондский летающий лемур83,0 млн лет назадXP_008574769.1289aa56%64%Отряд Dermoptera
8ТричехТ. МанатусВест-индийский ламантин102,0 млн лет назадXP_012410246348aa55%63%Заказать Sirenia
9ЛоксодонтаL. AfricanaАфриканский слон102,0 млн лет назадXP_010599824288aa54%62%Заказать Proboscidea
10ПтеропусП.АлектоЧерная летучая лисица95,0 млн лет назадELK10322.1300aa52%64%Отряд рукокрылых
11Кондилурав. КристатаРодинка-звездочка95,0 млн лет назадXP_004676538.1306aa52%64%Отряд насекомоядных
12АйлуроподаА. МеланолеукаГигантская панда95,0 млн лет назадXP_011218367.1305aa51%61%Заказать Carnivora
13orycteropusО. АферТрубкозуб102,0 млн лет назадXP_007950592283aa49%59%Заказать Tubulidentata
14ЭлефантулЭ. ЭдвардииМыс Слоновая землеройка102,0 млн лет назадXP_006888639114aa47%60%Заказать Macroscelidea
15MusМ. MusculusМышь90,1 млн лет назадNP_083961327aa45%57%Заказать Rodentia
16CanisC. волчанкаСобака95,0 млн лет назадXP_013974742206aa44%56%Заказать Carnivora
17ДасипусD. NovemcinctusДевятиполосный броненосец102,0 млн лет назадXP_012377498360aa41%49%Заказать Edentata
Класс рептилийродразновидностьраспространенное имяДата расхожденияприсоединение #длина seqseq идентseq аналогичноПРИМЕЧАНИЯ
1ПелодискусП. SinensisКитайская черепаха с мягким панцирем320,5 млн лет назадXP_014436518618aa32%42%Заказать Testudines

Клиническое значение

В одном эксперименте были объединены точная сравнительная геномная гибридизация (FT-CGH) и опосредованная лигированием ПЦР (LM-PCR).[16] Это привело к обнаружению хромосомной транслокации t (12; 14) (q23; q11.2) в Т-лимфобластная лимфома (T-LBL). Хромосомная транслокация происходит во время Перестройка с удалением дельта-гена Т-рецептора, который важен для дифференцировки Т-клеток. Эта транслокация разрушает C12orf42 и вызывает ген ASCL1 ближе к Т-клеточный рецептор альфа (TRA) энхансер. В результате перекрестно слитый ген кодирует жизненно важные факторы транскрипции которые находятся в медуллярный рак щитовидной железы и мелкоклеточный рак легкого.

Иллюстрирует произошедшую транслокацию, которая привела к делеции в хромосоме 12. Где хромосома 12q23 перекрестно слилась с TRDREC и сегментом TRAJ61. Это мешало гену C12orf42.[16]

Рекомендации

  1. ^ а б "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=C12orf42#proteins". www.genecards.org. Получено 2016-02-29.
  2. ^ а б [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: C12orf42, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-03.
  3. ^ "Хромосома 12: 103 237 591-103 496 010 - Подробная информация о регионе - Homo sapiens - Обозреватель генома ансамбля 84". www.ensembl.org. Получено 2016-04-26.
  4. ^ «Итоги I-TASSER». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Архивировано из оригинал на 2016-04-28. Получено 2016-05-03.
  5. ^ «C12orf42 - Неохарактеризованный белок C12orf42 - Homo sapiens (Человек) - ген и белок C12orf42». www.uniprot.org. Получено 2016-05-03.
  6. ^ «SOSUI / представить последовательность белка». harrier.nagahama-i-bio.ac.jp. Получено 2016-04-30.
  7. ^ Берг, Джереми М .; Тимочко, Джон Л .; Страйер, Люберт (01.01.2002). "Резюме". Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  8. ^ "Сервер NetPhos 2.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2016-05-03.
  9. ^ «Сервер NetAcet 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2016-05-03.
  10. ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия». sumosp.biocuckoo.org. Получено 2016-05-03.
  11. ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2016-05-03.
  12. ^ а б "GDS3834 / 17229". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-02.
  13. ^ «1700113H08Rik MGI Mouse Gene Detail - MGI: 1923890 - RIKEN cDNA 1700113H08 gene». www.informatics.jax.org. Получено 2016-05-02.
  14. ^ "Деталь гена :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши". mouse.brain-map.org. Получено 2016-04-28.
  15. ^ "Человеческий поиск BLAT". genome.ucsc.edu. Получено 2016-05-03.
  16. ^ а б Przybylski, Grzegorz K .; Диттманн, Кэтлин; Грабарчик, Петр; Дёлькен, Готфрид; Геск, Стефан; Сложнее, Лана; Ландманн, Ева; Зиберт, Райнер; Шмидт, Кристиан А. (01.11.2010). «Молекулярная характеристика новой хромосомной транслокации t (12; 14) (q23; q11.2) в Т-лимфобластной лимфоме между дельта-делетирующими элементами Т-клеточного рецептора (TRDREC и TRAJ61) и гипотетическим геном C12orf42». Европейский журнал гематологии. 85 (5): 452–456. Дои:10.1111 / j.1600-0609.2010.01508.x. ISSN  1600-0609. PMID  20659153.