Декриптон - Décrypthon

Декриптон
Доступно ванглийский, Французский
ТипГрид-вычисления и Волонтерские вычисления
Интернет сайтафм-телемарафон.fr/ projet-decrypthon-3149

Декриптон это проект, который использует сеточные вычисления ресурсы для участия в медицинских исследованиях. Слово это чемодан французского слова «décrypter» (расшифровать) и «телемарафон ".

Описание

Décrypthon - это технологическая платформа, обеспечивающая вычислительную мощность, необходимую для обработки сложных данных в биологии. Это позволяет с помощью технологий, называемых "сетки ", чтобы собрать (в сетку) мощность нескольких суперкомпьютеров (500 Гфлоп), установленных IBM в 6 французских университетах (Bordeaux 1, Lille 1, Paris 6 Jussieu, ENS Lyon, Crihan в Руане, Орсе) и / или отдельные персональные компьютеры через Сетка мирового сообщества,[1] сам BOINC проект. В рамках программы Décrypthon завершены десятки научных проектов, отобранных по результатам тендеров.

История

Во французском Телемарафон, AFM («Французская ассоциация по борьбе с миопатиями» / «Французская ассоциация против миопатии») и IBM выступил с призывом мобилизовать пользователей Интернета: «Выделите неиспользуемое компьютерное время для исследований». Задача: выполнить первое протеом отображение: все белки / молекулы, производимые клетками.

Эта научная, технологическая и человеческая задача была блестяще решена: мобилизовано 75 000 пользователей Интернета, выполнены миллиарды сложных вычислений, нанесено на карту 550 000 белков. Это библиотека для сравнения белков из разных видов живых организмов (животных, растений, человека). Он содержит почти 2,2 миллиона файлов, разделенных на 17 000 каталогов.

И все это менее чем за два месяца, в то время как на один компьютер потребовалось бы более 1170 лет. Каждый компьютер вложил около 133 часов, или в общей сложности более 10 миллионов часов вычислений. Двадцать один сервер IBM координировал решения и данные на протяжении всей операции.

После этого успеха в 2003 году AFM объявил тендер на использование этой базы знаний. Было отобрано четыре проекта:

  • Проект предложили две команды из Commissariat à l'Energie Atomique (CEA, Комиссия по атомной энергии) Департамент наук о жизни в Сакле (S Zinn-Justin и R Guérois) в сотрудничестве с A Poupon, из Национальный центр научных исследований (Centre Nationale de la recherche scientifique ou CNRS), Лаборатория структурных исследований дрожжей. геномика из Университета Орсе. Этот проект был направлен на изучение взаимосвязи между структурой и функцией белков, которые снижают риск генетических аномалий у людей и дрожжей.

Три другие группы из IGBMC (Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, Институт геномики молекулярной и клеточной биологии) в Илкирхе, Дж. Лапорт и Дж. Л. Мандель, А. Пужоль и Дж. Л. Мандель, Дж. Бей, Ф. Сирокин, Ф. Плевняк и О. Поч предложил три проекта возрастающей сложности.

  • Первый проект включал идентификацию и характеристику белков, участвующих в нескольких нервно-мышечные заболевания, а также предсказание белковых доменов и тканеспецифических функций.
  • Второй проект включал анализ белков клеточного органелла, то пероксисома, который участвует во многих важных метаболических функциях.
  • Третий проект в масштабе организма заключался в выявлении новых потенциальных терапевтических целей в Холерный вибрион и бактериальный понос организмы, вызывающие диарейные заболевания

В 2003/2004 году были отобраны два проекта. Оба проекта были успешно реализованы в сети и предоставили полезные расчеты.[2]

После успеха этих двух проектов в мае 2004 года было подписано соглашение между AFM, CNRS и IBM о формализации тогдашнего проекта на основе Décrypthon на основе сети серверов.[3] пожертвована IBM шести университетам-партнерам.

В 2009 году французский актер Тьерри Лермитт становится покровителем Décrypthon.

Проекты

  • Координатор проекта Алессандра Карбоне (Inserm Блок 511, Université Pierre et Marie Curie ). Крупномасштабное исследование взаимодействий белок-белок, белок-ДНК и белок-лиганд, приводящее к нацеливанию лекарств. Этот проект направлен на разработку компьютерных инструментов для идентификации на поверхности белка сайтов взаимодействия с другими белками, ДНК или же лиганды.
  • Проект Кристофа Пуза и Паскаля Вио (CNRS UMR 8118, Université René Descartes, Париж V). Распараллеливание Метод Монте-Карло для сортировки потенциалов действия: улучшение инструмента для фундаментальных исследований в нейробиология и диагностика нервно-мышечных заболеваний. Этот проект направлен на автоматизацию обработки нейронных сигналов, записанных врачами, для обнаружения любых сбоев в работе нейронов мозга или мотонейронов, контролирующих мышечные волокна.
  • Проект координирует Марк Робинсон-Рехави (факультет биологии и медицины Лозаннского университета /ENS Лион). Анализ данных транскриптомов животных для аннотирования нервно-мышечных процессов человека геном. Этот проект позволит точно определить, какие гены должны экспрессироваться (или неправильно экспрессироваться) в мышечных клетках, что является важной информацией для понимания нервно-мышечных заболеваний.
  • Проект координируется E-K. Талби (LIFL - Лаборатория фундаментальных компьютерных наук в Лилле, USTL, CNRS, INRIA, Вильнёв д'Аск). Конформационный отбор проб и стыковка с сетками: приложение к нервно-мышечным заболеваниям. Цель состоит в том, чтобы предсказать с помощью расчетов природу и тип связей молекул, участвующих в функционировании нормальной клетки, и разработать исследования «in silico» (путем расчетов), средства вмешательства в нормальные или патологические физиологические процессы - а значит, и рационально разрабатывать лекарства.
  • Координаторы проекта: F. Relaix и O. Poch (Институт миологии, Париж - IGBMC, Илкирх). Крупномасштабная идентификация транскрипционных сетей во время миогенеза. Этот проект направлен на выявление молекулярных механизмов транскрипции в развитии мышц.
  • Проект координируют М. Робинсон-Рехави и Л. Шеффер (факультет биологии и медицины Лозаннского университета /ENS Лион). Интеграция нескольких подходов к функционалу геномика чтобы понять мышцу.

Помощь в лечении мышечной дистрофии (HCMD)

В 2007 году проект команды Алессандры Карбоне начал подготовительную фазу в глобальной и общественной сети, Сетка мирового сообщества, вычислив взаимодействия 336 белков. Теперь это общеизвестно как "Помогите вылечить мышечную дистрофию "(HCMD).

В 2009 году, после использования опыта, полученного на первом этапе, второй этап проекта был запущен в World Community Grid. Для выполнения этого грандиозного проекта 150 000 пользователей Интернета будут привлечены и посвящены на целый год.

На данный момент HCMD - это запущенный проект, который находится на второй стадии.

ДатаПозиция вычисленаПолучена единицаЗавершение
11 мая 2009 года000.00%
15 января 2010 г.16 697 552 86110 810 35512.13%
7 мая 201028 965 307 20116 586 05521.04%
4 февраля 2011 г.78 226 996 84833 088 78356.83%
16 мая 201196 053 905 75839 184 25469.78%

Рекомендации

  1. ^ Бертис, Виктор; Больц, Рафаэль; Деспре, Фредерик; Рид, Кевин (апрель 2008 г.). «Крупномасштабное выполнение биоинформатического приложения в сети добровольцев». Семинар по параллельным и распределенным научным и инженерным вычислениям (PDSEC08).
  2. ^ Bertis, V .; Bolze, R; Деспрез, Ф. (декабрь 2009 г.). «От выделенной сети к добровольной сети: крупномасштабное выполнение биоинформатического приложения». Журнал грид-вычислений. 7 (4): 463–478.
  3. ^ Бард, Николас; Больц, Рафаэль; Кэрон, Эдди; Деспре, Фредерик; Хейманн, Михаэль; Фридрих, Анна; Мулинье, Люк; Нгуен, Нгок-Хоан; Поч, Оливье; Турсель, Тьерри (июнь 2010 г.). «Décrypthon Grid - сетевые ресурсы, предназначенные для нервно-мышечных заболеваний». 8-я конференция HealthGrid.

внешняя ссылка