DMAC1 - DMAC1

Dmac1
Идентификаторы
ПсевдонимыTmem2611700027K24Rik3110001D03 Риктрансмембранный белок 261, комплекс сборки дистального плеча мембраны 1
Внешние идентификаторыГомолоГен: 12054 Генные карты: [1]
Расположение гена (человек)
Хромосома 4 (человек)
Chr.Хромосома 4 (человек)
Хромосома 4 (человек)
Геномное расположение Dmac1
Геномное расположение Dmac1
Группа4 | 4 C3Начинать75,277,354 бп
Конец75,278,305 бп
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

66928

н / д

Ансамбль

ENSMUSG00000028398

н / д

UniProt

Q9CQ00

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_025849

н / д

RefSeq (белок)

NP_080125

н / д

Расположение (UCSC)Chr 4: 75.28 - 75.28 Мбн / д
PubMed поиск[1]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Трансмембранный белок 261 это белок что у людей кодируется TMEM261 ген расположен на хромосома 9.[2] TMEM261 также известен как C9ORF123 и DMAC1, Открытая рамка считывания 123 хромосомы 9 и Трансмембранный Белок C9orf123[3] и белок 1 дистального комплекса сборки мембраны и плеча.[4]

Особенности гена


TMEM261 находится по адресу 9п24.1, его длина 91891 пар оснований (п.н.) на обратной нити.[3] Его соседний ген PTPRD расположен в 9p23-p24.3 также на обратной цепи и кодирует протеинтирозинфосфатаза рецепторный тип дельта.[2][3]TMEM261 имеет 2 экзоны и 1 интрон, и 6 первичная стенограмма варианты; самый большой вариант транскрипта мРНК, состоящий из 742 п.н. с белком 129 аминокислоты (aa) в длину и 13,500 Дальтон (Да) размером, а наименьший вариант кодирующего транскрипта имеет размер 381 п.н. с белком длиной 69аа и размером 6100 Да.[5][6]

Аннотированные особенности белка TMEM261, включая топологию и важные сайты для фосфорилирования и миристоилирования, а также DUF4536 и трансмембранные спиральные домены.

Особенности белка

TMEM261 - это белок, состоящий из 112 аминокислот, с молекулярный вес 11,8 кДа.[7] В изоэлектрическая точка прогнозируется на уровне 10,2,[8] пока это посттрансляционная модификация значение 9,9.[6]

Структура

Обнаружено, что некоторые белки взаимодействуют с TMEM261.

TMEM261 содержит область неизвестной функции, DUF4536 (pfam15055), предсказанный как спиральная мембрана, охватывающая домен около 45aa (Cys 47- Сер 92) длиной без известных доменных отношений.[9][10] Предполагается, что еще два трансмембранных спиральных домена имеют длину 18aa (Вал 52-Ала 69) и 23aa (Pro 81-Ала 102]).[11][12] Также существует область низкой сложности, охватывающая 25aa (Thr 14-Ала 39).[13] В третичная структура для TMEM261 пока не определено. Однако его вторичная структура белка в основном состоит из спиральная катушка регионы с бета-нити и альфа спирали найдено в трансмембранный и область неизвестной функции регионы. N-концевая область TMEM261 состоит из неупорядоченной области[14][15] который содержит область низкой сложности[13] это не очень консервативно среди ортологов.[16][17]

Модификации

Показано, что домен N-миристоилирования присутствует в большинстве вариантов белка TMEM261.[6] Посттрансляционные модификации включают миристоилирование из N-концевой Глицин остаток (Gly 2)[6][18] белка TMEM261, а также фосфорилирование из Треонин 31.[19]

Взаимодействия

Белки, взаимодействующие с TMEM261, включают: NAAA (белок-белковое взаимодействие ), QTRT1 (РНК-белковое взаимодействие ),ZC4H2 (ДНК-белковое взаимодействие )[20] и ZNF454 (ДНК-белковое взаимодействие).[21][22] Также было показано, что он взаимодействует с ПРИЛОЖЕНИЕ (белок-белковое взаимодействие),[23] ARHGEF38 (белок-белковое взаимодействие)[24] и HNRNPD (РНК-белковое взаимодействие ).[25][26]

Тканевая экспрессия TMEM261, демонстрирующая экспрессию тканевого обогащенного гена (TEG) [27]

Дополнительный фактор транскрипции предсказанные сайты связывания (взаимодействие ДНК-белок) включают один сайт связывания для MEF2C а моноцит -специфический коэффициент усиления что участвует в мышечная клетка регулирование, особенно в сердечно-сосудистая система [3][28] и два места привязки для GATA1 который является фактором транскрипции глобина 1, участвующим в эритробласт регулирование развития.[29][30][31]

Выражение

TMEM261 проявляет повсеместную экспрессию у людей и обнаруживается почти во всех типах тканей.[32][33] Это показывает тканевый ген (TEG) выражение по сравнению с ген домашнего хозяйства (HKG) выражение.[27] Его высшее проявление видно в сердце (общее относительное выражение 94%) особенно в сердце фибробласт клетки вилочковая железа (общее относительное выражение 90%), и щитовидная железа (общее относительное выражение 93%), особенно в щитовидной железе железистый клетки.[27][32] Интенсивность окрашивания рак клетки показали промежуточную или высокую экспрессию в грудь, колоректальный, яичник, кожа, уротелиальный, голова и шея клетки.[32]

Функция

В настоящее время функция TMEM261 неизвестна.[34] Тем не мение, амплификация гена и перестройки его локуса были связаны с различными видами рака, включая колоректальный рак,[35] рак молочной железы[36] и лимфомы.[37][38]

Эволюция

Ортологи

В ортологи и гомологи TMEM261 ограничены позвоночные, его самый старый гомолог датируется гомологом хрящевые рыбы[39] который расходился с Homo sapiens 462,5 миллиона лет назад.[40] В первичная структура белка TMEM261 показывает более высокую общую сохранность в млекопитающие, однако высокая сохранность область неизвестной функции (DUF4536) в C-конец регион присутствует во всех ортологах, включая отдаленные гомологи. В структура белка TMEM261 показывает консервативность у большинства ортологов.[16][17]

ОрганизмНаучное названиеРегистрационный номерДата отклонения от человечества (млн лет)Аминокислоты (аа)Личность (%)Учебный класс
ЛюдиHomo sapiensNP_219500.10112100Млекопитающие
ГориллаГорилла гориллаXP_004047847.18.811299Млекопитающие
Оливковый павианПапио анубисXP_003911767.12911284Млекопитающие
Зондский летающий лемурGaleopterus variegatusXP_008587957.181.511268Млекопитающие
Малый египетский тушканчикJaculus JaculusXP_004653029.192.310956Млекопитающие
Голый землекопHeterocephalus glaberXP_004898193.192.311445Млекопитающие
Белый носорогCeratotherium simum simumXP_004436891.194.211266Млекопитающие
Девятиполосный броненосецDasypus novemcinctusXP_004459147.1104.411259Млекопитающие
Зеленая морская черепахаChelonia mydasXP_007056940.12968549Рептилии
Зебра зябликTaeniopygia GuttataXP_002187613.22967247Авес
Западная когтистая лягушкаXenopus tropicalisXP_002943025.1371.28545Амфибия
Haplochromis burtoniHaplochromis burtoniXP_005928614.1400.19151Актиноптеригии
Австралийская акула-призракCallorhinchus miliiXP_007884223.1426.58643Chondrichthyes

Паралоги

TMEM261 не имеет известных паралогов.[39]

Рекомендации

  1. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  2. ^ а б «Entrez Protein: TMEM261».
  3. ^ а б c d «Генные карты: PTPRD».
  4. ^ "DMAC1 - белок 1 комплекса сборки дистальной мембраны и плеча - Homo sapiens (человек) - ген и белок DMAC1". www.uniprot.org. Получено 2018-07-30.
  5. ^ Thierry-Mieg, D; Тьерри-Миг, Дж. (2006). «AceView: полная аннотация генов и транскриптов, поддерживаемых кДНК». Геномная биология. 7 (Приложение 1): S12.1–14. Дои:10.1186 / gb-2006-7-s1-s12. ЧВК  1810549. PMID  16925834.
  6. ^ а б c d «AceView: ген C9orf123 человека Homo sapiens».
  7. ^ «Ансамбль: Расшифровка TMEM261-003».
  8. ^ «PI: определение изоэлектрической точки».
  9. ^ «Сохраненные домены NCBI: DUF4536».
  10. ^ «EMBL-EBI Interpro: трансмембранный белок 261 (Q96GE9)».
  11. ^ «Фобиус: комбинированная трансмембранная топология и предсказатель сигнального пептида».
  12. ^ "Q96GE9 - TM261_HUMAN". UniProt. Консорциум UniProt.
  13. ^ а б "Vega: Расшифровка: C9orf123-003".
  14. ^ «PHYRE: механизм распознавания гомологии / аналогии белков». ФИРА.
  15. ^ Келли, штат Луизиана; Штернберг, MJE (2009). «Прогнозирование структуры белка в Интернете: пример использования сервера Phyre». MJE. 4 (3): 363–371. Дои:10.1038 / nprot.2009.2. HDL:10044/1/18157. PMID  19247286. S2CID  12497300.
  16. ^ а б "ClustalW".
  17. ^ а б Томпсон, Джули Д; Хиггинс, Десмонд Дж. Гибсон, Тоби Дж (1994). «CLUSTAL W: повышение чувствительности прогрессивного множественного выравнивания последовательностей за счет взвешивания последовательностей, штрафов за пропуски в зависимости от позиции и выбора весовой матрицы». Нуклеиновые кислоты Res. 22 (22): 4673–4680. Дои:10.1093 / nar / 22.22.4673. ЧВК  308517. PMID  7984417.
  18. ^ Галло, Винченцо. «Миристоилирование: посттрансляционные модификации белков». flipper.diff.org. Туринский университет.
  19. ^ «Nextprot: TMEM261» Трансмембранный белок 261 ».
  20. ^ Даш А. и др. (2002). «Изменения в дифференциальной экспрессии генов из-за времени теплой ишемии образцов радикальной простатэктомии». Am J Pathol. 161 (5): 1743–1748. Дои:10.1016 / S0002-9440 (10) 64451-3. ЧВК  1850797. PMID  12414521.
  21. ^ Rovillain E, et al. (2011). «Скрининг РНК-интерференции для выявления нижестоящих эффекторов путей супрессоров опухолей p53 и pRB, участвующих в старении». BMC Genomics. 12 (355): 355. Дои:10.1186/1471-2164-12-355. ЧВК  3161017. PMID  21740549.
  22. ^ "Белок c9orf123 (Homo Sapiens) - STRING Network View". STRING - известные и прогнозируемые белок-белковые взаимодействия.
  23. ^ Oláh J, et al. (2011). «Взаимодействие патологических маркерных белков: белок / p25, способствующий полимеризации тубулина, бета-амилоид и альфа-синуклеин». J Biol Chem. 286 (39): 34088–34100. Дои:10.1074 / jbc.M111.243907. ЧВК  3190826. PMID  21832049.
  24. ^ Huttlin EL, et al. (2014). «Высокопроизводительное протеомное картирование сетей взаимодействия человека с помощью масс-спектрометрии с аффинной очисткой (предварительная публикация)». Предварительная публикация.
  25. ^ Ленер, Б; Сандерсон, К. М. (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–1323. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
  26. ^ «Открытая рамка считывания 123 хромосомы 9 9ORF123». BioGRID: база данных белковых и генетических взаимодействий. TyersLab.
  27. ^ а б c She X, Rohl CA, Castle JC, Kulkarni AV, Johnson JM, Chen R (2009). «Определение, сохранение и эпигенетика домашних и тканевых генов». BMC Genomics. 10: 269. Дои:10.1186/1471-2164-10-269. ЧВК  2706266. PMID  19534766.
  28. ^ «Генные карты: ген MEF2C».
  29. ^ Велч Дж. Дж. И др. (2004). «Глобальная регуляция экспрессии гена эритроида с помощью фактора транскрипции GATA-1». Кровь. 104 (10): 3136–3147. Дои:10.1182 / кровь-2004-04-1603. PMID  15297311.
  30. ^ Merryweather-Clarke AT, et al. (2011). «Глобальный анализ экспрессии генов предшественников эритроидов человека». Кровь. 117 (13): e96-108. Дои:10.1182 / blood-2010-07-290825. PMID  21270440.
  31. ^ «Геноматика - анализ данных NGS и персонализированная медицина». Геноматикс. Genomatix Software GmbH.
  32. ^ а б c "Атлас человеческого белка: TMEM261".
  33. ^ «Профиль EST: TMEM261». UniGene. Национальная медицинская библиотека.
  34. ^ Ву Дж и др. (2012). «Идентификация и функциональный анализ амплифицированных генов 9p24 при раке груди человека». Онкоген. 31 (3): 333–341. Дои:10.1038 / onc.2011.227. ЧВК  3886828. PMID  21666724.
  35. ^ Гаспар, К. (2008). «Межвидовое сравнение кишечных полипов человека и мыши выявляет консервативные механизмы в опухолевом генезе, вызываемом аденоматозным полипозом кишечной палочки (APC)». Am J Pathol. 172 (5): 1363–1380. Дои:10.2353 / ajpath.2008.070851. ЧВК  2329845. PMID  18403596.
  36. ^ Ву, Дж (2012). «Идентификация и функциональный анализ амплифицированных генов 9p24 при раке груди человека». Онкоген. 31 (3): 333–341. Дои:10.1038 / onc.2011.227. ЧВК  3886828. PMID  21666724.
  37. ^ Twa DD и др. (2014). «Геномные перестройки с участием лигандов запрограммированной смерти рецидивируют в первичной крупноклеточной B-лимфоме средостения». Кровь. 123 (13): 2062–2065. Дои:10.1182 / кровь-2013-10-535443. PMID  24497532.
  38. ^ Грин MR, et al. (2010). «Интегративный анализ выявляет селективную амплификацию 9p24.1, повышенную экспрессию лиганда PD-1 и дальнейшую индукцию через JAK2 в узловой склерозирующей лимфоме Ходжкина и первичной крупноклеточной B-клеточной лимфоме средостения». Кровь. 116 (17): 3268–3277. Дои:10.1182 / кровь-2010-05-282780. ЧВК  2995356. PMID  20628145.
  39. ^ а б "NCBI BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания".
  40. ^ Хеджес, С. Блэр; Дадли, Джоэл; Кумар, Судхир (22 сентября 2006 г.). «TimeTree: общедоступная база знаний о временах расхождения между организмами» (PDF). Биоинформатика. 22 (23): 2971–2972. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl505. PMID  17021158. Архивировано из оригинал (PDF) 5 мая 2015 г.. Получено 7 мая 2015.

внешняя ссылка

дальнейшее чтение