Отличие гель-электрофореза - Difference gel electrophoresis

Отличие гель-электрофореза (DIGE) является формой гель-электрофорез где до трех разных белок образцы могут быть помечены подобранным по размеру, заряженным спектрально разрешаемым флуоресцентные красители (например, Cy3, Cy5, Cy2) до двумерный гель-электрофорез.[1]

Процедура

Три образца смешивают и загружают в IEF (изоэлектрическую фокусирующую хроматографию) для первого измерения, а полоску переносят в SDS PAGE. После гель-электрофореза гель сканируют с помощью длина волны возбуждения каждого красителя один за другим, поэтому каждый образец можно увидеть отдельно (если мы просканируем гель на длина волны возбуждения красителя Cy3, мы увидим в геле только образец, помеченный этим красителем). Этот метод используется для отслеживания изменений в содержании белка (например, между образцом здорового человека и образцом человека с заболеванием), посттрансляционных модификаций, усечений и любых модификаций, которые могут изменить размер или изоэлектрическую точку белков. . Бинарные сдвиги могут быть слева направо (изменение изоэлектрической точки), вертикальным (изменение размера) или диагональным (изменение как размера, так и изоэлектрической точки). Взаимное маркирование проводится, чтобы убедиться, что наблюдаемые изменения не связаны с зависимыми от красителя взаимодействиями.

Преимущества

Он преодолевает ограничения традиционного 2D-электрофореза, связанные с вариациями между гелями. Это может быть значительным даже для идентичных образцов. Поскольку белки из разных типов образцов (например, здоровые / больные, вирулентные / невирулентные) обрабатываются в одном и том же геле, их можно напрямую сравнивать. Чтобы сделать это с помощью традиционного 2D-электрофореза, требуется большое количество длительных повторов.

Стандарты

В экспериментах, включающих несколько гелей, обычным методом является включение внутреннего стандарта в каждый гель. Внутренний стандарт готовится путем смешивания нескольких или всех образцов в эксперименте. Это позволяет измерять содержание белка в каждом образце относительно внутреннего стандарта. Поскольку известно, что количество каждого белка во внутреннем стандарте одинаково в каждом геле, этот метод снижает межгелевые вариации. Электрофорез, включающий объединенный внутренний стандарт.[2]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Unlü M, Morgan ME, Minden JS. Различный гель-электрофорез: метод одного геля для обнаружения изменений белковых экстрактов. Электрофорез. 1997 Октябрь; 18 (11): 2071-7. PMID 9420172
  2. ^ Албан, Эндрю; Дэвид, Стивен Олу; Бьоркестен, Леннарт; Андерссон, Кристиан; Sloge, Эрик; Льюис, Стив; Карри, Ян (2003). «Новый экспериментальный план для сравнительного двухмерного гелевого анализа: двухмерный разностный гель-электрофорез, включающий объединенный внутренний стандарт». Протеомика. 3 (1): 36–44. Дои:10.1002 / pmic.200390006. ISSN  1615-9853. PMID  12548632.