Дигидропиримидиндегидрогеназа (НАДФ +) - Dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+)

дигидропиримидиндегидрогеназа (НАДФ +)
Димер дигидропримидиндегидрогеназы, Sus scrofa
Идентификаторы
Номер ЕС	1.3.1.2
Количество CAS	9029-01-0
Альт. имена	Дигидротиминдегидрогеназа
Базы данных
IntEnz	Просмотр IntEnz
БРЕНДА	BRENDA запись
ExPASy	Просмотр NiceZyme
КЕГГ	Запись в KEGG
MetaCyc	метаболический путь
ПРИАМ	профиль
PDB структуры	RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтология	AmiGO / QuickGO
Поиск ЧВК статьи PubMed статьи NCBI белки

DPYD
Идентификаторы
Псевдонимы	DPYD, DHP, DHPDHASE, DPD, дигидропиримидиндегидрогеназа
Внешние идентификаторы	OMIM: 612779 MGI: 2139667 ГомолоГен: 85 Генные карты: DPYD
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п21.3 Начинать 97,077,743 бп[1] Конец 97,995,000 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 G1 Начинать 118,562,129 бп[2] Конец 119,432,924 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • оксидоредуктазная активность, действующая на группу доноров CH-CH • 4 железа, 4 связки серы • связывание нуклеотидов • активность гомодимеризации белков • связывание флавинаденин динуклеотидов • активность дигидропиримидиндегидрогеназы (НАДФ +) • железо-серное кластерное связывание • связывание ионов металлов • GO: 0001948 связывание с белками • каталитическая активность • Связывание NADP • оксидоредуктазная активность • связывание урацила • НАДН-дегидрогеназная активность • активность дигидроурацилдегидрогеназы (НАД +) Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль Биологический процесс • процесс биосинтеза бета-аланина • катаболический процесс урацила • катаболический процесс пиримидиновых нуклеозидов • катаболический процесс пиримидинового азотистого основания • катаболический процесс тимидина • окислительно-восстановительный процесс • катаболический процесс пуринового азотистого основания • катаболический процесс тимина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	1806	99586
Ансамбль	ENSG00000188641	ENSMUSG00000033308
UniProt	Q12882	Q8CHR6
RefSeq (мРНК)	NM_000110 NM_001160301	NM_170778
RefSeq (белок)	NP_000101 NP_001153773	NP_740748
Расположение (UCSC)	Chr 1: 97.08 - 98 Мб	Chr 3: 118,56 - 119,43 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

В энзимология, а дигидропиримидиндегидрогеназа (НАДФ +) (ЕС 1.3.1.2 ) является фермент который катализирует в химическая реакция

5,6-дигидроурацил + НАДФ⁺ ${\displaystyle \rightleftharpoons }$ урацил + НАДФН + Н⁺

Таким образом, два субстраты этого фермента 5,6-дигидроурацил и НАДФ⁺, а его 3 товары находятся урацил, НАДФН, и ЧАС⁺.

У человека фермент кодируется DPYD ген.^[5][6] Это начальный и лимитирующий этап катаболизма пиримидина.^{[нужна цитата ]} Катализирует снижение урацил и тимин.^[7] Он также участвует в разложении химиотерапевтических препаратов. 5-фторурацил и тегафур.^[8] Он также участвует в метаболизм бета-аланина и биосинтез пантотената и коа.

Терминология

В систематическое название этого класса ферментов 5,6-дигидроурацил: НАДФ + 5-оксидоредуктаза.
Другие широко используемые имена включают:

• дигидротиминдегидрогеназа
• дигидроурацилдегидрогеназа (НАДФ +)
• 4,5-дигидротимин: оксидоредуктаза
• DPD
• DHPDH
• дегидрогеназа, дигидроурацил (никотинамидадениндинуклеотид, фосфат)
• DHU дегидрогеназа
• гидропиримидиндегидрогеназа
• дигидропиримидиндегидрогеназа (НАДФ +)

Структурные исследования

На конец 2007 г. 5 структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1GT8, 1GTE, 1GTH, 1H7W, и 1H7X.

Функция

Белок - это пиримидин катаболический фермент и начальный фактор и фактор, ограничивающий скорость в пути урацил и тимидин катаболизм. Генетический дефицит этого фермента приводит к ошибке в метаболизме пиримидина, связанной с тимин-урацилурией, и повышенному риску токсичности у онкологических больных, получающих 5-фторурацил химиотерапия.^[6]

Интерактивная карта проезда

Нажмите на гены, белки и метаболиты ниже, чтобы ссылки на соответствующие статьи.^{[§ 1]}

[[Файл:

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

| {{{bSize}}} px | alt = Активность фторурацила (5-ФУ) редактировать ]]

Активность фторурацила (5-FU) редактировать

1. Интерактивную карту путей можно редактировать на WikiPathways: «ФторпиримидинActivity_WP1601».

Смотрите также

• Дефицит дигидропиримидиндегидрогеназы, генетическое заболевание
• Фармакогеномика рака

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000188641 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033308 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Такай С., Фернандес-Сальгуэро П., Кимура С., Гонсалес Ф. Дж., Ямада К. (декабрь 1994 г.). «Отнесение гена дигидропиримидиндегидрогеназы человека (DPYD) к области 1p22 хромосомы путем флуоресцентной гибридизации in situ». Геномика. 24 (3): 613–4. Дои:10.1006 / geno.1994.1680. PMID  7713523.
6. «Ген Entrez: дигидропиримидиндегидрогеназа DPYD».
7. Чанг Т, На Дж, Ким Йи, Чанг ДЙ, Ким Йи, Ким Х, Мун Хе, Кан К.В., Ли Д.С., Чунг Дж.К., Ким СС, Сух-Ким Х, Пэк Ш, Юн Х (2016). «Дигидропиримидиндегидрогеназа является прогностическим маркером для опосредованного мезенхимальными стволовыми клетками гена цитозиндезаминазы и пролекарства 5-фторцитозина для лечения рецидивирующих глиом». Тераностика. 6 (10): 1477–90. Дои:10.7150 / thno 14158. ЧВК  4955049. PMID  27446484.
8. Caudle KE, Thorn CF, Klein TE, Swen JJ, McLeod HL, Diasio RB, Schwab M (декабрь 2013 г.). «Рекомендации Консорциума по внедрению клинической фармакогенетики для определения генотипа дигидропиримидиндегидрогеназы и дозирования фторпиримидина». Клиническая фармакология и терапия. 94 (6): 640–5. Дои:10.1038 / clpt.2013.172. ЧВК  3831181. PMID  23988873.

дальнейшее чтение

• Хофф П.М., Ройс М., Медгеси Д., Брито Р., Паздур Р. (декабрь 1999 г.). «Фторопоиримидины пероральные». Семинары по онкологии. 26 (6): 640–6. PMID  10606257.
• Шнайдер Х. Б., Беккер Х (май 2003 г.). «Влияние дигидропиримидиндегидрогеназы на лечение 5-фторурацилом у онкологических больных». Европейский журнал медицинских исследований. 8 (5): 226–8. PMID  12844478.
• Омура К. (июнь 2003 г.). «Клинические последствия активности дигидропиримидиндегидрогеназы (DPD) в химиотерапии на основе 5-FU: мутации в гене DPD и фторпиримидины, ингибирующие DPD». Международный журнал клинической онкологии. 8 (3): 132–8. Дои:10.1007 / s10147-003-0330-z. PMID  12851836. S2CID  22593228.
• Ли В., Локхарт А.С., Ким Р.Б., Ротенберг М.Л. (февраль 2005 г.). «Фармакогеномика рака: мощные инструменты в химиотерапии рака и разработке лекарств». Онколог. 10 (2): 104–11. Дои:10.1634 / теонколог.10-2-104. PMID  15709212.
• Лу Чж, Чжан Р., Диасио РБ (август 1992 г.). «Очистка и характеристика дигидропиримидиндегидрогеназы из печени человека». Журнал биологической химии. 267 (24): 17102–9. PMID  1512248.
• Портер DJ, Chestnut WG, Merrill BM, Spector T (март 1992). «Механизм инактивации дигидропиримидиндегидрогеназы 5-этинилурацилом». Журнал биологической химии. 267 (8): 5236–42. PMID  1544906.
• Дюпюи А., Скехель Дж. М., Уокер Дж. Э. (март 1991 г.). «Гомолог кодируемой ядром белковой субъединицы железо-сера бычьего митохондриального комплекса I кодируется в геномах хлоропластов». Биохимия. 30 (11): 2954–60. Дои:10.1021 / bi00225a032. PMID  1901022.
• Eggink G, Engel H, Vriend G, Terpstra P, Witholt B (март 1990). «Рубредоксинредуктаза Pseudomonas oleovorans. Структурная связь с другими оксидоредуктазами флавопротеинов на основе одного NAD и двух отпечатков пальцев FAD». Журнал молекулярной биологии. 212 (1): 135–42. Дои:10.1016 / 0022-2836 (90) 90310-И. PMID  2319593.
• Tuchman M, Roemeling RV, Hrushesky WA, Южный РБ, О'Ди РФ (1989). «Активность дигидропиримидиндегидрогеназы в мононуклеарных клетках крови человека». Фермент. 42 (1): 15–24. Дои:10.1159/000469002. PMID  2528450.
• Диасио РБ, Бобры Т.Л., Карпентер Дж. Т. (январь 1988 г.). «Семейный дефицит дигидропиримидиндегидрогеназы. Биохимическая основа семейной пиримидинемии и тяжелой токсичности, вызванной 5-фторурацилом». Журнал клинических исследований. 81 (1): 47–51. Дои:10.1172 / JCI113308. ЧВК  442471. PMID  3335642.
• Йокота Х., Фернандес-Сальгуэро П., Фуруя Х., Лин К., Макбрайд О.В., Подшун Б., Шнакерц К.Д., Гонсалес Ф.Д. (сентябрь 1994 г.). «Клонирование кДНК и картирование хромосом дигидропиримидиндегидрогеназы человека, фермента, связанного с токсичностью 5-фторурацила и врожденной тиминурацилурией». Журнал биологической химии. 269 (37): 23192–6. PMID  8083224.
• Лу З., Чжан Р., Диасио РБ (ноябрь 1993 г.). «Активность дигидропиримидиндегидрогеназы в мононуклеарных клетках периферической крови человека и печени: популяционные характеристики, недавно выявленные пациенты с дефицитом и клиническое значение в химиотерапии 5-фторурацилом». Исследования рака. 53 (22): 5433–8. PMID  8221682.
• Vreken P, Van Kuilenburg AB, Meinsma R, Smit GP, Bakker HD, De Abreu RA, van Gennip AH (1997). «Точечная мутация в инвариантном донорском сайте сплайсинга приводит к пропуску экзона у двух неродственных голландских пациентов с дефицитом дигидропиримидиндегидрогеназы». Журнал наследственных метаболических заболеваний. 19 (5): 645–54. Дои:10.1007 / BF01799841. PMID  8892022. S2CID  10835574.
• Джонсон М.Р., Ван К., Тиллманнс С., Альбин Н., Диасио РБ (май 1997 г.). «Структурная организация гена дигидропиримидиндегидрогеназы человека». Исследования рака. 57 (9): 1660–3. PMID  9135003.
• Фернандес-Сальгеро П.М., Сапоне А., Вей Х, Холт-младший, Джонс С., Айдл-Дж. Р., Гонсалес Ф. Дж. (Апрель 1997 г.). «Отсутствие корреляции между фенотипом и генотипом для полиморфно экспрессируемой дигидропиримидиндегидрогеназы в семье пакистанского происхождения». Фармакогенетика. 7 (2): 161–3. Дои:10.1097/00008571-199704000-00012. PMID  9170156.
• Врекен П., Ван Куйленбург А.Б., Мейнсма Р., ван Геннип А.Х. (июль 1997 г.). «Выявление новых точечных мутаций в гене дигидропиримидиндегидрогеназы» (PDF). Журнал наследственных метаболических заболеваний. 20 (3): 335–8. Дои:10.1023 / А: 1005357307122. PMID  9266349. S2CID  3060557.
• Врекен П., Ван Куйленбург А.Б., Мейнсма Р., ван Геннип А.Х. (декабрь 1997 г.). «Дефицит дигидропиримидиндегидрогеназы (DPD): идентификация и экспрессия миссенс-мутаций C29R, R886H и R235W». Генетика человека. 101 (3): 333–8. Дои:10.1007 / s004390050637. PMID  9439663. S2CID  24362516.
• Огура К., Нишияма Т., Такубо Х., Като А., Окуда Х., Аракава К., Фукусима М., Нагаяма С., Кавагути Ю., Ватабе Т. (январь 1998 г.). «Суицидная инактивация дигидропиримидиндегидрогеназы человека с помощью (E) -5- (2-бромовинил) урацила, полученного из противовирусного, соривудина». Письма о раке. 122 (1–2): 107–13. Дои:10.1016 / S0304-3835 (97) 00377-7. PMID  9464498.
• ФРИЦСОН П. (1960). «Свойства и анализ дигидроурацилдегидрогеназы печени крысы». J. Biol. Chem. 235: 719–25. PMID  13825299.
• Шиотани Т., Вебер Г. (1981). «Очистка и свойства дигидротиминдегидрогеназы из печени крысы». J. Biol. Chem. 256 (1): 219–24. PMID  7451435.