Генетическая нагрузка - Genetic load - Wikipedia

Генетическая нагрузка разница между фитнес среднего генотип в численность населения и пригодность некоторого эталонного генотипа, который может быть лучшим из присутствующих в численность населения, или может быть теоретически оптимальный генотип. Средний человек, взятый из популяции с низкой генетической нагрузкой, обычно, когда выращен в тех же условиях, имеют больше выживших потомков, чем средний особь из популяции с высокой генетической нагрузкой.[1][2] Генетическая нагрузка также может рассматриваться как снижение приспособленности на уровне популяции по сравнению с тем, что было бы в популяции, если бы все люди имели эталонный генотип высокой приспособленности.[3] Высокая генетическая нагрузка может подвергнуть популяцию опасности вымирание.

Основы

Рассмотрим n генотипов , которые имеют приспособленность и частоты , соответственно. Игнорирование частотно-зависимый выбор, генетическая нагрузка можно рассчитать как:

куда является либо теоретическим оптимумом, либо максимум фитнес наблюдается у населения. При расчете генетической нагрузки должны действительно быть найдены хотя бы в единственном экземпляре в популяции, и это средний фитнес рассчитывается как среднее значение всех приспособлений взвешенный по их соответствующим частотам:

где генотип и имеет пригодность и частоту и соответственно.

Одна из проблем с расчетом генетической нагрузки заключается в том, что трудно оценить теоретически оптимальный генотип или максимально подходящий генотип, фактически присутствующий в популяции.[4] Это не проблема внутри математические модели генетической нагрузки, или для эмпирических исследований, которые сравнивают относительное значение генетической нагрузки в одной среде с генетической нагрузкой в ​​другой.

Причины

Вредная мутация

Вредная мутация нагрузка является основным фактором генетической нагрузки в целом.[5] Большинство мутаций вредны и происходят с большой частотой. Теорема Холдейна-Мюллера баланс мутации и отбора говорит, что нагрузка зависит только от вредных скорость мутации а не на коэффициент отбора.[6] В частности, относительно идеального генотипа приспособленности 1 средняя приспособленность популяции равна где U - общая частота вредных мутаций, просуммированная по множеству независимых сайтов. Интуиция об отсутствии зависимости от коэффициента отбора состоит в том, что, хотя мутация с более сильными эффектами наносит больше вреда для каждого поколения, ее вред ощущается меньшим количеством поколений.

Слегка вредная мутация может не оставаться в балансе мутации и отбора, а вместо этого может стать фиксированный к генетический дрейф когда это коэффициент отбора меньше единицы, деленной на эффективная численность населения.[7] В бесполых популяциях стохастический накопление мутационной нагрузки называется Трещотка Мюллера, и возникает при отсутствии полезных мутаций, когда после потери наиболее подходящего генотипа его нельзя восстановить генетическая рекомбинация. Детерминированное накопление нагрузки мутаций происходит у асексуалов, когда частота вредных мутаций превышает одну за репликацию.[8] Ожидается, что у видов, размножающихся половым путем, будет более низкая генетическая нагрузка.[9] Это одна из гипотез эволюционное преимущество полового размножения. Очистке от вредных мутаций в половых популяциях способствует синергетический эпистаз среди вредных мутаций.[10]

Высокая нагрузка может привести к небольшая численность населения, что, в свою очередь, увеличивает накопление мутационной нагрузки, что приводит к вымирание через мутационный кризис.[11][12]

Накопление вредных мутаций у людей вызывает озабоченность многих генетиков, в том числе Герман Йозеф Мюллер,[13] Джеймс Ф. Кроу,[10] Алексей Кондрашов,[14] В. Д. Гамильтон,[15] и Майкл Линч.[16]

Полезная мутация

Новые полезные мутации создают более подходящие генотипы, чем те, которые ранее присутствовали в популяции. Когда нагрузка рассчитывается как разница между имеющимся наиболее приспособленным генотипом и средним значением, это создает замещающая нагрузка. Разница между теоретическим максимумом (который на самом деле может отсутствовать) и средним значением известна как «запаздывающая нагрузка».[17] Мотоо Кимура оригинальный аргумент в пользу нейтральная теория молекулярной эволюции заключалось в том, что если бы большинство различий между видами было адаптивным, это превысило бы предел скорости адаптации, установленный замещающей нагрузкой.[18] Однако аргумент Кимуры путает нагрузку отставания с нагрузкой замещения, используя первую, тогда как последняя фактически устанавливает максимальную скорость эволюции посредством естественного отбора.[19]

В более поздних моделях быстрой адаптации «бегущей волны» используется термин «опережение», который эквивалентен замещающей нагрузке, и обнаруживается, что он является критическим фактором, определяющим скорость адаптивной эволюции.[20][21]

Инбридинг

Инбридинг увеличивается гомозиготность. В краткосрочной перспективе увеличение инбридинга увеличивает вероятность того, что потомство получит две копии рецессивного вредного аллеля, снижая приспособленность через инбридинговая депрессия.[22] У видов, которые обычно скрещиваются, например, через самооплодотворение, рецессивные вредные аллели очищенный.[23][24]

Рекомбинационная / сегрегационная нагрузка

Комбинации аллелей, которые эволюционировали так, чтобы работать вместе, могут не работать при рекомбинации с другим набором совместно эволюционирующих аллелей, что приводит к аутбредная депрессия. Сегрегационная нагрузка - это наличие подчиненный гетерозиготы (то есть гетерозиготы, которые менее подходят, чем любая из гомозигот). Рекомбинационная нагрузка возникает из-за неблагоприятных комбинаций нескольких локусов, которые появляются при благоприятных условиях. нарушение равновесия по сцеплению сломаны.[25] Рекомбинационная нагрузка также может возникать при объединении вредных аллелей, подверженных синергетический эпистаз, т.е. чей ущерб в совокупности больше, чем прогнозируется при рассмотрении их по отдельности.[26]

Миграционная нагрузка

Миграционная нагрузка - это результат того, что неместные организмы не адаптированы к конкретной среде, попадая в эту среду. Если они будут размножаться с особями, адаптированными к этой среде, их потомство не будет таким приспособленным, каким было бы, если бы оба их родителя были адаптированы к этой конкретной среде.[27][28][29] Миграционная нагрузка также может возникать у видов, размножающихся бесполым путем, но в этом случае очистка генотипов с низкой приспособленностью является более простой задачей.

Рекомендации

  1. ^ Уитлок, Майкл С .; Бурге, Дени (2000). "Факторы, влияющие на генетическую нагрузку в Дрозофила: синергетический эпистаз и корреляция между компонентами фитнеса » (PDF). Эволюция. 54 (5): 1654–1660. Дои:10.1554 / 0014-3820 (2000) 054 [1654: FATGLI] 2.0.CO; 2. PMID  11108592.
  2. ^ Крист, Кэтрин Карви; Фаррар, Дональд Р. (1983). "Генетическая нагрузка и распространение на большие расстояния в Асплениум платинейрон". Канадский журнал ботаники. 61 (6): 1809–1814. Дои:10.1139 / b83-190.
  3. ^ JF Crow (1958). «Некоторые возможности измерения интенсивности отбора у человека». Человеческая биология. 30 (1): 1–13. PMID  13513111.
  4. ^ Agrawal, Aneil F .; Уитлок, Майкл С. (2012). «Мутационная нагрузка: приспособленность людей к популяциям, в которых много вредоносных аллелей». Ежегодный обзор экологии, эволюции и систематики. 43 (1): 115–135. Дои:10.1146 / annurev-ecolsys-110411-160257.
  5. ^ Klekowski, EdwardJ. (1988). «Генетическая нагрузка и ее причины у долгоживущих растений». Деревья. 2 (4): 195–203. Дои:10.1007 / BF00202374.
  6. ^ Бюргер, Рейнхард (1998). «Математические свойства моделей мутационного отбора». Genetica. 102/103: 279–298. Дои:10.1023 / а: 1017043111100. S2CID  22885529.
  7. ^ Ланде, Рассел (октябрь 1994). «Риск вымирания населения от фиксации новых вредных мутаций». Эволюция. 48 (5): 1460–1469. Дои:10.2307/2410240. JSTOR  2410240. PMID  28568413.
  8. ^ Кондрашов, А.С. (1988). «Вредные мутации и эволюция полового размножения». Природа. 336 (6198): 435–440. Bibcode:1988Натура 336..435K. Дои:10.1038 / 336435a0. PMID  3057385. S2CID  4233528.
  9. ^ Брак, Тара Н. (2009). Мутация, бесполое размножение и генетическая нагрузка: исследование, состоящее из трех частей. (Кандидатская диссертация). Канзасский университет.
  10. ^ а б Кроу, Джеймс Ф. (5 августа 1997 г.). «Высокая частота спонтанных мутаций: это риск для здоровья?». Труды Национальной академии наук. 94 (16): 8380–8386. Bibcode:1997PNAS ... 94.8380C. Дои:10.1073 / пнас.94.16.8380. ISSN  0027-8424. ЧВК  33757. PMID  9237985.
  11. ^ Линч, Майкл; Конери, Джон; Бургер, Рейнхард (декабрь 1995 г.). «Мутационные срывы в сексуальных популяциях». Эволюция. 49 (6): 1067–1080. Дои:10.2307/2410432. JSTOR  2410432. PMID  28568521.
  12. ^ Линч, Майкл; Конери, Джон; Бургер, Рейнхард (1 января 1995 г.). «Накопление мутаций и вымирание малых популяций». Американский натуралист. 146 (4): 489–518. Дои:10.1086/285812. JSTOR  2462976.
  13. ^ Мюллер, Х. Дж. (1 июня 1950 г.). «Наш груз мутаций». Американский журнал генетики человека. 2 (2): 111–176. ISSN  0002-9297. ЧВК  1716299. PMID  14771033.
  14. ^ Кондрашов, Алексей С. (21 августа 1995 г.). «Загрязнение генома очень незначительными вредными мутациями: почему мы не умерли 100 раз?». Журнал теоретической биологии. 175 (4): 583–594. Дои:10.1006 / jtbi.1995.0167. PMID  7475094.
  15. ^ Гамильтон, W.D. Узкие дороги генной земли об. 2: Эволюция пола. С. 449–463.
  16. ^ Линч, М. (7 марта 2016 г.). «Мутация и человеческая исключительность: наша будущая генетическая нагрузка». Генетика. 202 (3): 869–875. Дои:10.1534 / genetics.115.180471. ЧВК  4788123. PMID  26953265.
  17. ^ Смит, Дж. Мейнард (1 января 1976 г.). «Что определяет скорость эволюции?». Американский натуралист. 110 (973): 331–338. Дои:10.1086/283071. JSTOR  2459757.
  18. ^ Кимура, Мотоо (1968). «Скорость эволюции на молекулярном уровне» (– Академический поиск). Природа. 217 (5129): 624–626. Bibcode:1968Натура.217..624К. Дои:10.1038 / 217624a0. PMID  5637732. S2CID  4161261.
  19. ^ Юенс, Уоррен Дж. (2003). Математическая популяционная генетика (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п.78. ISBN  978-0387201917.
  20. ^ Desai, M. M .; Фишер, Д. С. (4 мая 2007 г.). «Выгодный баланс выбора мутаций и влияние сцепления на положительный отбор». Генетика. 176 (3): 1759–1798. Дои:10.1534 / genetics.106.067678. ЧВК  1931526. PMID  17483432.
  21. ^ Бертрам, Дж; Гомес, К; Масел, Дж. (Февраль 2017 г.). «Прогнозирование моделей долгосрочной адаптации и исчезновения с популяционной генетикой». Эволюция. 71 (2): 204–214. arXiv:1605.08717. Дои:10.1111 / evo.13116. PMID  27868195. S2CID  4705439.
  22. ^ Saccheri, I.J .; Lloyd, H.D .; Helyar, S.J .; Брейкфилд, П. М. (2005). «Инбридинг выявляет фундаментальные различия в генетической нагрузке, влияющей на фертильность самцов и самок бабочек». Труды Королевского общества B: биологические науки. 272 (1558): 39–46. Дои:10.1098 / rspb.2004.2903. ЧВК  1634945. PMID  15875568.
  23. ^ Байерс, Д. Л .; Уоллер, Д. М. (1999). «Удаляют ли популяции растений свою генетическую нагрузку? Влияние размера популяции и истории спаривания на депрессию инбридинга». Ежегодный обзор экологии и систематики. 30 (1): 479–513. Дои:10.1146 / annurev.ecolsys.30.1.479.
  24. ^ Barrett, S.C.H .; Чарльзуорт, Д. (1991). «Влияние изменения уровня инбридинга на генетическую нагрузку». Природа. 352 (6335): 522–524. Bibcode:1991Натура.352..522Б. Дои:10.1038 / 352522a0. PMID  1865906. S2CID  4240051.
  25. ^ Haag, C. R .; Розе, Д. (2007). «Генетическая нагрузка у половых и бесполых диплоидов: сегрегация, доминирование и генетический дрейф». Генетика. 176 (3): 1663–1678. Дои:10.1534 / генетика.107.073080. ЧВК  1931546. PMID  17483409.
  26. ^ Кинг, Дж. (1966). «Компонент взаимодействия генов генетической нагрузки». Генетика. 53 (3): 403–413. ЧВК  1211027. PMID  5919323.
  27. ^ Болник, Даниэль I .; Носил, Патрик (2007). «Естественный отбор в популяциях, подверженных миграционной нагрузке». Эволюция. 61 (9): 2229–2243. Дои:10.1111 / j.1558-5646.2007.00179.x. PMID  17767592. S2CID  25685919.
  28. ^ Ху, Синь-Шэн; Ли, Бейлиан (2003). «О миграционной нагрузке семян и пыльцы у местного населения». Наследственность. 90 (2): 162–168. Дои:10.1038 / sj.hdy.6800212. PMID  12634823.
  29. ^ Илкка Хански; Оскар Э. Гаджотти, ред. (2004). Экология, генетика и эволюция метапопуляций. Академическая пресса. ISBN  978-0-12-323448-3.