Helicobacter typhlonius - Helicobacter typhlonius

Helicobacter typhlonius
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Эпсилонпротеобактерии
Заказ:
Campylobacterales
Семья:
Helicobacteraceae
Род:
Helicobacter
Подгруппа видов:
Х. тифлониус
Биномиальное имя
Helicobacter typhlonius
Франклин и другие. 2001

Helicobacter typhlonius это Грамотрицательный бактерия и условно-патогенный микроорганизм найдено в роду Helicobacter.[1] Только 35 известных видов относятся к этому роду, который был описан в 1982 году.[2][1] Х. тифлониус имеет небольшое количество близких родственников, в том числе Helicobacter muridarum, Helicobacter trogontum, и Helicobacter hepaticus, причем последний является ближайшим родственником и гораздо более распространен.[1]

Таксономия

H.typhlonius является одним из 35 известных видов Helicobacter.[2] Ранее он назывался Helicobacter sp. штамм MIT 97-6910 компании Fox и другие., но было изменено на нынешнее название Франклином и другие. после обнаружения генетически и морфологически идентичного организма, вызывающего пролиферативный тифлоколит, также известный как заболевание раздраженного кишечника.[3][1] Некоторые близкие родственники Х. тифлониус включают H. muridarum, H. trogontum, H. hepaticus, и Хеликобактер пилори.[1]

Морфология и физиология

Х. тифлониус подвижен благодаря одинарной оболочке жгутик.[1] Имеет спираль морфология, а его размер составляет 0,3 на 2,0–3,0 мкм.[1] Он способен аммиак ассимиляция, мочевина производство и фосфорибозилпирофосфат биосинтез.[1] Х. тифлониус это также уреаза -отрицательный, который, как известно, способствует выживанию и размножению микробов в кислой среде желудка.[1] Кроме того, он может расти только в микроаэробный условиях (очень малое количество кислорода), не в аэробный или же анаэробный условия.[1]

Открытие

Х. тифлониус был выделен из фекалий с ослабленным иммунитетом мышей Джеймсом Г. Фоксом и Крейгом Л. Франклином в двух разных лабораториях в 1999 году.[4] Мыши страдали синдромом раздраженного кишечника, который был вызван: Х. тифлониус, но механизм заражения неизвестен.[1] Полимеразной цепной реакции (ПЦР) использовали для копирования последовательности ДНК исследуемых бактерий.[1] ПЦР была идеальным методом из-за уникальной промежуточной последовательность генома это легко распознается методом ПЦР.[5] Затем последовательности анализировали с использованием пакета программного обеспечения для анализа последовательностей (Wisconsin Package, версия 10.0; Genetics Computer Group, Inc., Мэдисон, Висконсин).[1] Биохимические результаты тестов ПЦР, а также результаты фенотипических тестов всех остальных 32 известных видов Helicobacter, сравнивались с результатами, полученными по вновь изолированным видам.[1] После ознакомления с результатами и объявления Х. тифлониус новый вид Helicobacter, новый филогенетическое дерево для рода Helicobacter был создан.[1]

Геномика

Полный геном был определен с использованием одномолекулярное секвенирование в реальном времени в 2015 году Фрэнк и другие. Используя процесс иерархической сборки генома, последовательности были собраны в одно длинное чтение.[2]

Геном Х. тифлониус составляет 1,920,000 пар оснований в длину,[2] с 2,117 гены, кодирующие белок и 43 гена РНК с GC-контент 38,8%.[2] По сравнению с другими представителями рода Helicobacter Такие как H. hepaticus и Хеликобактер пилори, Х. тифлониус имеет больший геном.[2] Более того, Х. тифлониус имеет GC-контент, похожий на H. hepaticus.[2] В то время как примерно 75% генов, кодирующих белок, были общими между H. hepaticus и Х. тифлониус, 468 уникальных генов, кодирующих белок, были идентифицированы в Х. тифлониус, которые составляют около 2% всего его генома.[2]

Кроме того, геном содержит отчетливую остров патогенности с более низким содержанием GC и фланкирован повторами.[2] Этот остров состоит примерно из 650 000 пар оснований и компрометирует 75 генов, кодирующих белок, которые включают система секреции типа IV что отвечает за секретность токсины помочь в вирулентность.[2]

Метаболизм

Х. тифлониус это микроаэрофил способен окислительного фосфорилирования используя кислород в качестве терминальный акцептор электронов.[6]У этого вида ферментация из пируват и Ацетил-КоА к ацетат возможно при отсутствии кислорода.[6] Кроме того, расщепление углеводов включает как сахароза и манноза и деградация аминокислот включает цитруллин, аспартат, глутамат, и глутамин.[6] Х. тифлониус также способен к аргинину биосинтез сквозь цикл мочевины.[6]

Экология

Х. тифлониус может расти при 37 и 42 ° C, но не может расти при 25 ° C или в присутствии 1,5% хлорида натрия.[1] Типичная спиральная морфология также может превращаться в кокки при выращивании в присутствии 1% глицина, но скорость роста остается той же.[1] Оптимумы роста Х. тифлониус происходить в микроаэробный условия.[1] Он обычно обнаруживается в желудочно-кишечном тракте грызунов и людей с иммунодефицитом и характеризуется промежуточной последовательностью из 166 пар оснований в его 16s рРНК, которая ранее была обнаружена анализом последовательности гена 16s рРНК.[1]

Значимость

Х. тифлониус известно, что он вызывает синдром раздраженного кишечника (ВЗК) как у людей, так и у животных, поэтому он используется для изучения патогенеза и лечения ВЗК.[3][1][5] Наряду с этим, некоторые исследования связывают Х. тифлониус с регуляцией опухолей кишечника.[4][7] От учебы Apc-мутантных мышей, исследователи смогли использовать ПЦР-амплификацию, чтобы наблюдать определенные сегменты ДНК и сузить причину до двух возможных видов бактерий: Akkermansia muciniphila и Х. тифлониус.[7] Установлена ​​положительная корреляция между распространенностью этих бактерий и размером опухоли.[7] т Х. тифлониус также было обнаружено, что он вызывает тифлоколит у мышей с ослабленным иммунитетом.[8] Тифлоколит характеризуется воспалением и некроз слизистой оболочки кишечного тракта, особенно тканей слепой кишки, толстой кишки и тонкой кишки.[9]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т Франклин С.Л., Горелик П.Л., Райли Л.К., Дьюхерст Ф.И., Ливингстон Р.С., Уорд Дж.М., Беквит С.С., Фокс Дж.Г. (ноябрь 2001 г.). «Helicobacter typhlonius sp. Nov., Новый вид Helicobacter, отрицательный по уреазе мышей». Журнал клинической микробиологии. 39 (11): 3920–6. Дои:10.1128 / JCM.39.11.3920-3926.2001. ЧВК  88465. PMID  11682508.
  2. ^ а б c d е ж грамм час я j Франк Дж., Дингеманс К., Шмитц А.М., Фоссен Р.Х., ван Оммен Дж. Дж., Ден Даннен Дж. Т., Робанус-Маандаг ЕС, Анвар С.Ю. (2016-01-08). "Полная последовательность генома мышиного патобионта Helicobacter typhlonius". Границы микробиологии. 6: 1549. Дои:10.3389 / fmicb.2015.01549. ЧВК  4705304. PMID  26779178.
  3. ^ а б Чичловски М., Шарп Дж. М., Вандерфорд Д. А., Майлс М. Х., Хейл Л. П. (декабрь 2008 г.). «Helicobacter typhlonius и Helicobacter rodentium по-разному влияют на тяжесть воспаления толстой кишки и неоплазии, связанной с воспалением, у мышей с дефицитом IL10». Сравнительная медицина. 58 (6): 534–41. ЧВК  2710754. PMID  19149410.
  4. ^ а б Чичловски, Мацей; Хейл, Лаура П. (2009-02-15). «Влияние инфекции Helicobacter на исследования: случай искоренения Helicobacter в исследовательских колониях грызунов». Сравнительная медицина. 59 (1): 10–17. ЧВК  2703140. PMID  19295050.
  5. ^ а б Scavizzi F, Raspa M (январь 2006 г.). «Helicobacter typhlonius был обнаружен в половых органах трех линий мышей, но не передавал вертикально». Лабораторные животные. 40 (1): 70–9. Дои:10.1258/002367706775404390. PMID  16460591.
  6. ^ а б c d Канехиса М., Фурумичи М., Танабэ М., Сато Й., Моришима К. (январь 2017 г.). «KEGG: новые взгляды на геномы, пути развития, болезни и лекарства». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D353 – D361. Дои:10.1093 / нар / gkw1092. ЧВК  5210567. PMID  27899662.
  7. ^ а б c Дингеманс К., Белцер С., ван Хиджум С.А., Гюнтель М., Сальватори Д., ден Даннен Дж. Т., Куиджпер Э. Дж., Девили П., де Вос В. М., ван Оммен Г. Б., Робанус-Маандаг ЕС (ноябрь 2015 г.). «Akkermansia muciniphila и Helicobacter typhlonius модулируют развитие опухоли кишечника у мышей». Канцерогенез. 36 (11): 1388–96. Дои:10.1093 / carcin / bgv120. PMID  26320104.
  8. ^ Тейлор Н.С., Сюй С., Намбияр П., Дьюхерст Ф. Э., Фокс Дж. Г. (июль 2007 г.). «Виды Enterohepatic Helicobacter распространены у мышей из коммерческих и академических учреждений в Азии, Европе и Северной Америке». Журнал клинической микробиологии. 45 (7): 2166–72. Дои:10.1128 / JCM.00137-07. ЧВК  1933014. PMID  17507523.
  9. ^ Бартольд, ЮАР; Смит, AL; Лорд, ПФ; Bhatt, PN; Jacoby, RO; Main, AJ (1 августа 1982 г.). «Эпизоотический коронавирусный тифлоколит у мышей-сосунков». Лаборатория зоотехники. 32 (4): 376–83. ISSN  0023-6764. PMID  6292575.

внешняя ссылка