IFFO1 - IFFO1

IFFO1
Идентификаторы
ПсевдонимыIFFO1, HOM-TES-103, IFFO, промежуточная нить из семейства сирот 1
Внешние идентификаторыOMIM: 610495 MGI: 2444516 ГомолоГен: 18706 Генные карты: IFFO1
Расположение гена (человек)
Хромосома 12 (человек)
Chr.Хромосома 12 (человек)[1]
Хромосома 12 (человек)
Геномное расположение IFFO1
Геномное расположение IFFO1
Группа12п13.31Начинать6,538,375 бп[1]
Конец6,556,083 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

25900

320678

Ансамбль

ENSG00000010295

ENSMUSG00000038271

UniProt

Q0D2I5

Q8BXL9

RefSeq (мРНК)

NM_001039669
NM_178787
NM_001302778
NM_001302779

RefSeq (белок)

NP_001034759
NP_001180386
NP_001317253
NP_001317254
NP_542768

NP_001034758
NP_001289707
NP_001289708
NP_848902

Расположение (UCSC)Chr 12: 6.54 - 6.56 МбChr 6: 125,15 - 125,16 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Семейство промежуточных филаментов сирота 1 это белок что у людей кодируется IFFO1 ген. IFFO1 имеет нехарактерную функцию и весит 61,98 кДа.[5] Белки IFFO1 играют важную роль в цитоскелете и ядерной оболочке большинства типов эукариотических клеток.[6]

Ген

IFFO у человека находится на минус прядь на хромосоме 12p13.3. В белке содержится 17709 нуклеотид оснований, которые кодируют 570 аминокислот. Базальный изоэлектрическая точка составляет 4,83.[7] IFFO1 содержит высококонсервативный домен филамента, который охватывает 299 аминокислот от 230 до 529 аминокислот.[8] Этот регион был идентифицирован как семейство консервативных белковых доменов pfam00038.[9] Из-за альтернативное сращивание, всего 7 изоформы IFFO1 у людей с 10 типичными кодировками экзоны.

Локус IFFO1 на хромосоме 12p13.3

Псевдонимы

IFFO1 также называют изоформой X1 изоформ промежуточных волокон семейства промежуточных волокон, изоформ X1 семейства промежуточных волокон, HOM-TES-103, MGC: 2625 и Опухолевый антиген ДОМ-ТЕС-10.[10]

Гомология

Ортологи

Обнаружено, что ген очень консервативен. Самые далекие ортологи встречаются у рыб и акул (хрящевых рыб), таких как Callorhinchus milii.[11] Очень низкий процент охвата последовательностей и идентичности ортологов гена у грибов и беспозвоночных позволяет предположить, что ген был утерян у этих организмов.[12] Следовательно, весьма вероятно, что IFFO1 возник в позвоночные.

Род / ВидРаспространенное имяДивергенция от человека (MYA)Длина (аа)СходствоЛичностьПрисоединение к NCBI
Homo sapiensЧеловекНет данных570100%100%XP_006719036.1
Mus musculusМышь92.356393%95%XP_006506337.2
Липоты вексиллиферДельфин Байджи94.257392%95%XP_007469487.1
Loxodonta africanaАфриканский слон98.757494%96%XP_003410688.1
Chrysemys picta belliiНарисованная черепаха29655778%84%XP_005291351.1
Pseudopodoces humilisЗемляная синица29653176%81%XP_005523902.1
Питон бивиттатусБирманский питон29657075%82%XP_007429680.1
Haliaeetus leucocephalusБелоголовый орлан29653774%79%XP_010565842.1
Рана катесбианаАмериканская лягушка-бык371.251125%44%BAB63946.1
Амбистома мексиканскаяАксолотль371.237224%42%AFN68290.1
Notophthalmus viridescensВосточный тритон371.249623%45%CAA04656.1
Данио РериоРыба-зебра400.164062%71%XP_690165.5
Poecilia formosaАмазонка Молли400.164057%65%XP_007550181.1
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призрак462.551262%73%XP_007896103.1

Паралоги

Один паралог по имени IFFO2 был обнаружен у человека. Было обнаружено, что паралог имеет 99% сходство и 99% охват по сравнению с IFFO1. Паралогичная последовательность очень консервативна, вплоть до рыб и амфибий.

Эволюция

Множественные выравнивания последовательностей показали, что Пролин -Богатый участок от 39 до 61 аминокислотных остатков около 5'-конца последовательности является высококонсервативным как в близких, так и в удаленных ортологах.[13] Кроме того, область филамента около 3'-конца последовательности также высококонсервативна. Из 42 консервативных аминокислотных остатков, обнаруженных в IFFO1 последовательности, 33 из них находятся в области филаментов.

По сравнению с фибриноген и Цитохром с (CYCS), IFFO1 развивается умеренными темпами. История эволюции фибриногена показывает, что это быстро эволюционирующий ген, в то время как цитохром C, как было установлено, является медленно развивающимся геном. Самым далеким ортологом оказалась австралийская акула-призрак, IFFO1 дупликация генов произошла у рыб, которые отделились от человека 462,5 миллиона лет назад.[14]

Протеин

Структура

Предполагаемая вторичная структура белка состоит в основном из альфа спирали (47,19%) и случайные катушки (44,74%). Строительный блок из промежуточных волокон имеет удлиненную форму. спиральная катушка димер, состоящий из четырех последовательных альфа-спиральных сегментов.[15]

Третичная структура белка IFFO1, предсказанная программой PHYRE2

Структурно он наиболее похож на 1GK4, который представляет собой цепь A фрагмента 2b спирали виментина человека (Cys2).[16] Виментин представляет собой промежуточную нить класса II, которая обнаруживается в различных неэпителиальных клетках, особенно в мезенхимальных клетках.[17] Белок виментина также отвечает за поддержание формы клеток, целостность цитоплазмы и стабилизацию цитоскелетных взаимодействий.[18] Его субъединица 1A, наиболее похожая на белок IFFO1, образует единую амфипатическую альфа-спираль, совместимую с геометрией спиральной спирали. Предполагается, что эта цепь участвует в специфических взаимодействиях димер-димер во время сборки промежуточных филаментов. Было обнаружено, что домен «YRKLLEGEE» на С-конце важен для образования аутентичных тетрамерных комплексов, а также для контроля ширины филаментов во время сборки.[19]

Выражение

Основываясь на экспериментальных данных о нормальных тканях человеческого тела, ген IFFO1 высоко экспрессируется в мозжечке, коре головного мозга и особенно в селезенке. Средняя экспрессия наблюдается в нескольких областях, таких как надпочечники, толстая кишка, лимфатические узлы, тимус и яичники. Области ткани, которые имели относительно низкую экспрессию, включают CD4 и CD8 Т-клетки, эпидимальные клетки, сердце и желудок. Чрезвычайно низкие уровни экспрессии наблюдались в тканях плода, почек, семенников, щитовидной железы и особенно в слюнных железах. Однако было обнаружено, что ген сильно экспрессируется в хондросаркома.[20] Хондросаркома - это рак клеток, вырабатывающих коллаген. Следовательно, кажется, существует связь между Нитевидная характеристика IFFO1 и хондросаркома.

Посттрансляционные модификации

Предполагается, что один ядерный экспортный сигнал находится на лейцине 141.[21] Предполагается, что белок IFFO1 имеет один сигнал ядерной локализации длиной 11 аминокислот на уровне 373.[22] Основываясь на данных, предполагается, что белок обладает высокой ядерной дискриминацией.[23] Один кислотный кластер с отрицательным зарядом был обнаружен от аминокислотных остатков 435 до 447. Одна повторяющаяся последовательность PAPLSPAGP появляется дважды в диапазоне от 40 до 48, а затем снова от 159 до 166. Было обнаружено, что эта богатая пролином область является высококонсервативной. Один длинный аминокислотный мультиплет из 5 пролинов находится в 549.

4 убиквитинирование сайты находятся на четырех разных Лизин остатки. Их можно найти в Lys78, Lys103, Lys113, Lys339.[24] Экспериментально было обнаружено 43 сайта фосфорилирования, расположенных на 31 серины, 7 треонины, и 5 тирозины.[25] Кроме того, данные с высокой степенью уверенности показали, что Ser533 является сайтом фосфорилирования, специфичным для протеинкиназа C. Сайт фосфорилирования по Ser162 также действует как а) -гликозилированный сайт. Этот тип гликозилирования обеспечивает правильную укладку белков, стабилизирует белок и играет роль в межклеточной адгезии.[26] 4 сумолилированные аминокислоты были обнаружены в Leu249, Leu293, Leu298 и Leu325.[27] Сумоляция имеет несколько эффектов, включая вмешательство во взаимодействие между мишенью белка и его партнером или обеспечение сайта связывания для взаимодействующего партнера, вызывая конформационные изменения модифицированной мишени и облегчая или препятствуя убиквитинизации.[28] Было предсказано, что 5 сайтов гликирования находятся на Lys78, Lys256, Lys305, Lys380 и Lys478. Конечные продукты гликирования участвуют в изменении конформации белка, потере функции и необратимом сшивании.[29]

Взаимодействия

Свидетельства из двухгибридный скрининг существует для четырех взаимодействий белка с IFFO1.[30]

  • ACAP1 (ArfGAP с доменами Coiled-Coil, Ankyrin Repeat и PH 1):[31] Белки, активирующие ГТФазу для фактора 6 рибозилирования АДФ, необходимы для клатрин-зависимого экспорта белков из рециркулирующей эндосомы в сеть транс-Гольджи и на поверхность клетки [32]
  • RNF183 (Безымянный палец Белок 183):[33] безымянный палец, связывающий белок цинковый палец которые могут быть вовлечены в пути убиквитинирования
  • GFI1B (независимый от фактора роста 1B):[34] фактор транскрипции, который играет важную роль в развитии и дифференцировке эритроидных и мегакариоцитарных клонов[35]
  • XRCC4:[36] работа с ДНК-лигазой IV и ДНК-зависимой протеинкиназой в репарации ДНК двухцепочечных разрывов путем негомологичного соединения концов

Другое взаимодействие белков с убиквитин С был обнаружен в результате аффинного захвата -РС проба.[37]

Клиническая значимость

Не обнаружено, что ген IFFO1 связан с какими-либо конкретными заболеваниями.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000010295 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038271 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Ген IFFO1 - Генные карты | Белок IFFO1 | Антитело IFFO1».
  6. ^ Steinert, Peter M .; Руп, Деннис Р. (1988). «Молекулярная и клеточная биология промежуточных волокон». Ежегодный обзор биохимии. 57: 593–625. Дои:10.1146 / annurev.bi.57.070188.003113. PMID  3052284.
  7. ^ «ФосфоСайтПлюс». Архивировано из оригинал на 2019-04-03. Получено 2019-05-27.
  8. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: изоформа Х7 орфана 1 семейства промежуточных филаментов [Homo sapi - Protein - NCBI».
  9. ^ «Семейство консервативных белковых доменов CDD: нить».
  10. ^ «Ген IFFO1 - Генные карты | Белок IFFO1 | Антитело IFFO1».
  11. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания".
  12. ^ «Ген IFFO1 - Генные карты | Белок IFFO1 | Антитело IFFO1».
  13. ^ http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi[постоянная мертвая ссылка ]
  14. ^ http://timetree.org/
  15. ^ Стрелков С.В., Херрманн Х., Гейслер Н., Ведиг Т., Цимбельманн Р., Эби У., Буркхард П. (март 2002 г.). «Консервативные сегменты 1A и 2B димера промежуточных филаментов: их атомные структуры и роль в сборке филаментов». Журнал EMBO. 21 (6): 1255–66. Дои:10.1093 / emboj / 21.6.1255. ЧВК  125921. PMID  11889032.
  16. ^ Ван И, Аддес К.Дж., Чен Дж., Гир Л.Й., Хе Дж., Хе С., Лу С., Мадей Т., Марчлер-Бауэр А., Тиссен П.А., Чжан Н., Брайант С.Х. (январь 2007 г.). «MMDB: аннотирование белковых последовательностей с помощью базы данных 3D-структуры Entrez». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Выпуск базы данных): D298–300. Дои:10.1093 / нар / gkl952. ЧВК  1751549. PMID  17135201.
  17. ^ «VIM - виментин - Homo sapiens (человек) - ген и белок VIM».
  18. ^ "VIM vimentin [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI".
  19. ^ Херрманн Х., Стрелков С.В., Фея Б., Роджерс К.Р., Бреттель М., Лустиг А., Хенер М., Парри Д.А., Штайнерт П.М., Буркхард П., Эби У. (май 2000 г.). «Консенсусный мотив белка промежуточного филамента спирали 2B: его атомная структура и вклад в сборку». Журнал молекулярной биологии. 298 (5): 817–32. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3719. PMID  10801351.
  20. ^ «Профиль EST - Hs.15243».
  21. ^ "Сервер NetNES 1.1".
  22. ^ «NLS Mapper».
  23. ^ "WWW-сервер PSORT".
  24. ^ «Ген IFFO1 - Генные карты | Белок IFFO1 | Антитело IFFO1».
  25. ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Прогнозирование на основе последовательности и структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  26. ^ Чанг К., Стюарт Р.К. (июль 1998 г.). «Двухкомпонентная система. Регуляция различных сигнальных путей у прокариот и эукариот». Физиология растений. 117 (3): 723–31. Дои:10.1104 / стр.117.3.723. ЧВК  1539182. PMID  9662515.
  27. ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия».
  28. ^ Geiss-Friedlander R, Melchior F (декабрь 2007 г.). «Концепции в сумоилировании: десятилетие спустя». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология. 8 (12): 947–56. Дои:10.1038 / nrm2293. PMID  18000527. S2CID  30462190.
  29. ^ Münch G, Schicktanz D, Behme A, Gerlach M, Riederer P, Palm D, Schinzel R (октябрь 1999 г.). «Аминокислотная специфичность реакции гликирования и сшивки белок-AGE, определенная с помощью библиотеки дипептидов SPOT». Природа Биотехнологии. 17 (10): 1006–10. Дои:10.1038/13704. PMID  10504703. S2CID  818528.
  30. ^ «Ген IFFO1 - Генные карты | Белок IFFO1 | Антитело IFFO1».
  31. ^ «2 объекта (Homo sapiens) - база данных STRING».
  32. ^ Джексон Т.Р., Браун Ф.Д., Не З., Миура К., Форони Л., Сан Дж., Сюй Ф.В., Дональдсон Дж. Г., Рандаццо П.А. (октябрь 2000 г.). «ACAP - это белки, активирующие ГТФазу arf6, которые функционируют на периферии клетки». Журнал клеточной биологии. 151 (3): 627–38. Дои:10.1083 / jcb.151.3.627. ЧВК  2185579. PMID  11062263.
  33. ^ «2 объекта (Homo sapiens) - база данных STRING».
  34. ^ «2 объекта (Homo sapiens) - база данных STRING».
  35. ^ Эльмаагачлы А.Х., Колдехофф М., Закшевский Ю.Л., Стеккель Н.К., Оттингер Х., Белен Д.В. (январь 2007 г.). «Независимый от фактора роста ген 1B (GFI1B) сверхэкспрессируется при эритропоэтических и мегакариоцитарных злокачественных новообразованиях и увеличивает скорость их пролиферации». Британский журнал гематологии. 136 (2): 212–9. Дои:10.1111 / j.1365-2141.2006.06407.x. PMID  17156408. S2CID  40412593.
  36. ^ «2 объекта (Homo sapiens) - база данных STRING».
  37. ^ «2 объекта (Homo sapiens) - база данных STRING».