Список программного обеспечения для аннотации тандемных повторов белков - List of protein tandem repeat annotation software

Вычислительные методы используют различные свойства белковых последовательностей и структур для поиска, описания и аннотирования. белковые тандемные повторы.

Методы аннотации на основе последовательностей

ИмяПоследнее обновлениеиспользованиеТипы результатовОписаниеОткрытый исходный код?Тип повтора зависит от типаСсылка
ard22013сетьаннотированная последовательностьНейронная сетьнетальфа-соленоид[1]
ДОВЕРЯТЬ2004загружаемый / Интернетпозиция агрегата, множественное выравнивание последовательностейAb-initio определение внутренних повторов в белках. Использует транзитивность выравнивания?нет[2]
Т-РЕКС2009загружаемый / Интернетповторять единицуКластеризация длин между одинаковыми короткими струнами с помощью Алгоритм K-среднихданет[3]
HHRepID2008загружаемый / ИнтернетИдентификация повторов в белковых последовательностях посредством сравнения HMM-HMM для использования эволюционной информации в виде множественное выравнивание последовательностей гомологовнет[4]
РАДАР2018загружаемый / Интернетпозиция агрегата, множественное выравнивание последовательностейРАДАР определяет короткие предвзятая композиция и приблизительные повторы с промежутками, а также сложные архитектуры повторов, включающие множество различных типов повторов в последовательности запросаданет[5][6]
XSTREAM2007сетьположение объекта, разные периоды, множественное выравнивание последовательностейинструмент интеллектуального анализа данных, предназначенный для эффективного выявления паттернов тандемного повтора (TR) в данных биологической последовательности. Программа использует стратегию расширения семян в сочетании с несколькими алгоритмами постобработки для анализа В формате FASTA белковые или нуклеотидные последовательностинетнет[7]
TRED2007загружаемыйопределение тандемных повторов на расстоянии редактирования и эффективный детерминированный алгоритм для поиска этих повторовнетнет
TRAL2015загружаемыйОбнаруживает тандемные повторы как с программным обеспечением de novo, так и с HMM профилями последовательности; анализ статистической значимости предполагаемых тандемных повторов и фильтрация избыточных прогнозовда[8]
ДОТТЕР1995загружаемыйГрафический точечный график программа для детального сравнения двух последовательностей[9]
0J.PY[10]
PTRStalker2012загружаемыйпозиция агрегата, множественное выравнивание последовательностейОбнаружение ab-initio нечетких тандемных повторов в аминокислотных последовательностях белков.нет[11]
TRDistiller2015Быстрая сортировка последовательностей, содержащих тандемные повторы (TR) и не содержащих TR[12]
РЕПРО2000сетьПовторное обнаружение на основе вариации Стратегия Смита-Уотермана по локальному согласованию с последующей итеративной процедурой кластеризации на основе графанетнет[13]
REP2000сетьнетда

Методы аннотации на основе структуры

ИмяПоследнее обновлениеиспользованиеТипы результатовОписаниеОткрытый исходный код?Тип повтора зависит от типаСсылка
ТАПО2016сетьпозиция единицыИспользует периодичность атомных координат и другие типы структурного представления, включая строки, генерируемые конформационными алфавитами, карты контактов остатков и расположения векторов элементов вторичной структуры.нетнет[14]
SYMD2014галактикаповторить геометриюОбнаруживает внутренне симметричные структуры белка с помощью процедуры «сканирования выравнивания», в которой структура белка выравнивается сама с собой после циклической перестановки второй копии по всем возможному количеству остатков.нетнет[15]
РАФАЭЛЬ2012сетьвероятность повторенияСведите трехмерную структуру к волновой функции. Затем он определяет информацию о периодичности.нетнет[16]
CE-SYMM
ProSTRIP
ДАВРОС2004
RQA2009
OPAAS
Gplus
ПОВТОРНЫЙ
Консоль
Повторяет DB-Lite
ПРИГСА
Swelfe
Фрустратометр

Рекомендации

  1. ^ Fournier D, Palidwor GA, Shcherbinin S, Szengel A, Schaefer MH, Perez-Iratxeta C, Andrade-Navarro MA (21 ноября 2013 г.). «Функциональный и геномный анализ альфа-соленоидных белков». PLOS ONE. 8 (11): e79894. Bibcode:2013PLoSO ... 879894F. Дои:10.1371 / journal.pone.0079894. ЧВК  3837014. PMID  24278209.
  2. ^ Шкларчик, Радек; Херинга, Яап (2004-08-04). «Отслеживание повторов с использованием значимости и транзитивности». Биоинформатика. 20 Дополнение 1: i311–317. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth911. ISSN  1367-4811. PMID  15262814.
  3. ^ Жорда, Жюльен; Каява, Андрей В. (2009-10-15). «T-REKS: идентификация тандемных повторов в последовательностях с помощью алгоритма на основе K-средних». Биоинформатика. 25 (20): 2632–2638. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp482. ISSN  1367-4811. PMID  19671691.
  4. ^ Циммерманн, Лукас; Стивенс, Эндрю; Нам, Сын-Зин; Рау, Дэвид; Кюблер, Йонас; Лозажич, Марко; Габлер, Феликс; Сёдинг, Йоханнес; Лупас, Андрей Н. (20.07.2018). «Полностью переработанный набор средств MPI Bioinformatics Toolkit с новым сервером HHpred в его ядре». Журнал молекулярной биологии. Вычислительные ресурсы для молекулярной биологии. 430 (15): 2237–2243. Дои:10.1016 / j.jmb.2017.12.007. ISSN  0022-2836. PMID  29258817.
  5. ^ Хегер, Андреас; Холм, Лийза (2000). «Быстрое автоматическое обнаружение и выравнивание повторов в белковых последовательностях». Белки: структура, функции и генетика. 41 (2): 224–237. Дои:10.1002 / 1097-0134 (20001101) 41: 2 <224 :: aid-prot70> 3.0.co; 2-z. ISSN  0887-3585. PMID  10966575.
  6. ^ Лопес, Родриго; Паерн, Юри; Сквиццато, Сильвано; Валентин, Франк; Ли, Вэйчжун; Маквильям, Хэмиш; Гужон, Микаэль (01.07.2010). «Новая структура инструментов биоинформатического анализа в EMBL – EBI». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Suppl_2): W695 – W699. Дои:10.1093 / nar / gkq313. ISSN  0305-1048. ЧВК  2896090. PMID  20439314.
  7. ^ Ньюман, Аарон М .; Купер, Джеймс Б. (2007-10-11). «XSTREAM: Практический алгоритм для идентификации и моделирования архитектуры тандемных повторов в белковых последовательностях». BMC Bioinformatics. 8 (1): 382. Дои:10.1186/1471-2105-8-382. ISSN  1471-2105. ЧВК  2233649. PMID  17931424.
  8. ^ Анисимова Мария; Ксенариос, Иоаннис; Золлер, Стефан; Стокингер, Хайнц; Мурри, Риккардо; Мессина, Антонио; Печерска, Юлия; Корсунский, Александр; Шапер, Эльке (2015-09-15). "TRAL: библиотека аннотаций тандемного повтора". Биоинформатика. 31 (18): 3051–3053. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv306. ISSN  1367-4803. PMID  25987568.
  9. ^ Sonnhammer, E.L .; Дурбин, Р. (1995-12-29). «Программа точечной матрицы с динамическим контролем порога, подходящая для анализа геномной ДНК и последовательности белков». Ген. 167 (1–2): GC1–10. Дои:10.1016/0378-1119(95)00714-8. ISSN  0378-1119. PMID  8566757.
  10. ^ Мудрый, М. Дж. (2001). «0j.py: программный инструмент для белков низкой сложности и белковых доменов». Биоинформатика. 17 Приложение 1: S288–295. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.suppl_1.s288. ISSN  1367-4803. PMID  11473020.
  11. ^ Пеллегрини, Марко; Ренда, Мария Елена; Веккьо, Алессио (21 марта 2012 г.). «Ab initio обнаружение нечетких тандемных повторов аминокислот в белковых последовательностях». BMC Bioinformatics. 13 (3): S8. Дои:10.1186 / 1471-2105-13-S3-S8. ISSN  1471-2105. ЧВК  3402919. PMID  22536906.
  12. ^ Ричард, Франсуа Д .; Каява, Андрей В. (2014-06-01). «TRDistiller: быстрый фильтр для обогащения наборов данных последовательностей белками, содержащими тандемные повторы». Журнал структурной биологии. 186 (3): 386–391. Дои:10.1016 / j.jsb.2014.03.013. ISSN  1047-8477. PMID  24681324.
  13. ^ Джордж, Ричард А .; Херинга, Яап (октябрь 2000 г.). «Сервер REPRO: поиск повторов внутренней последовательности белка через Интернет». Тенденции в биохимических науках. 25 (10): 515–517. Дои:10.1016 / s0968-0004 (00) 01643-1. ISSN  0968-0004. PMID  11203383.
  14. ^ До Вьет, Фыонг; Roche, Daniel B .; Каява, Андрей В. (2015-09-14). «ТАПО: комбинированный метод идентификации тандемных повторов в белковых структурах». Письма FEBS. 589 (19 Pt A): 2611–2619. Дои:10.1016 / j.febslet.2015.08.025. ISSN  1873-3468. PMID  26320412.
  15. ^ Тай, Цзинь-Сянь; Пол, Рохит; KC, Дукка; Шиллинг, Джеффри Д.; Ли, Бюнгук (01.07.2014). «Веб-сервер SymD: платформа для обнаружения внутренне симметричных белковых структур». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Выпуск веб-сервера): W296 – W300. Дои:10.1093 / нар / gku364. ISSN  0305-1048. ЧВК  4086132. PMID  24799435.
  16. ^ Уолш, Ян; Sirocco, Francesco G .; Минервини, Джованни; Ди Доменико, Томас; Феррари, Карло; Тосатто, Сильвио К. Э. (08.09.2012). «РАФАЭЛЬ: распознавание, периодичность и вставка в соленоидные белковые структуры». Биоинформатика. 28 (24): 3257–3264. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts550. ISSN  1460-2059. PMID  22962341.