Сгиб узла трилистника - Trefoil knot fold

Узел глубокий трилистник в Термус термофильный РНК метилтрансфераза домен (PDB ID 1IPA). Завязанный C-конец белка отображается синим цветом.

В трилистник узел сложить это белок складывать в которой белковый каркас скручивается в трилистник форма. «Мелкие» узлы, в которых хвост полипептидной цепи проходит через петлю только через несколько остатков, встречаются нечасто, но «глубокие» узлы, в которых через петлю проходит много остатков, встречаются крайне редко. В SPOUT обнаружены глубокие сучки-трилистники. надсемейство.[1] включая метилтрансфераза белки, участвующие в посттранскрипционном РНК модификации во всех трех сферах жизни, включая бактерия Термус термофильный[2] и белки,[3] в археи[1] И в эукариота.[4]

Во многих случаях узел трилистника является частью активный сайт или сайт связывания лиганда и имеет решающее значение для активности фермент в котором он появляется. До открытия первого узелковый белок считалось, что процесс сворачивание белка не может эффективно создавать глубокие узлы в белковых цепях. Исследования складывания кинетика из димерный белок из Haemophilus influenzae обнаружили, что сворачивание белков узлов трилистника может зависеть от пролин изомеризация.[5] Вычислительные алгоритмы были разработаны для идентификации узловых белковых структур, чтобы выявить Банк данных белков для ранее необнаруженных естественных узлов и для определения узлов в предсказания структуры белка, где они вряд ли точно воспроизводят структуру в естественном состоянии из-за редкости узлов в известных белках.[6] В настоящее время доступен веб-сервер pKNOT для обнаружения узлов в белках, а также для предоставления информации о связанных белках в Банк данных белков.[7]Кноттины - это небольшие, разнообразные и стабильные белки, обладающие важным потенциалом создания лекарственных препаратов. Их можно разделить на 30 семейств, которые охватывают широкий диапазон последовательностей (1621 секвенированных), трехмерных структур (155 решенных) и функций (> 10). Межузловое сходство лежит, в основном, между 20% и 40% идентичности последовательностей и отклонениями от 1,5 до 4 A основной цепи, хотя все они имеют плотно связанный дисульфидный стержень. Эта важная изменчивость, вероятно, возникает из-за очень разнообразных петель, которые соединяют последовательные узловатые цистеины. Предсказание структурных моделей для всех последовательностей knottin открыло бы новые направления для анализа сайтов взаимодействия и обеспечило бы лучшее понимание структурной и функциональной организации белков, разделяющих этот каркас.[8]

Домен трилистника

Трилистник (P-тип) домен
PDB 1psp EBI.jpg
Структура панкреатического спазмолитического полипептида.[9]
Идентификаторы
СимволТрилистник
PfamPF00088
ИнтерПроIPR000519
УМНАЯSM00018
PROSITEPDOC00024
SCOP21psp / Объем / СУПФАМ
CDDcd00111

Трилистник (P-тип) домен богат цистеином домен приблизительно из сорока пяти аминокислотных остатков был обнаружен в некоторых внеклеточных эукариотических белках.[10][11][12][13] Он известен как домен «P», «трилистник» или «TFF» и содержит шесть цистеинов, связанных тремя дисульфидными связями со связностью 1-5, 2-4, 3-6.

Этот домен был обнаружен во множестве внеклеточных эукариотических белков,[10][12][13] в том числе белок pS2 (TFF1 ) белок, секретируемый слизистая желудка; спазмолитический полипептид (СП) (TFF2 ), белок из 115 остатков, который подавляет желудочно-кишечный тракт. подвижность и Желудочный сок секреция; фактор кишечного трилистника (ITF) (TFF3 ); Xenopus laevis белки желудка xP1 и xP4; ксенопус покровный муцины A.1 (препроспазмолизин) и C.1, белки, которые могут участвовать в защите от микробных инфекций путем защиты эпителия от внешней среды; белок кожи xenopus xp2 (или APEG); Zona pellucida белок B, связывающий сперматозоиды (ZP-B); кишечный сахароза-изомальтаза (EC 3.2.1.48 / EC 3.2.1.10 ), связанного с мембраной позвоночных, многофункционального ферментного комплекса, который гидролизует сахарозу, мальтозу и изомальтозу; и лизосомный альфа-глюкозидаза (EC 3.2.1.20 ).

Примеры

Белки, кодирующие человеческий ген, содержащие домен трилистника, включают:

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Зарембински Т.И., Ким Й., Петерсон К., Кристендат Д., Дхарамси А., Эроусмит С.Х., Эдвардс А.М., Иоахимиак А. (2003). Глубокий узел-трилистник, участвующий в связывании РНК, обнаружен в белке архебактерий. Белки 50(2):177-83
  2. ^ Нуреки О, Широузу М., Хашимото К., Иситани Р., Терада Т., Тамакоши М., Осима Т., Чидзимацу М., Такио К., Васылев Д.Г., Шибата Т., Иноуэ Ю., Курамицу С., Йокояма С. (2002). Фермент с глубоким трилистником для архитектуры активного центра. Acta Crystallogr D 58 (Пт 7): 1129-37
  3. ^ Нуреки О, Ватанабэ К., Фукаи С., Исии Р., Эндо Й, Хори Х, Йокояма С. (2004). Структура глубокого узла для создания активного сайта и сайта связывания кофактора фермента модификации тРНК. Структура 12(4):593-602
  4. ^ Leulliot N, Bohnsack MT, Graille M, Tollervey D, Van Tilbeurgh H. (2008). Фактор синтеза дрожжевых рибосом Emg1 является новым членом суперсемейства альфа / бета-узловых метилтрансфераз. Нуклеиновые кислоты Res 36(2):629-39
  5. ^ Маллам А.Л., Джексон С.Е. (2006). Зондирование природных узлов: путь сворачивания узловатого гомодимерного белка. Дж Мол Биол 359(5):1420-36
  6. ^ Khatib F, Weirauch MT, Rohl CA. (2006). Быстрое обнаружение узлов и применение для предсказания структуры белков. Биоинформатика 22 (14): e252-9
  7. ^ Лай Ю.Л., Йен С.К., Ю.Ш., Хван Дж. К. (2007). pKNOT: веб-сервер Protein KNOT. Исследования нуклеиновых кислот 35: W420-424
  8. ^ (Джером Грейси и Лоран Чиче (2010). Оптимизация структурного моделирования для определенного белкового каркаса: узловых или ингибиторных цистиновых узлов. BMC Bioinformatics. 11:535)
  9. ^ Гайхеде М., Петерсен Т.Н., Хенриксен А. и др. (Декабрь 1993 г.). "Панкреатический спазмолитический полипептид: первая трехмерная структура члена семейства пептидов трилистника млекопитающих". Структура. 1 (4): 253–62. Дои:10.1016/0969-2126(93)90014-8. PMID  8081739.
  10. ^ а б Отто Б., Райт Н. (1994). «Пептиды трилистника. Восходящий клевер». Curr. Биол. 4 (9): 835–838. Дои:10.1016 / S0960-9822 (00) 00186-X. PMID  7820556. S2CID  11245174.
  11. ^ Тим Л., Райт Н. А., Хоффманн В., Отто В. Р., Rio MC (1997). «Роллинг в клевере: пептиды домена фактора трилистника (TFF), миграция клеток и рак». FEBS Lett. 408 (2): 121–123. Дои:10.1016 / S0014-5793 (97) 00424-9. PMID  9187350. S2CID  26946754.
  12. ^ а б Борк П. (1993). «Трилистник в основном белке блестящей оболочки кролика». Белковая наука. 2 (4): 669–670. Дои:10.1002 / pro.5560020417. ЧВК  2142363. PMID  8518738.
  13. ^ а б Хоффманн В., Хаузер Ф. (1993). «Р-домен или мотив трилистника: роль в обновлении и патологии слизистого эпителия?». Trends Biochem. Наука. 18 (7): 239–243. Дои:10.1016 / 0968-0004 (93) 90170-П. PMID  8267796.

Библиография

  • Ткачук К.Л., Дунин-Хоркавич С., Пурта Э., Буйницкий Ю.М. (2007). Структурная и эволюционная биоинформатика суперсемейства метилтрансфераз SPOUT. BMC Bioinformatics. 8:73
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR000519