MNase-seq - MNase-seq

Расщепление MNase с секвенированием

MNase-seq, Короче для ммикрококковый пдядяас пищеварение с глубоким sequencing,[1][2][3] это молекулярно-биологический метод, который используется с 2008 года для измерения нуклеосома размещение в человеческий геном.[1] Хотя термин «MNase-seq» появился только год спустя, в 2009 году.[2] Вкратце, этот метод основан на использовании неспецифических эндо -экзонуклеаза микрококковая нуклеаза, фермент, полученный из бактерий Золотистый стафилококк, для связывания и расщепления несвязанных с белком участков ДНК на хроматин. ДНК связана с гистоны или другие белки, связанные с хроматином (например, факторы транскрипции ) может оставаться непереваренным. Затем неразрезанную ДНК очищают от белков и секвенируют с помощью одного или нескольких из различных Секвенирование следующего поколения методы.[4]

MNase-seq - это один из четырех классов методов, используемых для оценки состояния эпигеном через анализ доступности хроматина. Остальные три техники DNase-seq, FAIRE-seq, и ATAC-seq.[3] Хотя MNase-seq в основном используется для секвенирования участков ДНК, связанных гистонами или другими белками, связанными с хроматином,[1] остальные три обычно используются для: отображения Сайты гиперчувствительности к дезоксирибонуклеазе I (DHS),[5] секвенирование ДНК, не связанной белками хроматина,[6] или секвенирование участков слабо упакованного хроматина через транспозиция маркеров,[7][8] соответственно.[3]

История

Микрококковая нуклеаза (МНКаза) был впервые обнаружен в S. aureus в 1956 г.,[9] кристаллизованный белок в 1966 г.,[10] и охарактеризован в 1967 г.[11] МНКазное переваривание хроматин был ключом к ранним исследованиям структуры хроматина; используется для определения того, что каждый нуклеосомная единица хроматина состоял приблизительно из 200 п.н. ДНК.[12] Это, наряду с Олинс и Олинс «Бусы на нитке» модель,[13] подтвержденный Корнберга идеи относительно основной структуры хроматина.[14] После дополнительных исследований было обнаружено, что МНКаза не может расщеплять гистон-связанную ДНК короче ~ 140 п.н. и что ДНКаза I и II может разрушить связанную ДНК до 10 пар оснований.[15][16] Это в конечном итоге выяснило, что ~ 146 пар оснований ДНК оборачиваются вокруг ядра нуклеосомы,[17] ~ 50 бп линкер ДНК соединить каждую нуклеосому,[18] и что 10 непрерывных пар оснований ДНК плотно связываются с ядром нуклеосомы с интервалами.[16]

В дополнение к использованию для изучения структуры хроматина, расщепление микрококковой нуклеазой использовалось в экспериментах по секвенированию олигонуклеотидов с момента его характеристики в 1967 году.[19] Расщепление МНКазой дополнительно использовалось в нескольких исследованиях для анализа последовательностей, свободных от хроматина, таких как дрожжи (Saccharomyces cerevisiae) митохондриальная ДНК[20] а также бактериофаг ДНК[21][22] за счет предпочтительного переваривания аденин и тимин -богатые регионы.[23] В начале 1980-х годов расщепление МНКазой использовалось для определения нуклеосомной фазы и ассоциированной ДНК для хромосом из зрелых SV40,[24] плодовые мошки (Drosophila melanogaster),[25] дрожжи,[26] и обезьяны,[27] среди прочего. Первое исследование, использующее это расщепление для изучения важности доступности хроматина для экспрессия гена у людей был в 1985 году. В этом исследовании нуклеаза использовалась для обнаружения ассоциации некоторых онкогенный последовательности с хроматином и ядерными белками.[28] Исследования, использующие расщепление МНКазой для определения положения нуклеосом без секвенирования или информации о массиве, продолжались в начале 2000-х годов.[29]

С появлением секвенирование всего генома в конце 1990-х - начале 2000-х годов стало возможным сравнивать очищенные последовательности ДНК с эукариотическими геномами S. cerevisiae,[30] Caenorhabditis elegans,[31] D. melanogaster,[32] Arabidopsis thaliana,[33] Mus musculus,[34] и Homo sapiens.[35] Расщепление МНКазой было впервые применено для исследования занятости нуклеосом в масштабе всего генома в С. cerevisiae[36] и C. elegans,[37] сопровождается анализом через микрочипы для определения того, какие участки ДНК были обогащены нуклеосомами, устойчивыми к МНКазе. Микроматричный анализ на основе MNase часто использовался в масштабах всего генома для дрожжей.[38][39] и в ограниченных областях генома у людей[40][41] для определения положения нуклеосом, которое может быть использовано в качестве вывода для инактивация транскрипции.

Только в 2008 году, примерно в то время, когда разрабатывалось секвенирование следующего поколения, когда расщепление MNase было объединено с высокопроизводительным секвенированием, а именно Секвенирование Solexa / Illumina, чтобы изучить расположение нуклеосом в масштабе всего генома у людей.[1] Год спустя, термины «MNase-Seq» и ​​«MNase-ChIP» для расщепления микрококковой нуклеазой с иммунопреципитация хроматина, наконец были придуманы.[2] С момента первого применения в 2008 г.[1] MNase-seq был использован для глубокая последовательность ДНК, связанная с занятостью нуклеосом и эпигеномика через эукариот.[4] По состоянию на февраль 2020 года MNase-seq по-прежнему применяется для анализа доступности хроматина.[42]

Описание

Хроматин является динамичным и позиционирование нуклеосомы об изменениях ДНК из-за активности различных факторы транскрипции и ремоделирующие комплексы, приблизительно отражая транскрипционная активность на этих сайтах. ДНК, обернутая вокруг нуклеосом, обычно недоступна для факторов транскрипции.[43] Следовательно, MNase-seq может использоваться для косвенного определения, какие области ДНК транскрипционно недоступны, путем прямого определения областей, связанных с нуклеосомами.[4]

В типичном эксперименте MNase-seq, ядра эукариотических клеток сначала выделяются из интересующей ткани. Затем MNase-seq использует эндо-экзонуклеазу микрококковую нуклеазу для связывания и расщепления несвязанных с белком областей ДНК эукариотического хроматина, сначала расщепляя и резектируя одну цепь, а затем также расщепляя антипараллельную цепь.[2] Хроматин может быть необязательно сшитый с формальдегид.[44] MNase требует Ca2+ как кофактор, как правило, с конечной концентрацией 1 мМ.[4][11] Если участок ДНК связан ядром нуклеосомы (т.е. гистоны ) или другие белки, связанные с хроматином (например, факторы транскрипции), то МНКаза не может связываться и расщеплять ДНК. Нуклеосомы или комплексы ДНК-белок могут быть очищены из образца, а связанная ДНК может быть впоследствии очищена с помощью гель-электрофорез и добыча. Размер очищенной ДНК обычно составляет ~ 150 п.н., если она очищена от нуклеосом,[1] или короче, если из другого белка (например, факторов транскрипции).[45] Это делает короткое считывание, высокопроизводительное секвенирование идеально подходит для MNase-seq, поскольку считывание для этих технологий очень точное, но может охватывать только пару сотен непрерывных пар оснований по длине.[46] После секвенирования считывания могут быть выровнен к эталонный геном для определения того, какие участки ДНК связаны с интересующими нуклеосомами или белками, с помощью таких инструментов, как Галстук-бабочка.[3] Позиционирование нуклеосом, выясненное с помощью MNase-seq, затем может быть использовано для прогнозирования геномная экспрессия[47] и регулирование[48] во время пищеварения.

Расширенные методы

Технические применения MNase в секвенировании

MNase-ChIP /CUT & RUN секвенирование

Недавно MNase-seq также был реализован для определения, где факторы транскрипции связываются с ДНК.[49][50] Классический ChIP-seq отображает проблемы с качеством разрешения, строгостью протокола эксперимента и Фрагментация ДНК.[50] Классический ChIP-seq обычно использует обработка ультразвуком фрагментировать хроматин, что смещает гетерохроматические области из-за конденсированного и плотного связывания участков хроматина друг с другом.[50] В отличие от гистоны факторы транскрипции только временно связывают ДНК. Другие методы, такие как обработка ультразвуком в ChIP-seq, требующие использования повышенных температур и моющих средств, могут привести к потере фактора. Секвенирование CUT & RUN представляет собой новую форму основанной на MNase иммунопреципитация. Вкратце, он использует MNase отмечен антитело специфически связывать ДНК-связанные белки, которые представляют эпитоп распознается этим антителом. Затем пищеварение конкретно происходит в регионах, окружающих этот фактор транскрипции, позволяя этому комплексу диффундировать из ядра и быть полученным, не беспокоясь ни о значительном фоне, ни об осложнениях обработки ультразвуком. Использование этой техники не требует высоких температур или высоких концентраций моющего средства. Кроме того, МНКаза улучшает переваривание хроматина благодаря своей экзонуклеазной и эндонуклеазной активности. Клетки лизируются в SDS / [[Тритон Х-100 раствор. Затем добавляется комплекс МНКаза-антитело. И, наконец, комплекс белок-ДНК может быть выделен с последующей очисткой ДНК и последовательный. Полученный растворимый экстракт содержит 25-кратное обогащение фрагментов менее 50 п.н. Это повышенное обогащение приводит к получению рентабельных данных с высоким разрешением.[50]

Одноклеточная MNase-seq

Секвенирование одноклеточной микрококковой нуклеазы (scMNase-seq) - это новый метод, который используется для анализа нуклеосома позиционирование и сделать вывод о доступности хроматина с использованием только одноклеточного ввода.[51] Сначала клетки сортируют на отдельные аликвоты с использованием сортировка клеток с активацией флуоресценции (FACS).[51] Затем клетки лизируют и расщепляют микрококковой нуклеазой. Выделенную ДНК подвергают ПЦР амплификации, а затем желаемая последовательность выделяется и анализируется.[51] Использование МНКазы в одноклеточных анализах приводит к усиленному обнаружению таких областей, как Сайты гиперчувствительности к ДНКазе I а также сайты связывания факторов транскрипции.[51]

Сравнение с другими анализами доступности хроматина

Sequencing table.png

MNase-seq - один из четырех основных методов (DNase-seq, MNase-seq, FAIRE-seq, и ATAC-seq ) для более прямого определения хроматин доступность и последующие последствия для экспрессия гена.[52] Все четыре техники противопоставляются ChIP-seq, который основан на заключении, что определенные Метки на гистоновые хвосты указывают на активацию или репрессию гена,[53] не непосредственно оценивают положение нуклеосом, но вместо этого являются ценными для оценки ферментативной функции модификатора гистонов.[3]

DNase-seq

Как и в случае с MNase-seq,[1] ДНКаза-seq была разработана путем объединения существующей ДНК-эндонуклеазы[5] с технологией секвенирования нового поколения для анализа доступности хроматина.[54] Оба метода использовались несколькими эукариотами для получения информации о положении нуклеосом в соответствующих организмах.[3] и оба основаны на одном и том же принципе переваривания открытой ДНК для выделения полос ДНК размером ~ 140 п.н. из нуклеосом.[1][55] или более короткие полосы, если требуется информация о факторах транскрипции.[45][55] Оба метода недавно были оптимизированы для секвенирования отдельных клеток, что устраняет один из основных недостатков обоих методов; это требование для большого количества ячеек.[56][51]

При достаточных концентрациях ДНКаза I способна расщеплять ДНК, связанную с нуклеосомами, до 10 п.н., тогда как микрококковая нуклеаза не может.[16] Кроме того, DNase-seq используется для идентификации DHS, которые представляют собой области ДНК, которые являются гиперчувствительными к лечению ДНКазой и часто указывают на регуляторные области (например, промоутеры или же усилители ).[57] Эквивалентный эффект не обнаружен с MNase. В результате этого различия DNase-seq в основном используется для прямой идентификации регуляторных областей, тогда как MNase-seq используется для идентификации фактора транскрипции и занятости нуклеосом, чтобы косвенно сделать вывод о влиянии на экспрессию генов.[3]

FAIRE-seq

FAIRE-seq больше отличается от MNase-seq, чем DNase-seq.[3] FAIRE-seq был разработан в 2007 году.[6] и три года спустя в сочетании с секвенированием следующего поколения для изучения DHS.[58] FAIRE-seq полагается на использование формальдегида для сшивания целевых белков с ДНК и последующую обработку ультразвуком и фенол-хлороформную экстракцию для разделения несшитой ДНК и сшитой ДНК. Несшитая ДНК секвенируется и анализируется, что позволяет напрямую наблюдать за открытым хроматином.[59]

MNase-seq не измеряет доступность хроматина так же непосредственно, как FAIRE-seq. Однако, в отличие от FAIRE-seq, он не обязательно требует сшивки,[4] и не полагается на обработку ультразвуком,[3] но это может потребовать экстракция фенолом и хлороформом.[4] Два основных недостатка FAIRE-seq по сравнению с тремя другими классами - это минимально необходимый ввод 100 000 ячеек и зависимость от перекрестного связывания.[6] Сшивание может связывать другие связанные с хроматином белки, которые временно взаимодействуют с ДНК, тем самым ограничивая количество несшитой ДНК, которая может быть извлечена и проанализирована из водной фазы.[52] Таким образом, общее разрешение, полученное с помощью FAIRE-seq, может быть относительно ниже, чем у DNase-seq или MNase-seq.[52] и с требованием 100 000 ячеек,[6] одноклеточные эквиваленты DNase-seq[56] или MNase-seq[51] сделайте их гораздо более привлекательными альтернативами.[3]

ATAC-seq

ATAC-seq - это самый последний из разработанных классов анализов доступности хроматина.[7] ATAC-seq использует гиперактивный транспозаза для вставки мобильных маркеров со специфическими адаптерами, способными связывать праймеры для секвенирования, в открытые области хроматина. Затем ПЦР можно использовать для амплификации последовательностей, соседних со вставленными транспозонами, что позволяет определять открытые последовательности хроматина, не вызывая сдвига в структуре хроматина.[7][8] Эффективность ATAC-seq доказана на людях, среди других эукариот, в том числе в замороженных образцах.[60] Как с DNase-seq[56] и MNase-seq,[51] Также была разработана успешная одноклеточная версия ATAC-seq.[61]

ATAC-seq имеет несколько преимуществ перед MNase-seq при оценке доступности хроматина. ATAC-seq не полагается ни на вариабельное расщепление микрококковой нуклеазой, ни на сшивание, ни на фенол-хлороформную экстракцию.[4][8] Как правило, он поддерживает структуру хроматина, поэтому результаты ATAC-seq могут использоваться для прямой оценки доступности хроматина, а не косвенно через MNase-seq. ATAC-seq также можно выполнить за несколько часов,[8] тогда как другие три метода обычно требуют инкубационных периодов в течение ночи.[4][5][6] Два основных недостатка ATAC-seq по сравнению с MNase-seq - это необходимость более широкого охвата секвенированием и преобладание митохондриального загрязнения из-за неспецифической вставки ДНК как в митохондриальную ДНК, так и в ядерную ДНК.[7][8] Несмотря на эти незначительные недостатки, использование ATAC-seq вместо альтернатив становится все более распространенным.[3]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час Schones DE, Cui K, Cuddapah S, Roh T.Y, Barski A., Wang Z, et al. (Март 2008 г.). «Динамическая регуляция позиционирования нуклеосом в геноме человека». Клетка. 132 (5): 887–98. Дои:10.1016 / j.cell.2008.02.022. PMID  18329373. S2CID  13320420.
  2. ^ а б c d Куан П.Ф., Хьюберт Д., Гаш А., Келес С. (январь 2009 г.). «Неоднородная модель скрытого состояния на различиях первого порядка для автоматического определения положений нуклеосом». Статистические приложения в генетике и молекулярной биологии. 8 (1): Статья 29. Дои:10.2202/1544-6115.1454. ЧВК  2861327. PMID  19572828.
  3. ^ а б c d е ж грамм час я j k Кляйн, округ Колумбия, Хайнер SJ (ноябрь 2019 г.). «Геномные методы определения доступности ДНК и локализации факторов». Хромосомные исследования. 28 (1): 69–85. Дои:10.1007 / s10577-019-09619-9. ЧВК  7125251. PMID  31776829.
  4. ^ а б c d е ж грамм час Цуй К., Чжао К. (январь 2012 г.). «Общегеномные подходы к определению занятости нуклеосом в многоклеточных животных с использованием MNase-Seq». Ремоделирование хроматина. Методы молекулярной биологии. 833. С. 413–9. Дои:10.1007/978-1-61779-477-3_24. ISBN  978-1-61779-476-6. ЧВК  3541821. PMID  22183607.
  5. ^ а б c Гиреси П.Г., Ким Дж., Макдэниелл Р.М., Айер В.Р., Либ Дж. Д. (июнь 2007 г.). «FAIRE (Изоляция регуляторных элементов с помощью формальдегида) изолирует активные регуляторные элементы из хроматина человека». Геномные исследования. 17 (6): 877–85. Дои:10.1101 / гр.5533506. ЧВК  3959825. PMID  17179217.
  6. ^ а б c d е Гиреси П.Г., Ким Дж., Макдэниелл Р.М., Айер В.Р., Либ Дж. Д. (июнь 2007 г.). «FAIRE (Изоляция регуляторных элементов с помощью формальдегида) изолирует активные регуляторные элементы из хроматина человека». Геномные исследования. 17 (6): 877–85. Дои:10.1101 / гр.5533506. ЧВК  1891346. PMID  17179217.
  7. ^ а б c d Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY, Greenleaf WJ (декабрь 2013 г.). «Транспозиция нативного хроматина для быстрого и чувствительного эпигеномного профилирования открытого хроматина, ДНК-связывающих белков и положения нуклеосом». Методы природы. 10 (12): 1213–8. Дои:10.1038 / nmeth.2688. ЧВК  3959825. PMID  24097267.
  8. ^ а б c d е Буэнростро Д.Д., Ву Б., Чанг Х.Й., Гринлиф ВДЖ (январь 2015 г.). «ATAC-seq: метод определения доступности хроматина для всего генома». Текущие протоколы в молекулярной биологии. 109: 21.29.1–21.29.9. Дои:10.1002 / 0471142727.mb2129s109. ЧВК  4374986. PMID  25559105.
  9. ^ Каннингем Л., Кэтлин Б.В., член парламента де Гариль (сентябрь 1956 г.). «Дезоксирибонуклеаза Micrococcus pyogenes». Журнал Американского химического общества. 78 (18): 4642–4645. Дои:10.1021 / ja01599a031.
  10. ^ Коттон Ф.А., Хейзен Э.Э., Ричардсон, округ Колумбия (октябрь 1966 г.). «Кристаллическая внеклеточная нуклеаза Staphylococcus aureus». Журнал биологической химии. 241 (19): 4389–90. PMID  5922963.
  11. ^ а б Heins JN, Suriano JR, Taniuchi H, Anfinsen CB (март 1967). «Характеристика нуклеазы, продуцируемой Staphylococcus aureus». Журнал биологической химии. 242 (5): 1016–20. PMID  6020427.
  12. ^ Нолл М. (сентябрь 1974 г.). «Субъединичная структура хроматина». Природа. 251 (5472): 249–51. Bibcode:1974Натура.251..249Н. Дои:10.1038 / 251249a0. PMID  4422492. S2CID  637383.
  13. ^ Олинс А.Л., Олинс Д.Е. (январь 1974 г.). «Сфероидные хроматиновые единицы (v-тельца)». Наука. 183 (4122): 330–2. Дои:10.1126 / science.183.4122.330. PMID  4128918. S2CID  83480762.
  14. ^ Корнберг Р.Д. (май 1974 г.). «Структура хроматина: повторяющаяся единица гистонов и ДНК». Наука. 184 (4139): 868–71. Bibcode:1974Наука ... 184..868K. Дои:10.1126 / science.184.4139.868. PMID  4825889.
  15. ^ Кейхлин Л.Д., Вилли Калифорния, Вассарман П.М. (февраль 1976 г.). «Структура эукариотического хроматина. Оценка периодичности с помощью эндогенных и экзогенных нуклеаз». Biochimica et Biophysica Acta. 425 (1): 84–94. Дои:10.1016/0005-2787(76)90218-5. PMID  1247619.
  16. ^ а б c Duerksen JD, Connor KW (апрель 1978 г.). «Периодичность и размер фрагментов ДНК из хроматина гепатомы мыши TLT и фракций хроматина с использованием эндогенных и экзогенных нуклеаз». Молекулярная и клеточная биохимия. 19 (2): 93–112. Дои:10.1007 / bf00232599. PMID  206820. S2CID  9230112.
  17. ^ Корнберг Р.Д., Лорч И. (август 1999 г.). «Двадцать пять лет нуклеосомы, фундаментальной частицы хромосомы эукариота». Клетка. 98 (3): 285–94. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 81958-3. PMID  10458604. S2CID  14039910.
  18. ^ Уитлок Дж. П., Симпсон РТ (июль 1976 г.). «Удаление гистона H1 обнажает сегмент ДНК из пятидесяти пар оснований между нуклеосомами». Биохимия. 15 (15): 3307–14. Дои:10.1021 / bi00660a022. PMID  952859.
  19. ^ Фельдманн H (июль 1967). «[Анализ последовательности олигонуклеотидов с помощью микрококковой нуклеазы]». Европейский журнал биохимии. 2 (1): 102–5. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1967.tb00113.x. PMID  6079759.
  20. ^ Прунелл А., Бернарди Г. (июль 1974 г.). «Митохондриальный геном дрожжевых клеток дикого типа. IV. Гены и спейсеры». Журнал молекулярной биологии. 86 (4): 825–41. Дои:10.1016/0022-2836(74)90356-8. PMID  4610147.
  21. ^ Баррелл Б.Г., Вейт Х.Л., Донельсон Дж. Э., Робертсон HD (март 1975 г.). «Анализ последовательности защищенного рибосомами фрагмента ДНК бактериофазы phiX174, содержащего сайт инициации гена G». Журнал молекулярной биологии. 92 (3): 377–93. Дои:10.1016/0022-2836(75)90287-9. PMID  1095758.
  22. ^ Бамбара Р., Ву Р. (июнь 1975 г.). «Анализ последовательности ДНК. Терминальные последовательности бактериофага phi80». Журнал биологической химии. 250 (12): 4607–18. PMID  166999.
  23. ^ Wingert L, Von Hippel PH (март 1968 г.). «Конформационно-зависимый гидролиз ДНК микрококковой нуклеазой». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - нуклеиновые кислоты и синтез белков. 157 (1): 114–26. Дои:10.1016/0005-2787(68)90270-0. PMID  4296058.
  24. ^ Хиваса Т., Сегава М., Ямагути Н., Ода К. (май 1981 г.). «Фазирование нуклеосом в хроматине SV40, восстановленном in vitro». Журнал биохимии. 89 (5): 1375–89. Дои:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a133329. PMID  6168635.
  25. ^ Самал Б., Ворсель А., Луи С., Щедл П. (февраль 1981 г.). «Структура хроматина гистоновых генов D. melanogaster». Клетка. 23 (2): 401–9. Дои:10.1016/0092-8674(81)90135-5. PMID  6258802. S2CID  42138156.
  26. ^ Lohr DE (октябрь 1981 г.). «Детальный анализ нуклеосомной организации транскрибируемой ДНК в дрожжевом хроматине». Биохимия. 20 (21): 5966–72. Дои:10.1021 / bi00524a007. PMID  6272832.
  27. ^ Musich PR, Brown FL, Maio JJ (январь 1982 г.). «Нуклеосомная фазировка и расщепление микрококковой нуклеазой компонента альфа-ДНК африканской зеленой обезьяны». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 79 (1): 118–22. Bibcode:1982ПНАС ... 79..118М. Дои:10.1073 / пнас.79.1.118. ЧВК  345673. PMID  6275381.
  28. ^ Kasid UN, Hough C., Thraves P, Dritschilo A, Smulson M (апрель 1985 г.). «Ассоциация человеческих последовательностей c-Ha-ras с хроматином и ядерными белками». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 128 (1): 226–32. Дои:10.1016 / 0006-291x (85) 91668-7. PMID  3885946.
  29. ^ Гориели С., Демонте Д., Низет С., Де Вит Д., Виллемс Ф., Голдман М., Ван Линт С. (июнь 2003 г.). «Активация гена человеческого IL-12 (p35) включает селективное ремоделирование отдельной нуклеосомы в области промотора, содержащей критические сайты связывания Sp1». Кровь. 101 (12): 4894–902. Дои:10.1182 / кровь-2002-09-2851. PMID  12576336.
  30. ^ Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Х., Дэвис Р.В., Дуйон Б., Фельдманн Х. и др. (Октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci ... 274..546G. Дои:10.1126 / science.274.5287.546. PMID  8849441. S2CID  16763139.
  31. ^ Консорциум C. Elegans по секвенированию (декабрь 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии». Наука. 282 (5396): 2012–8. Bibcode:1998На ... 282.2012.. Дои:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  32. ^ Adams MD, Celniker SE, Holt RA, Evans CA, Gocayne JD, Amanatides PG, et al. (Март 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука. 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci ... 287.2185.. Дои:10.1126 / science.287.5461.2185. PMID  10731132.
  33. ^ Инициатива по геному арабидопсиса; и другие. (Инициатива по геному арабидопсиса) (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana». Природа. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Натура 408..796Т. Дои:10.1038/35048692. PMID  11130711.
  34. ^ Уотерстон Р.Х., Линдблад-То К., Бирни Э., Роджерс Дж., Абрил Дж. Ф., Агарвал П. и др. (Консорциум по секвенированию генома мышей) (декабрь 2002 г.). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Природа. 420 (6915): 520–62. Bibcode:2002 Натур. 420..520Вт. Дои:10.1038 / природа01262. PMID  12466850.
  35. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа. 431 (7011): 931–45. Bibcode:2004Натура.431..931H. Дои:10.1038 / природа03001. PMID  15496913.
  36. ^ Бернштейн Б.Е., Лю С.Л., Хамфри Е.Л., Перлштейн Е.О., Шрайбер С.Л. (август 2004 г.). «Глобальная занятость нуклеосом у дрожжей». Геномная биология. 5 (9): R62. Дои:10.1186 / gb-2004-5-9-r62. ЧВК  522869. PMID  15345046.
  37. ^ Джонсон С.М., Тан Ф.Дж., Маккалоу Х.Л., Риордан Д.П., Fire AZ (декабрь 2006 г.). «Гибкость и ограничение в ядре нуклеосомного ландшафта хроматина Caenorhabditis elegans». Геномные исследования. 16 (12): 1505–16. Дои:10.1101 / гр.5560806. ЧВК  1665634. PMID  17038564.
  38. ^ Юань Г.К., Лю Ю.Дж., Дион М.Ф., Slack MD, Ву Л.Ф., Альтшулер С.Дж., Рандо О.Дж. (июль 2005 г.). «Геномная идентификация позиций нуклеосом в S. cerevisiae» (PDF). Наука. 309 (5734): 626–630. Bibcode:2005Наука ... 309..626л. Дои:10.1126 / наука.1112178. PMID  15961632. S2CID  43625066.
  39. ^ Ли В., Тилло Д., Брей Н., Морс Р. Х., Дэвис Р. В., Хьюз Т. Р., Нислоу С. (октябрь 2007 г.). «Атлас занятости нуклеосом в дрожжах с высоким разрешением». Природа Генетика. 39 (10): 1235–44. Дои:10,1038 / ng2117. PMID  17873876. S2CID  12816925.
  40. ^ Озсолак Ф., Сонг Дж. С., Лю XS, Фишер Д. Е. (февраль 2007 г.). «Высокопроизводительное картирование структуры хроматина промоторов человека». Природа Биотехнологии. 25 (2): 244–8. Дои:10.1038 / nbt1279. PMID  17220878. S2CID  365969.
  41. ^ Деннис Дж. Х., Фан Х. Ю., Рейнольдс С. М., Юань Дж., Мелдрим Дж. К., Рихтер Д. Д. и др. (Июнь 2007 г.). «Независимые и дополнительные методы крупномасштабного структурного анализа хроматина млекопитающих». Геномные исследования. 17 (6): 928–39. Дои:10.1101 / гр.5636607. ЧВК  1891351. PMID  17568008.
  42. ^ Чжао Х, Чжан В., Чжан Т., Линь И, Ху И, Фанг С., Цзян Дж. (Февраль 2020 г.). «Полногеномный анализ гиперчувствительности к МНКазам раскрывает отдельные классы открытого хроматина, связанного с H3K27me3 и метилированием ДНК у Arabidopsis thaliana». Геномная биология. 21 (1): 24. Дои:10.1186 / s13059-020-1927-5. ЧВК  6996174. PMID  32014062.
  43. ^ Харгривз, округ Колумбия, Крэбтри GR (март 2011 г.). «АТФ-зависимое ремоделирование хроматина: генетика, геномика и механизмы». Клеточные исследования. 21 (3): 396–420. Дои:10.1038 / кр.2011.32. ЧВК  3110148. PMID  21358755.
  44. ^ Mieczkowski J, Cook A, Bowman SK, Mueller B, Alver BH, Kundu S и др. (Май 2016). «Титрование MNase выявляет различия между занятостью нуклеосом и доступностью хроматина». Nature Communications. 7: 11485. Bibcode:2016НатКо ... 711485M. Дои:10.1038 / ncomms11485. ЧВК  4859066. PMID  27151365.
  45. ^ а б Хайнер SJ, Fazzio TG (октябрь 2015 г.). «Регулирование архитектуры нуклеосом и связывания факторов, выявленных с помощью нуклеазного следа генома ESC». Отчеты по ячейкам. 13 (1): 61–69. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.08.071. ЧВК  4598306. PMID  26411677.
  46. ^ Лю Л., Ли И, Ли С., Ху Н, Хе И, Понг Р. и др. (Январь 2012 г.). «Сравнение систем секвенирования нового поколения». Журнал биомедицины и биотехнологии. 2012: 251364. Дои:10.1155/2012/251364. ЧВК  3398667. PMID  22829749.
  47. ^ Хеникофф С (январь 2008 г.). «Дестабилизация нуклеосом в эпигенетической регуляции экспрессии генов». Обзоры природы. Генетика. 9 (1): 15–26. Дои:10.1038 / nrg2206. PMID  18059368. S2CID  24413271.
  48. ^ Эркан С., Карроцца М. Дж., Уоркман Дж. Л. (сентябрь 2004 г.). «Глобальное распределение нуклеосом и регуляция транскрипции у дрожжей». Геномная биология. 5 (10): 243. Дои:10.1186 / gb-2004-5-10-243. ЧВК  545588. PMID  15461807.
  49. ^ Гутин Дж., Садех Р., Боденхаймер Н., Джозеф-Штраус Д., Кляйн-Брилл А., Аладжем А. и др. (Март 2018 г.). «Картирование с высоким разрешением связывания TF и ​​взаимодействий с хроматином». Отчеты по ячейкам. 22 (10): 2797–2807. Дои:10.1016 / j.celrep.2018.02.052. ЧВК  5863041. PMID  29514105.
  50. ^ а б c d Скене П.Дж., Хеникофф С. (июнь 2015 г.). «Простой метод создания карт высокого разрешения связывания белков в масштабе всего генома». eLife. 4: e09225. Дои:10.7554 / eLife.09225. ЧВК  4480131. PMID  26079792.
  51. ^ а б c d е ж грамм Лай Б., Гао В., Цуй К., Се В., Тан К., Джин В. и др. (Октябрь 2018 г.). «Принципы организации нуклеосом, выявленные с помощью секвенирования одноклеточной микрококковой нуклеазы». Природа. 562 (7726): 281–285. Bibcode:2018Натура.562..281л. Дои:10.1038 / s41586-018-0567-3. PMID  30258225. S2CID  52841785.
  52. ^ а б c Цомпана М, Бак MJ (ноябрь 2014 г.). «Доступность хроматина: окно в геном». Эпигенетика и хроматин. 7 (1): 33. Дои:10.1186/1756-8935-7-33. ЧВК  4253006. PMID  25473421.
  53. ^ Park PJ (октябрь 2009 г.). «ChIP-seq: преимущества и проблемы технологии созревания». Обзоры природы. Генетика. 10 (10): 669–80. Дои:10.1038 / nrg2641. ЧВК  3191340. PMID  19736561.
  54. ^ Бойл А.П., Дэвис С., Шульха Х.П., Мельцер П., Маргулис Э.Х., Вен Зи и др. (Январь 2008 г.). «Картирование высокого разрешения и характеристика открытого хроматина в геноме». Клетка. 132 (2): 311–22. Дои:10.1016 / j.cell.2007.12.014. ЧВК  2669738. PMID  18243105.
  55. ^ а б He HH, Meyer CA, Hu SS, Chen MW, Zang C, Liu Y и др. (Январь 2014). «Уточненный протокол DNase-seq и анализ данных выявляют внутреннюю предвзятость при идентификации следа фактора транскрипции». Методы природы. 11 (1): 73–78. Дои:10.1038 / nmeth.2762. ЧВК  4018771. PMID  24317252.
  56. ^ а б c Купер Дж., Дин И, Сон Дж, Чжао К. (ноябрь 2017 г.). «Полногеномное картирование участков гиперчувствительности к ДНКазе I в редких популяциях клеток с использованием секвенирования одноклеточной ДНКазы». Протоколы природы. 12 (11): 2342–2354. Дои:10.1038 / nprot.2017.099. PMID  29022941. S2CID  7993995.
  57. ^ Турман Р. Э., Райнс Э., Хумберт Р., Виерстра Дж., Морано М. Т., Хауген Э. и др. (Сентябрь 2012 г.). «Доступный хроматиновый ландшафт генома человека». Природа. 489 (7414): 75–82. Bibcode:2012Натура 489 ... 75 т. Дои:10.1038 / природа11232. ЧВК  2828505. PMID  22955617.
  58. ^ Голтон К.Дж., Наммо Т., Паскуали Л., Саймон Дж. М., Гиреси П. Г., Фогарти М. П. и др. (Март 2010 г.). «Карта открытого хроматина в островках поджелудочной железы человека». Природа Генетика. 42 (3): 255–9. Дои:10,1038 / нг. 530. ЧВК  2828505. PMID  20118932.
  59. ^ Саймон Дж. М., Гиреси П. Г., Дэвис И. Дж., Либ Дж. Д. (январь 2012 г.). «Использование формальдегида для выделения регуляторных элементов (FAIRE) для выделения активной регуляторной ДНК». Протоколы природы. 7 (2): 256–67. Дои:10.1038 / nprot.2011.444. ЧВК  3784247. PMID  22262007.
  60. ^ Corces MR, Buenrostro JD, Wu B, Greenside PG, Chan SM, Koenig JL и др. (Октябрь 2016 г.). «Диаграммы доступности хроматина для конкретных линий и одноклеточного хроматина, эволюция гемопоэза и лейкемии человека». Природа Генетика. 48 (10): 1193–203. Дои:10,1038 / нг.3646. ЧВК  5042844. PMID  27526324.
  61. ^ Буэнростро Дж. Д., Ву Б., Литценбургер У. М., Рафф Д., Гонсалес М. Л., Снайдер М. П. и др. (Июль 2015 г.). «Доступность одноклеточного хроматина раскрывает принципы регуляторной изменчивости». Природа. 523 (7561): 486–90. Bibcode:2015Натура.523..486Б. Дои:10.1038 / природа14590. ЧВК  4685948. PMID  26083756.