NFKBID - NFKBID

NFKBID
Идентификаторы
ПсевдонимыNFKBID, IkappaBNS, TA-NFKBH, дельта-ингибитор NFKB, IkBNS
Внешние идентификаторыMGI: 3041243 ГомолоГен: 13101 Генные карты: NFKBID
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение для NFKBID
Геномное расположение для NFKBID
Группа19q13.12Начинать35,887,653 бп[1]
Конец35,902,303 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_139239
NM_001321831
NM_001365705
NM_001365706
NM_032721

NM_172142
NM_001360906
NM_001360907

RefSeq (белок)

NP_001308760
NP_640332
NP_001352634
NP_001352635
NP_116110

NP_742154
NP_001347835
NP_001347836

Расположение (UCSC)Chr 19: 35,89 - 35,9 МбChr 7: 30.42 - 30.43 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Ядерный фактор усилителя гена каппа-легкого полипептида в ингибиторе В-клеток, дельта также известный как IκBNS, является белок у людей, который кодируется NFKBID ген.[5]

IκBNS является членом атипичных ингибиторов NF-κB (также называемых ядерными IκB). NF-κB это фактор транскрипции, который регулирует экспрессию своих генов-мишеней в зависимости от внутриклеточных и внеклеточных сигналов. Поскольку NFKBID влияет на влияние NF-κB на несколько генов, он участвует в клеточных ответах на стимулы, такие как стресс и бактериальные или вирусные антигены.

Структура

NFKBID - это ядерный белок с 327 аминокислотами. Он содержит шесть Анкирин повторяет (АНК), которые окружены сигнал ядерной локализации последовательность (NLS) на N-конец и короткий C-конец.[6][7] АНК характерны для всех белков IκB. NLS является дополнительным характерным структурным элементом только атипичных белков IκB, который отвечает за локализацию белка в ядре. В отличие от классических ингибиторов, например IκBα и IκBβ расположены в цитоплазме. Структура NFKBID с высоким разрешением пока недоступна.

Схема NFKBID. Он состоит из шести анкириновых доменов (ANK - синий) и сигнальной последовательности ядерной локализации (NLS - зеленый).

Функция

Похоже, что NFKBID действует как ингибитор каскада NF-κB. По своим функциям, включая стимулирование реакций зародышевого центра и его потребность в имуносупрессивный регуляторные Т-клетки поколения, NFKBID регулирует гомеостаз иммунной системы и оказывает на нее различные последствия.[6] Кроме того, NFKBID существенно влияет на В-клетки и плазматические клетки в отношении их функций и развития.[8]

Экспрессия NFKBID точно регулируется. После активации NF-κB атипичные IκB индуцируются фактором транскрипции. [7] Атипичные IκB, в свою очередь, могут регулировать транскрипцию NF-κB как индукторы или ингибиторы. Напротив, классические белки могут репрессировать только транскрипцию NF-κB.[6]В зрелых Т-клетках (CD4 +) Рецептор Т-клеток (TCR) стимуляция может вызывать экспрессию NFKBID, тогда как в макрофаги, Лиганды TLR взять на себя эту задачу.[9][10]

Чтобы влиять на транскрипцию генов, NFKBID имеет некоторых белковых партнеров взаимодействия. Сообщалось, что NFKBID взаимодействует с p50, которая является субъединицей NF-κB, p52, p65, RelB, и c-Rel. NFKBID связывает эти белки только в ядре, за исключением p50, который может связываться как в цитоплазме, так и в ядре. [11][12]Исследователи предполагают, что помимо этого, NFKBID также может взаимодействовать с гомо- и гетеродимерами, состоящими из некоторых из этих субъединиц, например p50 / p50 и p65 / p50.[13] В зависимости от гена-мишени и от того, какой белок связывается NFKBID, он может функционировать как репрессор, так и активатор.

Модель взаимодействия NFKBID (фиолетовый) с гомодимером p50 (зеленый и синий), связанным с ДНК (красный). Комплекс исследован с помощью экспериментов по молекулярному стыковке. Комплекс NFKBID-p50 / p50 электростатически взаимодействует с фосфатами основной цепи ДНК. Следовательно, белковый комплекс не может выйти из ядра. В основном положительно заряженная поверхность NFKBID рядом с ДНК блокирует обмен димера p50 / p50 с другими димерами, которые активируют факторы транскрипции.[13]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000167604 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036931 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "Ген Entrez: Ядерный фактор усилителя гена легкого полипептида каппа в ингибиторе B-клеток, дельта".
  6. ^ а б c Шустер М, Аннеманн М, Plaza-Sirvent C, Schmitz I (2013). «Атипичные белки IκB - ядерные модуляторы передачи сигналов NF-κB». Сигнал сотовой связи. 11 (1): 23. Дои:10.1186 / 1478-811X-11-23. ЧВК  3639191. PMID  23578005.
  7. ^ а б Чиба Т, Иноко Х, Кимура М, Сато Т (2013). «Роль ядерных IκBs в регуляции воспаления». Биомольные концепции. 4 (2): 187–96. Дои:10.1515 / bmc-2012-0039. PMID  25436575. S2CID  4544736.
  8. ^ Touma M, Keskin DB, Shiroki F, Saito I., Koyasu S, Reinherz EL, Clayton LK (2011). «Нарушение развития и функции В-клеток в отсутствие IkappaBNS». J. Immunol. 187 (8): 3942–52. Дои:10.4049 / jimmunol.1002109. ЧВК  3348541. PMID  21900180.
  9. ^ Шустер М., Глаубен Р., Плаза-Сирвент С., Шрайбер Л., Аннеманн М., Флесс С., Кюль А.А., Клейтон Л.К., Спарвассер Т., Шульце-Остхофф К., Пфеффер К., Хьюн Дж., Зигмунд Б., Шмитц I (2012). «Белок IκB (NS) опосредует развитие регуляторных Т-клеток посредством индукции фактора транскрипции Foxp3». Иммунитет. 37 (6): 998–1008. Дои:10.1016 / j.immuni.2012.08.023. PMID  23200824.
  10. ^ Кувата Х., Мацумото М., Атараси К., Моришита Х., Хиротани Т., Кога Р., Такеда К. (2006). «IkappaBNS ингибирует индукцию подмножества Toll-подобных рецептор-зависимых генов и ограничивает воспаление». Иммунитет. 24 (1): 41–51. Дои:10.1016 / j.immuni.2005.11.004. PMID  16413922.
  11. ^ Хиротани Т., Ли П.Й., Кувата Х., Ямамото М., Мацумото М., Кавасе И., Акира С., Такеда К. (2005). «Ядерный белок IkappaB IkappaBNS селективно ингибирует индуцированное липополисахаридом производство IL-6 в макрофагах собственной пластинки толстой кишки». J. Immunol. 174 (6): 3650–7. Дои:10.4049 / jimmunol.174.6.3650. PMID  15749903.
  12. ^ Фиорини Е., Шмитц И., Мариссен В.Е., Осборн С.Л., Тома М., Сасада Т., Рече П.А., Тибальди Е.В., Хасси Р.Э., Круисбек А.М., Рейнхерц Е.Л., Клейтон Л.К. (2002). «Пептид-индуцированный отрицательный отбор тимоцитов активирует транскрипцию ингибитора NF-каппа B». Мол. Клетка. 9 (3): 637–48. Дои:10.1016 / с1097-2765 (02) 00469-0. PMID  11931770.
  13. ^ а б Манавалан Б., Басит С., Чой Ю.М., Ли Г., Цой С. (2010). «Взаимосвязь структуры и функции цитоплазматических и ядерных белков IκB: анализ in silico». PLOS ONE. 5 (12): e15782. Дои:10.1371 / journal.pone.0015782. ЧВК  3009747. PMID  21203422.