PRPF19 - PRPF19

PRPF19
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4LG8
Идентификаторы
Псевдонимы	PRPF19, NMP200, PRP19, PSO4, SNEV, UBOX4, hPSO4, фактор процессинга пре-мРНК 19
Внешние идентификаторы	OMIM: 608330 MGI: 106247 ГомолоГен: 6421 Генные карты: PRPF19
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q12.2 Начните 60,890,547 бп[1] Конец 60,906,585 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 19 (мышь)[2] Группа 19 А | 19 7,33 см Начните 10,895,231 бп[2] Конец 10,909,559 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 1904264, GO: 1904822, GO: 0090622, GO: 0090302 активность убиквитин-протеинлигазы • активность убиквитин-протеинтрансферазы • активность убиквитин-убиквитинлигазы • GO: 0001948 связывание с белками • идентичное связывание с белками • трансферазная активность Сотовый компонент • место двухцепочечного разрыва • ядерное пятнышко • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • мембрана • липидная капля • шпиндель • Прп19 комплекс • Комплекс фактора репликации ДНК А • сплайсосомальный комплекс • цитоскелет • ядро клетки • цитоплазма • нуклеоплазма • Каталитическая сплайсосома стадии 1 U2 • Каталитическая сплайсосома 2-го типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • сплайсосомная сборка комплекса три-мяРНП • процесс биосинтеза липидов • отрицательная регуляция дифференцировки нейронов • положительная регуляция дифференцировки астроцитов • положительная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • убиквитинирование, связанное с белком K63 • обработка мРНК • полиубиквитинирование белков • пролиферация клеток внутренней клеточной массы • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • локализация клеточного белка • сборка сплайсосомального комплекса • передача сигнала, участвующая в контрольной точке повреждения ДНК • убиквитинирование белков • катаболический процесс протеасомного белка • транскрипционно-связанная эксцизионная репарация нуклеотидов • восстановление двухниточного разрыва за счет негомологичного соединения концов • Ремонт ДНК • Сплайсинг РНК • создание каталитических сплайсосом для первой стадии переэтерификации • положительная регуляция дифференцировки нейронов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	27339	28000
Ансамбль	ENSG00000110107	ENSMUSG00000024735
UniProt	Q9UMS4	Q99KP6
RefSeq (мРНК)	NM_014502	NM_001253843 NM_001253844 NM_134129
RefSeq (белок)	NP_055317	NP_001240772 NP_001240773 NP_598890
Расположение (UCSC)	Chr 11: 60,89 - 60,91 Мб	Chr 19: 10.9 - 10.91 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор пре-мРНК-процессинга 19 это белок что у людей кодируется PRPF19 ген.^[5][6]

У S. cerevisiae Pso4 выполняет плейотропные функции в рекомбинации ДНК и в подверженной ошибкам репарации ДНК с негомологичным соединением концов [предоставлено OMIM]^[6]

Взаимодействия

PRPF19 был показан взаимодействовать с участием CDC5L.^[7]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000110107 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000024735 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Махаджан К.Н., Митчелл Б.С. (сентябрь 2003 г.). «Роль человеческого Pso4 в репарации ДНК млекопитающих и ассоциации с терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазой». Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (19): 10746–51. Bibcode:2003ПНАС..10010746М. Дои:10.1073 / pnas.1631060100. ЧВК  196874. PMID  12960389.
6. «Ген Entrez: PRPF19 PRP19 / PSO4, гомолог фактора 19 процессинга пре-мРНК (S. cerevisiae)».
7. Ajuh, P; Kuster B; Панов К; Zomerdijk J C; Mann M; Ламонд А. I (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». EMBO J. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ISSN  0261-4189. ЧВК  305846. PMID  11101529.

дальнейшее чтение

• Гернер С., Хольцманн К., Мейснер М. и др. (1999). «Сборка белков и шаперонов во фракциях белков ядерного матрикса человека». J. Cell. Биохим. 74 (2): 145–51. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19990801) 74: 2 <145 :: AID-JCB1> 3.0.CO; 2- #. PMID  10404385.
• Гоцманн Дж., Гернер С., Мейснер М. и др. (2000). «hNMP 200: новый человеческий белок общего ядерного матрикса, сочетающий структурные и регуляторные функции». Exp. Cell Res. 261 (1): 166–79. Дои:10.1006 / excr.2000.5025. PMID  11082287.
• Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х. и др. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID  11790298. S2CID  14132033.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Scherl A, Couté Y, Déon C и др. (2003). «Функциональный протеомный анализ ядрышка человека». Мол. Биол. Ячейка. 13 (11): 4100–9. Дои:10.1091 / mbc.E02-05-0271. ЧВК  133617. PMID  12429849.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Макарова О.В., Макаров Е.М., Урлауб Х. и др. (2004). «Подмножество белков 35S U5 человека, включая Prp19, функционирует до каталитической стадии 1 сплайсинга». EMBO J. 23 (12): 2381–91. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600241. ЧВК  423283. PMID  15175653.
• Джин Дж., Смит Ф. Д., Старк С. и др. (2004). «Протеомный, функциональный и доменный анализ in vivo 14-3-3 связывающих белков, участвующих в регуляции цитоскелета и клеточной организации». Curr. Биол. 14 (16): 1436–50. Дои:10.1016 / j.cub.2004.07.051. PMID  15324660. S2CID  2371325.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Bibcode:2005Натура 433 ... 77А. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Löscher M, Fortschegger K, Ritter G, et al. (2005). "Взаимодействие SNEV U-box E3 лигазы с PSMB4, субъединицей beta7 20 S протеасомы". Biochem. J. 388 (Pt 2): 593–603. Дои:10.1042 / BJ20041517. ЧВК  1138967. PMID  15660529.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Чжан Н., Каур Р., Лу Х и др. (2006). «Комплекс сплайсинга мРНК Pso4 и репарации ДНК взаимодействует с WRN для обработки межцепочечных перекрестных связей ДНК». J. Biol. Chem. 280 (49): 40559–67. Дои:10.1074 / jbc.M508453200. PMID  16223718.
• Гриллари Дж., Аджух П., Стадлер Дж. И др. (2005). «SNEV - это эволюционно консервативный фактор сплайсинга, олигомеризация которого необходима для сборки сплайсосом». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (21): 6868–83. Дои:10.1093 / нар / gki986. ЧВК  1310963. PMID  16332694.
• Фоглауэр Р., Чанг М.В., Дампир Б. и др. (2006). «Сверхэкспрессия SNEV увеличивает продолжительность жизни эндотелиальных клеток человека». Exp. Cell Res. 312 (6): 746–59. Дои:10.1016 / j.yexcr.2005.11.025. PMID  16388800.
• Лу X, Легерски Р.Дж. (2007). «Ядерный комплекс Prp19 / Pso4 подвергается убиквитилированию и структурным изменениям в ответ на повреждение ДНК». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 354 (4): 968–74. Дои:10.1016 / j.bbrc.2007.01.097. ЧВК  1810354. PMID  17276391.
• Фортшеггер К., Вагнер Б., Фоглауэр Р. и др. (2007). «Ранняя эмбриональная летальность мышей, лишенных необходимого белка SNEV». Мол. Cell. Биол. 27 (8): 3123–30. Дои:10.1128 / MCB.01188-06. ЧВК  1899945. PMID  17283042.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.