PRPF4B - PRPF4B

PRPF4B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4ЯН, 4IFC, 4IIR, 4IJP
Идентификаторы
Псевдонимы	PRPF4B, PR4H, PRP4, PRP4H, PRP4K, dJ1013A10.1, фактор процессинга пре-мРНК 4B
Внешние идентификаторы	OMIM: 602338 MGI: 109584 ГомолоГен: 134085 Генные карты: PRPF4B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек)[1] Группа 6п25.2 Начните 4,021,267 бп[1] Конец 4,064,983 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 13 (мышь)[2] Группа 13 | 13 A3.3 Начните 34,875,302 бп[2] Конец 34,906,064 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • киназная активность • трансферазная активность • активность протеинкиназы • активность протеин-серин / треонинкиназы • связывание нуклеотидов • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание АТФ • активность циклин-зависимой протеин-серин / треонинкиназы • Связывание РНК Сотовый компонент • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • хромосома • ядерное пятнышко Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • фосфорилирование белков • обработка мРНК • Сплайсинг РНК • фосфорилирование Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	8899	19134
Ансамбль	ENSG00000112739	ENSMUSG00000021413
UniProt	Q13523	Q61136
RefSeq (мРНК)	NM_003913 NM_176800	NM_013830
RefSeq (белок)	NP_003904	NP_038858
Расположение (UCSC)	Chr 6: 4.02 - 4.06 Мб	Chr 13: 34,88 - 34,91 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гомолог серин / треонин-протеинкиназы PRP4 является фермент что у людей кодируется PRPF4B ген.^[5][6][7]

Сплайсинг пре-мРНК происходит в два последовательных этапа переэтерификации, и считается, что белок, кодируемый этим геном, участвует в сплайсинге пре-мРНК и в передаче сигнала. Этот белок принадлежит к семейству киназ, которое включает богатые серином / аргинином протеин-специфические киназы и циклин-зависимые киназы (CDK). Этот белок рассматривается как CDK-подобная киназа (Clk) с гомологией с митоген-активированными протеинкиназами (MAPK).^[7]

Взаимодействия

PRPF4B был показан взаимодействовать с участием Пинин.^[8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000112739 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021413 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Нагасе Т., Исикава К., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О. (август 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. IX. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые могут кодировать большие белки in vitro». ДНК Res. 5 (1): 31–9. Дои:10.1093 / днарес / 5.1.31. PMID  9628581.
6. Кодзима Т., Зама Т., Вада К., Оноги Х., Хагивара М. (август 2001 г.). «Клонирование человеческого PRP4 обнаруживает взаимодействие с Clk1». J Biol Chem. 276 (34): 32247–56. Дои:10.1074 / jbc.M103790200. PMID  11418604.
7. «Ген Entrez: PRPF4B PRP4, гомолог B фактора 4 процессинга пре-мРНК (дрожжи)».
8. Деллер, Грэм; Макаров Евгений М; Каугер Джефф Дж. М.; Лунман Даса; Сазерленд Хайди Дж. Э .; Люрманн Райнхард; Торкиа Джозеф; Бикмор Венди А (июль 2002 г.). «Киназа PRP4 млекопитающих коочистит и взаимодействует с компонентами комплексов как U5 snRNP, так и N-CoR деацетилазы». Мол. Cell. Биол. Соединенные Штаты. 22 (14): 5141–56. Дои:10.1128 / MCB.22.14.5141-5156.2002. HDL:11858 / 00-001M-0000-0029-BC76-A. ISSN  0270-7306. ЧВК  139773. PMID  12077342.

дальнейшее чтение

• Шульц SJ, Нигг EA (1994). «Идентификация 21 новой протеинкиназы человека, включая 3 члена семейства, связанного с регулятором клеточного цикла nimA Aspergillus nidulans». Рост клеток отличается. 4 (10): 821–30. PMID  8274451.
• Гросс Т., Лютцельбергер М., Вейгманн Х. и др. (1997). «Функциональный анализ протеинкиназы Prp4 делящихся дрожжей, участвующей в сплайсинге пре-мРНК и выделении предполагаемого гомолога млекопитающих». Нуклеиновые кислоты Res. 25 (5): 1028–35. Дои:10.1093 / nar / 25.5.1028. ЧВК  146536. PMID  9102632.
• Хуанг И, Дэн Т., Уинстон Б.В. (2000). «Характеристика активации киназы hPRP4: потенциальная роль в передаче сигналов». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 271 (2): 456–63. Дои:10.1006 / bbrc.2000.2651. PMID  10799319.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Деллер Дж., Макаров Э.М., Каугер Дж. Дж. И др. (2002). «Киназа PRP4 млекопитающих коочистит и взаимодействует с компонентами комплексов как U5 snRNP, так и N-CoR деацетилазы». Мол. Cell. Биол. 22 (14): 5141–56. Дои:10.1128 / MCB.22.14.5141-5156.2002. ЧВК  139773. PMID  12077342.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С. и др. (2005). «Характеристика транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Nat. Биотехнология. 22 (6): 707–16. Дои:10.1038 / nbt971. PMID  15146197. S2CID  27764390.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Беннетт Э.М., Левер А.М., Аллен Дж. Ф. (2004). "Gag вируса иммунодефицита человека типа 2 специфически взаимодействует с PRP4, серин-треонинкиназой и ингибирует фосфорилирование фактора сплайсинга SF2". Дж. Вирол. 78 (20): 11303–12. Дои:10.1128 / JVI.78.20.11303-11312.2004. ЧВК  521795. PMID  15452250.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А. и др. (2005). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Nat. Биотехнология. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455. S2CID  7200157.
• Чжан Ю., Вольф-Ядлин А., Росс П.Л. и др. (2005). «Масс-спектрометрия с временным разрешением сайтов фосфорилирования тирозина в сигнальной сети рецептора эпидермального фактора роста выявляет динамические модули». Мол. Cell. Протеомика. 4 (9): 1240–50. Дои:10.1074 / mcp.M500089-MCP200. PMID  15951569.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
• Nousiainen M, Silljé HH, Sauer G, et al. (2006). «Фосфопротеомный анализ митотического веретена человека». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 103 (14): 5391–6. Bibcode:2006PNAS..103.5391N. Дои:10.1073 / pnas.0507066103. ЧВК  1459365. PMID  16565220.
• Босолей С.А., Виллен Дж., Гербер С.А. и др. (2006). «Вероятностный подход к высокопроизводительному анализу фосфорилирования белков и локализации сайтов». Nat. Биотехнология. 24 (10): 1285–92. Дои:10.1038 / nbt1240. PMID  16964243. S2CID  14294292.
• Олсен Ю.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
• Хуанг Б., Ан Ю.Т., Макферсон Л. и др. (2007). «Взаимодействие PRP4 с Krüppel-подобным фактором 13 регулирует транскрипцию CCL5». J. Immunol. 178 (11): 7081–7. Дои:10.4049 / jimmunol.178.11.7081. ЧВК  2674583. PMID  17513757.