Quaranjavirus - Quaranjavirus - Wikipedia

Quaranjavirus
Вирус Cygnet River
Вирус Cygnet River
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Негарнавирикота
Учебный класс:Insthoviricetes
Заказ:Articulavirales
Семья:Ортомиксовирусы
Род:Quaranjavirus
Типовой вид
Quaranfil quaranjavirus
Разновидность[1]

Quaranjavirus это род из окутанный РНК-вирусы, один из семи родов в вирус семья Ортомиксовирусы. В геном является одноцепочечный, отрицательный смысл сегментированный РНК, как правило, с шестью сегментами. Каранфил вирус является типовым видом, и в род также входят виды Вирус атолла Джонстон; было предложено содержать виды или штаммы, включая вирус Cygnet River, вирус озера Чад, вирус Tyulek и вирус Wellfleet Bay.[нужна цитата ] Каранджавирусы преимущественно заражают членистоногие и птицы; По состоянию на март 2015 г., Quaranfil quaranjavirus является единственным представителем этого рода, который может инфицировать людей. В Quaranfil и Атолл Джонстон вирусы передаются между позвоночные к клещи, напоминающие членов Тоготовирус, другой род Ортомиксовирусы.

История

Каранфил вирус был впервые изолирован от людей в Египет в 1953 г.[2] Вирус атолла Джонстон и вирус озера Чад были впервые выделены от птиц в 1964 и 1969 годах соответственно.[3] В 1989 г. на основании появления вирусных частиц под электронный микроскоп, Х.Г. Зеллер и его коллеги предложили классифицировать их как аренавирусы,[4] но это не было принято Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV).[5][6] В 2009 году, основываясь на данных о последовательности и структуре вирусных частиц, Рэйчел Прести и его коллеги предложили классифицировать три вируса как новый род вирусов. ортомиксовирусы, первоначально названный «Quarjavirus».[3] Впоследствии многие другие вирусы были предложены в качестве членов рода.[7][8][9][10] Род был официально предложен ICTV в 2012 году под названием «Quaranjavirus»,[2] и официально утверждены этим органом в 2013 году.[11][12]

Номенклатура

Каранфил вирус назван в честь Quaranfil, одна из деревень рядом Каир из которого был изолирован вирус. В Вирус атолла Джонстон назван в честь Атолл Джонстон в Тихий океан, также там, где вирус был впервые изолирован.[2][3] Название рода объединяет «Quaran» с «ja» для JОнстон Апотери.[2]

Вирусология

Вирусная частица окутанный и сферической, яйцевидной или переменной формы с диаметром, как правило, в диапазоне 80–120нм.[4][13][14] В вирусной частице содержится около десяти рибосома -подобные гранулы, особенность аренавирусов.[4] Он имеет поверхностные выступы длиной 4–5 нм.[4] длиной 10–14 нм и диаметром 4–6 нм.[14]

В одноцепочечный, –РНК геном является линейным и сегментированным, обычно с шестью сегментами размером 0,9–2,4 т.п.н. и общим размером около 11,5 т.п.н.[14] Вирус Wellfleet Bay имеет седьмой сегмент 519нуклеотиды.[9] Геном кодирует шесть или (в вирусе Wellfleet Bay) семь белков. Субъединицы PA, PB1 и PB2 тримерного РНК-полимераза Фермент кодируется тремя самыми большими сегментами (1–3), как и в других ортомиксовирусах. Сегмент 5 кодирует конверт гликопротеин (ГП). Белки неизвестной функции кодируются сегментами 4 и 6,[2][13][14] которые недавно были предварительно отнесены к вирусным нуклеопротеин и матричный белок, соответственно.[9] Сегмент 7 вируса Wellfleet Bay кодирует дополнительный белок неизвестной функции.[9] Гликопротеин каранджавируса не имеет сходства с вирус гриппа гликопротеины (гемагглютинин и нейраминидаза ), а вместо этого показывает некоторое сходство с гликопротеином gp64 бакуловирусы, поражающие насекомых, а также гликопротеин тоготовирусы, род ортомиксовирусов, передающихся клещами.[2]

Цикл репликации Каранфил вирус занимает около 24–36 часов, что сопоставимо с тоготовирусами и медленнее, чем с вирусами гриппа.[3]

Диапазон хозяев и болезнь

Каранявирусы заражают оба членистоногие и позвоночное животное хосты. Чаще всего хозяевами членистоногих являются виды мягкотелых (Аргасиды семья) клещи.[9] Большинство участников не могут заразить комар клеточные линии в лаборатории.[9] В 2015 году было предложено несколько новых представителей этого рода на основе последовательностей РНК, полученных от комаров, мухи, Другой насекомые, а Neoscona паук.[10]

Водные птицы, гнездящиеся колониями, являются наиболее частыми хозяевами позвоночных, в том числе олуши, крачки и цапли.[9] Вирусы Cygnet River и Wellfleet Bay были связаны с часто смертельным заболеванием у сельскохозяйственных и диких животных. утка виды, с симптомами, включая понос и летаргия.[7][9] Большинство протестированных представителей рода могут инфицировать мышей в лабораторных условиях; они вызывают тяжелую патологию и часто приводят к летальному исходу.[3][4] Каранфил вирус является единственным представителем этого рода, который инфицировал людей; Как правило, инфекция протекает бессимптомно, а иногда сообщается, что она связана с легкой лихорадкой.[2][3]

Виды и сорта

Два вида были подтверждены ICTV, Каранфил вирус (типовой вид) и Вирус атолла Джонстон.[15] Виды или штаммы вируса Cygnet River, вируса озера Чад, вируса Tyulek и вируса Wellfleet Bay также были предложены для принадлежности к этому роду;[3][7][8][9] еще тринадцать видов или штаммов, наиболее тесно связанных с Вирус атолла Джонстон были идентифицированы из ряда членистоногие на основе данных РНК.[10]

Виды / штаммСегменты РНКДиаметр (нм)ВекторыХозяева позвоночныхРаспределениеRef.
Cygnet Riverмускусная уткаАвстралия[7]
Атолл Джонстон165–200Орнитодорос клещиКурица, мышьАвстралазия, Тихий океан[3][4]
Озеро ЧадМышь, желточная птица-ткач в маскеАфрика[3]
Quaranfil≥6100 или 137–156Аргас клещиМышь, человек, морские птицыАфрика, Азия[3][4]
Тюлек6Аргас клещиАзия[8][9]
Wellfleet Bay≥790–110Гага обыкновеннаяСеверная Америка[9]

Типовой вид выделен жирным шрифтом.

Филогенное дерево, показывающее Каранфил вирус, Вирус Cygnet River и отдельные ортомиксовирусы на основе матричного белка

Каранфил вирус и родственные штаммы

Каранфил вирус был первоначально изолирован в 1953 году от двух детей с легкой лихорадкой в ​​деревнях Каранфил и Синдбис, недалеко от Каира в Египте.[2][3] Антитела к вирусу были продемонстрированы примерно у 8% людей, отобранных в этом районе, хотя о других случаях симптоматического заболевания не сообщалось. География распространения вируса обширна, в том числе Нигерия и Южная Африка в Африке и Афганистан, Ирак, Иран, Кувейт и Йемен на Ближнем Востоке и в Азии. Вирус также был изолирован от морских птиц и клещей, таких как мягкий Argas arboreus.[3] Доказано, что вирус передается между позвоночными клещами.[2] В лабораторных условиях он вызывает у мышей тяжелое заболевание.[3][4]

Вирус Cygnet River и Wellfleet Bay

Вирус Cygnet River был выделен в 2010 г. из яиц с эмбрионами мускусная утка (Cairina moschate) из Cygnet River, Остров Кенгуру в Австралии. Вирус был связан со вспышкой тяжелого заболевания у сельскохозяйственных уток.[7]

Вирус Wellfleet Bay был выделен из диких обыкновенные гаги (Somateria mollissima) зимует в Джереми Поинт, Wellfleet Bay в Кейп-Код, Массачусетс, СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. Вирус был связан со вспышкой тяжелого заболевания в 2010 году и, как предполагается, был одним из факторов серии аналогичных вспышек в 1998–2013 годах.[9]

Два вируса тесно связаны и могут быть штаммами одного и того же вируса; они также связаны с Каранфил вирус.[7][9]

Филогенное дерево, показывающее Каранфил вирус, Вирус атолла Джонстон, предполагаемые штаммы членистоногих (красный) и отдельные ортомиксовирусы

Вирус озера Чад

Вирус озера Чад был выделен в 1969 г. желточная птица-ткач в маске (Ploceus vitellinus) из Озеро Чад в Нигерия, и еще не изолирован где-либо еще.[3][9] В лабораторных условиях вирус вызывает тяжелое заболевание у мышей. Это наиболее тесно связано с Каранфил вирус.[3]

Вирус атолла Джонстон

Вирус атолла Джонстон был впервые выделен в 1964 г. из мягкотелых Ornithodoros capensis клещи, заражающие коричневая крачка (Анус столидус) с Песчаного острова, Атолл Джонстон, в Тихом океане. В его ассортимент также входят Гавайи, Австралия и Новая Зеландия.[3] Доказано, что вирус передается между позвоночными клещами.[2] В лабораторных условиях он вызывает тяжелые заболевания у мышей и цыплят.[3][4]

Тюлек вирус

Вирус Тюлек выделен из мягкотелого Аргас обыкновенный клещи, поражающие птиц Река Аксу возле села Тюлек в Кыргызстан. Вирус тесно связан с обоими Quaranfil и Атолл Джонстон вирусы.[8]

Другие предполагаемые штаммы

Тринадцать последовательностей РНК с 34-40% идентичностью последовательностей Вирус атолла Джонстон были идентифицированы в насекомые и пауки в Китай. Предполагаемые хосты включают Neoscona nautica (паук), Атеригона восточная (перец плодовая муха), Chrysomya megacephala (восточная уборная муха), Саркофага (плоть летит), Musca domestica (комнатная муха), Culex tritaeniorhynchus, С. quinquefasciatus, Anopheles sinensis и Armigeres subalbatus (комары), Psychoda alternata (мотылек), Гиппобоскоидеи (вши), а также неустановленные виды в Табаниды (муха), Gerridae (водомер) и Stratiomyidae (солдат летит) группы.[10] Около 50 вирусов, связанных с Ортомиксовирусы были идентифицированы у широкого круга насекомых-хозяев после компьютерного вирусного скрининга самой большой коллекции транскриптомов насекомых, отобранной во всем мире.[16] Ортомиксовирусы -связанные вирусы были впервые обнаружены у насекомых-хозяев, таких как Raphidioptera, Dermaptera, Археогнатха, Neuroptera, Фазматода, Zygentoma, и Чешуекрылые.[16] Эти результаты помещают Quaranjavirus в парафилетическом положении по отношению к другим вирусам Ортомиксовирусы с последствиями для таксономических оценок и эволюции вирусов.

Рекомендации

  1. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2018b» (HTML). Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2019 г.. Получено 4 июн 2019.
  2. ^ а б c d е ж грамм час я j МакКоули Дж. У., Хонго С., Каверин Н. В., Кохс Г., Лэмб Р. А. и др. (2012). "Создайте 2 новых вида в предлагаемом новом роде. Quaranjavirus" (PDF). Международный комитет по таксономии вирусов. Архивировано из оригинал (PDF) 2 апреля 2015 г.. Получено 12 марта 2015.
  3. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q Прести Р.М., Чжао Г., Битти В.Л., Михиндукуласурия К.А., да Роса А.П., Попов В.Л. и др. (Ноябрь 2009 г.). "Вирусы Quaranfil, атолла Джонстон и озера Чад - новые члены семейства Ортомиксовирусы". Журнал вирусологии. 83 (22): 11599–606. Дои:10.1128 / JVI.00677-09. ЧВК  2772707. PMID  19726499.
  4. ^ а б c d е ж грамм час я Зеллер Х.Г., Карабацос Н., Калишер С.Х., Digoutte JP, Мерфи Ф.А., Шоп RE (1989). «Электронная микроскопия и антигенные исследования не охарактеризованных вирусов. I. Доказательства, подтверждающие отнесение вирусов к семействам Arenaviridae, Paramyxoviridae или Poxviridae». Архив вирусологии. 108 (3–4): 191–209. Дои:10.1007 / bf01310934. PMID  2690775. S2CID  37237884.
  5. ^ Бюхен-Осмонд С., изд. (2006). «Индекс вирусов - Arenaviridae». ICTVdB - Универсальная база данных вирусов, версия 4. Колумбийский университет. Архивировано из оригинал 10 марта 2015 г.. Получено 16 марта 2015.
  6. ^ Бюхен-Осмонд С., изд. (2006). «Индекс вирусов - неназначенные вирусы». ICTVdB - Универсальная база данных вирусов, версия 4. Колумбийский университет. Архивировано из оригинал 26 апреля 2013 г.. Получено 16 марта 2015.
  7. ^ а б c d е ж Кессел А., Хаятт А., Леманн Д., Шан С., Крамери С., Холмс С. и др. (Декабрь 2012 г.). «Вирус Cygnet River, новый ортомиксовирус уток, Австралия». Возникающие инфекционные заболевания. 18 (12): 2044–6. Дои:10.3201 / eid1812.120500. ЧВК  3557875. PMID  23171630.
  8. ^ а б c d Львов ДК; Альховский С.В.; Щелканов М.И. Щетинин AM; Дерябин PG; и другие. (2014). "[Таксономический статус вируса Тюлек (TLKV) (Orthomyxoviridae, Quaranjavirus, группа Quaranfil), выделенного от клещей Аргас обыкновенный Филиппова, 1961 г. (Аргасиды) из биотопов птичьих нор Кыргызстана] ». Вопросы вирусологии (на русском). 59: 28–32.
  9. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п Эллисон А.Б., Баллард Дж. Р., Теш Р. Б., Браун Дж. Д., Рудер М. Г., Кил М.К. и др. (Январь 2015 г.). «Циклическая массовая смертность птиц на северо-востоке США связана с новым ортомиксовирусом». Журнал вирусологии. 89 (2): 1389–403. Дои:10.1128 / JVI.02019-14. ЧВК  4300652. PMID  25392223.
  10. ^ а б c d Ли СХ, Ши М., Тиан Дж. Х., Линь Х. Д., Кан Й. Дж., Чен Л Дж. И др. (Январь 2015 г.). «Беспрецедентное геномное разнообразие РНК-вирусов у членистоногих свидетельствует о происхождении РНК-вирусов с отрицательным смыслом». eLife. 4: e05378. Дои:10.7554 / elife.05378. ЧВК  4384744. PMID  25633976.
  11. ^ «История таксономии ICTV для Quaranjavirus». Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 16 марта 2015.
  12. ^ Адамс MJ, King AM, Carstens EB (сентябрь 2013 г.). «Голосование по ратификации таксономических предложений в Международный комитет по таксономии вирусов (2013 г.)». Архив вирусологии. 158 (9): 2023–30. Дои:10.1007 / s00705-013-1688-5. PMID  23580178.
  13. ^ а б «Каранджавирус». ViralZone. Швейцарский институт биоинформатики. Архивировано из оригинал 28 февраля 2015 г.. Получено 14 марта 2015.
  14. ^ а б c d «Заметки о роде: Quaranjavirus». Описание вирусов растений. Rothamsted Research. Получено 14 марта 2015.
  15. ^ "Список основных видов ICTV 2014 v2". Международный комитет по таксономии вирусов. 2014. Получено 12 марта 2015.
  16. ^ а б Кефер С., Параскевопулу С., Циркель Ф., Визеке Н., Донат А., Петерсен М. и др. (Декабрь 2019 г.). «Переоценка разнообразия вирусов с отрицательной цепью РНК у насекомых». Патогены PLOS. 15 (12): e1008224. Дои:10.1371 / journal.ppat.1008224. ЧВК  6932829. PMID  31830128.