RAD23B - RAD23B

RAD23B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1П1А, 1ПВЭ, 1UEL
Идентификаторы
Псевдонимы	RAD23B, HHR23B, HR23B, P58, гомолог B RAD23, белок эксцизионной репарации нуклеотидов
Внешние идентификаторы	OMIM: 600062 MGI: 105128 ГомолоГен: 37704 Генные карты: RAD23B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 9 (человек)[1] Группа 9q31.2 Начинать 107,283,137 бп[1] Конец 107,332,192 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 4 (мышь)[2] Группа 4 | 4 B3 Начинать 55,350,043 бп[2] Конец 55,392,237 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Онтология генов Молекулярная функция • связывание одноцепочечной ДНК • повреждение связывания ДНК • связывание с белками, зависящее от модификации полиубиквитина • GO: 0001948 связывание с белками • связывание убиквитина • связывание протеасомы Сотовый компонент • XPC комплекс • протеасомный комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • цитоплазма • цитозоль Биологический процесс • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • эксцизионная репарация нуклеотидов • глобальная эксцизионная репарация нуклеотидов генома • эксцизионная репарация нуклеотидов, распознавание повреждений ДНК • сперматогенез • развитие эмбриональных органов • протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • регуляция протеасомного убиквитин-зависимого белкового катаболического процесса • Ремонт ДНК • нуклеотидно-эксцизионная репарация, сборка комплекса до разреза • сворачивание белка • деубиквитинирование белков • клеточный ответ на интерлейкин-7 • эксцизионная репарация нуклеотидов, раскручивание дуплекса ДНК Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5887	19359
Ансамбль	ENSG00000119318	ENSMUSG00000028426
UniProt	P54727 Q5W0S4	P54728
RefSeq (мРНК)	NM_002874 NM_001244713 NM_001244724	NM_009011
RefSeq (белок)	NP_001231642 NP_001231653 NP_002865	NP_033037
Расположение (UCSC)	Chr 9: 107,28 - 107,33 Мб	Chr 4: 55.35 - 55.39 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок эксцизионной репарации УФ-излучением, гомолог B RAD23 это белок что у людей кодируется RAD23B ген.^[5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является одним из двух человеческих гомологов Saccharomyces cerevisiae Rad23, белка, участвующего в эксцизионной репарации нуклеотидов (NER). Было обнаружено, что этот белок является компонентом белкового комплекса, который специфически дополняет дефект NER экстрактов клеток xeroderma pigmentosum группы C (XP-c) in vitro. Было также показано, что этот белок взаимодействует с 3-метиладенин-ДНК-гликозилазой (MPG) и повышает активность эксцизии нуклеотидов, что предполагает роль в распознавании повреждений ДНК в эксцизионной репарации оснований. Этот белок содержит N-концевой убиквитин-подобный домен, который, как сообщается, взаимодействует с 26S протеасомой, и, таким образом, этот белок может участвовать в протеолитическом пути, опосредованном убиквитином, в клетках.^[7]

Роль в восстановлении ДНК

Комплекс XPC-RAD23B является исходным фактором распознавания повреждений в глобальная эксцизионная репарация геномных нуклеотидов (GG-NER). XPC-RAD23B распознает широкий спектр повреждений, которые термодинамически дестабилизируют дуплексы ДНК, включая УФ-индуцированные фотопродукты (димеры циклопиримидина и 6-4 фотопродукты), аддукты, образованные мутагенами окружающей среды, такими как бензо [a] пирен или различные ароматические амины, некоторые окислительные эндогенные поражения, такие как циклопурины, и аддукты, образованные химиотерапевтическими препаратами против рака, такими как цисплатин. Наличие XPC-RAD23B необходимо для сборки другого ядра. NER факторы и прогрессирование по пути NER как in vitro, так и in vivo.^[8] Хотя большинство исследований было выполнено с XPC-RAD23B, он является частью тримерного комплекса с центрином-2, кальций-связывающим белком семейства кальмодулинов.^[8]

Эпигенетическая репрессия

Уровень экспрессии белка RAD23B может быть эпигенетически подавлен, либо метилирование промотора гена RAD23B^[9][10] или одним из двух микроРНК (miR-744-3p^[11] или miR-373^[12]).

Дефицит RAD23B при раке

Дефицит экспрессии гена репарации ДНК увеличивает риск рака (см. Недостаточная репарация ДНК при канцерогенезе ). Экспрессия RAD23B снижена в опухолевой ткани женщин с раком груди.^[13] Также наблюдался низкий процент RAD23B-положительных ядер при раке груди высокой степени злокачественности.^[14]

RAD23B был существенно снижен метилированием промотора в клеточной линии, полученной из множественной миеломы.^[9] и снижается за счет метилирования промотора в небольшой части опухолей немелкоклеточного рака легкого (НМРЛ).^[10]

RAD23B, по-видимому, является одним из 26 генов репарации ДНК, которые эпигенетически репрессируются при различных формах рака (см. Эпигенетика рака ).

Взаимодействия

RAD23B был показан взаимодействовать с участием PSMD4^[15] и Атаксин 3.^[16]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000119318 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028426 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. ван дер Спек П. Дж., Смит Е. М., Беверло Х. Б., Сугасава К., Масутани С., Ханаока Ф., Хоймейкерс Дж. Х., Хагемейер А. (октябрь 1994 г.). «Хромосомная локализация трех генов репарации: гена группы C xeroderma pigmentosum и двух человеческих гомологов дрожжевого RAD23». Геномика. 23 (3): 651–8. Дои:10.1006 / geno.1994.1554. PMID  7851894.
6. Масутани К., Сугасава К., Янагисава Дж., Сонояма Т., Уи М., Эномото Т., Такио К., Танака К., ван дер Спек П.Дж., Бутсма Д. (апрель 1994 г.). «Очистка и клонирование комплекса нуклеотидной эксцизионной репарации, включающего белок группы С xeroderma pigmentosum и человеческий гомолог дрожжевого RAD23». Журнал EMBO. 13 (8): 1831–43. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06452.x. ЧВК  395023. PMID  8168482.
7. «Ген Entrez: RAD23B, гомолог B RAD23 (S. cerevisiae)».
8. Шерер OD (октябрь 2013 г.). «Эксцизионная репарация нуклеотидов у эукариот». Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии. 5 (10): a012609. Дои:10.1101 / cshperspect.a012609. ЧВК  3783044. PMID  24086042.
9. Пэн Б., Ходж Д. Р., Томас С. Б., Черри Д. М., Манро Д. Д., Помпея К., Сяо В., Фаррар В. Л. (февраль 2005 г.). «Эпигенетическое подавление гена эксцизионной репарации нуклеотидов человека, hHR23B, в интерлейкин-6-чувствительных клетках множественной миеломы KAS-6/1». Журнал биологической химии. 280 (6): 4182–7. Дои:10.1074 / jbc.M412566200. PMID  15550378.
10. До Х, Вонг NC, Мурон С., Джон Т., Соломон Б., Митчелл П.Л., Добрович А. (2014). «Критическая переоценка метилирования промотора гена репарации ДНК при немелкоклеточной карциноме легкого». Научные отчеты. 4: 4186. Bibcode:2014НатСР ... 4Э4186Д. Дои:10.1038 / srep04186. ЧВК  3935198. PMID  24569633.
11. Хатано К., Кумар Б., Чжан И., Колтер Дж. Б., Хедаяти М., Мирс Б., Ни Икс, Кудролли Т.А., Чоудхури В.Х., Родригес Р., ДеВиз Т.Л., Lupold SE (апрель 2015 г.). «Функциональный скрининг выявляет миРНК, которые ингибируют репарацию ДНК и повышают чувствительность клеток рака простаты к ионизирующему излучению». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (8): 4075–86. Дои:10.1093 / нар / gkv273. ЧВК  4417178. PMID  25845598.
12. Кросби М.Э., Кульшрешта Р., Иван М., Глейзер П.М. (февраль 2009 г.). «Регуляция микроРНК экспрессии генов репарации ДНК при гипоксическом стрессе». Исследования рака. 69 (3): 1221–9. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-08-2516. ЧВК  2997438. PMID  19141645.
13. Матта Дж., Моралес Л., Дутиль Дж., Байона М., Альварес К., Суарес Е. (февраль 2013 г.). «Дифференциальная экспрессия генов репарации ДНК у испаноязычных женщин с раком груди». Молекулярная биология рака. 1 (1): 54. Дои:10.9777 / mcb.2013.10006 (неактивно 12.10.2020). ЧВК  4189824. PMID  25309843.
14. Linge A, Maurya P, Friedrich K, Baretton GB, Kelly S, Henry M, Clynes M, Larkin A, Meleady P (июль 2014 г.). «Идентификация и функциональная проверка RAD23B как потенциального белка в прогрессировании рака груди человека». Журнал протеомных исследований. 13 (7): 3212–22. Дои:10.1021 / pr4012156. PMID  24897598.
15. Hiyama H, Yokoi M, Masutani C, Sugasawa K, Maekawa T., Tanaka K, Hoeijmakers JH, Hanaoka F (сентябрь 1999 г.). «Взаимодействие hHR23 с S5a. Убиквитиноподобный домен hHR23 опосредует взаимодействие с субъединицей S5a 26 S протеасомы» (PDF). Журнал биологической химии. 274 (39): 28019–25. Дои:10.1074 / jbc.274.39.28019. PMID  10488153. S2CID  1757366.
16. Ван Г., Савай Н., Котлярова С., Канадзава И., Нукина Н. (июль 2000 г.). «Атаксин-3, продукт гена MJD1, взаимодействует с двумя человеческими гомологами белка репарации дрожжевой ДНК RAD23, HHR23A и ​​HHR23B». Молекулярная генетика человека. 9 (12): 1795–803. Дои:10.1093 / hmg / 9.12.1795. PMID  10915768.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• ван дер Спек П.Дж., Экер А., Радемакерс С., Виссер С., Сугасава К., Масутани С., Ханаока Ф., Бутсма Д., Хоймейкерс Дж. Х. (июль 1996 г.). «XPC и человеческие гомологи RAD23: внутриклеточная локализация и взаимосвязь с другими комплексами эксцизионной репарации нуклеотидов». Исследования нуклеиновых кислот. 24 (13): 2551–9. Дои:10.1093 / nar / 24.13.2551. ЧВК  145966. PMID  8692695.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Конструирование и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК с обогащением по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Сугасава К., Нг Дж. М., Масутани К., Иваи С., ван дер Спек П. Дж., Экер А. П., Ханаока Ф., Бутсма Д., Hoeijmakers JH (август 1998 г.). «Белковый комплекс группы C Xeroderma pigmentosum является инициатором глобальной эксцизионной репарации нуклеотидов генома». Молекулярная клетка. 2 (2): 223–32. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80132-X. PMID  9734359.
• Hiyama H, Yokoi M, Masutani C, Sugasawa K, Maekawa T., Tanaka K, Hoeijmakers JH, Hanaoka F (сентябрь 1999 г.). «Взаимодействие hHR23 с S5a. Убиквитиноподобный домен hHR23 опосредует взаимодействие с субъединицей S5a 26 S протеасомы» (PDF). Журнал биологической химии. 274 (39): 28019–25. Дои:10.1074 / jbc.274.39.28019. PMID  10488153. S2CID  1757366.
• Miao F, Bouziane M, Dammann R, Masutani C, Hanaoka F, Pfeifer G, O'Connor TR (сентябрь 2000 г.). «3-Метиладенин-ДНК-гликозилаза (белок MPG) взаимодействует с белками RAD23 человека». Журнал биологической химии. 275 (37): 28433–8. Дои:10.1074 / jbc.M001064200. PMID  10854423.
• Ван Г., Савай Н., Котлярова С., Канадзава И., Нукина Н. (июль 2000 г.). «Атаксин-3, продукт гена MJD1, взаимодействует с двумя человеческими гомологами белка репарации дрожжевой ДНК RAD23, HHR23A и ​​HHR23B». Молекулярная генетика человека. 9 (12): 1795–803. Дои:10.1093 / hmg / 9.12.1795. PMID  10915768.
• Араужо С.Дж., Нигг Е.А., Вуд Р.Д. (апрель 2001 г.). «Сильное функциональное взаимодействие TFIIH с XPC и XPG при эксцизионной репарации нуклеотидов ДНК человека без предварительно собранной репарасомы». Молекулярная и клеточная биология. 21 (7): 2281–91. Дои:10.1128 / MCB.21.7.2281-2291.2001. ЧВК  86862. PMID  11259578.
• Араки М., Масутани С., Такемура М., Учида А., Сугасава К., Кондо Дж., Окума Ю., Ханаока Ф. (июнь 2001 г.). «Центросомный белок центрин 2 / кальтрактин 1 является частью комплекса xeroderma pigmentosum группы C, который инициирует глобальную эксцизионную репарацию нуклеотидов генома». Журнал биологической химии. 276 (22): 18665–72. Дои:10.1074 / jbc.M100855200. PMID  11279143.
• Park H, Suzuki T, Lennarz WJ (сентябрь 2001 г.). «Идентификация белков, которые взаимодействуют с пептидом млекопитающих: N-гликаназой и вовлекают эту гидролазу в протеасомозависимый путь деградации белка». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (20): 11163–8. Bibcode:2001ПНАС ... 9811163П. Дои:10.1073 / pnas.201393498. ЧВК  58701. PMID  11562482.
• Уолтерс К.Дж., Клейнен М.Ф., Го А.М., Вагнер Г., Хоули П.М. (февраль 2002 г.). «Структурные исследования взаимодействия белков семейства убиквитина и субъединицы S5a протеасомы». Биохимия. 41 (6): 1767–77. Дои:10.1021 / bi011892y. PMID  11827521.
• Ли С.М., Ли М.Л., Цзе Ю.С., Люн С.К., Ли М.М., Цуй С.К., Фунг К.П., Ли С.Й., Уэй М.М. (сентябрь 2002 г.). «Paeoniae Radix, экстракт китайских трав, подавляет рост клеток гепатомы, вызывая апоптоз по независимому от p53 пути». Науки о жизни. 71 (19): 2267–77. Дои:10.1016 / S0024-3205 (02) 01962-8. PMID  12215374.
• Симидзу Ю., Иваи С., Ханаока Ф., Сугасава К. (январь 2003 г.). «Белок группы C Xeroderma pigmentosum физически и функционально взаимодействует с тиминовой ДНК-гликозилазой». Журнал EMBO. 22 (1): 164–73. Дои:10.1093 / emboj / cdg016. ЧВК  140069. PMID  12505994.
• Ng JM, Vermeulen W., van der Horst GT, Bergink S, Sugasawa K, Vrieling H, Hoeijmakers JH (июль 2003 г.). «Новый механизм регуляции репарации ДНК посредством индуцированной повреждением и RAD23-зависимой стабилизации белка группы C xeroderma pigmentosum». Гены и развитие. 17 (13): 1630–45. Дои:10.1101 / gad.260003. ЧВК  196135. PMID  12815074.
• Ryu KS, Lee KJ, Bae SH, Kim BK, Kim KA, Choi BS (сентябрь 2003 г.). «Картирование поверхности связывания внутри- и междоменных взаимодействий между hHR23B, убиквитином и сайтом связывания полиубиквитина 2 S5a». Журнал биологической химии. 278 (38): 36621–7. Дои:10.1074 / jbc.M304628200. PMID  12832454.
• Fujiwara K, Tenno T, Sugasawa K, Jee JG, Ohki I, Kojima C, Tochio H, Hiroaki H, Hanaoka F, Shirakawa M (февраль 2004 г.). «Структура убиквитин-взаимодействующего мотива S5a, связанного с убиквитин-подобным доменом HR23B». Журнал биологической химии. 279 (6): 4760–7. Дои:10.1074 / jbc.M309448200. PMID  14585839.
• Glockzin S, Ogi FX, Hengstermann A, Scheffner M, Blattner C (декабрь 2003 г.). «Вовлечение белка репарации ДНК hHR23 в деградацию p53». Молекулярная и клеточная биология. 23 (24): 8960–9. Дои:10.1128 / MCB.23.24.8960-8969.2003. ЧВК  309646. PMID  14645509.