XPC (ген) - XPC (gene)

XPC
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2A4J, 2GGM, 2OBH, 2RVB
Идентификаторы
Псевдонимы	XPC, RAD4, XP3, XPCC, p125, xeroderma pigmentosum, группа комплементации C, комплексная субъединица XPC, фактор распознавания повреждений ДНК и репарации
Внешние идентификаторы	OMIM: 613208 MGI: 103557 ГомолоГен: 3401 Генные карты: XPC
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[1] Группа 6 | 6 D1 Начните 91,489,305 бп[1] Конец 91,515,888 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • связывание петли гетеродуплексной ДНК • связывание пузырьков с ДНК • связывание одноцепочечной ДНК • повреждение связывания ДНК • GO: 0001948 связывание с белками • GO: 0032403 связывание макромолекулярного комплекса Сотовый компонент • цитоплазма • клеточная мембрана • нуклеоплазма • XPC комплекс • ядрышко • комплекс нуклеотид-эксцизионный фактор репарации 2 • ядро клетки • митохондрия • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • комплекс нуклеотидно-эксцизионной репарации Биологический процесс • эксцизионная репарация нуклеотидов • регуляция фазового перехода митотического клеточного цикла • эксцизионная репарация нуклеотидов, распознавание повреждений ДНК • контрольная точка повреждения ДНК внутри S • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • глобальная эксцизионная репарация нуклеотидов генома • ответ на слуховой раздражитель • ремонт несоответствия • ответ на УФ-Б • Иссечение УФ-повреждений • Ремонт ДНК • ответ на наркотик • нуклеотидно-эксцизионная репарация, сборка комплекса до разреза • эксцизионная репарация нуклеотидов, раскручивание дуплекса ДНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	7508	22591
Ансамбль	ENSG00000154767	ENSMUSG00000030094
UniProt	Q01831	P51612
RefSeq (мРНК)	NM_001145769 NM_004628	NM_009531
RefSeq (белок)	NP_004619 NP_001341655 NP_001341656 NP_001341658 NP_001341659	NP_033557
Расположение (UCSC)	н / д	Chr 6: 91,49 - 91,52 Мб
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Xeroderma pigmentosum, группа комплементации C, также известен как XPC, это белок который у человека кодируется XPC ген. XPC участвует в распознавании объемных аддуктов ДНК в эксцизионная репарация нуклеотидов.^[4] Он расположен на хромосоме 3.^[5]

Функция

Этот ген кодирует компонент эксцизионная репарация нуклеотидов (NER) путь. В путь NER вовлечено несколько компонентов, в том числе: Пигментная ксеродермия (XP) A-G и V, Синдром Кокейна (CS) A и B, и трихотиодистрофия (TTD) группа A и т. Д. Этот компонент, XPC, играет важную роль на ранних этапах глобального NER генома, особенно в распознавании повреждений, образовании открытых комплексов и образовании репаративных белковых комплексов.^[4]

Комплекс XPC-RAD23B является исходным фактором распознавания повреждений в глобальная эксцизионная репарация геномных нуклеотидов (GG-NER).^[6] XPC-RAD23B распознает широкий спектр поражений, которые термодинамически дестабилизируют дуплексы ДНК, включая УФ-индуцированные фотопродукты (димеры циклопиримидина и 6-4 фотопродукты), аддукты, образованные мутагенами окружающей среды, такими как бензо [a] пирен или различные ароматические амины, некоторые эндогенные окислительные поражения, такие как циклопурины, и аддукты, образованные химиотерапевтическими препаратами против рака, такими как цисплатин. Наличие XPC-RAD23B необходимо для сборки другого ядра. NER факторы и прогрессирование по пути NER как in vitro, так и in vivo.^[7] Хотя большинство исследований было выполнено с XPC-RAD23B, он является частью тримерного комплекса с центрином-2, кальций-связывающим белком семейства кальмодулинов.^[7]

Клиническое значение

Мутации в этом гене или некоторых других компонентах NER приводят к Пигментная ксеродермия, редкое аутосомно-рецессивное заболевание, характеризующееся повышенной чувствительностью к солнечному свету с развитием карцином в раннем возрасте.^[4]

Рак

Повреждение ДНК, по-видимому, является основной причиной рака,^[8] и дефицит генов репарации ДНК, вероятно, лежит в основе многих форм рака.^[9][10] Если репарация ДНК недостаточна, повреждения ДНК имеют тенденцию к накоплению. Такое избыточное повреждение ДНК может увеличить мутации из-за подверженности ошибкам транслезионный синтез. Избыточное повреждение ДНК также может увеличиваться эпигенетический изменения из-за ошибок во время ремонта ДНК.^[11][12] Такие мутации и эпигенетические изменения могут вызывать рак.

Снижение экспрессии генов репарации ДНК (обычно вызванное эпигенетическими изменениями, такими как гиперметилирование промотора) очень распространено при раке и обычно встречается гораздо чаще, чем мутационные дефекты генов репарации ДНК при раке.^{[нужна цитата ]} Приведенная ниже таблица показывает, что экспрессия XPC часто эпигенетически снижалась при раке мочевого пузыря, а также при немелкоклеточном раке легкого, а также показывает, что XPC чаще снижалась на более поздних стадиях этих видов рака.

Частота снижения экспрессии XPC при раке, при этом стадии рака указываются отдельно

Рак	Частота	Ref.
Рак мочевого пузыря	50%	[13]
Папиллярное уротелиальное новообразование с низким потенциалом злокачественности	35%	[13]
Папиллярный рак мочевого пузыря низкой степени	42%	[13]
Папиллярный рак мочевого пузыря высокой степени	65%	[13]
Немелкоклеточный рак легкого (НМРЛ)	70%	[14]
НМРЛ I стадии	62%	[14]
НМРЛ II-III стадии	77%	[14]

При эпигенетическом гиперметилировании промоторной области XPC было показано, что ген связан с низкой экспрессией XPC,^[13] еще один способ эпигенетического подавления XPC может также произойти из-за чрезмерного выражения микроРНК miR-890.^[15]

Взаимодействия

XPC (ген), как было показано, взаимодействовать с участием ABCA1,^[16] CETN2^[17] и XPB.^[18]

использованная литература

1. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030094 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ген Entrez: XPC xeroderma pigmentosum, группа комплементации C».
5. http://www.omim.org/entry/278720. Получено 12 декабря 2014. Отсутствует или пусто | название = (Помогите)
6. Сугасава К., Нг Дж. М., Масутани К., Иваи С., ван дер Спек П. Дж., Экер А. П., Ханаока Ф., Бутсма Д., Hoeijmakers JH (1998). «Белковый комплекс группы С Xeroderma pigmentosum является инициатором глобальной эксцизионной репарации нуклеотидов генома». Мол. Ячейка. 2 (2): 223–32. Дои:10.1016 / с1097-2765 (00) 80132-х. PMID  9734359.
7. Шерер OD (октябрь 2013 г.). «Эксцизионная репарация нуклеотидов у эукариот». Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии. 5 (10): a012609. Дои:10.1101 / cshperspect.a012609. ЧВК  3783044. PMID  24086042.
8. Кастан МБ (2008). «Реакция на повреждение ДНК: механизмы и роль в человеческих заболеваниях: лекция 2007 г. на присуждении премии имени Г.А. Клоуса». Мол. Рак Res. 6 (4): 517–24. Дои:10.1158 / 1541-7786.MCR-08-0020. PMID  18403632.
9. Харпер Дж. У., Элледж С. Дж. (2007). «Реакция на повреждение ДНК: десять лет спустя». Мол. Ячейка. 28 (5): 739–45. Дои:10.1016 / j.molcel.2007.11.015. PMID  18082599.
10. Дитляйн Ф, Рейнхардт ХК (2014). «Молекулярные пути: использование специфических для опухолей молекулярных дефектов в путях репарации ДНК для точной терапии рака». Clin. Рак Res. 20 (23): 5882–7. Дои:10.1158 / 1078-0432.CCR-14-1165. PMID  25451105.
11. О'Хаган Х.М., Мохаммад Х.П., Бейлин С.Б. (2008). «Двухцепочечные разрывы могут инициировать сайленсинг генов и SIRT1-зависимое начало метилирования ДНК в экзогенном промоторном острове CpG». PLOS Genetics. 4 (8): e1000155. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000155. ЧВК  2491723. PMID  18704159.
12. Cuozzo C, Porcellini A, Angrisano T, Morano A, Lee B, Di Pardo A, Messina S, Iuliano R, Fusco A, Santillo MR, Muller MT, Chiariotti L, Gottesman ME, Avvedimento EV (июль 2007 г.). «Повреждение ДНК, гомологически направленная репарация и метилирование ДНК». PLOS Genetics. 3 (7): e110. Дои:10.1371 / journal.pgen.0030110. ЧВК  1913100. PMID  17616978.
13. Ян Дж., Сюй З., Ли Дж., Чжан Р., Чжан Дж., Джи Х., Сон Б., Чен З (2010). «Эпигенетическое молчание XPC в сочетании с изменением p53 оказывает значительное влияние на исход рака мочевого пузыря». Дж. Урол. 184 (1): 336–43. Дои:10.1016 / j.juro.2010.03.044. PMID  20488473.
14. Yeh KT, Wu YH, Lee MC, Wang L, Li CT, Chen CY, Lee H (2012). «Уровень мРНК XPC может предсказать рецидив у некурящих с немелкоклеточным раком легких». Анна. Surg. Онкол. 19 (3): 734–42. Дои:10.1245 / s10434-011-1992-9. PMID  21861227. S2CID  19154489.
15. Хатано К., Кумар Б., Чжан И., Колтер Дж. Б., Хедаяти М., Мирс Б., Ни Икс, Кудролли Т.А., Чоудхури В.Х., Родригес Р., ДеВиз Т.Л., Lupold SE (2015). «Функциональный скрининг выявляет миРНК, которые ингибируют репарацию ДНК и повышают чувствительность клеток рака простаты к ионизирующему излучению». Нуклеиновые кислоты Res. 43 (8): 4075–86. Дои:10.1093 / nar / gkv273. ЧВК  4417178. PMID  25845598.
16. Симидзу Ю., Иваи С., Ханаока Ф., Сугасава К. (январь 2003 г.). «Белок группы C Xeroderma pigmentosum физически и функционально взаимодействует с тиминовой ДНК-гликозилазой». EMBO J. 22 (1): 164–73. Дои:10.1093 / emboj / cdg016. ЧВК  140069. PMID  12505994.
17. Араки М., Масутани С., Такемура М., Учида А., Сугасава К., Кондо Дж., Окума Ю., Ханаока Ф. (июнь 2001 г.). «Центросомный белок центрин 2 / кальтрактин 1 является частью комплекса xeroderma pigmentosum группы C, который инициирует глобальную эксцизионную репарацию нуклеотидов генома». J. Biol. Chem. 276 (22): 18665–72. Дои:10.1074 / jbc.M100855200. PMID  11279143.
18. Ёкои М., Масутани К., Маэкава Т., Сугасава К., Окума Ю., Ханаока Ф. (март 2000 г.). «Белковый комплекс XPC-HR23B группы C xeroderma pigmentosum играет важную роль в привлечении фактора транскрипции IIH к поврежденной ДНК». J. Biol. Chem. 275 (13): 9870–5. Дои:10.1074 / jbc.275.13.9870. PMID  10734143.

дальнейшее чтение

• Кливер Дж. Э., Томпсон Л. Х., Ричардсон А. С., Штаты JC (1999). «Краткое изложение мутаций в чувствительных к УФ-излучению расстройствах: пигментная ксеродермия, синдром Кокейна и трихотиодистрофия». Гм. Мутат. 14 (1): 9–22. Дои:10.1002 / (SICI) 1098-1004 (1999) 14: 1 <9 :: AID-HUMU2> 3.0.CO; 2-6. PMID  10447254.
• Эль-Дейри WS (2003). «Трансактивация генов репарации BRCA1». Cancer Biol. Ther. 1 (5): 490–1. Дои:10.4161 / cbt.1.5.162. PMID  12496474.
• Сугасава К. (2007). «УФ-индуцированное убиквитилирование комплекса XPC, УФ-DDB-убиквитин-лигазный комплекс и репарация ДНК». J. Mol. Гистол. 37 (5–7): 189–202. Дои:10.1007 / s10735-006-9044-7. PMID  16858626. S2CID  817898.
• Легерски Р., Петерсон С. (1993). «Экспрессионное клонирование гена репарации ДНК человека, участвующего в группе C xeroderma pigmentosum». Природа. 360 (6404): 610. Дои:10.1038 / 360610b0. PMID  1461286.
• Легерски Р., Петерсон С. (1992). «Экспрессионное клонирование гена репарации ДНК человека, участвующего в группе C xeroderma pigmentosum». Природа. 359 (6390): 70–3. Bibcode:1992Натура 359 ... 70л. Дои:10.1038 / 359070a0. PMID  1522891. S2CID  34276965.
• Легерски Р.Дж., Лю П., Ли Л., Петерсон К.А., Чжао Ю., Лич Р.Дж., Нейлор С.Л., Сицилиано М.Дж. (1994). «Отнесение гена группы C (XPC) к xeroderma pigmentosum к хромосоме 3p25». Геномика. 21 (1): 266–9. Дои:10.1006 / geno.1994.1256. PMID  8088800.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Масутани К., Сугасава К., Янагисава Дж., Сонояма Т., Уи М., Эномото Т., Такио К., Танака К., ван дер Спек П. Дж., Бутсма Д. (1994). «Очистка и клонирование комплекса нуклеотидной эксцизионной репарации, включающего белок группы C xeroderma pigmentosum и человеческий гомолог дрожжевого RAD23». EMBO J. 13 (8): 1831–43. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06452.x. ЧВК  395023. PMID  8168482.
• Ли Л., Бейлз Е.С., Петерсон К.А., Легерски Р.Дж. (1994). «Характеристика молекулярных дефектов в xeroderma pigmentosum группы C». Nat. Genet. 5 (4): 413–7. Дои:10.1038 / ng1293-413. PMID  8298653. S2CID  24923699.
• Ли Л., Петерсон С., Легерски Р. (1996). «Последовательность кДНК XPC мыши и геномная структура гена XPC человека». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (6): 1026–8. Дои:10.1093 / nar / 24.6.1026. ЧВК  145764. PMID  8604333.
• ван дер Спек П.Дж., Экер А., Радемакерс С., Виссер С., Сугасава К., Масутани С., Ханаока Ф., Бутсма Д., Хоймейкерс Дж. Х. (1996). «XPC и человеческие гомологи RAD23: внутриклеточная локализация и взаимосвязь с другими комплексами эксцизионной репарации нуклеотидов». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (13): 2551–9. Дои:10.1093 / nar / 24.13.2551. ЧВК  145966. PMID  8692695.
• Ли Л., Лу Х, Петерсон С., Легерски Р. (1997). «XPC взаимодействует как с HHR23B, так и с HHR23A in vivo». Мутат. Res. 383 (3): 197–203. Дои:10.1016 / s0921-8777 (97) 00002-5. PMID  9164480.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Zeng L, Quilliet X, Chevallier-Lagente O, Eveno E, Sarasin A, Mezzina M (1998). «Ретровирус-опосредованный перенос гена корректирует дефект репарации ДНК клеток xeroderma pigmentosum групп комплементации A, B и C». Джин Тер. 4 (10): 1077–84. Дои:10.1038 / sj.gt.3300495. PMID  9415314.
• Хан С.Г., Леви Х.Л., Легерски Р., Квакенбуш Э., Рирдон Дж. Т., Эммерт С., Санкар А., Ли Л., Шнайдер Т. Д., Кливер Д. Э., Кремер К. Х. (1998). «Мутация сплайсинга группы C Xeroderma pigmentosum, связанная с аутизмом и гипоглицинемией». J. Invest. Дерматол. 111 (5): 791–6. Дои:10.1046 / j.1523-1747.1998.00391.x. PMID  9804340.
• Ёкои М., Масутани С., Маэкава Т., Сугасава К., Окума Ю., Ханаока Ф. (2000). «Белковый комплекс XPC-HR23B группы C xeroderma pigmentosum играет важную роль в привлечении фактора транскрипции IIH к поврежденной ДНК». J. Biol. Chem. 275 (13): 9870–5. Дои:10.1074 / jbc.275.13.9870. PMID  10734143.
• Бэтти Д., Рэпик-Отрин В., Левин А.С., Вуд Р.Д. (2000). «Стабильное связывание человеческого комплекса XPC с облученной ДНК обеспечивает сильную дискриминацию поврежденных участков». J. Mol. Биол. 300 (2): 275–90. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3857. PMID  10873465.
• Араужо С.Дж., Нигг Е.А., Вуд Р.Д. (2001). «Сильные функциональные взаимодействия TFIIH с XPC и XPG в эксцизионной репарации нуклеотидов ДНК человека без предварительно собранной репарасомы». Мол. Cell. Биол. 21 (7): 2281–91. Дои:10.1128 / MCB.21.7.2281-2291.2001. ЧВК  86862. PMID  11259578.
• Араки М., Масутани К., Такемура М., Учида А., Сугасава К., Кондо Дж., Окума Ю., Ханаока Ф. (2001). «Центросомный белок центрин 2 / кальтрактин 1 является частью комплекса xeroderma pigmentosum группы C, который инициирует глобальную эксцизионную репарацию нуклеотидов генома». J. Biol. Chem. 276 (22): 18665–72. Дои:10.1074 / jbc.M100855200. PMID  11279143.

внешние ссылки

• GeneReviews / NIH / NCBI / UW запись о Xeroderma Pigmentosum