AIFM1 - AIFM1 - Wikipedia

AIFM1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1М6И, 4BUR, 4BV6, 4FDC, 4LII, 5FS7, 5FS9, 5FS6, 5FS8
Идентификаторы
Псевдонимы	AIFM1, AIF, CMT2D, CMTX4, COWCK, ​​COXPD6, NADMR, NAMSD, PDCD8, DFNX5, фактор, индуцирующий апоптоз, митохондриально связанный 1, фактор индукции апоптоза, связанный с митохондриями 1, AUNX1, SEMDHL
Внешние идентификаторы	OMIM: 300169 MGI: 1349419 ГомолоГен: 3100 Генные карты: AIFM1
Расположение гена (человек) Chr. Х-хромосома (человек)[1] Группа Xq26.1 Начинать 130,129,362 бп[1] Конец 130,165,887 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Х-хромосома (мышь)[2] Группа X A5 | X 25,68 см Начинать 48,474,944 бп[2] Конец 48,513,563 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • активность димеризации белков • оксидоредуктазная активность • связывание флавинаденин динуклеотидов • НАД (Ф) Н оксидазная активность • Привязка FAD • оксидоредуктазная активность, действующая на НАД (Ф) Н • Связывание ДНК Сотовый компонент • митохондриальная внутренняя мембрана • цитоплазма • цитозоль • мембрана • перинуклеарная область цитоплазмы • митохондриальное межмембранное пространство • митохондрия • ядро клетки Биологический процесс • апоптотический процесс нейрона • ответ на ишемию • конденсация хромосом • клеточный ответ на кислородно-глюкозную недостаточность • активация активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе • положительная регуляция апоптотического процесса нейронов • регуляция апоптотической фрагментации ДНК • клеточный ответ на перекись водорода • внутренний апоптотический сигнальный путь в ответ на стресс эндоплазматического ретикулума • положительная регуляция апоптотического процесса • клеточный ответ на оксид азота • ответ на L-глутамат • окислительно-восстановительный процесс • положительное регулирование гибели клеток • сборка комплекса I митохондриальной дыхательной цепи • реакция на токсичное вещество • клеточный ответ на стимул эстрадиола • дифференциация нейронов • клеточный ответ на альдостерон • апоптотический процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	9131	26926
Ансамбль	ENSG00000156709	ENSMUSG00000036932
UniProt	O95831	Q9Z0X1
RefSeq (мРНК)	NM_001130846 NM_001130847 NM_004208 NM_145812 NM_145813	NM_001290364 NM_012019
RefSeq (белок)	NP_001124318 NP_001124319 NP_004199 NP_665811	NP_001277293 NP_036149
Расположение (UCSC)	Chr X: 130.13 - 130.17 Мб	Chr X: 48,47 - 48,51 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор 1, индуцирующий апоптоз, митохондриальный это белок что у людей кодируется AIFM1 ген на Х-хромосоме.^[5][6] Этот белок локализуется в митохондрии, так же хорошо как ядро, где он выполняет ядерную фрагментацию как часть каспаза -независимый апоптоз.^[7]

Структура

AIFM1 выражается как 613-остаток белок-предшественник, содержащий митохондриальную нацеливающую последовательность (MTS) на своем N-концевой и две ведущие ядерные последовательности (NLS). После импортирования в митохондрии первые 54 остатка N-конца отщепляются с образованием зрелого белка, который вставляется в внутренняя митохондриальная мембрана. Зрелый белок включает FAD кофактор и складывается в три структурных домена: FAD-связывающий домен, NAD-связывающий домен и C-терминал. В то время как C-конец отвечает за проапоптотическую активность AIFM1, FAD-связывание и НАД -связывающие домены разделяют классическую топологию Россмана с другими флавопротеинами и NAD (P) H-зависимой активностью редуктазы.^[7]

Три альтернатива транскрипты, кодирующие разные изоформы были идентифицированы для этого гена.^[6] Две альтернативно сплайсированные изоформы мРНК соответствуют включению / исключению С-концевого и редуктазного доменов.^[7] Псевдоген, который, как считается, связан с этим геном, был идентифицирован на 10-й хромосоме.^[6]

Функция

Этот ген кодирует флавопротеин, необходимый для разборки ядер в апоптозных клетках, который обнаруживается в митохондриях. межмембранное пространство в здоровых клетках. Индукция апоптоза приводит к расщеплению этого белка по остатку 102 посредством Calpains и / или катепсины в растворимую и проапоптогенную форму, которая перемещается в ядро, где вызывает конденсацию и фрагментацию хромосом.^[6][7] Кроме того, этот генный продукт побуждает митохондрии высвобождать апоптогенные белки цитохром с и каспазу-9.^[6] AIFM1 также способствует редуктаза деятельность в редокс метаболизм.^[7]

Клиническое значение

Мутации в AIFM1 ген коррелируют с Болезнь Шарко-Мари-Тута (синдром Каучока).^[7][8] На клеточном уровне мутации AIFM1 приводят к дефициту окислительного фосфорилирования, что приводит к тяжелой митохондриальной энцефаломиопатии.^[6] Клинические проявления этой мутации характеризуются: мышечная атрофия, невропатия, атаксия, психомоторный регресс, потеря слуха и судороги.^[9]

Взаимодействия

AIFM1 был показан взаимодействовать с HSPA1A.^[10][11]

Эволюция

Филогенетический анализ показывает, что дивергенция последовательностей AIFM1 и других человеческих AIF (AIFM2a и AIFM3) произошла до дивергенции эукариот. Этот вывод подтверждается доменной архитектурой этих белков. И эукариотические, и эубактериальные белки AIFM1 содержат дополнительный домен AIF_C.^[12]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000156709 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036932 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Susin SA, Lorenzo HK, Zamzami N, Marzo I, Snow BE, Brothers GM, Mangion J, Jacotot E, Costantini P, Loeffler M, Larochette N, Goodlett DR, Aebersold R, Siderovski DP, Penninger JM, Kroemer G (февраль 1999 г. ). «Молекулярная характеристика фактора, вызывающего апоптоз митохондрий». Природа. 397 (6718): 441–6. Bibcode:1999Натура.397..441С. Дои:10.1038/17135. PMID  9989411. S2CID  204991081.
6. «Ген Entrez: фактор, вызывающий апоптоз AIFM1, митохондриально-связанный, 1».
7. Феррейра П., Вильянуэва Р., Мартинес-Хульвес М., Эргуедас Б., Маркуэлло С., Фернандес-Сильва П., Кабон Л., Эрмосо Дж. А., Лостао А., Сусин С. А., Медина М. (июль 2014 г.). «Структурные представления о коферментно-опосредованном переходе мономер-димер проапоптотического фактора, вызывающего апоптоз». Биохимия. 53 (25): 4204–15. Дои:10.1021 / bi500343r. PMID  24914854.
8. Ринальди С., Грюнзейх С., Севрюкова И.Ф., Шиндлер А., Хоркейн-Сакали И., Ламперти С., Ландуре Г., Кеннерсон М.Л., Бернетт Б.Г., Беннеманн С., Бизекер Л.Г., Геззи Д., Зевиани М., Фишбек К.Х. (декабрь 2012 г.). «Синдром Коровьего Шока связан с мутацией фактора, вызывающего апоптоз». Американский журнал генетики человека. 91 (6): 1095–102. Дои:10.1016 / j.ajhg.2012.10.008. ЧВК  3516602. PMID  23217327.
9. Kettwig M, Schubach M, Zimmermann FA, Klinge L, Mayr JA, Biskup S, Sperl W, Gärtner J, Huppke P (март 2015 г.). «От вентрикуломегалии до тяжелой мышечной атрофии: расширение клинического спектра, связанного с мутациями в AIFM1». Митохондрия. 21: 12–8. Дои:10.1016 / j.mito.2015.01.001. PMID  25583628.
10. Ruchalski K, Mao H, Singh SK, Wang Y, Mosser DD, Li F, Schwartz JH, Borkan SC (декабрь 2003 г.). «HSP72 ингибирует высвобождение фактора, индуцирующего апоптоз, в почечных эпителиальных клетках с истощенным АТФ». Американский журнал физиологии. Клеточная физиология. 285 (6): C1483–93. Дои:10.1152 / ajpcell.00049.2003. PMID  12930708.
11. Ravagnan L, Gurbuxani S, Susin SA, Maisse C, Daugas E, Zamzami N, Mak T, Jäättelä M, Penninger JM, Garrido C, Kroemer G (сентябрь 2001 г.). «Белок теплового шока 70 противодействует фактору, вызывающему апоптоз». Природа клеточной биологии. 3 (9): 839–43. Дои:10.1038 / ncb0901-839. PMID  11533664. S2CID  21164493.
12. Klim J, Gładki A, Kucharczyk R, Zielenkiewicz U, Kaczanowski S (май 2018 г.). «Реконструкция предкового состояния аппарата апоптоза у общего предка эукариот». G3. 8 (6): 2121–2134. Дои:10.1534 / g3.118.200295. ЧВК  5982838. PMID  29703784.

дальнейшее чтение

• Даугас Э., Ночи Д., Раваньян Л., Лёффлер М., Сусин С.А., Замзами Н., Кремер Г. (июль 2000 г.). «Фактор, индуцирующий апоптоз (AIF): повсеместная митохондриальная оксидоредуктаза, участвующая в апоптозе». Письма FEBS. 476 (3): 118–23. Дои:10.1016 / S0014-5793 (00) 01731-2. PMID  10913597. S2CID  2156881.
• Ферри KF, Jacotot E, Blanco J, Esté JA, Kroemer G (2001). «Митохондриальный контроль гибели клеток, индуцированной белками, кодируемыми ВИЧ-1». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 926: 149–64. Дои:10.1111 / j.1749-6632.2000.tb05609.x. PMID  11193032.
• Candé C, Cohen I, Daugas E, Ravagnan L, Larochette N, Zamzami N, Kroemer G (2002). «Фактор, вызывающий апоптоз (AIF): новый независимый от каспаз эффектор смерти, высвобождаемый из митохондрий». Биохимия. 84 (2–3): 215–22. Дои:10.1016 / S0300-9084 (02) 01374-3. PMID  12022952.
• Кастедо М., Перфеттини Дж. Л., Андрео К., Румье Т., Пьячентини М., Кремер Дж. (Декабрь 2003 г.). «Апоптоз митохондрий, индуцированный оболочкой ВИЧ-1». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 1010 (1): 19–28. Bibcode:2003НЯСА1010 ... 19С. Дои:10.1196 / анналы.1299.004. PMID  15033690.
• Мун Х.С., Ян Дж.С. (февраль 2006 г.). «Роль ВИЧ Vpr в качестве регулятора апоптоза и эффекторных клеток-свидетелей». Молекулы и клетки. 21 (1): 7–20. PMID  16511342.
• Glass L (октябрь 1975 г.). «Классификация биологических сетей по их качественной динамике». Журнал теоретической биологии. 54 (1): 85–107. Дои:10.1016 / S0022-5193 (75) 80056-7. PMID  1202295.
• Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Ю.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия. 236 (1): 107–13. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID  8619474.
• Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. К., Музни Д. М., Дин Й., Лю В., Рикафренте Д. Ю., Вентланд М. А., Леннон Г., Гиббс Р. А. (апрель 1997 г.). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Геномные исследования. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК  139146. PMID  9110174.
• Susin SA, Zamzami N, Castedo M, Daugas E, Wang HG, Geley S, Fassy F, Reed JC, Kroemer G (июль 1997 г.). «Главный исполнитель апоптоза: множественные связи между активацией протеазы и митохондриями при апоптозе, индуцированном Fas / APO-1 / CD95 и церамидами». Журнал экспериментальной медицины. 186 (1): 25–37. Дои:10.1084 / jem.186.1.25. ЧВК  2198951. PMID  9206994.
• Susin SA, Lorenzo HK, Zamzami N, Marzo I, Brenner C, Larochette N, Prevost MC, Alzari PM, Kroemer G (январь 1999 г.). «Митохондриальное высвобождение каспазы-2 и -9 в процессе апоптоза». Журнал экспериментальной медицины. 189 (2): 381–94. Дои:10.1084 / jem.189.2.381. ЧВК  2192979. PMID  9892620.
• Даугас Э., Сусин С.А., Замзами Н., Ферри К.Ф., Иринопулу Т., Ларошетт Н., Превост М.С., Лебер Б., Эндрюс Д., Пеннингер Дж., Кремер Г. (апрель 2000 г.). «Митохондрио-ядерная транслокация AIF при апоптозе и некрозе». Журнал FASEB. 14 (5): 729–39. Дои:10.1096 / fasebj.14.5.729. PMID  10744629.
• Джоза Н., Сусин С.А., Даугас Э., Стэнфорд В.Л., Чо С.К., Ли С.Й., Сасаки Т., Элия А.Дж., Ченг Х.Й., Раваньян Л., Ферри К.Ф., Замзами Н., Уэйкхэм А., Хакем Р., Йошида Х., Конг Й.Й., Мак Т. , Zúñiga-Pflücker JC, Kroemer G, Penninger JM (март 2001 г.). «Существенная роль митохондриального фактора, вызывающего апоптоз, в запрограммированной гибели клеток». Природа. 410 (6828): 549–54. Bibcode:2001 Натур.410..549J. Дои:10.1038/35069004. PMID  11279485. S2CID  4387964.
• Ravagnan L, Gurbuxani S, Susin SA, Maisse C, Daugas E, Zamzami N, Mak T, Jäättelä M, Penninger JM, Garrido C, Kroemer G (сентябрь 2001 г.). «Белок теплового шока 70 противодействует фактору, вызывающему апоптоз». Природа клеточной биологии. 3 (9): 839–43. Дои:10.1038 / ncb0901-839. PMID  11533664. S2CID  21164493.
• Йе Х, Канде С., Стефаноу NC, Цзян С., Гурбухани С., Ларошетт Н., Даугас Э., Гарридо С., Кремер Дж., Ву Х (сентябрь 2002 г.). «Связывание ДНК необходимо для апоптогенного действия фактора, индуцирующего апоптоз». Структурная биология природы. 9 (9): 680–4. Дои:10.1038 / nsb836. PMID  12198487. S2CID  7819466.
• Roumier T., Vieira HL, Castedo M, Ferri KF, Boya P, Andreau K, Druillennec S, Joza N, Penninger JM, Roques B, Kroemer G (ноябрь 2002 г.). «С-концевой фрагмент Vpr ВИЧ-1 вызывает гибель клеток через каспазно-независимый митохондриальный путь». Гибель клеток и дифференциация. 9 (11): 1212–9. Дои:10.1038 / sj.cdd.4401089. PMID  12404120.

внешняя ссылка

• AIFM1 на Атлас генетики и онкологии
• Человек AIFM1 расположение генома и AIFM1 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.